tjap1 (tjap1,LOC107728071,LOC107559778)



Basic Information


Item Value
gene id tjap1
gene name tjap1,LOC107728071,LOC107559778
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_056711.1
NCBI id CM032080.1
chromosome length 25085836
location 3320429 ~ 3398358 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence


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CTATATGTTCCTCAGTGAAGGGCTGAATGTGCGAACGAAGGGCTCTCAAGTCCAACACTTACTCTTCTTGTCTTACTCTTTGGTCTTTGTATGTAGTTATCAGTCTTGCTCTGCAATATATGGGAGTACCATTAATAGCCCATGATTAATTGAAGTGTAACTACCCACCATgctgaataattaatattttatcatgttCTAAAATAGTTCTGTGATGCTTTAAAGAGACCGAGTACAGCCCGTCAGGGTCTCGCATGACAAAATAGactcttttaaatatttcagtctCGTTAGATGTCACACGGGCCGCAGgtcatgcaaataaatacaaaaaagacacGACAATGGTCAGGATGTGCGATACACTGAGTGCATAAATAGGCCTTTCTCCTCTGCTCTCATTCAACTTTAATAACTCGAATTTAATTGCACGCGTAAGAGACGTGCACGTCGTCTTTAATCCAAGGTGACCCTCTGGCATGCTGTGAGCAAGTCATTCAAAATCTTCGCTGAgaaatctaaagaaaaaaaaatgtcaaggtTATCCTCCAACCAACGCTCCAATCCGCCTTCCACCCAAAGCTGACGTCTCTGTGATGGAAAAAACATATTCAATTCATGTTATCTTCTCTTTAACCTTCAAGACGGGGCGTAATCTGCACTCCTTTTTCTTTGAtctatgaatgtttttattcatcagtAGGCCAACTTTCATGTAGCCatcaacaaaatgtaaaatgtcaagtcaaattaaatctaaaattagcCTTTGTTATTGACTAACGCCcttgtattaaaatgaaaaccgaCCCCGTTTACTTTAATACACATTCCTGGTTTTACTGTCATGgtaatctttcatcaaaatgtaattagctCACTGcccttttacaattttttattattttttttctgtaggttAATGTTATACAAGAGCCATGGTTAAGCCCTGGTTAAGGCACCTATTCAACAAAGTCACATCCGGGTTTCACTTTTAGTATGAAATGACTTTTCTCGAACCGAATCAAGTCCGGTTTCACTTGAAAATGTCTTGGAATTAAAATGAGTTGTGCTTCAGTCCTTGAGCTTCTTTGACAAATTTCTCAGTTGCAGTTTATTCAATTCAACCCGTTTTTGGAGTTCGCGTGTAAAACGCGAGATGCTTCTGTCCTGATGCTTTAACGTGGTGGATTTTTTTGATTGAGGGGTTTTCTGAAGGTGCAAAAACCAGATTCGTGTTGATGCTGGCTCGCACAATCCCATCTCAGATGTGTGCAGTTTGTCTTCTGAATTTGTCCATAATTCACCACAGGTTTCCGATACATACCTTGTCTTATATATGTAGCAAaatggtgcttttttttgtctttttgatcCCCCTCcccatgcagtgtatttttcACCAGTTTgaagacatttattttgacttttactTGATCAGGTAAAGCTTCCATGGTTGTGTAGATGTTCCAtgcacagatttttttcccctccaacaaaaaaaaaaacaaacgttcTTATGACTGgactaattttattttctgaatttgtaaactgatgtatattttaaaagaaataaaactattttaaaca

Function


symbol description
tjap1 Predicted to be involved in Golgi organization. Predicted to be located in bicellular tight junction. Predicted to be active in trans-Golgi network. Is expressed in several structures, including axis; intestinal bulb; nervous system; notochord; and polster. Orthologous to human TJAP1 (tight junction associated protein 1).

NR:

description
Transposable element Tcb2 transposase

GO: NA

KEGG:

id description
K06105 TJP4, PILT; tight junction protein 4

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_043255237.1 False 6593 mRNA 0.45 9 3320430 3398358

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
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LOC122356304 LOC107739478,LOC107564218,LOC107728064,LOC107655626,LOC107559768 coding upstream 341180 2971146 ~ 2979249 (+)
ncoa4 LOC107739471,LOC107669570,LOC107696383,LOC107728073 coding downstream 19176 3417534 ~ 3426736 (+)
LOC122356604 LOC107739472,LOC107565599,LOC107669574 coding downstream 36165 3434523 ~ 3440314 (+)
LOC122356793 LOC107669554,LOC107696371,LOC107578696 coding downstream 315475 3713833 ~ 3717294 (+)
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G90365 NA non-coding upstream 4521 3315663 ~ 3315908 (+)
LOC122356226 NA non-coding upstream 73297 3246263 ~ 3247132 (+)
G90319 tuba4l,LOC107655627,LOC107559781,LOC107564211,LOC107706828,LOC107669576 non-coding upstream 116410 2857325 ~ 3204019 (+)
G90326 cul9,LOC107736443,LOC107564217,LOC107669557,LOC107683065 non-coding upstream 118942 3199847 ~ 3201487 (+)
LOC122356074 NA non-coding upstream 299538 3020068 ~ 3020891 (+)
G90373 lrrc73,LOC107696385,LOC107728077,LOC107739469 non-coding downstream 3606 3401964 ~ 3403754 (+)
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G90350 dlk2,LOC107696386,LOC107669558,LOC107559779,LOC107728069 other upstream 35023 3174735 ~ 3285406 (+)
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LOC122356070 dnph1 other upstream 42169 3051982 ~ 3278260 (+)
G90343 ppp2r5d,LOC107696374,LOC107559765 other upstream 46057 3271325 ~ 3274372 (+)
LOC122356782 NA other upstream 110676 3207411 ~ 3209753 (+)
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prkn park2,LOC107739476,LOC107669573,LOC107696378 other downstream 222048 3620406 ~ 3713763 (+)
pkdcca pkdcca,LOC107669579,LOC107739483,LOC107718010,LOC107695038,LOC107590011,LOC107586469 other downstream 410695 3809053 ~ 3832550 (+)
G90660 epcam,LOC107699293,LOC107727368,LOC107586477,LOC107707148,LOC107678540,LOC107707150,LOC108422531,LOC107723711 other downstream 784141 4182499 ~ 4353931 (+)
si:ch211-250c4.5 LOC107727386,LOC107699305,LOC107586489,LOC107708409,LOC107678597 other downstream 1163290 4561648 ~ 4695842 (+)

Expression



Co-expression Network