XLOC_000666 (LO017718.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_000666
gene name LO017718.1
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 52353162 ~ 52363107 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00001133
CACTAATATGATATTTCTGAACTATATTTTTCAGCAAAGGATCAGTCAAGACTGAAGTTGATCTGCTTTTCAACAGTACAAATGTTGTGCCATCAAATAATGAAATTGGCAATGCAATATTGAACAACGTACAATTTCTAAATGACCTAAACGCAACTGCTAATTCAGTTGACATTAATGGAACACaAATATCATCCATTACTGAACCAACAACTGAATATTCAACACCCACAACAACACCTGCTCAAACATCCACCACTACTGCAGCAGAAACATCTACAACAACAGAGTCCTCCACAACAGAATCCTCCACTGCTCCTCCTGTGGAAACGTCTACTACAACCATAGTAGTAACATCTACTATAGAAACAGACTCCTCCACAACAACTCCTGTTGAAACATCAACCACTACTGAATCAATAACATCTACTATGACAACAGAGTCTTCCACAGCAACTCTTGAAGAAACAGTCACAACTGAATACTCAACACTCACAACACCTGCTCAGACATCCACCTCTACTGTAGCAGAAACATCTACAACAACAGAGCCCACAACAACTCCTGTGGAAACGTCTACTACTACCATAGCAGTAACATCTACTACAGCAACAGAGTCCTCCACAACTACTCCTGCTGATACATCCACCACTACTTCAGCTGTAACATCTACTACACCAACAGAGTCCTCTACAACAACTCTGGAAGAAACATCAACAACTGAATACTCAACACTCACAACAATGCCTGCTCAAACATCCACTACTACTGCAGCAGAACCATCTACAACAACAGAGCCCTCCACAACAACTACTGTAGAAATGTCTACTACTAACCTAGCAGTAACATCTACTACGCAAACAGAGTCCTCCACGACAACTCTTGAAGATACAGCTACTACTACAACAGAATTAACATCTACTACTATAACAGAGCCCTCAACAACCACTCCTGCTGAAATATCCACTGCTACTGTTGCAGAAacatctacaacaacaacaacaacagaatccTACACAACAACTGCTGCTGAAACATCCACCAGTACTTCAGCTGTAATGTCTACTACAACCACAGAGCCCTCAACAACTGTTGTTGAAACATCTACCACTACTGCAGCAGAAACATCTACTACAACCAGAGAGTCAGCCACAACAActattgaagaaacattcacaacAACAGAGCCCTCCACAACAACTCCTGTGGAAACGTCCACTACTACCATAGCAGTAACATCTACTACACCAACAGAGTCCTCCACAACTACTCCTGAAGAAACGTCTTCCACTACCATAGAAGTAACATCTACTACACTAACAGAGTCCTCCACAACAACTCTTGGAGAAACATCCACTACTAAAGTAGAGTTAACATCTACTACTATAACAGAGCTCTCAACAACAACTCCTGCTGCAACATCCACAACTTCAGTTGTAACATCTACAATGCCAGAGTCCTCCAAAACAACTCTTGAAGAAACATCCACTACTACAGTAGAGTTAACATCTACAACAACAGAGCCCTCCACAACAACTCCTGTGGAAACGTCTACTACTACAATAGCAGTCACATCTACTACAGCAGCAGAATCCTCCACAACAACTCTTGAAGAAACATCCACAACTGAACAGTCAACACCCACAACAACTCCTGCTGAAATATCCACCACTAATGCAGCAGAAACATCTACAACAACAGAGCCCTCCACAACAACTCCTGAAGAAACTTCTACTACTACAATAAAAGTAACATCTACTACACCAACAGAGCCCTCAACAACCACTTCTGCTGAAACATCCACCACTTCAGTTGTAACATCTACTACATCAGAGTCCTCGACAACAACTCTTGAAGAAACATCCACTACTACAGTAGAGTTAACATCTACTATTATAACAGAGCCCTCCACATCAACTCCTATGGAAACGTCTACTACTACCACTGCAGTAACatctacaacaacaacagaatccTCCACAACAACTCCAGTTGAAACATCCACCACTGAATACTCAACACCCGCAACACCTGCTCAGACATCCACCACTACTGAAGCCGTTGCATCTACTACAGCAACAGACTCCTCCACAACAAGTTTTGAAGAAACAGCCACTTCTACAGTAGAATTAACATCTACTACTATAACAGAGCCATCAACAACAACTCTAGCTGAAATATCTACCACTACTGCAGCTGTAActtctacaacaacaacaacagagccctCCACAACAACTCTTGATGACACATCCACCACTACTGCAGAAGTAACATCTATTATAACAACAGAGCCCTCAACGATTCCTGTTGAGAAATCCACCAGTACAGCAGAAATAACATACACTACTACAGCAGAGCCCTCAACAACAACATTTGAAGACACATCCACCACTACTGAAACAGTAACATCTATTTCAACAACAGAGACACCCACAACTACTCTTGAAGAAACATCCACCATTACTGCAACAGTAACATCTACTGCAACAACAGAGTTCACCACAACTACTTCTGCTGAAACATCCTCCACATCTGCAGCAGTAACATCTACAACAACAAAGACAACATCTCTCTCTACTACTGCAAATGCAGTATCTGGAAACGTAGTAGTAATAACACTGTTTTTCAAATCCCAAGACACATTTATAGATGACTTCAATGATAACAGTTCTCCCGCTTTCAAGAAAAGGGCATCATTTGTTGAGCAACTTTTTCATGAGCTTTTGAAAGGGTGGTTTAAGTCTTTCCTAGGAGCCATCGTCAAGAAATTCAGCAAAGGATCAGTCAACACTGAAGTTGGTCTTCTTTTTAACAGTACAGATGTTGTACCATCAAATAATGAAATTGGCAATGCAATATTGAACAACGCACAATTTCTAAATGACCTAAACGCAACTGCTAATTCAGTTGACATTAATGGAACACAAATATCATCAATTACTGAACCAACAACGGAATACTCAACACCCACAACAACACCTGCTCAAACATCCACCCTTACTGCAGCAGAAACATCTACAACAACAGAGTCCTCCACAACAGAGGCCTCCACTGCTCCTCCTGTGGAAACGTCTACTACTACCATAGTAGTAACATCTACTATAGAAACAGACTCCTCCACAACAACTCCTGTTGAAACATCCACCACTACTGAATCAATAACATCTACTATGACAACAGAGTCTTCCACAGCAACTCTTGAAGAAACAGTCACAACTGAATACTCAACACTCACAACAACACCTGCTCAGACGTCCACCTCTACTGTAGCAGAAACATCTACAACAACAGAGCCCTCCACAACAGAGTCCTCCACAACATCTCCTGTGGAAACATCTACTACTACCATAGCAGTAACATCTACTACAGAAACAGAATCCTCCACAACTACTCCTGCTGATATATCCACCACTACTTCAGCTGTAACATCTACTACACAAACAGAGTCCTCTACAACAACTCTAGGAGAAACATCCATAACTGAATACTCAACACCCACAACAACGCCTCAAACATCCACTACTACTGCAGCAGAAATATCTACAACAACAGAGCCCTCCACAACAACTACTGTAGAAATGTCTACTACTAACATAGCAGTAACATCTACTACACAAACAGAGTCCTCCACGACAACTCTTGAAGATACATCTACTACTACAATAGAATTAACATCTACTACTATAACAGAGCCCTCAACAACCACTCCTGCTGAAATATCCACTGCTACTGTTGCAGAAACATCTACAACAGCAACAACAGAATCCTCCACAACAACTGCTGCTGAAACATCCACCAGTACTTCAGCTGTAATGTCTACTACAACCACAGAGCCCTCAACAACTGTAATTGAAACATCTACCACTACTGCAGCAGAAACATCTTCTACAACCGGAGAGTCAGCCACAACAACTATTGAAGAAACATCCACAACAACAGAGCCCTCCACAACAACTCCTGTGGAAACATCCACTACTACCATAGCAGTAACATCTACTACACCAACAGAGTCCTCCACAACAACTGTTGAAGAATCATCCACAGCTGAATACTCAACAACACCTGCTCAAACACCCACcactacagcagcagaaacatCTACAACAACAGAACCCTTCACAACAACTTCTGTAGAAACATCTACTACTACCTTAGCAGTAAAGTCTACTACAGCAATAGAATCCTCCACAACAATTTTTGAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATATTGAACAACACACAATTTCTAAATGACCTAAACGCCACTGCTAATTCAGTTGACATTAATGGAACACAAATATCATCCATTACTGAGCCAACAACTGAATACTCAACACCCACAACAACACCTGCTCAAACATTCACCACTACTGCAGCAGaaacatctacaacagaaccCTTCACAACAACTCTTGAAGAAACATCCACTACTACATTAGAGTTAACATCTACAACAACAGAGCCCTCCACAACAACTTCTGAAGAGACGTTTGCTACTACCAAAGAAGTAACCTCTACACCAACAGAGTCCTTCACAACAACTCTAGAGGAAACATCCACGACTGAATACTCAACAGCCACAACAATGCCTGCTCAAACATCCACCACAACTACAGTAGAAACATCTACAACAGCAGAGCCCTCCACATCAACTCCTGAAGAAACGTCTTCTACTACCATAGAAGTAACCTCTACTACACCAACAGAGTCCTCCACGACAACTCTTGAAGAAACAACCACTACTACATTAGAGTTAACATCTACAACAACAGAGCCCTCCACAACCACTCCTTTGGAGAAGTCTACTACTACCATAGAAGTAACATCTACAGCAGCAGAGTCCTCCACAACAACTCTTGAAGAAACATCCACCACTACTGAAGCAGAAACATCTACAACAACAAAGCCCTCTACAACAACTCCTGTAGAAACGTCTTCTACTACCATAGAAGTAACATCTACTACACCAACAGAGTCCTCCACAACAACTCTTGGAGAAACATCCACTACTACAGTAGAATTAACATCTTCTTCTATAACAGAGCCCTCAACAACATCCACAACTTCACTTGTAACATCTACTACGCCAGAGTTCTCCACTACAACACTTGAAGAAACATCCACTTCTACAGTAGAGTTAACATCTACAACAACAGAGCCATCAACAACAACTCCTTTGGAAAAGTCTACTACTACCATAGAAGTAACATCTACTACAACAACAGAGCCCTCGACAACAACTCTTGAAGAAACATCTACAACTGAACACTCAACACCAACAACAACTCCTTCTGAAATATCCACTACTACTGAAGCAGAAACATCTACAACAACAGAGCCCTATACAATAACTCCTGAAGAAACGTCTTCTACTACCATAGCAGTTACATCTACTACAGCAGCAGAATACTCCACAACAACTCTTGAAGAAACGTCTACTACTACAATAGAAGAAACATCTACTACTATAACAGAGccctcaacaacaacaactgaaccATCCTCCACAACAACAGCTGAAATATCCACCACTACTGAAGCAGAAACATCTACAAC

