G2790 (gria2a,LOC107591557,LOC107655932,LOC107750427,LOC107548351,LOC107702389)


Basic Information

Item Value
gene id G2790
gene name gria2a,LOC107591557,LOC107655932,LOC107750427,LOC107548351,LOC107702389
gene type non-coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056699.1
NCBI id CM032068.1
chromosome length 31761587
location 12337642 ~ 12348940 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>TU4037
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>TU4039
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>TU4040
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Function

symbol description
gria2a Predicted to enable AMPA glutamate receptor activity. Acts upstream of or within several processes, including embryonic cranial skeleton morphogenesis; mechanosensory lateral line system development; and neural crest cell development. Predicted to be located in postsynaptic membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be part of AMPA glutamate receptor complex. Predicted to be active in dendritic spine and plasma membrane. Is expressed in nervous system. Orthologous to human GRIA2 (glutamate ionotropic receptor AMPA type subunit 2).

NR:

description
PREDICTED: glutamate receptor 2-like isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU4037 True 11278 lncRNA 0.36 2 12337642 12348940
TU4039 False 9650 lncRNA 0.38 2 12337642 12348940
TU4040 False 9514 lncRNA 0.46 3 12337642 12348940

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC122342830 NA coding upstream 5740 12328136 ~ 12331902 (+)
LOC122351007 NA coding upstream 15184 12318615 ~ 12322458 (+)
med28 med28,LOC107702388,LOC107656902 coding upstream 25127 12310519 ~ 12312515 (+)
spock3 spock3,LOC107702382 coding upstream 181064 12130310 ~ 12156578 (+)
prss12 prss12,LOC107551563,LOC107656290,LOC107754187,LOC107750419,LOC107591549,LOC107702379 coding upstream 379486 11927441 ~ 11958156 (+)
pax5 pax5,LOC107702396 coding downstream 200988 12549928 ~ 12590890 (+)
anxa5b anxa5b,LOC107709458,LOC107671923,LOC107548361,LOC107702401 coding downstream 532179 12881119 ~ 12887654 (+)
zmynd10 zmynd10,LOC107702405 coding downstream 550686 12899626 ~ 12905289 (+)
gtf2e2 gtf2e2,LOC107671915,LOC107548363,LOC107750445,LOC107702408 coding downstream 617825 12966765 ~ 12977670 (+)
si:dkey-92j12.5 LOC107757600,LOC107709437,LOC107709438,LOC107548306 coding downstream 736909 13085849 ~ 13123735 (+)
G2782 NA non-coding upstream 47176 12290122 ~ 12290466 (+)
G2767 LOC107548350,LOC107745058 non-coding upstream 86864 12248498 ~ 12250778 (+)
G2711 NA non-coding upstream 415277 11920739 ~ 11922365 (+)
G2648 NA non-coding upstream 488365 11848131 ~ 11849277 (+)
G2651 NA non-coding upstream 489630 11793561 ~ 11848012 (+)
G2806 NA non-coding downstream 41172 12390112 ~ 12392194 (+)
G2791 NA non-coding downstream 43670 12392610 ~ 12395729 (+)
G2820 NA non-coding downstream 77605 12426545 ~ 12437258 (+)
G2821 NA non-coding downstream 90792 12439732 ~ 12440108 (+)
G2847 NA non-coding downstream 148701 12497641 ~ 12497869 (+)
LOC122350793 zbtb5,LOC107656143,LOC107702373,LOC107591545 other upstream 493582 11837606 ~ 11844060 (+)
tmem192 tmem192,LOC107754158,LOC107551580,LOC107656254,LOC107591541,LOC107702369,LOC107750450 other upstream 554572 11773956 ~ 11783070 (+)
fbxo10 fbxo10,si:dkey-245p14.2,LOC107656048,LOC107702368,LOC107754157,LOC107591540,LOC107750413 other upstream 612742 11711940 ~ 11724900 (+)
LOC122347856 cpe,LOC107745061,LOC107548348,LOC107591555,LOC107702282,LOC107750458 other upstream 1356286 10844956 ~ 10981356 (+)
tlr3 tlr3,LOC107754132,LOC107562740,LOC107656973,LOC107746023,LOC107702346 other upstream 1847558 10483640 ~ 10490084 (+)
kdm4c kdm4c,LOC107702398,LOC107548355,LOC107570226,LOC107655842,LOC107750465,LOC107709452 other downstream 295739 12644679 ~ 12658507 (+)
dnah6 dnah6,LOC106610484 other downstream 310322 12659262 ~ 12724458 (+)
rhoh rhoh,LOC107548321,LOC107598269,LOC107757583 other downstream 854119 13203059 ~ 13205716 (+)
slit2 slit2,LOC107700301,LOC107695646 other downstream 1167268 13516208 ~ 13585981 (+)
G3187 gatb,LOC107695556,LOC107695902 other downstream 1765491 14114431 ~ 14118433 (+)

Expression


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