gdpd5b (gdpd5,gdpd5b,LOC107714175,LOC107666190,LOC107682503,LOC107756554)


Basic Information

Item Value
gene id gdpd5b
gene name gdpd5,gdpd5b,LOC107714175,LOC107666190,LOC107682503,LOC107756554
gene type misc
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056713.1
NCBI id CM032082.1
chromosome length 23709629
location 16004869 ~ 16043265 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

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Function

symbol description
gdpd5b Predicted to enable phosphoric diester hydrolase activity. Acts upstream of or within axis elongation. Located in plasma membrane. Orthologous to human GDPD5 (glycerophosphodiester phosphodiesterase domain containing 5).
gdpd5 Predicted to enable glycerophosphocholine phosphodiesterase activity and phosphatidylinositol phospholipase C activity. Predicted to be involved in positive regulation of cell cycle. Predicted to act upstream of or within several processes, including negative regulation of Notch signaling pathway; neuron differentiation; and regulation of timing of cell differentiation. Predicted to be located in membrane. Predicted to be part of axon; neuronal cell body; and perinuclear endoplasmic reticulum.

NR:

description
PREDICTED: glycerophosphodiester phosphodiesterase domain-containing protein 5-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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tbx4 tbx4,LOC107548556,LOC107664909,LOC107757041,LOC107685071,LOC107743740,LOC107589698,LOC106612866 other upstream 1076644 14912911 ~ 14928225 (+)
aifm4 aifm4,LOC107585620,LOC107685174,LOC107664913,LOC107743746 other upstream 2043062 13957197 ~ 13961807 (+)
G106376 cluh,LOC107685050 other upstream 2087607 13916573 ~ 13917262 (+)
G107148 nrip1a,LOC107587564,LOC107714172,LOC107666194,LOC107682571,LOC107756533,LOC107589737 other downstream 46492 16089757 ~ 16236341 (+)
lyrm9 lyrm9,LOC107756492 other downstream 470043 16513308 ~ 16514221 (+)
trim3a trim3a,LOC107587229,LOC107704783,LOC108433799,LOC108278293,LOC103363426 other downstream 1746580 17789845 ~ 17811203 (+)
G107558 si:dkey-285b23.4,si:dkey-285b23.3,LOC107748074,LOC107559010,LOC107575068,LOC107575069 other downstream 1788807 17832072 ~ 18116953 (+)
G107574 frem2b,LOC107730863,LOC107587905,LOC107704782,LOC108433801,LOC106520551 other downstream 2001752 18045017 ~ 18046904 (+)

Expression


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