G78195 (atp2b2,slc6a1b,slc6a1,LOC107561799,LOC107570616,LOC107670967,LOC107746710,LOC107570615,LOC107697564)


Basic Information

Item Value
gene id G78195
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gene type misc
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056709.1
NCBI id CM032078.1
chromosome length 24513629
location 599107 ~ 794136 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

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>TU115727
tatatatatatatatatatatatatatatatttttttttttttcagatacaATCAGATACAATTCAATTCTAACctacaactgtatttttaatacattaattacatGTAATATCAAATTAACACGGTGGTGTTGAAACATTGGGATGCCAAATCTTGAATTATCACTTAAATCATATCCTCTGGTAACaccctttcttcttctttttctttttttagaaagacTAATATCTTGCATATGAAATATAGATTAACCCTAGAACATCGCTGGATAGATTTTTTGGACCCTATGTATATATGTACCAAAACAATTCAAACTGTAATCAGGTTGGTTTTCCCTCGGAGGTAGGTGAATATACTCTAGACATGGAAGTCCTTGGTTGTGATCAACCGTGATTactcttttattctctctctgaACGTTGACCTTTGATCATCCGGGGTGAAGCAAGGGGAGGGCGGTTAGATGTAGGCCTCGTCATTGGCTGGAGCGGGGTTTTCAGGCTGCTGTTCTGGCCCGTTCTCTTGAGGCCGAACCACCGTCGTGGGCTGAGTCATTATCCGAAGGCGCTGCGAAAGAGAAGGAAAATCATCATCGAGTATTCCTTCAGCGCTGAACAAAGCAGGTACAAATGCATGAAAGCACAAATCAAGACCCTGGATCGTTACAATTAGGAAATCAAGACGCAATTGAAGCCAAATCCCAACTTTGGCGGCCCTGGGGGGGAACCTGTGCTTCAAGTGTGTCAGGGATTATTACAAGCTGCATCCACGACATTCGTGCTGAACTGGAACTGGGGCTCTTTGTTCCTAATTGCTAGTCTCAGAAACATGATTCAGAGATGGAGAGGTACTCTTCATACGGCGAAAAATACTCCCGTGATAAAAGCTCCTGTCTAATTCGTTCAATCAGTCCAAGTCGCTGATTGCGTGCTCAAATGGCACGAACTGACGACTAATTGACGCAATTAGAATGAATCCAATGGCCACGGAATAGGAACAGTGCATGCTTCACCCCATGCTGAAACATCTGCATTAATAATGCACGCAATCTAAATCAATTACTCCGTCGTCAGTGGAGATACTTTCATGTTCCCTGACAGATGCACCTGTGGCTGAGGGGAAAAAGCAAGCGTTACCTCTTTATATGAGCCCTTCAGGGTGAGGAACATGTAGCCCATGTATCCCGGGATAAGAACCATGGACGACAAGGCCATGCACCAACCCACACCTTGCCCCCACTTTGGGAACACGTAATTGTTCATGGTAAGAGGAACCATCTGAACGGCGCTGAAGAGGAACACGCCCTACGACAGAAGGAACAAACAGTCAGACCGTGCTTCCACTTTAGGAACGCTTCCAGCACACAAAGACACCATAAAAGCGCCTACCGCCACAATCAGAGGGGTGAATACGACCCAGCACAGCTTCCACCAAATGCAGGGCTTGTATCCAATCATCTCCTCGATATTGCCATAGAATTTATTGACACCTGCGGTAAGCACAGAATAAAAATCACGGGGAGAGCTGAATCATATGCATTCAGCAAAACAATGCACGGGTGAGGATTATCGCCGGCCGGAGGTCTGCTGTATGTGCGCCCCTTCATAAATGCAAATAGAGAATCATGCTGTAGTTTGCATAATCAGGCCTGCCATGCACAACAATTAAGATTCTACAGGTTCATATTCATTCGGATCAACTGAGTGTGGAAATGAGTCTGGCAGCGAGATTAGCATGAATTAGAAAGATCTTTGATAATCATTAGCATGCGTTATGCGCTGTGTCTGAATGTGAAGAATAAAAAGCACATGAATTAATACCTACAAACTCTTTAAGCGAGGCATCAGCTTGCTTTTTTAGCTTACTGATTTCACTAATTCACTTTAAACGATCGTGCAGTGGAATATTCCGTGTAATAATATGAGCTCATAAATATGGCGTtcgatttctttttttgtttaaaatgcataaatgtcacGCCACAGGACACTGCAGGCAGCATCAGCTTCTCAATCTGAAATGTACCTACTGGATTATTAGAAGTTGCATATTTACCGTAGAACCAGGATATGGAGATGCATTCGAAGAACACCAGGAACAGCAGACACATTCCGCTGGCAGAATAGTAGTCAAACAGTTTGAACACATAGAGGCCACCCTGAGGAGAAAAGAATTGGCATGATTAGTGCGAGATGTGGTTCATTTACAGAAACTAGCCAGCATTAGCGAAACCAGCTTTCTCTTCCCTGCTGTGAGTCAAGATTGGCCTGAAAAGCATGTAGTATTTGGGTTAGGATTATACATAATTGCACATCCAATGGTTCAAATGGTTTCGAGCATCTCCGTCATTTGCTGCATTGCCACAAGCGCTTGTGCTCTTTATTAAGGTCAAGACGAAATGGTGTTTCACTTCTGTAATGAAAAAGTTAACTGCTTGctctgaaatgtaaaagaaaatcaagTGCACATGGATTGTATCGTGAAAAGAGTCAAGTTACTTTGAGATGTGCTGAGGAATGATACACGATAAGACCATTTACACAGTGTCGCCCAAGACACACCCACAACATCCAATTTACCATCTTCATATAGTTTTTTCTAGCTTTTATATAACAGTGTGTGTGGTTATATAGTGGTTGAGCACTCCAGAGTCGTTACATATCCCAGCAAAAACACTCAAACGTTGATCCTACTTTGGAACTTCAAGAGCTCTTATTCCGCTctctttatgtatttttaccaTATATTCCGTAACATAcgaagctttaaaataaaatcgtGATCATCCTCCATCTCTTTTCACGAGGTGATGCGAAATCCATGTAAAGAGGAGAAGCGTGTGTGCATTTACCTGTGTGATGTTCGACAGGCCAATCACATAAGACACGAGGCAGACAACAGCGATAAAGATCTCTCGTCTTCCTCGTAGCAAGCGGGGGAACTCGTCGACGAGAGCTGTGATGAATCCCTCCACCGTACAGAACTACACCggagagaggaaaaaagcatttattccgAAAGACATACATGTCAAGAACACATGGATACCTAAATGGACTGGTTGTATTCACGTCAGAAATACAGGCTGAATTTGGGCTAGCATGCTACTGTATACGCTACATTTAATGCCTGAATGAACACGCTAGACAAATATGGATGCCTGAAGACACACACTTTACCTGACTGTCAATGCCAAGCATAAGCAGCATGGAGAAGAACAGGATTGCCCAGAGCGGTGAGATGGGCAGCTGAGTGACCGCCTCTGGGTAGGCTAAGAACGCCAGTCCTGGCCCTGAGACCAAAACAGGTTTACTTAGCTTTATAATCTCTCTATTACAGCATagacacaaataaatgcaatacgATATTTAAAGGCGAAGCTGTCCAATTTGAGTCGAATCAAATATTATGACATTCGTTTATTTACAATTCACATCATCTGAGAATTTTCATATTCACAGATAAGCGTGACGTGTATTTACAGTAATCTGGGGAAAGTATGCTTCCAGCTTTGATGGTTCACGAAGCCAATTTGTCGCAATCTTTGAATGTGTCATAGAGCCGAACGTTATGTTTTTGCTTATTCCGATCAATTtaaattattgctattattgcTGAATATCAGTACAGcagattatataaaaaaaacacgagCTTATAAGGTTTTGTTTTCTAGATGCAGTTGATAAGCCATGATCACGATTTTGGACGGATGGTCTTTTGGTCTTGCTGTCGTGCTACAGTACTGTGCTATTTGattcaaaattctttttttagctCATAGCCAAATTATTACAGAAAGCGTATCAGTTCCTCCAGCGATCAGACTGAAATCCATGGTAGTTACCTGATGCAGCCACGTCTGCTATGGGCCGCTGTGTGATGTGGGCCATGAAACCTACGATAGAGAAAATGACGAATCCAGCGAACATACTGGTGAAGGAATTGATGCAGCAGACGATGATAGAATCTCTGAGAAGCAGACGAGAGCACGTAATTGTTTAGTAATCCATCATTATTCATCCGTTATTATCCGTGTGTCGTATTGAGAGCGACGAGGAGGCTTTTAATTTTACTTGAAATGCGAAATTTTCATGCGCGTGACTGATTAAAGATAACATTTGAACGCCCTTTAATAAATCTTACAGTTGCTGCATACTTGTAAACGTTATTGTTGAAAGGGTTGTAGCTCCCGAGGGCGATCAGAGAGCCCAGGCCCAGACCGTAAGAGAAGAAGATCTGAGTGGCTGCGTCAAGCCACACCTAAGAGAAAAGACGAGACGTGGTAGAAAGTCACCAAATTATACGCCTGTGAACACACGTCTATTACCGTATGATAATTACAAAGCGCTCTACCTCTGATTCTTTCAGCTTGCTGAACTCAGGCGTGACATAGAACAAAATGCCCTCTTTGGCTCCAGGCAGCGTCACTCCACGGATGAACAGAATAAACAGCATGAAGTACGGGTACGTCGCTGAGAAATATACCACCTGAAAGACACATCAACAGCCTTCAGAGAAAAAAGAATTTATCTGAAGGAAAACCGAGCCTCGTCGACAGGCCTTGATTTCTGAATTTGTCGAATAGCACCGATGTCACGGTGTTGTCTTACCTTTCCAGTCCAGCCTACGCCCTTCCAGATACAAAAATAGACCAGGACCCAGGCGATGGCCAGTGTTATTGCTAGTGGCAGCCTTATCTCTCCCGGCTTTTCCAAACCGTCAGTCAGTTGATGCATGTTACGTCTGAGCGAGAAAGGGGAACAAACATTATTAGAGAACGTAGATGTGGAATGTATATCTGTCAGCCGACGTAACCCACAAACGCTTTGAAATAGAGCCTTTCTAATTGCCGATGCAAAACATTCAGCTAGGGTTGTTTGCCAAAAATAGCACAATAGCCGCATTTTTGTGAAACAACAGCGCTTCTTTTGCACAGCCGAGGACAAAAGGAAAGTGTTTGCGTGTTGCTAGAATACGAAATTCCAGAgcgtttcag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Function

