tspan5b (tspan5b,tsn5,LOC107692617,LOC107557938,LOC107758863,LOC108441323,LOC105893813,LOC103360687,LOC104950293)


Basic Information

Item Value
gene id tspan5b
gene name tspan5b,tsn5,LOC107692617,LOC107557938,LOC107758863,LOC108441323,LOC105893813,LOC103360687,LOC104950293
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056699.1
NCBI id CM032068.1
chromosome length 31761587
location 7651722 ~ 7660532 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>XM_043245976.1
GTGACTCTCAAGCTTTATTTGCAGTGGAGCGCTCGTCCCGTTATtctctgtaattatttttatgaacattttggGGGTTTTTCTAATAGACGCATCACTGATTTAAGCGAAATAGGCAAAGCCCACCGTGGCATTGCCTGCCAATCTGTAGAAATGTCATAAATATGGTGTAAAAGGAAGAAGCGAGTTTTCCAGTCGGTGGgcgattttttttctccatcattAATAATCACCGGGAGGAATTTCTCCGTTTTAACAAACGCAAGTATGTCAGGAAAACATTTCAACGTGCACGAAGTGGGCTGTTGCATCAAATACTTCATATTTggatttaatattatattttggCTGCTGGGGGTGGCGTTCCTGTCCGTGGCTCTGTGGGCCTGGAGTGAGAAGGGGGTTCTGTCCAACATATCCTCCATCACAGACCTGGGTGGGTTTGACCCAGTGTGGCTGTTTCTCGTGGTTGGTGGAGTGATGTTCGTGCTTGGCTTCGCGGGATGCATCGGCGCTCTGAGGGAAAATTCCTTTCTGCTTAAGtttTTTTCCGTTTTTCTGGGAATCATATTTTTCCTGGAGTTGACCGCGGGAGTCTTGGCGTTTGTCTTTAAGGACTGGATTAAAGACCAGCTCAAGTTCTTCATCAACAACAATATTAGAGCATACAGAGATGACATTGACCTACAGAATCTCATCGACTTCACACAAGATTATTGGGAGTGTTGTGGAGCTTTTGGGCCTGAAGACTGGAATCtgaatatttactttaattgtACTGACACTAATCTGAGCAGAGAGAAATGTGGCGTTCCCTTTTCCTGCTGCACCAAGGACCCTGCTgagGATGTGATAAACACACAATGCGGATATGACATTAGAGCGAAAGACGACAACGAACAGAAGATGTTTATACACACAAAAGGATGTGTACCACAGTTTGAGAAATGGTTACAGGAGAATTTAACCGTAGTTGCCGGAATCTTCATAGGAATTGCACTTCTGCAGATATTTGGGATCTGCTTGGCACAGAATCTTCTGAGCGACATCGAGGCGGTCAGAGAGAGCTGTTTGTTCACCTGAAGCTCTCGAGCCTTTCTGCAGCAAGATCCTCCATTTCTCTGTCAGTCAGCAACAGGGTTGGCACATTGTCATCGCAGTATCCTAGCAACCAGTGAGGGATTCCATTCACATAACTCCTTTATATTTCAACGTACAGCAAGATCTTCATGTTTTGCTTCGATCAACTCATTTAAGTGCGGAATTCAACAGCATTAACATGGCTCAGTTGTCGACCTTAAGAAACCcataaagaaatagtttaccAATAACTGAAAATTACTTATCGTCAGGCTATCCGAGATATGGATGAGTTTGTTACTTCATCAGAATagatttgaatgaaatgtagcatcacatcacttgctcaccaatggatcatccgcagtgaatgggtgccgtcagaatgagagccgaAAAAACGCCTTAaaaaacatcacgataatccacaagtaatccacataaCTCCACTCTATCAATCAACATCTTGTGGAGTAAAACGTTGCGTGTTTTAACCGTTGCTTCTGGACAAATTGCCATCGTTCGTGATaacacttcacaagacattaatttgATGAGTCAAAGCAGTTTGAGctctcaatctgacggcacccgttcactacccatttcagcaaataaacatttttgggtgaactattcctttaaggccaTTTGCATTCTGTCTGTAACATTTTGCGTACAGTATATATCCTTCAGATGAGCGTATTTGACACAATAAGCATTGCATTTTGAGAGTTAAGATTAATGCGACTAAAAACCTATTGGCTAGAAGATGCAATGTTTCAGTTAATGAGTTGTTTAGGCAAATGCAAGCAAGCTCAGTGTTTATTAGTTCCGAATGAGTCTGtgcacttttttgcattttctgcattgtttgtagggaaaaaaaatctgcgtAATTCTGCAGAACGGATATCGAAATGATAAAAACGTCTTTGTTAATGCTAAGAATACTATAGTTCTATTGGTAGTTAATTACTTGAGCAAATTAGGCTAAGTATTTATTACTTGAGAGAGATGTGTAGAATTCTGTGGAAATCGGACCCAGTTTTAGTGACACGGTAGTATCCTGGAGAGTGTGTTAAACGAAGTGTTACTGTCTACTTCACACTACACGAGTGTTTGACTCACATTACGACTTTCAAATGTACATAAACCATcgagatgtttttgtttattttgcccACATTGTCAGATTGTGTGTATATTACCTGTTTAATGGATTTTATAAAACACTTGCTTTTGAAACTAAGGGAAAATGCACTGCATGCTTATTGGAATAACACTACATTTTCCCAAGGCGTTCAGctatatgaagatatttttgtgaATCGCTATGTTTATCTGTACTGGATTTTCAAATTATAGCCACTGTGTAAGTAATGGTGTCactagaatgtgtttttttttttttttttttaaacattagcaCTGAGATTTTGCCAGATTGATTCAGATTGTGGTGTAATGGGTATGTGGGTGAGTTTcatgtccaaaaaaaataaatagaaagaaaaataagcttatttttcttaacatttaaGCACGTCTTTCCCTTTTAATTCTCAGTGCTATAATATCATACACATCTGtatctatttaatttcataaactTTATATGAGAGTATAAGTCATATTCTgtcatttctgagaaaaaaaaattcagacagTATAATTTTCAGTAGAGTGAGATGTGAATTGCAAATAACTTGGCAATGCtactcaaaaaatattaatggttcaaaaaaagcttaatgtaattatgattcaaatgaaaaaaaattgtggtatttaatgatttaatgcaTCTGCCAAAAGCATGAACTTAAAAGGGATGGACTATAATTGGAACATATTATGAGATTCacccatatacatatatatggtattaaatcatcaaatatttctgaaatcaTGGTGTCTTTACCAGAAAGATGACAAGAATGTTTTGCTTTGATTGTGAAATGAATCTGCAGCCTGTTATAGTGGTTTTGTGACTTTTGTAAAACTGGGATTGTGAGATTATTTGAAACACAAGCTGATTTAATGAATCCCTATGGTCGTGATAATGCCTTTTCACTTTCCTGATGTGAGTAACCCTTCATAtgtcataattttaattttttttttttaagttttggaCAGTCTTGGTGAAAGGTAAAAACACTAACTGGTTTTGCAGTATGTGCACAGTAAAACTGGAGAACAGGGACGTTTTGGTATTAAAAATATGCAGGTCTAAACGtatccctttttttctttgtctagCACTTATCTAGCCTGAGTTTTAGCTTATGCAGTGTCCAGCTTGAACTTTTCGTACCTTGTTGACTGGAAATcccataaaaatatgattaaatattggcatatttttcaaaaaactaATCATATTGTATAATCATGTTGTTATcagaaaattgtgtttttctgaGTAAGAATTATAAAACTTTAGCAGTATAGTTATTGTCTTAGCTGTAAACGGGCTACAAATATTGCCACAatacttaagaaaaaaaaaggaggtgGGTCTGCATTGGccagaaatgtattttgtttttattcttattttccctgtttctgtgtcatttcttaatattaattttacatgaccttatttaacaaatgtaataaacaattTAGATTGTTTCCCAAGATGGTGGTATTGGAAACAAtaaattttatatgtttttgtatgcGTGGTAA
