opn4b (opn4b,LOC107552747,LOC107739286,LOC107582762)


Basic Information

Item Value
gene id opn4b
gene name opn4b,LOC107552747,LOC107739286,LOC107582762
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056710.1
NCBI id CM032079.1
chromosome length 20499150
location 11394257 ~ 11420206 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>XM_043253224.1
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>XM_043253225.1
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Function

symbol description
opn4b Enables photoreceptor activity. Acts upstream of or within G protein-coupled receptor signaling pathway. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be integral component of plasma membrane. Is expressed in several structures, including brain; heart; integument; testis; and visual system. Orthologous to human OPN4 (opsin 4).

NR:

description
PREDICTED: melanopsin-A-like

GO:

id name namespace
GO:0007186 G protein-coupled receptor signaling pathway biological_process
GO:0007601 visual perception biological_process
GO:0007602 phototransduction biological_process
GO:0018298 protein-chromophore linkage biological_process
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0009881 photoreceptor activity molecular_function
GO:0004930 G protein-coupled receptor activity molecular_function

KEGG:

id description
K04255 OPN4, Rh2_7; r-opsin

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_043253224.1 True 6207 mRNA 0.41 11 11394257 11420206
XM_043253225.1 False 5994 mRNA 0.40 10 11394257 11420206

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ldb3b ldb3b,ldb3,LOC107749342,LOC107552745,LOC107739309,LOC108274368,LOC107698793 coding downstream 1867 11375795 ~ 11392390 (-)
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six2b LOC107749381,LOC107550038,LOC107698797,LOC107582772,LOC107700111,LOC107739330 coding downstream 174705 11217292 ~ 11219552 (-)
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myoz1b myoz1b,LOC107700112,LOC107706866,LOC107727320,LOC107582765,LOC107552748 coding upstream 108845 11529051 ~ 11534953 (-)
synpo2lb synpo2lb,LOC107706876,LOC107727319,LOC107700134,LOC107582764,LOC107552728,LOC107698791 coding upstream 116464 11536670 ~ 11550425 (-)
acsf2 acsf2,LOC107698803,LOC107706880,LOC107552752,LOC107727305,LOC107582759,LOC107675647 coding upstream 162956 11583162 ~ 11601481 (-)
tap2t si:dkey-57h18.2,LOC107582758,LOC107727316,LOC107657063 coding upstream 186818 11607024 ~ 11612294 (-)
G87414 glud1b,LOC107700126,LOC107739271,LOC107582816 non-coding downstream 75336 11316383 ~ 11318921 (-)
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G87409 NA non-coding downstream 95723 11259017 ~ 11298534 (-)
LOC122355534 NA non-coding upstream 158982 11579188 ~ 11580359 (-)
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G87489 NA other downstream 71654 11321423 ~ 11322603 (-)
LOC122355648 cox7a3,LOC107550034,LOC107582778,LOC107749383,LOC107728726,LOC108429329,LOC108273985,LOC107700119 other downstream 348368 11042888 ~ 11045889 (-)
cript cript,LOC107582781,LOC107728714 other downstream 387303 11005006 ~ 11006954 (-)
thrab thrab,LOC107584392,LOC107733455,LOC107657272,LOC108430158,LOC107665883,LOC107723634 other downstream 1454408 9311653 ~ 9939849 (-)
G87569 NA other upstream 412673 11832879 ~ 11835612 (-)
G87608 NA other upstream 528334 11948540 ~ 11951155 (-)
prr15lb prr15lb,LOC107754107,LOC107675003,LOC107565730,LOC107743781,LOC107677864,LOC107563795 other upstream 1229177 12649383 ~ 12675472 (-)
G87845 LOC107675011 other upstream 1331698 12751904 ~ 12752678 (-)
LOC122355808 LOC107684141,LOC107702421,LOC107581556,LOC107684142,LOC107708119,LOC107708127 other upstream 2004102 13424308 ~ 13432195 (-)

Expression


Co-expression Network