LOC122353167 (wrn,LOC107715857,LOC107573262,LOC107758726)


Basic Information

Item Value
gene id LOC122353167
gene name wrn,LOC107715857,LOC107573262,LOC107758726
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056708.1
NCBI id CM032077.1
chromosome length 16503406
location 4823464 ~ 4867579 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

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Function

symbol description
wrn Predicted to enable 3'-5' DNA helicase activity and four-way junction helicase activity. Predicted to be involved in chromosome organization; double-strand break repair via homologous recombination; and multicellular organism aging. Predicted to act upstream of or within DNA replication and nucleobase-containing compound metabolic process. Predicted to be active in chromosome; cytoplasm; and nucleoplasm. Human ortholog(s) of this gene implicated in Werner syndrome; breast cancer; coronary artery disease (multiple); diffuse scleroderma; and senile cataract. Orthologous to human WRN (WRN RecQ like helicase).

NR:

description
PREDICTED: Werner syndrome ATP-dependent helicase homolog

GO: NA

KEGG:

id description
K10900 WRN, RECQL2; werner syndrome ATP-dependent helicase

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_043251098.1 False 5067 mRNA 0.44 36 4823464 4867579
XM_043251099.1 False 5046 mRNA 0.44 36 4823464 4867579
XM_043251100.1 False 5027 mRNA 0.44 36 4823464 4867578
XM_043251101.1 False 5087 mRNA 0.44 36 4823464 4867567
XM_043251102.1 True 5111 mRNA 0.44 36 4823464 4867567
XM_043251103.1 False 4998 mRNA 0.44 36 4823464 4867579
XM_043251104.1 False 3829 mRNA 0.45 32 4833626 4867579

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC122352396 tln1,LOC107715875,LOC107670039 coding downstream 196423 4590288 ~ 4627041 (-)
nrg1 nrg1,LOC107575152,LOC107681480 coding downstream 415527 4358660 ~ 4407937 (-)
sh2d4a sh2d4a,LOC107715862,LOC107665475,LOC107740790,LOC107564121 coding downstream 573521 4241301 ~ 4249943 (-)
ppip5k2 ppip5k2 coding downstream 622076 4167022 ~ 4201388 (-)
macir zgc:194281,cunh5orf30,LOC107665462,LOC107740794,LOC107715868,LOC107670048,LOC107564120 coding downstream 659350 4155404 ~ 4164114 (-)
ubxn8 ubxn8,LOC107715867 coding upstream 38302 4905881 ~ 4911182 (-)
LOC122352400 gmip,LOC107672475,LOC107670530,LOC107757342,LOC107587992,LOC107711163 coding upstream 133105 5000684 ~ 5017151 (-)
LOC122352563 pgls,LOC107672478,LOC107711179,LOC107757376,LOC107567243,LOC107670497 coding upstream 161726 5029305 ~ 5031460 (-)
LOC122352871 LOC107711242,LOC107672448,LOC107588011,LOC107757354,LOC107670494,LOC107567230 coding upstream 182419 5049998 ~ 5053764 (-)
ywhah ywhah,LOC107562560,LOC107713377,LOC107688000,LOC107555530 coding upstream 380581 5248160 ~ 5252719 (-)
G74819 NA non-coding downstream 143232 4679703 ~ 4680232 (-)
G74768 NA non-coding downstream 281683 4092043 ~ 4541781 (-)
G74770 NA non-coding downstream 288382 4085753 ~ 4535082 (-)
G74769 LOC108276716,LOC108427282,LOC107102752 non-coding downstream 291228 4081576 ~ 4532236 (-)
G74803 LOC107715875,LOC107737170,LOC107568645,LOC107670039,LOC107702558 non-coding downstream 312522 4510546 ~ 4510942 (-)
G74858 ppp2cb,zgc:56064,LOC105021738,LOC107758729,LOC107728270 non-coding upstream 24015 4891594 ~ 4897087 (-)
G74861 NA non-coding upstream 36398 4903977 ~ 4904469 (-)
G74869 NA non-coding upstream 59626 4927205 ~ 4927617 (-)
G74915 NA non-coding upstream 93991 4961570 ~ 4962233 (-)
G74935 NA non-coding upstream 190935 5058514 ~ 5059679 (-)
LOC122352741 diras2,LOC107560410,LOC107736992,LOC107702570,LOC107558266,LOC107715878,LOC107670053 other downstream 910722 3905614 ~ 3912742 (-)
hnrnpd LOC107702593,LOC107715890,LOC107573849 other downstream 1215676 3601612 ~ 3607788 (-)
LOC122353137 palm2,LOC107702598,LOC107715893,LOC107732273,LOC107653494,LOC107569382 other downstream 1445680 3337339 ~ 3377784 (-)
LOC122352587 cntfr,LOC107554853,LOC107756542 other downstream 2056269 2717097 ~ 2767195 (-)
LOC122352692 NA other downstream 2626035 2194085 ~ 2197429 (-)
LOC122352369 colgalt1,LOC107672476,LOC107711180,LOC107757371,LOC107670492,LOC107567242,LOC108429625,LOC107587993 other upstream 151728 5019307 ~ 5028513 (-)
si:ch211-113d22.2 si:ch211-113d22.2,LOC107677989,LOC107705073,LOC107586211,LOC107688532 other upstream 1670543 6538122 ~ 6540973 (-)
sprn2 LOC107578968,LOC107720715 other upstream 1760846 6628425 ~ 6631188 (-)
G75454 LOC107552069,LOC107678002,LOC107586137,LOC107687386,LOC107742371,LOC108437806 other upstream 2309745 7177324 ~ 7180821 (-)
LOC122352929 LOC107675999,LOC107677996,LOC107552059,LOC107720693 other upstream 2656615 7524194 ~ 7528558 (-)

Expression


Co-expression Network