ptprdb (ptprdb,LOC107754148,LOC107656000,LOC107746012,LOC107591569,LOC107551589)


Basic Information

Item Value
gene id ptprdb
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gene type misc
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056699.1
NCBI id CM032068.1
chromosome length 31761587
location 11514151 ~ 11580717 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

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CTCAAAGACCAGCCATGGTGCAGACAGAGGAGCAGTACCAGTTCTGCTACCGAGCAGCGTTGGAGTACCTGGGCAGTTTTGATCACTATGCAACATAAAACCATCCCCTGGACCAAGGGCCACATCATTACACACCGAGACCTGCGTCTGATCAATCCGACAGCCTCTTTCTGTTGCCCGCAGCTCAAGAGTCTGTTTGATTTTTCCCGACAGCACACAATTTAATAGCCAGACAGGGAGGGCAGCTGGGATACAGAGTTGTCACAACAAATCGTAGCTCCAATCATATAGCTGAAAGTTGTCAAGTCATATTTGAGGTGGAGTAAAACTCCTGGCGAACTTCCAGCAGATCCAATGAAATCGCTGGAATCCAACAACGTGCTGTCTGGACCGATTCAACAGACCGAAACCGGAGAGGAAACCACAATCAAGCAGTTtgatggtattttttttttacttatcaGAATTTGCTTCATACCAGACCCCCCCCTCAACCCACCCAAAACATGCAGTTTATTGCGGGATGCAGTCCGGGTTTCTAGTTTCCACAGTTTTTTGTCACCAGTTGTATAGTGGATCCACCAACTCACTAAAGTGAAAATACGAAATGAAATTCAGCGACACCCTAAGTATCGGTGCTTATGCCAGTATCCTGTTCGTTTTAActgtagcacacacacatagatatatGCGTACATATCTATCACAAGGAAAAATATCAAGCTAAAAATGGAGATTCGTCTCAAAAACTGTGCAATATTGAACGTGAACTGCACCTTCGAGTTTAAAACCACTCAAGTATTAGAGATATTCTCACTGTAATTATATCGTCTCATTAATCCTATATGATATAAAGTATAAAACGAAatgttattatgcatattagcacattatatataaaaatcgtCAATGTATTGAGTGATATTTATACTATGTGAGTGAGGTACTTGTCAGTGCACATAAGTTACGAAAAGTACTGATTGCagtaatgtttaaaatggattcttttttttttcttcactaaaCTTACCAAATCAACTATATACGTGCTTTCAGTCAGGATTCGACGAACTCGAAACGCGAGGTGAcgtttaaaacaataacataatgGATCATCTGACACTGGTAGTGCCTTATCATAGTCACATgtttaaaaatggttaaatgtTCCACGTTTATGGATATGAACCCGCTTTTAcgtttcaaaaaaataaataacgctTAAGCAAAGACAGTTGCATCCTCCAGAGTGAATTTTAATACGTAGTATATTTCACACCAAGACCAATTTTAAGTACCAGGGTGGTTCGTCCATTCAAGTGAAGTACTGCCAAGATGACTAGACAATTATATAACTGAAAGCCAATATGTGTCCATTTTTGAGAGGACACGCATTTATTGTATCTATATTGGGCCAAGAGAACCACATATTccattacatatatacaatagCGATTATATTCTAAATGATTTGTATTTGACATTGTAACGGAGCATAGAACAGGAAATAGTTTTCTCACTTTCGGTCCATGCCGCTGCAGGAAACGTGCATTTCTAACTGTTAATGTCTGCGTTCTTGTGATAGTATCGATGATGTTAGCGCGTTAACGTCAACAAAGAGAACTTTTTTCCAAGTGGATTTTAAAAGCCAGAGCTAGCCGAGCTAAATGAACGTTTTAAAAGACTTTACGCTATAAGTTTGACGCCCAGATTTTGATTCATAAAGCATTGCATGAGAAATTAGATCTACAACTTTGGGAACAAACTTGCACATGGAAACGGCTCTGTTGCGTCTGCGTCAATATCGCGGGCCGTAACGGCCGCGTGGTTCCAGTTTTGGATACGACTGCACTCTTGTTCTATGCACTAACCCTTACTATTTCTTCAACACAGAATGTTATTTGTATCGAATGAGATGAATTTCACAGTGTGTGCATGTTAAGAGAAACACAAGTTTTGGTTCCAAAGCTTAAGACAATATGTGCGTATTGTTATCGTTGAAAACTTTAGACGACAGGGTGGTTTAATACGAGTGGTTTTCCTTCTAGTCCAGTGGTAATAGTCATCATTTAGTAACTCCAAGAAAGTCTGGTCACTGCGAACTTCAGCTCATTTTTACGTTCAgtgtaaagaaatgttttcctttctttgcaGCATCTTCgtctttgtgtattttattttttattaagtcagttttgtatttgaaaCCTAACATGCAAATCTTCCATGATCTACCTTCTCCGTATCTGTTAGACTTTACAACCAAGTTTCAGGGTTTTTCAAATTTCAACTTTCGTTGAAACTAGCTATGCTTATATTTTCAAGAGGATATCAATTAGCATTTGTTTGATGGGAAATTCTATGCTAACCTGTCAGTGttttgaggagaaaaaaataaataaatcatctaTTTTCCAGTGCATGACAGTCCCCCATTTGTACAGATGCAAAGGCACCATCAGATTTTGATGAATCATGACATTGTTTCATGTGAAAAATAAACTAGCACAATCTATATCATGTAATCTGACCAAATATGCATTGTATCACCATTTTCATATCGTCGAATGTTGTGAGTGGTTTTACAATTTCACCCATCAATTaatgtgaaacacaaaagggaAATCTTTTACCTCTGATTTTgtagtaaatgtaaatatttcagaggatgttttctttttttaattttcctacTTTATGTTGTAAGGACAGATGTGTGAGAATACAATTGTATTggaaaagttttatttgttacaaataaaatagtaaGAATA

