kctd17 (kctd17,LOC107584096,LOC107734225,LOC107692061)


Basic Information

Item Value
gene id kctd17
gene name kctd17,LOC107584096,LOC107734225,LOC107692061
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056710.1
NCBI id CM032079.1
chromosome length 20499150
location 8668396 ~ 8681985 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>XM_043254245.1
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>XM_043254247.1
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>XM_043254248.1
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Function

symbol description
kctd17 Predicted to enable cullin family protein binding activity. Predicted to be involved in positive regulation of cilium assembly and proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process. Predicted to act upstream of or within protein homooligomerization. Predicted to be part of Cul3-RING ubiquitin ligase complex. Predicted to be active in cytoplasm. Human ortholog(s) of this gene implicated in myoclonic dystonia 26. Orthologous to human KCTD17 (potassium channel tetramerization domain containing 17).

NR:

description
BTB/POZ domain-containing protein KCTD5 isoform X1

GO: NA

KEGG:

id description
K21914 KCTD2_5_17; BTB/POZ domain-containing protein KCTD2/5/17

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC122355698 phf5a,PHF5A,LOC107584099,LOC102780084,LOC106609350 coding downstream 31484 8634892 ~ 8636912 (-)
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G86809 LOC107731413,LOC107584098,LOC107734194,LOC107663181 non-coding downstream 38189 8627094 ~ 8630207 (-)
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G86848 gna13a,LOC107660858,LOC107584085,LOC107734232,LOC107554062,LOC107692049 non-coding upstream 139895 8821880 ~ 8823436 (-)
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LOC122355061 tnfrsf17,LOC107554040,LOC107692075,LOC107690067,LOC107584106,LOC107734209 other downstream 155131 8511403 ~ 8513265 (-)
cpped1 cpped1,LOC107584109,LOC107669238,LOC107554009 other downstream 308404 8334404 ~ 8359992 (-)
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thrab thrab,LOC107584392,LOC107733455,LOC107657272,LOC108430158,LOC107665883,LOC107723634 other upstream 629668 9311653 ~ 9939849 (-)
ormdl3 ormdl3,LOC107723636,LOC107657273,LOC107556587,LOC108273759,LOC102217224,LOC106521946,LOC102783025,LOC105936292,LOC107092838 other upstream 799574 9481559 ~ 9489312 (-)

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