srpx (srpx,LOC107748210,LOC107663918,LOC107555235)


Basic Information

Item Value
gene id srpx
gene name srpx,LOC107748210,LOC107663918,LOC107555235
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056707.1
NCBI id CM032076.1
chromosome length 26426558
location 10140293 ~ 10149241 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>XM_043249102.1
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ATTCTcagttaatttttaataacaagTCATGAATAAGAGATAGGCAATTTAGCGTCGTGCCACTTTTAGCCTACTTTTCGGCGTCGCTGTAATAAACACTCGGTTTATCTAAGCGGAGCCAACTGTCCACGCGCCGCGCGCCGTGCGCGCGCTCGCTCGCGTTGGATGAAGAGCTCTCGTATTTCTGGAGAGGAGGCGGGATCGGGCTTGTGCTCTGATTCTCGCCTAGGAATGCACTCGAGGTGTCCCAGCAGCTCCTGGACTTCCTAAAGATGGacacctggatgtgtgtgtatatgttagTGGGACTTCAGCTGTGCGGGAGTTTCGCGTATGACGGCTCTGGATACTGGCCATAcactgatgatgaagatgtgAGATACACAGGCGTTCCGTGGTGTGCTCCAGTGAAAGTCAAACACGGTCACATCAGCTGCCAGACACCACGTGGAGAACGTTATAAGAATGTTCTGGGAACCCGCTGCAAGATCCGCTGTAAGACAGGCTACGAGATGCACGGCAGCAGCGAGATCCTCTGTATGGCCAGCAAACAGTGGTCTGGAAACTACGCTTGCAGAGAGGTCCGCTGCCCTAAACTGGCCATGCCGTCTAACGGAGGTTATAAGTGTTCAGACGGATCGTACTTCAACTCCCGCTGCCAGTTCTTCTGCTCACCGGGGTACACGCTTCGAGGAGGCCACAGCGCCACCTGCCAAAGCAGCAGAACGTGGAGCGGTGCTAACAGCGTGTGCGTAGatgTGGATCCCCCCGTTATTAAGTGCCCTAATATAAAGGAGAAGACCGCAGAACCGGGAAAACTCACCGCCAAAGTGACGTGGGACACACCAGAGGGCAAAGACACGGCAGACGGCATCCTGACAGACGTTATACTGAAAGGAAAGCCCTCAGGCTCACAGTTTTCAGAAGGAAATCACAAATTATCATATACCGTGTTTGACCGAGCCGAGAACAAGGCGTCCTGCCGGTTCAACGTTCGAGTGAGAGTGCGCCGCTGTACTCCTCTCTCCGTCCCTGACAATGGCTGGATGAAATGCGACAGTGCCGGTGATAATTACGGGGCCACATGTGAATTTCGCTGTCTGGGCGGCTACGACCTGAGGGGCAGCGCTGCCAGAGTCTGCCAGTTTAACATGGAGTGGTCTGGCCTGGAGACTTCCTGTGCTCccatgaatattaatgttgGTGTGCGATCCGCTGCTGTATTACTGGACCAGTTCTATGAGAAACGCCGCGTTCTGATCATCTCTGCCCCCTCAGCTGCCAATCACTACTACAGATTCCAGATGACTAATTTACAGCATGCCCAGTGCGGTCTGGACTTGAGACATGTGACAGTGATCGAGCTGGTGGGCGTTTATCCAGCTCAGATTGGCCGCATTAGACACAGACTCATCCCTCCAGGACTAGCTCTACAACTCAGGTTGCAGCTGCAGCTGTCTCAGAACTCATTTAACATGGTGCTGCTGGACAAACAGGGAGTGGACAAACAGCGCTACACTTTCCCCATCACAGCAGCGGAGATCTTTACCACCATCGACACATTTCCCCTCCGCACCGAGGAGGCCATTCTACAGAAAGAGGCCGGACATAGCTGctagatgtatatatatatacacacacatttacacatctGTTTCTACTGGTTATAAAGCTACCAGCCTACGAGAGAGAGTCTGGATAGAGCTGCTACATCTTGACACATAttgaaaacatacacacacatctctaAAAATGAGTCTCTGTTGTTCGTCTTTTTTACGATGCTCTACTCTATTTTATTTGTCTGGTGTTTCTATTTATATCGGAGCGGATGGTCTACTTTTTCCTGAGAAATACTGTCAAAgcaatattaatgcaataaagGCCTGTTTGATGATTGATATGA