symbol description
atp2b2 Predicted to enable P-type calcium transporter activity and PDZ domain binding activity. Predicted to be involved in regulation of cytosolic calcium ion concentration. Predicted to act upstream of or within neuron differentiation. Predicted to be located in cytoplasm. Predicted to be active in intracellular membrane-bounded organelle and postsynaptic density membrane. Predicted to be integral component of plasma membrane. Is expressed in several structures, including blood; eye; heart; liver; and pleuroperitoneal region. Human ortholog(s) of this gene implicated in autosomal recessive nonsyndromic deafness 12. Orthologous to human ATP2B2 (ATPase plasma membrane Ca2+ transporting 2).
slc6a1b Predicted to enable gamma-aminobutyric acid:sodium symporter activity. Predicted to be involved in sodium ion transmembrane transport. Predicted to act upstream of or within neurotransmitter transport. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in axon and cell surface. Predicted to be integral component of plasma membrane. Is expressed in basal plate midbrain region and nervous system. Orthologous to human SLC6A1 (solute carrier family 6 member 1).
slc6a1 Enables gamma-aminobutyric acid:sodium symporter activity and sodium:chloride symporter activity. Involved in gamma-aminobutyric acid import; inorganic ion transmembrane transport; and response to inorganic substance. Is active in plasma membrane. Biomarker of temporal lobe epilepsy.

GO: NA

KEGG: NA

RNA

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Neighbor

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LOC122353727 NA coding upstream 183461 977597 ~ 980116 (-)
LOC122353725 timp4,LOC107571219,LOC107667868,LOC107564284,LOC107687318,LOC107742036 coding upstream 191207 985343 ~ 990262 (-)
mkrn2os.2 LOC107758069,LOC107687314,LOC107564281 coding upstream 246231 1040367 ~ 1043419 (-)
G78192 NA non-coding downstream 4466 592615 ~ 594641 (-)
G78167 dusp7,LOC107561798,LOC107677944,LOC107697567,LOC107712495 non-coding downstream 92466 458293 ~ 506641 (-)
G78164 NA non-coding downstream 160447 431687 ~ 438660 (-)
G78162 NA non-coding downstream 167685 430994 ~ 431422 (-)
G78150 NA non-coding downstream 326143 271740 ~ 272964 (-)
G78298 NA non-coding upstream 111671 905807 ~ 907574 (-)
G78324 pparg non-coding upstream 227340 1021476 ~ 1023810 (-)
G78327 mkrn2,LOC107675967,LOC107571211,LOC107571213,LOC107742032 non-coding upstream 255270 1049406 ~ 1049936 (-)
G78331 NA non-coding upstream 255942 1050078 ~ 1052544 (-)
G78338 NA non-coding upstream 278410 1072546 ~ 1074456 (-)
G78170 NA other downstream 143109 453134 ~ 455998 (-)
G78144 alas1 other downstream 150206 443885 ~ 448901 (-)
LOC122353669 mettl21b,LOC107684011 other downstream 193696 402940 ~ 405411 (-)
LOC122354324 arfgap1 other downstream 270068 322213 ~ 329039 (-)
LOC122353949 prph,LOC107683634,LOC107730884,LOC107696041,LOC107737370 other downstream 310161 282263 ~ 288946 (-)
LOC122353728 NA other upstream 178818 972954 ~ 974787 (-)
phactr3b phactr3b,LOC107730624,LOC107670936,LOC107722000,LOC107654794,LOC107550338,LOC103365918,LOC106955159,LOC104947949 other upstream 423083 1217219 ~ 1260090 (-)
LOC122354408 LOC107683642,LOC107737350,LOC107572058 other upstream 794568 1588704 ~ 1696787 (-)
nab2 nab2,LOC107557549,LOC107730902,LOC107696037,LOC107683651,LOC107737369 other upstream 910488 1704624 ~ 1716129 (-)
LOC122354491 gata2a,gata2,LOC107680419,LOC107744843,LOC107573143 other upstream 2019216 2813352 ~ 2816128 (-)

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