Function

symbol description
ptprdb Predicted to enable protein tyrosine phosphatase activity. Predicted to be involved in protein dephosphorylation. Predicted to act upstream of or within dephosphorylation. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Is expressed in Rohon-Beard neurons; lateral line ganglion; olfactory placode; and trigeminal ganglion. Orthologous to human PTPRD (protein tyrosine phosphatase receptor type D).

NR:

description
PREDICTED: receptor-type tyrosine-protein phosphatase delta-like

GO:

id name namespace
GO:0006470 protein dephosphorylation biological_process
GO:0004725 protein tyrosine phosphatase activity molecular_function

KEGG:

id description
K05695 PTPRF, LAR; receptor-type tyrosine-protein phosphatase F

RNA

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XM_043235268.1 False 7774 mRNA 0.46 34 11514151 11580704

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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klf3 klf12,LOC107565970,LOC107656370,LOC107754179,LOC107702350,LOC107746019 coding downstream 189813 11310593 ~ 11324338 (-)
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lap3 lap3,LOC107754151,LOC107656223,LOC107551587,LOC107746009,LOC107702362,LOC107591534 coding upstream 55443 11636160 ~ 11642208 (-)
kitb kitb,LOC107754153,LOC107656054,LOC107746005,LOC107702363,LOC107591536 coding upstream 74187 11654904 ~ 11666734 (-)
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G2631 fbxo10,si:dkey-245p14.2,LOC107702368,LOC107591540,LOC107750413,LOC107656048,LOC107754157 non-coding upstream 132727 11713444 ~ 11715227 (-)
G2632 fbxo10,si:dkey-245p14.2,LOC107656048,LOC107754157,LOC107591540,LOC107702368,LOC107750413 non-coding upstream 135416 11716133 ~ 11716935 (-)
G2634 fbxo10,LOC107754157,LOC107656048,LOC107702368,LOC107591540,LOC107750413,LOC101884743 non-coding upstream 139011 11719728 ~ 11720175 (-)
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G2584 LOC107656769,LOC107551593,LOC107746013,LOC107754144 other downstream 1318 11510439 ~ 11512833 (-)
zgc:195282 zgc:195282,LOC107591529,LOC107702293,LOC107754142,LOC108413380,LOC107656338,LOC108260812 other downstream 102438 11407565 ~ 11411713 (-)
LOC122343263 NA other downstream 117575 11395734 ~ 11396576 (-)
klhl5 klhl5,LOC107565971,LOC107754136,LOC107746020,LOC107656383,LOC107702349,LOC108412945 other downstream 221103 11242031 ~ 11293048 (-)
G2401 NA other downstream 460210 11053154 ~ 11053941 (-)
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ugt8 ugt8,LOC107745064,LOC107656191,LOC107750420,LOC107702381 other upstream 517193 12097910 ~ 12117383 (-)
gria2a gria2a,LOC107548351,LOC107702389,LOC107745055,LOC107750427,LOC108443988,LOC107655932,LOC107591557 other upstream 757245 12337962 ~ 12366108 (-)
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smim18 NA other upstream 1388376 12969093 ~ 12973012 (-)

Expression


Co-expression Network