Function

symbol description
srpx Is expressed in notochord; pharyngeal arch 3-7 skeleton; and splanchnocranium. Orthologous to human SRPX (sushi repeat containing protein X-linked).

NR:

description
PREDICTED: sushi repeat-containing protein SRPX

GO: NA

KEGG:

id description
K23818 SRPX; sushi repeat-containing protein SRPX

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_043249105.1 False 1906 mRNA 0.50 10 10140293 10149219

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC122351801 NA coding downstream 44049 10092350 ~ 10096244 (-)
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tmem30c tmem30c,LOC107655489,LOC107706099,LOC107720155,LOC107555223,LOC107600433,LOC107663858 coding upstream 129617 10278858 ~ 10284622 (-)
G69168 NA non-coding downstream 1534 10136649 ~ 10138759 (-)
G69136 LOC107555234,LOC107655498,LOC107748211,LOC107663925,LOC107720146,LOC107600385 non-coding downstream 30050 10108975 ~ 10110243 (-)
G69147 NA non-coding downstream 53271 10085433 ~ 10087022 (-)
G69018 NA non-coding downstream 194491 9913086 ~ 9945802 (-)
G69004 NA non-coding downstream 248697 9890651 ~ 9891596 (-)
LOC122351639 NA non-coding upstream 104692 10253933 ~ 10263447 (-)
G69223 NA non-coding upstream 276986 10426227 ~ 10426465 (-)
G69228 NA non-coding upstream 295052 10444293 ~ 10444641 (-)
G69231 NA non-coding upstream 296036 10445277 ~ 10446767 (-)
G69346 NA non-coding upstream 688271 10837512 ~ 10844040 (-)
LOC122351483 LOC107663814,LOC107733620,LOC107555196,LOC107720141,LOC107600416,LOC107655476 other downstream 230115 9908188 ~ 9910178 (-)
als2a als2a,LOC107688763,LOC107596546,LOC107668398,LOC107752891,LOC107592992,LOC107738114 other downstream 2045446 8076468 ~ 8094847 (-)
LOC122351623 raph1,LOC107592998,LOC107668371,LOC107752894,LOC107738113,LOC107688760,LOC107738116,LOC107596536 other downstream 2115621 8014449 ~ 8024672 (-)
LOC122351350 cb064,LOC107688735,LOC107716767,LOC107676512,LOC108232354,LOC103042106,LOC105927538 other downstream 2986339 7070985 ~ 7153954 (-)
G68188 irs2b,LOC107715923,LOC107688717,LOC107559513,LOC107557930,LOC107721603,LOC107702923 other downstream 3879224 6246900 ~ 6261069 (-)
trim13 trim13,LOC107720128,LOC107555217,LOC107663864,LOC107706093,LOC107600394,LOC107655513 other upstream 284266 10433507 ~ 10443619 (-)
fdx1 fdx1,LOC107663820,LOC107706088,LOC107720152,LOC107655504,LOC107600437,LOC107555213,LOC107655505 other upstream 366031 10515272 ~ 10519457 (-)
mrasa LOC107551943,LOC107663912,LOC107733654,LOC107600440,LOC107738526 other upstream 530917 10680158 ~ 10686627 (-)
LOC122351858 slc10a2,LOC107663831,LOC107567642,LOC107675341,LOC107738529 other upstream 1247425 11396666 ~ 11493120 (-)
LOC122351308 si:rp71-84d19.3,gtpbp8,LOC107663822,LOC107567641,LOC107738531,LOC107733632,LOC107598183 other upstream 1347706 11496947 ~ 11500495 (-)

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