LOC122356713 (LOC107567852,LOC107678576,LOC107708478)


Basic Information

Item Value
gene id LOC122356713
gene name LOC107567852,LOC107678576,LOC107708478
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056711.1
NCBI id CM032080.1
chromosome length 25085836
location 5118830 ~ 5125392 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>XM_043255719.1
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>XM_043255720.1
GTCACGTGACAGGCAGTCGTTATTTATTTTCCGTGCCTTTCTGAATAGTCGCGGTTTCACGCTTCAGACGCCCCCGAAAGCTGAATAACGGACTTCAAAACATTCCTTTTCGTTCTTTAATCCAGCGAACGTTCagtactttcatttaaaaatgaatacattggGCTCAATATTAGTAGTCGAAGTCATCTGAAGTACATAAGAAACAAACATGCAATCTTATTTcattgaatttaaatgaatttaaattaaaaatattaaatacgtCTTaggaaattaaatgtaaatacaatatattaatatctaatacaatttattggtttttttttttttttgcatcatacTGAAAAGAataaacccCAGAGATTACGTGAAAAAGATTCCATCTCTGAGTCCATATAATGCAGGTGGACAGTCATCCAACGGccttcaaaaaaacacaaaacaatcacAACTGTAATCCATACAACCCCAGAGGATGGATATGTGCACCTGGAACACGAGCCTGTTTATTGTCTTGACATCCGCAGCGGCTCTTCTTACATCTGAAGGGCTCTTGGTTCAAGGACCCGCTCAGCCTCTGGTGGCACATCTGGGGGCGTCCATCGTGCTGCCCTGCTCTGTGGAAACCCCATTACCTGTGGACGAGCTGGAGGTCCAGTGGAAGAGGACGGATGCTGAGACGCTAGTGCACTTGTTTCAGGATGGCCAGGACAGACCCGAGGCTCAGTATCAGTCTTACAGGCGTAGAGCACATTTCTTTCCCGAGCAGATCTTTAAAGGAAACTTCTCAGTCCTTTTGGAAAATATAACAGTTGCAGACACCGGTATCTACAGATGTGTAGTTTGCTCTTATCAGGATGTTGGAGAGATCTTTGTTACAATTCAACATGTGGAGCGTGTGGTTGTGACAGTAGAAGATCAGACTGTATTTGCTCGTGTTGGTGAGGATGTTGTTCTTAACTGCACGGTGGACTCACACATCCCTCCTCGACGCTTTGAAGAGGTCTCGTGGAAGAAGGTGGACAAGCGTCCGGACATCGTCCACGTGCTGCTTTTCCAAAACGGGACGATATTTCCAGGATCGTCTCACAAGCGTTACAGAGACAGAGCGGAGTTCTTCAGAGAGGAAATTCCCAAAGGCAACTTCTCAATGAGGCTAAAAAATGTCCAGACTGCTGATAAGGGAGAGTACATGTGTGAAGTCCACACAGAGAAATCAGTCAGCTCTGCAACTGTGGAAATTGGGAGGTTGGGGATGTCTGCTCTGCACATCACTACTCTGatgctttgctttgtttctctCTTGTTGACTTGTGCGTTAAGTATTCCAGTCCTAATCTTTATCAGCAAAAAAGATACGGACACAAAACCAATGTACGTGAACTACCTGCAAGCAGTCGGTCCTAACATCTGCTTGTGTGCTGCATTTGTTCTGTGGGGGGTTTCTGAAGGGTCTGTTGTCGAGTCAACAATGTGTGCGACAATTAATCTGACGaggatcattttattatttcttatggCCCCATATTTTAATTGGGATACTACTGTTTCTGTTAATTTTCCAGGTTTCATCCACAAAACGATCGAATTTGTAGCCATCCCCATCGCGTATCTTCTGATTTCCACAGCATTTTGCTCAGCTGTTCTTCATGATCTCTGGAATACATCTCAGTGGACCGAAGTTGTTCATTTCAGTGTTGGGATTATTCTGCTGTCATCCATGCCTGCACTTTTTCATGCCTTAAACAATGTTTGCTTCACACGATTTTTTGATACACATTCGTCAATACGATTTATTATAGGGTCACTTGGACATGTTCTCATGCAGTTAAGCAACTTTCTTCAAATGCGTCTTTTCTTCTTTAGATCAACAAACGTTGATGAATcCATGATCACAATGACATATGCCTTTGGGGGAATTTCTCTTGCCATATCATTAATAGTTCTTCCAATTCCAGCAATTCGACAGTACATTTGTTTAAACGTTGTCAAAAATCGACTTAATGCACTTATATGGAGATGTTATTTAGTTTGGGTAAACGTCATGGTTGTTACGCTCATTGGgcatactgcatttattttatattatctcAATAAAATTCTGGAGTACAATAAGGAGCGTTTTGGATGGATCTTTGTCACAGTTCTGCTTCATGTCCTGACTGCAATTGCACCCACACGATTCCCCAGAGCAGTTCCTGACGCAATTTACACTACTTTGTACATGTATGGTGTGGCATGTCTACCAGTGATCAACTCTATTTCTCTTGCCACAGAACTAATACTTCAAGTCTACAAGGGGGAGAGAACGGTGGATGATCTGCGTGTAATAGTGTTTGCGTTTGAAAGCATTATGTCCGGTGTATGGCTGGTTTTACAGATCCATGCATACTGGGCGGTTGGCGGTAGAGATGTACAGAGGGAGCTTTATGCATTGAGAGACCTTGCAGCACAGTGCACACCACAGCAAGGAGACATTGATGAATCAGATTTTTCGGAGAATCAACTCTCTGAGATCCAAGGACTTCAGCCAGAGGCAGCACCGCAAGATCTAGAGGCTTAAATCTTTATCTTATAAAGAATAACTAAATGCGATAGCTACCTATGTTATGTTTAATTCAATtgatttaaactgacaaaatTTCCATGCTCTATACTGTGTACAGTGAACACTGCTTACTCTTGTTTCCACCTTCAAATTGTTAACCTTTGCATTGTTAATGTTTATTCTCGCAGTAATAAACTGactgcataaatgtatttaaaatatgtttgacaAACAGATTCACATTTCATTGGCATCTCAAAAAAATTGGTCTGGtaacatgcaaaatatatttgtaataaagaTGTATCAATCCGC
>XM_043255721.1
CCGAGCTCGCTTTCCATTTTGAGAATGGACGAACGGCCAACCGCGTCGCGCTTGAGAATGGACGGGAGCCAATCAGATCGCTCGCTGTCCGCTCCGTCTCTTGTGTGataaacccCAGAGATTACGTGAAAAAGATTCCATCTCTGAGTCCATATAATGCAGGTGGACAGTCATCCAACGGccttcaaaaaaacacaaaacaatcacAACTGTAATCCATACAACCCCAGAGGATGGATATGTGCACCTGGAACACGAGCCTGTTTATTGTCTTGACATCCGCAGCGGCTCTTCTTACATCTGAAGGGCTCTTGGTTCAAGGACCCGCTCAGCCTCTGGTGGCACATCTGGGGGCGTCCATCGTGCTGCCCTGCTCTGTGGAAACCCCATTACCTGTGGACGAGCTGGAGGTCCAGTGGAAGAGGACGGATGCTGAGACGCTAGTGCACTTGTTTCAGGATGGCCAGGACAGACCCGAGGCTCAGTATCAGTCTTACAGGCGTAGAGCACATTTCTTTCCCGAGCAGATCTTTAAAGGAAACTTCTCAGTCCTTTTGGAAAATATAACAGTTGCAGACACCGGTATCTACAGATGTGTAGTTTGCTCTTATCAGGATGTTGGAGAGATCTTTGTTACAATTCAACATGTGGAGCGTGTGGTTGTGACAGTAGAAGATCAGACTGTATTTGCTCGTGTTGGTGAGGATGTTGTTCTTAACTGCACGGTGGACTCACACATCCCTCCTCGACGCTTTGAAGAGGTCTCGTGGAAGAAGGTGGACAAGCGTCCGGACATCGTCCACGTGCTGCTTTTCCAAAACGGGACGATATTTCCAGGATCGTCTCACAAGCGTTACAGAGACAGAGCGGAGTTCTTCAGAGAGGAAATTCCCAAAGGCAACTTCTCAATGAGGCTAAAAAATGTCCAGACTGCTGATAAGGGAGAGTACATGTGTGAAGTCCACACAGAGAAATCAGTCAGCTCTGCAACTGTGGAAATTGGGAGGTTGGGGATGTCTGCTCTGCACATCACTACTCTGatgctttgctttgtttctctCTTGTTGACTTGTGCGTTAAGTATTCCAGTCCTAATCTTTATCAGCAAAAAAGATACGGACACAAAACCAATGTACGTGAACTACCTGCAAGCAGTCGGTCCTAACATCTGCTTGTGTGCTGCATTTGTTCTGTGGGGGGTTTCTGAAGGGTCTGTTGTCGAGTCAACAATGTGTGCGACAATTAATCTGACGaggatcattttattatttcttatggCCCCATATTTTAATTGGGATACTACTGTTTCTGTTAATTTTCCAGGTTTCATCCACAAAACGATCGAATTTGTAGCCATCCCCATCGCGTATCTTCTGATTTCCACAGCATTTTGCTCAGCTGTTCTTCATGATCTCTGGAATACATCTCAGTGGACCGAAGTTGTTCATTTCAGTGTTGGGATTATTCTGCTGTCATCCATGCCTGCACTTTTTCATGCCTTAAACAATGTTTGCTTCACACGATTTTTTGATACACATTCGTCAATACGATTTATTATAGGGTCACTTGGACATGTTCTCATGCAGTTAAGCAACTTTCTTCAAATGCGTCTTTTCTTCTTTAGATCAACAAACGTTGATGAATcCATGATCACAATGACATATGCCTTTGGGGGAATTTCTCTTGCCATATCATTAATAGTTCTTCCAATTCCAGCAATTCGACAGTACATTTGTTTAAACGTTGTCAAAAATCGACTTAATGCACTTATATGGAGATGTTATTTAGTTTGGGTAAACGTCATGGTTGTTACGCTCATTGGgcatactgcatttattttatattatctcAATAAAATTCTGGAGTACAATAAGGAGCGTTTTGGATGGATCTTTGTCACAGTTCTGCTTCATGTCCTGACTGCAATTGCACCCACACGATTCCCCAGAGCAGTTCCTGACGCAATTTACACTACTTTGTACATGTATGGTGTGGCATGTCTACCAGTGATCAACTCTATTTCTCTTGCCACAGAACTAATACTTCAAGTCTACAAGGGGGAGAGAACGGTGGATGATCTGCGTGTAATAGTGTTTGCGTTTGAAAGCATTATGTCCGGTGTATGGCTGGTTTTACAGATCCATGCATACTGGGCGGTTGGCGGTAGAGATGTACAGAGGGAGCTTTATGCATTGAGAGACCTTGCAGCACAGTGCACACCACAGCAAGGAGACATTGATGAATCAGATTTTTCGGAGAATCAACTCTCTGAGATCCAAGGACTTCAGCCAGAGGCAGCACCGCAAGATCTAGAGGCTTAAATCTTTATCTTATAAAGAATAACTAAATGCGATAGCTACCTATGTTATGTTTAATTCAATtgatttaaactgacaaaatTTCCATGCTCTATACTGTGTACAGTGAACACTGCTTACTCTTGTTTCCACCTTCAAATTGTTAACCTTTGCATTGTTAATGTTTATTCTCGCAGTAATAAACTGactgcataaatgtatttaaaatatgtttgacaAACAGATTCACATTTCATTGGCATCTCAAAAAAATTGGTCTGGtaacatgcaaaatatatttgtaataaagaTGTATCAATCCGC

