cpne5b (cpne5b,LOC107680428,LOC107555996,LOC107751002,LOC107699334,LOC107101079,LOC105027122,LOC107385564)



Basic Information


Item Value
gene id cpne5b
gene name cpne5b,LOC107680428,LOC107555996,LOC107751002,LOC107699334,LOC107101079,LOC105027122,LOC107385564
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_056709.1
NCBI id CM032078.1
chromosome length 24513629
location 3543698 ~ 3657289 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence


>XM_043252865.1
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Function


symbol description
cpne5b Predicted to enable calcium-dependent phospholipid binding activity. Predicted to be involved in cellular response to calcium ion. Predicted to be active in plasma membrane. Orthologous to human CPNE5 (copine 5).

NR:

description
PREDICTED: copine-8-like isoform X2

GO: NA

KEGG:

id description
K24523 CPNE5_8_9; copine 5/8/9

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
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LOC122354262 si:ch73-238c9.1,LOC107710444,LOC107658759,LOC107592584,LOC107745343 coding downstream 195323 3852612 ~ 3854297 (+)
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G78898 NA non-coding upstream 151908 3391564 ~ 3391790 (+)
G78886 NA non-coding upstream 252298 3288201 ~ 3291400 (+)
G78815 NA non-coding upstream 427268 3115425 ~ 3116430 (+)
G78797 NA non-coding upstream 540707 3001119 ~ 3002991 (+)
G79021 NA non-coding downstream 44456 3701745 ~ 3702033 (+)
G79022 NA non-coding downstream 46952 3704241 ~ 3726091 (+)
LOC122353534 NA non-coding downstream 88804 3746093 ~ 3747491 (+)
LOC122354703 NA non-coding downstream 89361 3746650 ~ 3746742 (+)
LOC122354704 NA non-coding downstream 89638 3746927 ~ 3747012 (+)
tmem167b tmem167b,LOC107592590,LOC107555997,LOC107699326 other upstream 152469 3386258 ~ 3391229 (+)
LOC122353713 LOC107714487,LOC107555999 other upstream 182040 3358210 ~ 3361658 (+)
camk2n1 si:dkey-33m11.6,LOC107572850,LOC107680422,LOC107555994,LOC107751034,LOC107714486,LOC107699327 other upstream 271079 3270199 ~ 3272619 (+)
G78790 NA other upstream 716904 2825539 ~ 2826794 (+)
G78763 NA other upstream 863556 2678135 ~ 2680142 (+)
nwd1 nwd1,LOC107730478,LOC107710443,LOC107658741,LOC107592553,LOC107655543 other downstream 114266 3771555 ~ 3785342 (+)
trnaq-cug_17 NA other downstream 126675 3783964 ~ 3784035 (+)
LOC122354455 LOC107710444,LOC107658759,LOC107592584,LOC107745340,LOC107556194,LOC107698002,LOC107592552,LOC107710448,LOC107658524 other downstream 139117 3796406 ~ 3929528 (+)
adgrl2a adgrl2a,adgrl2 other downstream 403640 4060929 ~ 4152591 (+)
prkacba prkacb,prkacba,LOC107745335,LOC107669012,LOC107592581 other downstream 711136 4368425 ~ 4375388 (+)

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