ldb1a (ldb1a,ldb1,LOC107707596,LOC107585322,LOC107673939,LOC108442788)


Basic Information

Item Value
gene id ldb1a
gene name ldb1a,ldb1,LOC107707596,LOC107585322,LOC107673939,LOC108442788
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056711.1
NCBI id CM032080.1
chromosome length 25085836
location 10313414 ~ 10333604 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

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Function

symbol description
ldb1a Enables LIM domain binding activity. Predicted to be involved in negative regulation of transcription by RNA polymerase II; nervous system development; and positive regulation of transcription by RNA polymerase II. Predicted to act upstream of or within regulation of transcription by RNA polymerase II. Located in nucleus. Is expressed in several structures, including eye; gill; heart; pleuroperitoneal region; and post-vent region. Orthologous to human LDB1 (LIM domain binding 1).
ldb1 Enables LIM domain binding activity; RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding activity; and enzyme binding activity. Involved in negative regulation of transcription, DNA-templated and positive regulation of transcription by RNA polymerase II. Located in chromatin. Part of beta-catenin-TCF complex.

NR:

description
PREDICTED: LIM domain-binding protein 1 isoform X1

GO:

id name namespace
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GO:0003712 transcription coregulator activity molecular_function
GO:0030274 LIM domain binding molecular_function
GO:0046983 protein dimerization activity molecular_function

KEGG:

id description
K15617 LDB1; LIM domain-binding protein 1

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_043255585.1 False 2923 mRNA 0.40 13 10313414 10333604

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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fancl fancl,LOC107585345,LOC107718841 coding upstream 246242 10051087 ~ 10067172 (+)
bcl11aa bcl11aa,bcl11a,LOC107666449,LOC107601892,LOC107655449,LOC107559339,LOC107743494 coding upstream 645576 9615027 ~ 9667838 (+)
neurog3 LOC107666354,LOC107726936,LOC107601803,LOC107655417 coding upstream 744887 9567617 ~ 9568527 (+)
pcbd1 pcbd1,LOC107559335,LOC107743500,LOC107601888,LOC107655445 coding upstream 760919 9549733 ~ 9552495 (+)
prom2 LOC107707565,LOC107588656,LOC107688306,LOC107585354 coding downstream 1071 10334675 ~ 10343979 (+)
nsmce4a LOC107707575,LOC107588653,LOC107688307,LOC107716332,LOC107585317 coding downstream 16184 10349788 ~ 10354314 (+)
LOC122357091 LOC107708061,LOC107688300,LOC107716282 coding downstream 22959 10356563 ~ 10385602 (+)
LOC122357093 LOC107688300,LOC107673862,LOC107588652 coding downstream 55481 10389085 ~ 10415236 (+)
unc5b unc5b,LOC107588651,LOC107707543,LOC107688303,LOC107585316,LOC107673953 coding downstream 175910 10509514 ~ 10557882 (+)
G92563 NA non-coding upstream 3638 10309237 ~ 10309776 (+)
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G92513 NA non-coding upstream 242631 10068488 ~ 10070783 (+)
LOC122356803 NA non-coding upstream 263972 10044781 ~ 10049442 (+)
G92671 slc18a3,slc18a3a,LOC107708354,LOC107683739,LOC107716340,LOC108442244 non-coding downstream 308952 10642556 ~ 10645237 (+)
G92675 NA non-coding downstream 323904 10657508 ~ 10702103 (+)
LOC122357062 NA non-coding downstream 419629 10753233 ~ 10763691 (+)
G92729 LOC107716350,LOC107673932,LOC107707381,LOC107588636,LOC107585302 non-coding downstream 487338 10820942 ~ 10947919 (+)
G92731 NA non-coding downstream 625816 10959420 ~ 10961696 (+)
LOC122356813 adka,LOC107743514,LOC107666490,LOC107601874,LOC107655429,LOC107725426,LOC100196663 other upstream 63689 10205113 ~ 10249725 (+)
atoh7 atoh7,LOC107726941,LOC107601814,LOC107666420,LOC107743508,LOC107655428,LOC108426756 other upstream 878809 9430178 ~ 9434605 (+)
zgc:153981 zgc:153981,LOC107725455,LOC107666543,LOC107601871,LOC107671561,LOC107552921,LOC108426808 other upstream 1149300 9161517 ~ 9164114 (+)
spef1 zgc:66426,LOC107601866,LOC107725472,LOC107666492,LOC107743614 other upstream 1224293 9080848 ~ 9089121 (+)
fuom fuom,LOC107676595,LOC107666397,LOC107601808 other upstream 1285505 9025943 ~ 9027909 (+)
ly6pge si:ch73-28h20.1,LOC107716297,LOC107673896,LOC107585320,LOC105890420,LOC106578825 other downstream 82636 10416240 ~ 10420426 (+)
eif4ebp2 eif4ebp2,LOC107668794,LOC107588631,LOC107716353,LOC107564345,LOC107707337,LOC107673927 other downstream 631251 10964855 ~ 10968914 (+)
G92772 LOC107588620,LOC107707271,LOC107707282 other downstream 879922 11213526 ~ 11218175 (+)
cxcl12a cxcl12a,LOC107588617,LOC107707253,LOC107548639,LOC107673912,LOC107757152 other downstream 921990 11255594 ~ 11262620 (+)
arhgap22 arhgap22,LOC107668831,LOC107708000,LOC107673870,LOC107588697,LOC108443345 other downstream 1055781 11389385 ~ 11413515 (+)

Expression


Co-expression Network