snx11 (snx11,LOC107734201,LOC107584079,LOC107660856,LOC106589286)


Basic Information

Item Value
gene id snx11
gene name snx11,LOC107734201,LOC107584079,LOC107660856,LOC106589286
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056710.1
NCBI id CM032079.1
chromosome length 20499150
location 8845111 ~ 8852234 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>XM_043253323.1
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>XM_043253324.1
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>XM_043253325.1
GCACGCAACAGAAGCTAAAGAAGATTACAGCGGATAAAGTTCTTACATGCAGCGCTCCACTGAGACGTCATGTAGAAAAGATCCTTCATCATTACTGACATCAGACACTATAACAGCTGAAAACAGCACCAGTGACACAGTGTTTAGATATTGGTCGTATAACCAATATCAGAAACTAATATGTATTTCTGCAACTTCcgttcaaaatatcttttatacaAGACTAACCATTGTTTTGAGattttgctttcttttgagACACCCTTTTTATACTTCCTAAATACACAtttcaatgtttattttcttaatatgtATCTATTTGTGTCtgtaatttcaattataatACATAGGCtatcttcaaaatgtttttatctaattaatttttttcctcatgcacTAAAGAAATATCAGCTTAAGCAGCACTTACCACAAACCTTCTCTTATTTATATTAAGGCTTATATATAGTTGTTAATATAGTTGTTtgttaataatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtacacaaaaatacaaagcaaatatattcaaactataaataattGTCATAGCTTTGAATcaagaaaatacaaatgaaaatatatactttatacagTTGTTGAGACCCATTTACACCATGTACTAATTCTAAGGGAAAACAGGTTTCGAAAGCACAGCAATAAATTTATCAAAACATCTAAAGTTGAACTTTGTGCTTTATGAATGATAGCCAATGATCTTTCCATAAGAACAATATTTCTAAAGTAATTGTACCATTCTTTTATTGACGGGACAAgacttttgtttaatttatttaggtaTTTTCCCCCCTATTGAATTAATAGAGTAATATGAAGAGATATCCCAAATTCcttctttaaaattttcaaatctaatacagtaataaattaaaacaaggaTTTAGACCTTTTATTCACTTTTCAGGCCAGTTGCAAAATGCTTTTAGAAGTTAGTCatctttttgtccttttatgACTGGTTAAAACTTTAATTCGGTTACATAGAAAGTTAAATACAAAGAACACGATTGATTACCCTTGGCTAACTGCTAGTTGTTCAGTCAACTGCCCCCAGATTTCAGTAAACAATtggaaataatacatattttattagcaaatgacttatttgcacatttaaacacaaaattacaaaacaactgCTTTAACTGACATGGTAAAAGGACGTTATCTATTAGTTCAAATGTTTACCATATCCACCTGAGGTATTTTACAGAGAAAAGATAAGCAATACGTATCGAAAACCTAGTCTGAAAACCCAGTGACCTTGTTTGCTCGTTTTAGCATCATAAGCGTACCCTAGATGGCAGTGTCTCGCCTCAGCTTGTTTATATATTCACAGCTGAAGAAAAACGAAACCGATCACGTTACTGCCGTATAATGTCAATAATGTTTGGCTTTTTTGTACTTCCAATCTGTATCTGTATGTGTAATACAGTCTAAGTGACATTTACGAAAAATCACAATGTATTGCGGACTGTTGGGATGAAGaTGTCCATTGTGTCGTGTTACCTCTGGTAGGATGATCAAAAGTCAAGAGCAAGatgagttCATTGCTGTGAGAGTTCAGGATCCTCGTGTTCAAAATGAAGGGTCGTGGAACTCATATGTGGACTTCAAAATTTTCCTTCATACAAACAGCAAAGCGTTCACTGCCAAAACATCCTGTGTGAGACGGAGATACAGCGAGTTTGTGTGGTTGAAgaaaaaactgcaaaagaaCGCTGGTCTGGTACCTGTTCCTGATCTCCCGAAAAAATCTTTCTTCTCATTTATTAATGATGACTTTATTGAAAGGAGGAGAAAAGGTCTTCAGAGCTTCTTGGATAAAGTGCTGCACATGACAGTATGCCTGTCAGATAGCCAGCTCCATCTTTTCCTTCAGACTCAGCTTCCTGTCAAGCACATCGAGGACTGTGTGCAGGGTCACACCCCTTACACTGTGACAGAAGCCATTCTCACTTATGCTTCCTCTAACCGTGGCTGGGTGCAGGAGGAAGGCGAAGGGGATGGCGGCCAAGAATTATGGCCCACCCCTGTTCCATATGAATCTATAGAGAGCCCTGCTCCTCACCTCCCTTCATTACAAAGTCCAGGAGCCACATCCAGTGGACCTCCAAATGAACAGATAAATGAATGTACAGATGTTTCAGACCATGAGTCGAGGCTGAGTGAAGCAGAACAGACTAGACTTGACTGCACTCAAGAGGGAGAGAGTTACATTAAACTAGTAGTTGAAGTCCACCCAAATCTTGTTGTATCTGTAGAAACCGAGGAAGAGGATGGAAACACTGGCTCAAAAGAAACGCATAAGTTTGACGAAGACGCCAAATATCTACAAAGCACTGATTGTGAATATGTAGCTCCACAGATAGACAGACTGATTGAAGACAAACTTCAGCAAGGAGATACACACAATGAAGAAGATCTTGATCAAGAAACTCATGTTGCTGAGGTTACATCAGTGGACAAAGTCTTTGAGAAGAAGACTCTTGATGATATCAATAATGCGAAGAAGGGAAGTCAGGAATTTGGACTTGAACAGGATAGCACTGTGAGACAAACCCCCGACAAGGTCCTTCATGAGGAAGATCCAGGAGTGAGGATCCATCAAAATGAAGTAACTGTTGATCTCAGTGTTGATGCTGAGAACGTACTTGAAACCGTAGAAGACAACACGCCAAAGACTGAAGATCAAGATAAAGCTGAGATAACAGAGGAACACGTGGTCCAAGAGAACGGATTCGGTGATGAAGATTTTCCTGCCCAGGAAGAGgccatgaatgaaaatgaagtgCATGTTGGGGAAGTGAACAAGCTCAATGCGAAGTGTCTTCAGCCTGACAGTGCCATTTTGATACTTGAGGGAATTGAGGAAGCGGTAAGCACGCAAGCGGCCCCCGTGACAGAGACTGTCAGTAACCTCGGTGACAGTACTGCTGATGTCAACAAGCTTGTTTTACAAGCCATAGAGATGGATTCGATTCAGTGTCACGAGACAGACAGTCTAACTATCATCGCTACCCACCAACCAGATGCTAATTCCCATGAGTCATGAATAGGACAGAGTTATCAAAGTCCTCCTTTCAGCTCTTTCCCAGTCAACATCCAAGATGTTTTTCTACTTTGTGAGTGAGTGCATGTAACTGTTTTCTGCATTGATCCACTGTTGAGTTGTGTTCAGTTACAGACTGTTTACAGAAGATACACTGAATGATTAGACCAGGCTTTAGTTTTTCCCCTACGAACAATGTGAACAAACACAGATAATGCACTAACTAATGTGCCATTCAGGATTGTGAGCAAATTGCACGAGCAACGAAAAGTTATGAATCCATAGTAGCGAGTGTGAAAATGCAGCGTATATCACTACGGCACCCTTATTCTAATATTCACCATtcttaatcaaaatatttctcTTGTTTGTGTAATTTTAGCAGCAGGGATTACCTCATTACATGTCGCTGATCCATTTTAGCAAAACCAGATTTCGACTTTCTAAAggcacttcctttttttttctcccaactGTAAAAACATGTTGCTCTCACATGTTAGCTCTACTTGAACTTTGGGTAATTTTAAGGAATAGTTTGGTCccaatttaaattctgtcaacTTTTCTCACCCCCGTGTTCTTCCATACCCTAATGGGTGTCTTGTGTGGAGCACAGGATGATATTCGGAAAGATGTCTTTTCtgtccagtgttgttttggacccAGCTTAATTTCACTGTATAGTTGAAACATTATTCTAAGtatcttcttttgtattttaataaatgtacaaaaatcacAAGGGTGAGTAAGTGATGACAGGATGTTTAGTGGTAGTGTGGCTGttaagagtaatttttttttttttatacttcagGTCTTTGATATCTAATTTCATTGTTGCTTAATTTATGATCAGAACACTAATTTCTAagtaaaaataacccaaatgcaTAATAACAGTGCGCATTGTTTGGAATAATATACGTTATTTCCCCCGTCATGTTGCACTAGGTCAGGTGAGCTACTCGTGGACCGTACTTCTATATTCTGCTGTGATGATGTTACTCTAGCTGCTTGTAATACTAATATAGGAACAGAAACATGCTCAAAAGGGAATTGTTTGTTGATTGACAGACAAgggtacttttttattttctgagatatgtttatcttttattacgcacagatgttattttttatcCAAATCAGCacagtaataattattagtgCATAGTAGCATTACAAATTCAAAGCATcctaagttatttttttatttgtttttaatggatttaaaaagGGTATAAGAACATCTCAGTCGGCTCCACCTCttaatgtgacattttcatGTTCATTCGAATGAGCCACGTATAGATCTATACTACATCGTACATGGGTGCCAGAGCAGGTGTTTGttactgtatgtatgtttggATTCACCAGTGTGCTTACTAACAGCAATCCAATAAAGAATAAGAGGTTGAAATTAAACTCTGTGTCCGCTGAATTACCTGAAAGAACACACCTTGAGTGTCTTCACTATACCGACCAAcagtgtttggaaatgtaatgggTTACATATTACAAGTGTAGATTACATATTACAtcttattcaaaatgtaataatagtgtaactttttaattacttttaattacctttctaatattttgaactGTTAATCACTGTAAACCAAACTTTCAAAATCATCTTCATCTTATAATTAAGATTGTAATAAGAGATAAAGCTCatctttattttgcaataacaattggctggatgtacattatccctCTATTACATGAGCTTTTTTAAACCCATTACGTGCATGAAGAAGGC

Function

symbol description
snx11 Predicted to enable phosphatidylinositol binding activity. Predicted to act upstream of or within intracellular protein transport. Predicted to be located in membrane. Is expressed in artery; vein; and ventral mesoderm. Orthologous to human SNX11 (sorting nexin 11).

NR:

description
PREDICTED: uncharacterized protein LOC107734201 isoform X1

GO: NA

KEGG:

id description
K17924 SNX10_11; sorting nexin-10/11

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_043253324.1 True 4955 mRNA 0.37 7 8845115 8852234
XM_043253325.1 False 4873 mRNA 0.37 7 8845114 8852234

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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G86854 arsg,LOC107734203,LOC107660857,LOC107554066,LOC107692046 non-coding downstream 1337 8843387 ~ 8843774 (-)
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G86848 gna13a,LOC107660858,LOC107584085,LOC107734232,LOC107554062,LOC107692049 non-coding downstream 21675 8821880 ~ 8823436 (-)
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trnar-ccu_66 NA other downstream 157541 8687498 ~ 8687570 (-)
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G86783 cby1,LOC107554026,LOC107734186,LOC107584208,LOC107690074 other downstream 232666 8610552 ~ 8612445 (-)
LOC122355061 tnfrsf17,LOC107554040,LOC107692075,LOC107690067,LOC107584106,LOC107734209 other downstream 331846 8511403 ~ 8513265 (-)
cpped1 cpped1,LOC107584109,LOC107669238,LOC107554009 other downstream 485119 8334404 ~ 8359992 (-)
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thrab thrab,LOC107584392,LOC107733455,LOC107657272,LOC108430158,LOC107665883,LOC107723634 other upstream 459419 9311653 ~ 9939849 (-)
ormdl3 ormdl3,LOC107723636,LOC107657273,LOC107556587,LOC108273759,LOC102217224,LOC106521946,LOC102783025,LOC105936292,LOC107092838 other upstream 629325 9481559 ~ 9489312 (-)
cript cript,LOC107582781,LOC107728714 other upstream 2152772 11005006 ~ 11006954 (-)
LOC122355648 cox7a3,LOC107550034,LOC107582778,LOC107749383,LOC107728726,LOC108429329,LOC108273985,LOC107700119 other upstream 2190654 11042888 ~ 11045889 (-)

Expression


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