vti1b (vti1b,LOC107655020,LOC107705385,LOC107724223,LOC107675543)


Basic Information

Item Value
gene id vti1b
gene name vti1b,LOC107655020,LOC107705385,LOC107724223,LOC107675543
gene type misc
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056711.1
NCBI id CM032080.1
chromosome length 25085836
location 12278454 ~ 12293594 (-)
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Sequence

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CACCTATAATCACGAGGTCCGACAAGGAAGCGTTTGCTGCTGTCCCGAGGATCTTGTTATTGCTTTGAAAAGCCGATTATTCTCACTATTTGCAGACAAAAACAAACGACaaattgcttttcttttatAATCGTCTTGGTAACTTCGGGAACTACAGTATCTTTGCTTTAGGCTTCGATATAGTCGCTCCAATATGTCTTCTGAGGAGTTTGAAAAGCTGCATGAGATGTACAGTTCTCTGTATGACGAAGTGAAGTTGATGCCTGAACGAGCGCAGAGGTGCCAGGGAGAGGAAAGGAAGAGAATTGTCAGAGACTTTGATGAGCGTGTTTCAGAAACTGAAGAAGTGCTTCAGGGCATGGAACAGGAGCTGTTTGGTGCTCCGTCATCCTTCCGAACCCCCATGTCAACAAAGATTCGACTGTACCGCCGAGATCTGGGCAAACTGCAGAGAGATATACGCCTCGCAGCAACACCAGGGTTTTCTAGTCACATCGGAGATGGCAGACAAGGGCTATATACCGCTCAGAATGACCAGAGTactCATCTGCAGTCTCAGCGTGCTTTGCTTATCCAGGGGACAGAGTCTCTAAATAATGCGTCAAAGAGTATTGAGCGAAGTCAACGGATTGCGGCAGAGACAGACCAGATTGGCACAGACATCATCGAGGAGCtcggagaacagagagaacaacTGGACCGCACCAGAGACCGATTGGTTCACACTGGCGAGAACCTGAGCCGGAGCAGGAAAATCCTGCGCGCAATGTCCAGACGACTTGTGACAAACAAATTGCTGCTATCAGTCATTATCATCATGGAACTGGCCATCTTGGCAGGGGTGGTGTACTTGAAGTTCTTTCGCAAGTAGGCAACGAGACACATAAGACTGCATAAGACTTCACCTTTCCCTCTTCTTGTTTCTAAAGATCACGGGTGTCTGGCCCAGTAACAGTGTGCTGGATGCTTTTGTGACTCTGAGTGTCACATGGACATGTATGGGTGGTTATTTTAAGCGCTAAACTGTATTAGCGTAAGTACTGCTCTCAGGGTGAAACGAAGATGGTGACCATGTCCCATTCAGACTGCTGGAGGATAAGGACCTGTACACAGATCGCCTGATGGGGTTACTCCCTTATTAGCTGTCTTGAACAAGGTGGATGTATGGATGGACGGTGTAAACGGAAGGATTTAGCGAAAGGAGtgacaaataatatatatatgcaaccTGTCTGCGTTTGTAAACAcatcaatcattttaaagtgatggatcacttaaaaatgactattctgtcattatttacacacaACAATACCATTCCAAAGCTTTTCATTAttcatacagtgaaagtcaaaGTGGTCCAAAACAGTACTGGACCCtgctgactttcattgtatgaacaaaaatgaattccTCTTAATTTCTGGGCTGGGAATGAGTAGATCATGacagattttcatttctgagtgaactgtccctttaagtaatACTGAACTTTTAACAAAATGATCTCGATAGAATTACATTGTGTAATTACATTGTGTACATTGTGTAAAGACTTTTCTGTGACAAGTGTTAACGTGGCATTAAAGGTAACAGCTCTTAGGTTTCATTCTAGAAAATGGGTGTGTTTTCCTTTAGCTTTCCCTCCAATCAGTCAAAACAGACCTGAGTGTACTCCAGGCCGAGAGAAAGACAGCTATAAACATGCACGTCACTTGCTTCACAAGCCCTggttggaagaggaaggggtgTGTTTAGCCTGTCAGATACGGGGGTAGAGATACTGTAAACATGACTGAGAATAAAGTGACACCAACACCTGCTATAGTGGAAATACCGGTGTCCAGGGCTGGTGGGTCACCTTGACATACTGACGTTTTGCCAGCTGACTGATGCATTTCTAGTCTTGTCAGGGCAAACAACAGAAGTATCAGTGGAGAGCAGTCATAAGCAGTTGTATGTTTGTGATCGATCTGTGGTGTACACACCTGTTATACATTGTTTATAATCTGCATCACATTCTTTTTAAGTTATGCTGCCATTATGGTATTATATGTGGGGAGCAGCATCAGTTGACTtcagttattaatttatttttattatttattagtgtcACTTACCAATAAATTACAAGTGAATGTTACTGTTAATTATACTTAGGTTGAATTATTTGGTCAATTAAGctttagtaatagtaataaattagTTTACTAATCAAGTTGGTAAACCTAGGTGcgtctaaaatgaaaatgttttcacattgTCTTTTAGGTGTAGCCTTCCAATGAAGTGAGTGTTAAATTAAGATTAATCTCTGATCTAAACGCTTGTTTTGTCATacaattactaaattaaatgattaatcaaatGTGAAagttgcaaaacataaaaaaaagtccagaGCACTGTTATAAGGTCTGCATATCTTCCAATGACCTATTTTGTTAATacctaaattaatttcaatcctttttttatattaataaattattacttaGCCTGATTAAGAACCGCTGATCAAACTTGGTTTTAGAATTTGCCATTTTTAGTGTTTGCTAAAACAAATAACCAAATATAACTTGTCATTCTAAAcagatatataaacataattttattatattcctTAAATCTGTCTGATTCATTGTGAAACATAGTTACAGGCTTAAAGTATTGGGGGACCAGGTATGCTATTTCATTTGGAGACTGATATACTGATTTATATGAGGGGCCTAATAGAAGATAGTGTCCTtataaattcaacaaaaaagaaaagtaaataaattaatgtaataacctaatggttttctttttcctcaAGTGACTCAAACTCTTCTGTAGCATGTTGTCCATGTATAGGCcaacagaaaaacagcaaaagagGTTGGTTATTTCAGATCTgtgatttctgaaatatttcacCTTTACAGTGTCACTAACTCATTTAAGTTCCCCAAATGTTCAGgtcatccaaaaaaaacaaatacaccaGAGGATAATGTGAATGTCATAAGGAATCGGTTCAACACTGCAGCTGGAATTGCTCATCAGTTCAGTGCTGAACAGAGTAAGGATCTGGCTCGGCGTACAGAAACTTTGGACTGAAAACCCACTCTTCAGGTACCAAACCTTTCTTTAGCAGAAATAATCAAAAGGATAGGTTAACCTAAAGAGCATACAGTGTGGACAGAGGATAATTGATCCAAAGTTCACTTCAGTGATGAAAGCGAGTTTAATTTATTTGGGTCTGATTATAAACGTGTCACGCAGTGTCAAACTGGGGAAAGAAGTCAGTAAAGGTGGAGGAGGAAGGGTTTTCTCCAGCAGGATTAGGGAAAAGTTTGGGCAAGGTCACAAACCAGTCAGCCTGCAGTTTTTATGTAGGGCAATGCCCTGTCACAGCAAAATGGTAAAGCAGTTAATTGAAGCTGAAAATACCGAAATAACGAAACGGGCAGCCTAGGTTCCTGATCTAAACCCAACTAAAAATCTCTTGAATATCCTTGGTAGAAAAAAGCTGCAAAGAAAACCCACTAGTCACCGAACCGAAAAGAAAAAGGGTGGACAAAGATCGCACCAGAACAGTGTGAGAAACTAGTCCTGTGGCCACCGATGTGTTGAAGTCATTCTACGCAAGAGTCTCTTCCTAATTTTTGACTGCTAGTTGTAATTTTTCTTCATGCTAGTGGTTAATTGTCTCAGTGGTGTAGGGTTTTTGTTGAAATGCACATAAAGAAGCTGGTGGATGTACATTAACTGCTACATTCAATAACTTAATTTTGATGTctgaaatatgttattaaaactttttttatacatttcatataaatgtttctgtgaaatggatatgaactaacaaacaaaaaggtatggattataattgaatattattttaggtttaagAATATTTGTGAATCTTTTCATTTGATGTGTTCATTAGTCAGTCTGATATAAATCAAAAATGAGTCAGTCTGTCTCcagtatatttgtttattgcaacaaaacatttttactgaaacagaaaaatgtgACAAATTAATGTATCCTTCCCCAAGAATATACTGGTACTGCTGGTAAATTCAGATCTGAAAGAgtgtacaaaatgtatttgtacatgatttttcaaaaggtttatttaaatagacatgaaaattactaaaataacttaCTTCAAAtgagctatttaaaaaaagatcactCGGTTCCAACCTAACTAAAACTGTAGGATTAAATTAGCCATTAAAAGCAGTCCCActatacaaaaaacaaacatagaaatacaataaaaaccagTTCTGGTCCAAAAGTGCAAACATGTTCCAAATTAAAGGAAAATCATTCAGTCCACCACAGTAAAGAGTCACCTCAGCttgcaaaaatatgttaagCACATTTGCTTTTAGATCACTTTTTCCCCGCAGTAAATCCCAGAATGATCAGGGTTACCCACTAATCCCTTAACAGCtgacaaatgttaaaaatatttatgtttctgCTACATTAGTCCTCAAACAGAGAATCCAGATCTCAGCTCTTTTTTTTAGCCAAAGCAAAATTAGTGGTaggcatattaaaataaatctcgCTCATGTGCTTATAGCAGCACTTCACCAGTGAggtgaccattttttttttttgaccaagaCTACAGTAAACTT

