ctnnd1 (ctnnd1,LOC107664559,LOC107746596,LOC107674216,LOC107730519)


Basic Information

Item Value
gene id ctnnd1
gene name ctnnd1,LOC107664559,LOC107746596,LOC107674216,LOC107730519
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056699.1
NCBI id CM032068.1
chromosome length 31761587
location 20377317 ~ 20401716 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

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Function

symbol description
ctnnd1 Predicted to enable cadherin binding activity. Acts upstream of or within cell migration involved in gastrulation; mesodermal cell migration; and posterior lateral line neuromast primordium migration. Predicted to be located in cell junction. Predicted to be active in several cellular components, including adherens junction; nucleus; and plasma membrane. Human ortholog(s) of this gene implicated in blepharocheilodontic syndrome 2. Orthologous to human CTNND1 (catenin delta 1).

NR:

description
PREDICTED: catenin delta-1 isoform X1

GO: NA

KEGG:

id description
K05690 CTNND1; catenin (cadherin-associated protein), delta 1

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC122349798 NA non-coding upstream 301760 20703476 ~ 20718890 (-)
timm10 timm10,LOC107674252,LOC107746912,LOC107556822 other downstream 8206 20367129 ~ 20369111 (-)
zdhhc5a zdhhc5a,LOC107730508,LOC107551501,LOC107746524,LOC107674225,LOC107556824,LOC107664565,LOC108412478 other downstream 64369 20289317 ~ 20312948 (-)
si:dkey-9i23.16 NA other downstream 236738 20137035 ~ 20140579 (-)
cdk2ap2 cdk2ap2,LOC107684972 other downstream 838171 19535964 ~ 19539146 (-)
znf827 znf827,LOC107550613,LOC107684451,LOC107742547 other downstream 2496900 17811459 ~ 17880417 (-)
G4958 NA other upstream 282126 20683842 ~ 20686740 (-)
ctnna2 ctnna2,LOC107689479 other upstream 504454 20906170 ~ 21410571 (-)
si:dkey-37g12.1 LOC107692174,LOC107711524 other upstream 1147901 21549617 ~ 21564077 (-)
G5104 NA other upstream 1316423 21718139 ~ 21766284 (-)
G5108 NA other upstream 1322671 21724387 ~ 21772762 (-)

Expression


Co-expression Network