G116632 (fabp10a,LOC107677662,LOC103026354)


Basic Information

Item Value
gene id G116632
gene name fabp10a,LOC107677662,LOC103026354
gene type misc
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056714.1
NCBI id CM032083.1
chromosome length 28146790
location 26810317 ~ 26812974 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>TU172255
acatgtaaatgcttttctatattcattttattacatttgatattatatataaatatgtttaatatataaacacaacatattttaaattaaatacacatgcatgagtttgcatttatatatacataataaatacacacggTATGCACAAATATGTCATgtaaagaaaacttttattttggttgttgtGATGTTGTGTGTgctctttttaaaatctatattttagattttataggCGATTTTAGACGTTAAGGTTTTGAATGCAGACGTTTAATAACATCTAAAAACACCATTgagtgtcaaaataaaaaatgaatggcatctgtttttatttatatttttgattgtaTTTACTCATTAATATGTTTCTGTTTATCTCAATGAATatcttttaaaagcatgcatagCCTATATGAGCCATTATGAGTGATGCATCATTAAAATGtcttcacattttttattttaatatttaaaaaaaaaaaaattcctgaaAGGTTGGACTAATTTCTCATGACAAAAATATTGTACTTGTCACACTGGAgcaggctgtgtgtgttttatatgacAGTTTCATACACTTTATTAATTACAGTAGATGCTGACCTGATGGTTTGGTGTTTTTGTATGTTACGGTTTACCCTGCTGTTCATATTTCAGCAGGTTTTATGGCAATGCTTATGTATTGCTTGTATCAAAtcataacaaacacacactggtaTGATAAATCAgagctttatttaaatcttcACATCTTCTTGCTCCTCCTGACCATGCTGGTTCCTGCTACTGTCAGcgtctggaaaaagaaaaagtcacatgTTCATATTTGCTCTGAGAGGGTTCCCGCCGGTTCTGAGCTCTGAGGAACACAAACCTCCACCATCTCTCCTCCCTTGATCTCCTGGATGTGAGAGAATCGATCCGTCTGACAGACCAGCTTCCCTCCCTCCAGCCTGACAATGCACTGAGCTTCTTGCCGTCCATGGTGGTGATTTCAGCTTCCTTGCCGATGGTGAAGGAGTTTGTGACGGTTTTTCCAGGGGTTTTGGATGTGATGGTGAAGTCGTTGCCGTTTTGTTGGATTTCAGTCACCGGTTTAACATCCTTGGCCATTTTAATGACTTCTTCTGGCAGAGCTGAAAGGAACAGAAGCACGAAGACAGCGAGTGAGGGGTCTAAGGTCACGCCTGCGAATTCAAACCAAAAAATGCAACGCTTTGGGAAATGCAACCGCCACGGTTTGACGGGAACTCACAGATGGCTCTCAGGAAGTCCTCGTAGTTCTCCTGCACGTAAACCTGCCACGTCCCGCTGAAGGCCATGTCCGCTGCTGGTCTGAGCGCCGGAGAGAGCTCACCGCTCGTCCCCGACCGGAGCTTATACTCACCACCGGTTTAATCATTCACGCTCTGGCAGGTTTCCACGCTGTTTGAACAACCCAGCGTTCGCTGACATTATCTGTGGGGTCGTGCATCTCTCAATGCGATAAGGGCATCCAGTCCGAGCTTTTGACTCGCATCCATTCATCTAGAGAATCTTAAACGAGATTTAGAAATCTGTGCAGTTTGGCGAAGTCAGagagttcatttcttcaggGATGCATTCAGTTGATTAAAAGCAACATGGCATGCATTTATACACAGAAGACTTCTGTCTCAAATAAACGGCGctcttctgaactttctataagattcttttcaaaaataaaacgaatCACTGCGTTCATGAAATATTGGTCAGCACtagtgttttcaacattgattcCAATCAGAAATGAGCAGCAAAGGATTTCTAATGTGCAtctattagaatgatttctgaaggattgtgacagataatgatgctgaacatGATGCTTTGATgcttcacatagaaaacagatagtttaaaaaaaaa
>TU172257
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>TU172260
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>TU172261
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>TU172263
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Function

symbol description
fabp10a Enables bile acid binding activity. Predicted to be located in cytoplasm. Is expressed in several structures, including eye; female organism; heart; liver; and pleuroperitoneal region.