Function

NR:

description
PREDICTED: uncharacterized protein LOC107567852

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_043255719.1 True 3095 mRNA 0.40 18 5118958 5125392
XM_043255720.1 False 2866 mRNA 0.41 19 5118958 5125392
XM_043255721.1 False 2621 mRNA 0.43 19 5118830 5125392

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
si:dkey-33c12.4 LOC107690151,LOC107733685,LOC107582527,LOC107708477,LOC107567855,LOC107678591 coding upstream 12898 5098574 ~ 5105932 (+)
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cpxm1a cpxm1a,LOC107708467,LOC107678553,LOC107567841 coding upstream 55366 5055153 ~ 5063464 (+)
LOC122356724 LOC107699313,LOC107582481,LOC107727371,LOC107678550 coding upstream 130606 4968173 ~ 4988224 (+)
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si:dkey-33c12.3 si:dkey-33c12.3,LOC107582528,LOC107733690,LOC107690152,LOC107567853,LOC107678577 coding downstream 155 5125547 ~ 5128857 (+)
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LOC122356791 LOC107733689,LOC107690150,LOC107582530,LOC107708385,LOC107678491,LOC106918274,LOC103144266 coding downstream 7097 5132489 ~ 5136230 (+)
sfxn5a sfxn5a,sfxn5,LOC107567846,LOC107733701,LOC107690191,LOC108262907,LOC100691010 coding downstream 73482 5198874 ~ 5212864 (+)
cdc25b LOC107690144,LOC107733779,LOC107582534,LOC107567856,LOC107718443,LOC107678573 coding downstream 127509 5252901 ~ 5259209 (+)
G90905 NA non-coding upstream 82714 5035359 ~ 5036116 (+)
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G90700 NA non-coding upstream 647086 4471065 ~ 4471744 (+)
G90659 socs5b,socs5,LOC107727375,LOC107586485,LOC107699300,LOC107708402 non-coding upstream 652962 4459639 ~ 4465868 (+)
G90957 NA non-coding downstream 272103 5397495 ~ 5435571 (+)
G90985 NA non-coding downstream 376250 5501642 ~ 5505510 (+)
G90997 NA non-coding downstream 398353 5523745 ~ 5525112 (+)
G91003 LOC107556907,LOC107666376 non-coding downstream 415100 5540492 ~ 5597345 (+)
G91124 NA non-coding downstream 639314 5764706 ~ 5765211 (+)
si:ch73-49p17.1 LOC107678601,LOC107727381,LOC107589548,LOC107708422 other upstream 120839 4992153 ~ 4997991 (+)
si:ch211-250c4.5 LOC107727386,LOC107699305,LOC107586489,LOC107708409,LOC107678597 other upstream 422988 4561648 ~ 4695842 (+)
G90660 epcam,LOC107699293,LOC107727368,LOC107586477,LOC107707148,LOC107678540,LOC107707150,LOC108422531,LOC107723711 other upstream 764899 4182499 ~ 4353931 (+)
pkdcca pkdcca,LOC107669579,LOC107739483,LOC107718010,LOC107695038,LOC107590011,LOC107586469 other upstream 1286280 3809053 ~ 3832550 (+)
prkn park2,LOC107739476,LOC107669573,LOC107696378 other upstream 1405067 3620406 ~ 3713763 (+)
rab11fip5a LOC107733767,LOC107690145,LOC107582533 other downstream 52326 5177718 ~ 5198404 (+)
ap5s1 ap5s1,LOC107693289,LOC107678575,LOC107718444,LOC107567857,LOC107582535,LOC107733789 other downstream 135644 5261036 ~ 5271247 (+)
lamtor3 lamtor3 other downstream 825825 5951217 ~ 5952517 (+)
commd8 commd8,LOC107666485,LOC107556927,LOC107733703,LOC107585230 other downstream 857126 5982518 ~ 5986979 (+)
akt3a akt3a,akt3,LOC107587843,LOC107666464,LOC107585250,LOC107666430,LOC103024575,LOC108422057,LOC106589689 other downstream 1129211 6254603 ~ 6358017 (+)

Expression


Co-expression Network