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000117216

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00001133 True 5639 lncRNA 0.41 6 52353162 52363107

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_000665 NA coding upstream 6263 52345955 ~ 52346899 (+)
XLOC_000664 best2 coding upstream 183027 52162642 ~ 52170135 (+)
XLOC_000663 get3 coding upstream 200169 52137528 ~ 52152993 (+)
XLOC_000662 rnf11a coding upstream 215849 52130164 ~ 52137313 (+)
XLOC_000661 nfixa coding upstream 266666 51896147 ~ 52086496 (+)
XLOC_000667 NA coding downstream 295 52363402 ~ 52368198 (+)
XLOC_000668 NA coding downstream 1923 52365030 ~ 52367577 (+)
XLOC_000669 si:ch211-217k17.8 coding downstream 29404 52392511 ~ 52396264 (+)
XLOC_000670 si:ch211-217k17.9 coding downstream 35098 52398205 ~ 52400660 (+)
XLOC_000671 glb1 coding downstream 98961 52462068 ~ 52478746 (+)
XLOC_000660 NA non-coding upstream 488397 51850561 ~ 51864765 (+)
XLOC_000658 NA non-coding upstream 527142 51752978 ~ 51826020 (+)
XLOC_000656 NA non-coding upstream 635947 51694751 ~ 51717215 (+)
XLOC_000655 CU464066.1 non-coding upstream 669544 51683519 ~ 51683618 (+)
XLOC_000673 BX323839.1 non-coding downstream 131936 52495043 ~ 52510756 (+)
XLOC_000681 NA non-coding downstream 444525 52807632 ~ 52807843 (+)
XLOC_000684 NA non-coding downstream 903293 53266400 ~ 53278288 (+)

Expression


Co-expression Network