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU172255 True 1893 lncRNA 0.39 2 26810317 26812909
TU172257 False 1796 TUCP 0.38 3 26810317 26812909
TU172260 False 1840 lncRNA 0.37 3 26810317 26812974
TU172261 False 1836 TUCP 0.38 3 26810317 26812909
TU172263 False 1817 TUCP 0.37 3 26810317 26812974

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
fam110d si:ch211-107n13.1,LOC107688188,LOC107707635,LOC107726719,LOC107564093,LOC107552531,LOC107671482 coding downstream 495472 26299517 ~ 26314845 (-)
LOC122360092 LOC107688189,LOC107564095,LOC107707648,LOC107671448,LOC107552527,LOC107726716,LOC107552528,LOC107671449 coding downstream 536626 26270993 ~ 26273691 (-)
LOC122360606 LOC107552511,LOC107671451,LOC107707651,LOC107688191,LOC107552530 coding downstream 540172 26267933 ~ 26270145 (-)
LOC122360603 LOC107707651,LOC107688191,LOC107552530,LOC107552511,LOC107671451,LOC107564104 coding downstream 542968 26264744 ~ 26267349 (-)
LOC122360602 LOC107726716,LOC107707650,LOC107552528,LOC107688189,LOC107564095,LOC107707648,LOC107552525,LOC107671450 coding downstream 546684 26259976 ~ 26263633 (-)
ubr5 ubr5,LOC107677650,LOC107659085 coding upstream 9183 26822157 ~ 26868971 (-)
LOC122360494 LOC107677651,LOC107565755,LOC107729815,LOC107601969 coding upstream 65697 26878671 ~ 26888899 (-)
LOC122361111 atp6v1c1a,atp6v1c1,LOC107601989,LOC107729816,LOC107659089,LOC107565754,LOC107724997 coding upstream 144667 26957641 ~ 26969940 (-)
LOC122361113 NA coding upstream 262530 27075504 ~ 27078615 (-)
spire1b spire1,LOC107565753,LOC107677663,LOC107601988,LOC107659090 coding upstream 367663 27180637 ~ 27204293 (-)
G116648 NA non-coding downstream 66528 26741576 ~ 26743789 (-)
G116647 NA non-coding downstream 70456 26739105 ~ 26739861 (-)
G116633 NA non-coding downstream 131416 26620290 ~ 26678901 (-)
G116638 NA non-coding downstream 136938 26672924 ~ 26673379 (-)
G116611 NA non-coding downstream 424310 26385798 ~ 26386007 (-)
G116670 srsf10a,srsf10b,LOC107724996,LOC107677658,LOC107729809,LOC107659087 non-coding upstream 3146 26816120 ~ 26818848 (-)
G116666 NA non-coding upstream 4058 26817032 ~ 26874360 (-)
G116696 NA non-coding upstream 340372 27153346 ~ 27213613 (-)
G116700 NA non-coding upstream 342121 27155095 ~ 27157490 (-)
G116710 NA non-coding upstream 426012 27238986 ~ 27240139 (-)
G116654 myom3,LOC107659064,LOC107729819 other downstream 1171 26807120 ~ 26809146 (-)
LOC122360302 man1c1,LOC107713850,LOC107564091,LOC107665908,LOC107729795,LOC108426368,LOC101882461,LOC107601975 other downstream 303265 26421718 ~ 26507052 (-)
G116604 slc9a1,LOC107688187,LOC107564092 other downstream 426130 26379672 ~ 26384187 (-)
LOC122361130 LOC107568872,LOC107728981,LOC107671434,LOC107592106,LOC107707640,LOC107688200 other downstream 1099631 25664719 ~ 25710686 (-)
serinc2l serinc2l,LOC107587884,LOC107704843,LOC107732828,LOC107755451,LOC107597105 other downstream 2336952 24414226 ~ 24473365 (-)
G116668 NA other upstream 61424 26874398 ~ 26876610 (-)
G116677 NA other upstream 141246 26954220 ~ 26955834 (-)
LOC122360878 NA other upstream 181000 26993974 ~ 26998359 (-)
G116745 plekhg4b,LOC107569053,LOC107659069,LOC107601962,LOC108426379,LOC107729806 other upstream 545733 27358707 ~ 27360829 (-)
LOC122360079 NA other upstream 707216 27520190 ~ 27579866 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
eurasian perch (Perca fluviatilis) G76426 NA non-coding NC_053118.1 CM020915.1 27362279 ~ 27363012 (+)
mexican tetra (Astyanax mexicanus) G75882 NA non-coding NC_035904.1 CM008307.1 23274570 ~ 23275013 (+)