>XM_043245977.1
GTGACTCTCAAGCTTTATTTGCAGTGGAGCGCTCGTCCCGTTATtctctgtaattatttttatgaacattttggGGGTTTTTCTAATAGACGCATCACTGATTTAAGCGAAATAGGCAAAGCCCACCGTGGCATTGCCTGCCAATCTGTAGAAATGTCATAAATATGGTGTAAAAGGAAGAAGCGAGTTTTCCAGTCGGTGGgcgattttttttctccatcattAATAATCACCGGGAGGAATTTCTCCGTTTTAACAAACGCAAGTATGTCAGGAAAACATTTCAACGTGCACGAAGTGGGCTGTTGCATCAAATACTTCATATTTggatttaatattatattttggGGGGTTCTGTCCAACATATCCTCCATCACAGACCTGGGTGGGTTTGACCCAGTGTGGCTGTTTCTCGTGGTTGGTGGAGTGATGTTCGTGCTTGGCTTCGCGGGATGCATCGGCGCTCTGAGGGAAAATTCCTTTCTGCTTAAGtttTTTTCCGTTTTTCTGGGAATCATATTTTTCCTGGAGTTGACCGCGGGAGTCTTGGCGTTTGTCTTTAAGGACTGGATTAAAGACCAGCTCAAGTTCTTCATCAACAACAATATTAGAGCATACAGAGATGACATTGACCTACAGAATCTCATCGACTTCACACAAGATTATTGGGAGTGTTGTGGAGCTTTTGGGCCTGAAGACTGGAATCtgaatatttactttaattgtACTGACACTAATCTGAGCAGAGAGAAATGTGGCGTTCCCTTTTCCTGCTGCACCAAGGACCCTGCTgagGATGTGATAAACACACAATGCGGATATGACATTAGAGCGAAAGACGACAACGAACAGAAGATGTTTATACACACAAAAGGATGTGTACCACAGTTTGAGAAATGGTTACAGGAGAATTTAACCGTAGTTGCCGGAATCTTCATAGGAATTGCACTTCTGCAGATATTTGGGATCTGCTTGGCACAGAATCTTCTGAGCGACATCGAGGCGGTCAGAGAGAGCTGTTTGTTCACCTGAAGCTCTCGAGCCTTTCTGCAGCAAGATCCTCCATTTCTCTGTCAGTCAGCAACAGGGTTGGCACATTGTCATCGCAGTATCCTAGCAACCAGTGAGGGATTCCATTCACATAACTCCTTTATATTTCAACGTACAGCAAGATCTTCATGTTTTGCTTCGATCAACTCATTTAAGTGCGGAATTCAACAGCATTAACATGGCTCAGTTGTCGACCTTAAGAAACCcataaagaaatagtttaccAATAACTGAAAATTACTTATCGTCAGGCTATCCGAGATATGGATGAGTTTGTTACTTCATCAGAATagatttgaatgaaatgtagcatcacatcacttgctcaccaatggatcatccgcagtgaatgggtgccgtcagaatgagagccgaAAAAACGCCTTAaaaaacatcacgataatccacaagtaatccacataaCTCCACTCTATCAATCAACATCTTGTGGAGTAAAACGTTGCGTGTTTTAACCGTTGCTTCTGGACAAATTGCCATCGTTCGTGATaacacttcacaagacattaatttgATGAGTCAAAGCAGTTTGAGctctcaatctgacggcacccgttcactacccatttcagcaaataaacatttttgggtgaactattcctttaaggccaTTTGCATTCTGTCTGTAACATTTTGCGTACAGTATATATCCTTCAGATGAGCGTATTTGACACAATAAGCATTGCATTTTGAGAGTTAAGATTAATGCGACTAAAAACCTATTGGCTAGAAGATGCAATGTTTCAGTTAATGAGTTGTTTAGGCAAATGCAAGCAAGCTCAGTGTTTATTAGTTCCGAATGAGTCTGtgcacttttttgcattttctgcattgtttgtagggaaaaaaaatctgcgtAATTCTGCAGAACGGATATCGAAATGATAAAAACGTCTTTGTTAATGCTAAGAATACTATAGTTCTATTGGTAGTTAATTACTTGAGCAAATTAGGCTAAGTATTTATTACTTGAGAGAGATGTGTAGAATTCTGTGGAAATCGGACCCAGTTTTAGTGACACGGTAGTATCCTGGAGAGTGTGTTAAACGAAGTGTTACTGTCTACTTCACACTACACGAGTGTTTGACTCACATTACGACTTTCAAATGTACATAAACCATcgagatgtttttgtttattttgcccACATTGTCAGATTGTGTGTATATTACCTGTTTAATGGATTTTATAAAACACTTGCTTTTGAAACTAAGGGAAAATGCACTGCATGCTTATTGGAATAACACTACATTTTCCCAAGGCGTTCAGctatatgaagatatttttgtgaATCGCTATGTTTATCTGTACTGGATTTTCAAATTATAGCCACTGTGTAAGTAATGGTGTCactagaatgtgtttttttttttttttttttaaacattagcaCTGAGATTTTGCCAGATTGATTCAGATTGTGGTGTAATGGGTATGTGGGTGAGTTTcatgtccaaaaaaaataaatagaaagaaaaataagcttatttttcttaacatttaaGCACGTCTTTCCCTTTTAATTCTCAGTGCTATAATATCATACACATCTGtatctatttaatttcataaactTTATATGAGAGTATAAGTCATATTCTgtcatttctgagaaaaaaaaattcagacagTATAATTTTCAGTAGAGTGAGATGTGAATTGCAAATAACTTGGCAATGCtactcaaaaaatattaatggttcaaaaaaagcttaatgtaattatgattcaaatgaaaaaaaattgtggtatttaatgatttaatgcaTCTGCCAAAAGCATGAACTTAAAAGGGATGGACTATAATTGGAACATATTATGAGATTCacccatatacatatatatggtattaaatcatcaaatatttctgaaatcaTGGTGTCTTTACCAGAAAGATGACAAGAATGTTTTGCTTTGATTGTGAAATGAATCTGCAGCCTGTTATAGTGGTTTTGTGACTTTTGTAAAACTGGGATTGTGAGATTATTTGAAACACAAGCTGATTTAATGAATCCCTATGGTCGTGATAATGCCTTTTCACTTTCCTGATGTGAGTAACCCTTCATAtgtcataattttaattttttttttttaagttttggaCAGTCTTGGTGAAAGGTAAAAACACTAACTGGTTTTGCAGTATGTGCACAGTAAAACTGGAGAACAGGGACGTTTTGGTATTAAAAATATGCAGGTCTAAACGtatccctttttttctttgtctagCACTTATCTAGCCTGAGTTTTAGCTTATGCAGTGTCCAGCTTGAACTTTTCGTACCTTGTTGACTGGAAATcccataaaaatatgattaaatattggcatatttttcaaaaaactaATCATATTGTATAATCATGTTGTTATcagaaaattgtgtttttctgaGTAAGAATTATAAAACTTTAGCAGTATAGTTATTGTCTTAGCTGTAAACGGGCTACAAATATTGCCACAatacttaagaaaaaaaaaggaggtgGGTCTGCATTGGccagaaatgtattttgtttttattcttattttccctgtttctgtgtcatttcttaatattaattttacatgaccttatttaacaaatgtaataaacaattTAGATTGTTTCCCAAGATGGTGGTATTGGAAACAAtaaattttatatgtttttgtatgcGTGGTAA