Function

symbol description
vti1b Predicted to enable SNAP receptor activity and SNARE binding activity. Predicted to be involved in several processes, including Golgi vesicle transport; regulation of protein localization to plasma membrane; and retrograde transport, endosome to Golgi. Predicted to act upstream of or within intracellular protein transport and vesicle-mediated transport. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be part of SNARE complex. Predicted to be active in Golgi apparatus; cytoplasmic vesicle membrane; and endoplasmic reticulum membrane. Orthologous to human VTI1B (vesicle transport through interaction with t-SNAREs 1B).

NR:

description
vesicle transport through interaction with t-SNAREs homolog 1B-like

GO:

id name namespace
GO:0006886 intracellular protein transport biological_process
GO:0016192 vesicle-mediated transport biological_process
GO:0016020 membrane cellular_component

KEGG: NA

RNA

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XM_043254991.1 False 4659 mRNA 0.38 6 12284364 12293594

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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kcnf1b kcnf1,kcnf1b,LOC107588715,LOC107705381,LOC107757105,LOC107585532,LOC105895550,LOC107675519 coding downstream 13090 12262794 ~ 12265364 (-)
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zfyve26 zfyve26,LOC107705383,LOC107655019,LOC107724201,LOC107675540,LOC107585484 coding upstream 4635 12298229 ~ 12322701 (-)
plek2 plek2,LOC107655018,LOC107705386,LOC107585533,LOC107724538,LOC107675532 coding upstream 34186 12327780 ~ 12331334 (-)
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trip11 trip11,LOC107655016,LOC107588575,LOC107585490,LOC107675555 coding upstream 61103 12354697 ~ 12372991 (-)
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LOC122357025 LOC107585516,LOC108412594,LOC105899417 non-coding downstream 248832 11983711 ~ 12029622 (-)
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utp25 diexf,LOC107668835,LOC107707040,LOC107675582,LOC107757128 other downstream 479422 11771428 ~ 11799032 (-)
six1a six1a,six1,LOC107588725,LOC107675533,LOC107708210,LOC107668775,LOC108434988 other downstream 630419 11643930 ~ 11648035 (-)
zdhhc16a zdhhc16,zdhhc16a,LOC107708229,LOC107668773,LOC107673955,LOC107548628 other downstream 745997 11525403 ~ 11532457 (-)
rassf4a LOC107668802,LOC107588618,LOC107707254,LOC107564351,LOC107673909,LOC107757153 other downstream 1059469 11200552 ~ 11218985 (-)
G92819 NA other downstream 1343123 10924944 ~ 10935331 (-)
tmem234 tmem234,LOC107675523,LOC107576456 other upstream 135603 12429197 ~ 12430778 (-)
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LOC122356823 LOC107654911,LOC107705409,LOC107600568,LOC107683712 other upstream 1016358 13309952 ~ 13325051 (-)
LOC122356403 jag1,jag1b,LOC107739890,LOC107602913,LOC107655002,LOC107585528,LOC107654982,LOC107602937,LOC107739866,LOC107585514,LOC107705359,LOC107683089,LOC107683730 other upstream 1226819 13520413 ~ 13558834 (-)
srd5a2b srd5a2b,LOC107739895,LOC107654923,LOC107683892,LOC107705374,LOC107602938 other upstream 1270828 13564422 ~ 13568025 (-)

Expression


Co-expression Network