Function

symbol description
tspan5b Predicted to be involved in protein localization to plasma membrane and protein maturation. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be integral component of plasma membrane. Orthologous to human TSPAN5 (tetraspanin 5).

NR:

description
PREDICTED: tetraspanin-5-like

GO:

id name namespace
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG:

id description
K17345 TSPAN5; tetraspanin-5

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_043245976.1 True 3783 mRNA 0.37 9 7651722 7660532
XM_043245977.1 False 3732 mRNA 0.36 8 7651722 7660532

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
snx8b snx8b,LOC107692712,LOC107758890,LOC107565397,LOC107665942,LOC107723171 coding upstream 27906 7615995 ~ 7623816 (+)
LOC122351150 LOC107692714,LOC107577730 coding upstream 89435 7560832 ~ 7562287 (+)
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LOC122350276 eif3b,LOC107692621,LOC107758884,LOC105890332 coding upstream 104042 7540403 ~ 7547680 (+)
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slc24a2 slc24a2,LOC107692616,LOC107758891,LOC107665969,LOC107564132,LOC107557960,LOC108441320 coding downstream 2803 7663335 ~ 7680372 (+)
saraf LOC107758892,LOC107557959,LOC107665975,LOC107692614 coding downstream 20338 7680870 ~ 7684601 (+)
xpa xpa,LOC107758894,LOC107565010,LOC107692611,LOC107557957,LOC107723178 coding downstream 26843 7687375 ~ 7690927 (+)
LOC122343081 LOC107723175,LOC107692611,LOC107565010,LOC107665966,LOC107758893,LOC107557956 coding downstream 35879 7696411 ~ 7704131 (+)
stra6l stra6l,LOC107564087,LOC107665941,LOC107692609,LOC107758896,LOC107557952 coding downstream 71256 7731788 ~ 7738618 (+)
G1698 NA non-coding upstream 3098 7647889 ~ 7648624 (+)
G1697 NA non-coding upstream 23411 7624948 ~ 7628311 (+)
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G1677 NA non-coding upstream 69632 7513555 ~ 7582090 (+)
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G1750 LOC107692600 non-coding downstream 147771 7808303 ~ 7809221 (+)
G1753 NA non-coding downstream 150451 7810983 ~ 7811354 (+)
mpc2a LOC107564279,LOC107692629,LOC107665976,LOC108258922 other upstream 499502 7146873 ~ 7152220 (+)
LOC122351737 lratb,LOC107758869,LOC107590749,LOC107665934,LOC107714130,LOC108439370,LOC108258974 other upstream 791452 6846500 ~ 6860270 (+)
G1447 fga,LOC107692636,LOC107565125,LOC107714149,LOC107758872,LOC108439170 other upstream 806174 6711635 ~ 6845548 (+)
rgs11 rgs11,LOC107692642,LOC107590769,LOC107722934,LOC107714145 other upstream 869581 6771486 ~ 6782141 (+)
G1414 NA other upstream 1114765 6533502 ~ 6536957 (+)
spink4 LOC107758865,LOC107692710,LOC107723196,LOC107565379 other downstream 59733 7720265 ~ 7721425 (+)
pcdh10a pcdh10a,LOC107751533,LOC107557555,LOC107746446 other downstream 294179 7954711 ~ 7985615 (+)
cxcl8a LOC107714205,LOC107702289,LOC107562973,LOC107692705,LOC107565350 other downstream 946293 8606825 ~ 8607785 (+)
ppp2r2ca ppp2r2ca,LOC107692591,LOC107563918,LOC107742501,LOC108241547,LOC106531115 other downstream 962626 8623158 ~ 8634399 (+)
stim2a stim2a,LOC107742493,LOC107563819,LOC107656659,LOC107702263,LOC107714208,LOC107562986,LOC108441330 other downstream 1039908 8700440 ~ 8705873 (+)

Expression


Co-expression Network