fam8a1b (fam8a1,fam8a1b,LOC107715098,LOC107593650,LOC107595671,LOC107723574,LOC107657622)


Basic Information

Item Value
gene id fam8a1b
gene name fam8a1,fam8a1b,LOC107715098,LOC107593650,LOC107595671,LOC107723574,LOC107657622
gene type misc
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056714.1
NCBI id CM032083.1
chromosome length 28146790
location 16232972 ~ 16239506 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>XM_043260722.1
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atttcaagcAAAATAGATATAGAATAATTCAATTGAGATGTTTAGAAAGAGTGGATTTTACTATCAATgttctattttataataaaaatcattgcaTTTTA
>XR_006252795.1
ACCGACTTCGTCATCACAAAACGAAACTGTCATGGCGGAATTAGACGAAAACGCTCGTGATAAGGAAAAATCGTTAGCCAAAAACAGTAGAACTGAGGACGGcgaaaacatgaaaacacagaTTCACAAGCCCCGTTCCCAGGGCAAGAAAGACGCGTCCGCCGCTGTTACCACCACGGAGTACTGCGAAAAATTACAGGAATGGATGTGGCAGTACTACTACAGCTATATGAACTGGCAGAGCTGGATAGCCATGTCTGCGTTTTCCTTCCCACCGTGTTTCCCAACGCAAGGAATAAATGAAACGCCCGGGGCGACGACATGGGGTGCGGATATGTCTAACGGAGACCCTCGCCACTGGTTCAGCAGCCCGTTCGGGTTTCCCGCTGCGGCGGCGAGCGTCGCGGCTCCGGCTGCCGAAGCGAGTCCTCGAGCTCAAGCCTCAGCAGCCGCGCAGCTGCctcagcagcaacaacaacagcagcagcagcctaaTGGGAACGCTCAACAGCCAGGTAGGGAATATTCTATTCCCTCTCCTCTTCAAAGATTCTTGGCAGAAATGGTggatttctttattctttttttcatcaaagcTACAATCATCCTCAGTATTGTCCACTTCAGTGGAATGAAGGACATCTCAAAGTTTGCCATGCACTTCATCGTAGAGGAGATCGATGAGGACACGTCGATGGAGGAACTGCAGAAGATGATGCTTGTGGCTCTAGTGTACAGGATATTAGTTTGCTTTTATGAGATCATATGTATTTGGGGAGCTGGTGGGGCGACACCAGGGAAGTTCCTCATTGGCTTACGAGTGGTCACATGTGACAGCTCCGTCCTGGTTCAGCCAAACCGCGTTCTCGTGGTACCGGCGACCAACGTCACGCTTTCAGCGTCGACAGTGAGAGCATTAAACAAGAACTTCTCCATCGCTTTCTTCTTTCCAGCGTTCATCACgcttcttttctttcagcacaACAGGACTGTGTATGACATTGTGGCCGGCACCATTGTGGTCAAGAGAAACAGGCTTAGATGACTGTCACTGAAATCGATACCAACTCAAAattgtaatgcaaaaacaagCTCATAGACAAATGAGAGCAAATCAGCTGGAGTGACACGTACTGAACTGAACTAAAGCTATTGGCCTCTCGAagaactgtcactttaagagctgaaCACGGTATTTCCAGTATTTCTCACCCATCTTCTCTGGACACCTGGTCTTAAAAGCATGAACTGCTTTCTCAgaagtattttttaatcatttgtggtgacatctttaaatatttttcttgtgcCAAAAAAGATAATTTATAAATGAGCTGCTTCACAATACTTGAACTTCCTCTGGTACATGCATTtcatctctgtttctctctgtttgttaATGTATGTGAATTATGGATCTGGATATTTACTATGAATATTCTTTGACTAATGGAATTCGAAAAAGAATTAACGTTTCTCCGAATGCAATATAGTTTGGTTATATATCCTAATCTACTGACTGGATTTGTATTacagatgaatgttttgtaCCTAATTATTCGTCCCATTTTATGGCCTTTAAcatctaaaaaaatttttttagctgttttgCATACTGTAAGTTTCACTGCATGCCTTTTTCAGCTCTGAGTTCTGTGCTATTCTAAGCTTGAGCACTTTAAGTTGCCTCattctttttcagtttgtttttccttttggaTTGTTTAGATGTGGCCAgatcataaataattaaatgatgtcCCAGAGAAAGCCTACTGTGGCGTCTCTGTTTATAAATGGACCATTTATACCAATAACAATCCTTTCAATAGACACGTTTAAACAGGGATCTATAGCACATGAATAAGGGATTCGTTTTTTTGAAATTGGGTTTACATGTGCAGATGCAGAGTAGGTTGCATTAGGGTCGTTTCCAAATATCTGTAAGAGTCAGAATGTGGACAAACTGAGTAAGCAACTATTTAGATGCCTGTTAAAACATATTccatacaaatttaaaatagttcatttttCATAGGACTGGACCGTAATAAACCTCTGAATGATGGTCAtacatgtaaagaaaaacaattaatttaaaagaatgatgctctttaaatattttgaaataaatacttaaCCTAACCAATATGGTACTGATATATTGTGTATCACTATTGTTCAGCGGATAGTCTGCTTTTAAATTACGTGAATTGAAGAAAGGCAGTGATCATTTGTATTGTGTTGGACAGATAATGTGTATAAAAGTGACTGGCATCTGCTCGTAACAGGTGTTCTCGTCAGTTGAAACGATTCACCAGTAGATGGCGGGAGAGCGCTGATTTGCCATGGAAACTGCCTGTGGATACTGAAGTCATGGCGtgtatatttaaagacaaaatgtttataaaacgGGTGGTTACAGCTAGGGTTTCTGGTTATTAACAACAGCTACGAAGTGTGCGCTATATAACTGCACGCCTTCTATAATTTATCGTTTTATCCGGAAGTGTGTCAGAATTCCAGAGTAGTTCTCCCCACACTGACCATTCTGGGAATTTTGTACAAATCTACCCATCATTAAATGTTATAATCCTTCACGTCACGTTTTATAGTGGAGCTTAAAATACTACCTCTTTGGTTACCTGCAGTCTTCAGGATATCTACTTAATGGGTCCCACAGAATGGGTCGTGAACGATATGatgggcatatgatttatttgcaaaagcatAATAAATGGTTGACTGTGTTCCTGTAGGCCCAGCAGAAGGCTTTCTCCAACACAGACCCTCATCGCTCAAGTCAGATATTTTCCTTTGCTATGCACCTTTCAGTTTGACCCAGCCGACTTTGAACCTTTTGACCCTTTCATTATCAGAATGATAGCACCGATGTTGCACTGCAGTTATCAGTGAGTAGTGCCCAGCCACGCTCGCCCTGACTTTGTTTATCTCTCAAGTCAGACTGAGAATGCTACGCCAACTATATGACGTCATTGTGATCCAGGGCTCTGTGTGGGGGAATCCAGTCACTTTCATGTTGCTATTATGATAATGCTGGctcattatatataatttgttagaaaaaaaaataatccctTCTGTAGAAGGACGTCAAGCTAAAGTGTTCAGCAGGTGTCTCTCTGATCTggtcttttaaaatgtctggcaatgaatgtgaaaatgttgGCAGGTACTATAAAAGCGCATTCATGTATACACGCTCGtgcaagttttgctgttttGAAGTGGTCTGAAAGGTGAGAGAAGGAAAGGACACAGTCGGGCTCTAAGGCATGTTGTCAGGGGCTCCCAAACAACaagctgattggctgattgcACAGCGTTCTGTCATTAATTGGTGATGTGTTTTACTTTCTGTAGTAATGATGTCATCAGTAGCCAATCAAAGTGCCATGGTGACTGTGATTGGTGTGATCTGATTGGCTATTCCGTTGAAAATAAGATGGGGTTGGGTTTCTCATCATCCAAGACTGATGTTCACTCTGAGCTTTTGCAAAATGAGTCTGCTCTTCCGAATCAATGATCAAAATGACAATAGCGGGGAACAGTGCTCTCAAAACAGCAGTAAAATCGTCATTggcatttttactttattaccCCAAGACAGCAGCATACAGTGTTGAATTGTAACTTAATGTCGTCGTCTTGTACTGTCGAGAAACGAGGGGATTTCCTCATCCTTTATAGACAGTTGTTAAAGCCATATACTGCTTAATAGAAAGTTAGCACAGTGAAACATGGAAGTGCAAGAAAAAACATTGGTTTGTGGAGGTAGATTTGATTAGTATATGACTTTAATTATACCAATGGGAAGTTAAATCGCAATGCCATGTAGCACACTTTACATGCTATAGAAATGTATcgaaatatacagaaaaacatatagtaaaaatacatatattccTCAGTTTGAGGCCAGTCATCCTCTGAATTTAGCACAGACTGTTATCACAGTTCAAAAGTGCTGACCAACCTTGTCAATGTCCCCGAGTCTGTCTGCAAGGATATTAATGTTTAACACCTCCCAGGTTTACACACTGACAGGCGTCTAACTATGTTTATGTGACTCATTGCTCTCTGGCAGACGTTTTAATTAGTGATCCAGCTGCAAGAGAATGGAGACTTCAATGTCCATTATAACGGAAGGTGCTGAGATGAGAATGGATGGGGGGGTTAATCTCAGAAGGGACAGATTTGGCGGCAACACTGTGGGAGAGGCAGCAAAGCATGTCTGTCATTCATGACTATATGTTGGACTTTCTGTCTGCTGTGTGATGACTTGATTTAAAcctgtaattaattattaaaatccTGACTGGGGGCTTTATTCAGTGGCAGCTGCTGGTGAATCACAGGGACTGACAGCTTGCCAGAGCTTCGGTATACTAGAAGATAGACTACAAGATCATAGGGGACAGCCATACAGTCCTTGTCTAAACAGCATGATCAAATTTGTGTATTCAAATAGGCCATTCCACTGGAAAGTTATGTTTGTAGGTTGGGAAAGTGACCACTAGATCGTTGACTTACAGTCATACTCATTTATGGCCCAATTACTTTGAATGAACATTTGTTGACATGAGGAATTCTTGAATCTGGTCCTCGGTCATTCGGGAATAGTGAACTCAGTCATGCTGCACAAAGGGGAAATTGTCTGCCCGGCAACAGTATCAGTGTTTACTAAACAATTCAGGCACAGCAAATTCACAAAATCAGGAAGTtgtgctgaaaaaaatgtatttcaagcAAAATAGATATAGAATAATTCAATTGAGATGTTTAGAAAGAGTGGATTTTACTATCAATgttctattttataataaaaatcattgcaTTTTA

Function

symbol description
fam8a1b Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Orthologous to human FAM8A1 (family with sequence similarity 8 member A1).
fam8a1 Predicted to be involved in ubiquitin-dependent ERAD pathway. Part of Hrd1p ubiquitin ligase complex.

NR:

description
protein FAM8A1-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_043260722.1 True 5101 mRNA 0.41 5 16232972 16239506
XR_006252795.1 False 4863 transcript 0.41 6 16232972 16239506

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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derl1 derl1,LOC107593655,LOC107657695,LOC107714924,LOC107736822,LOC107699495,LOC107595682 coding upstream 16976 16256482 ~ 16264542 (-)
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bcl3 LOC107715119,LOC107596570,LOC107723427,LOC107593656 coding upstream 41381 16280887 ~ 16301782 (-)
G113281 NA non-coding downstream 36295 16120326 ~ 16196677 (-)
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G113300 NA non-coding downstream 40283 16190862 ~ 16192689 (-)
LOC122361072 LOC107723533,LOC107657692 non-coding downstream 165427 16066166 ~ 16067545 (-)
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G113325 prss59.1,LOC107595716,LOC107739933,LOC107657703,LOC107735769,LOC107699485,LOC107593705,LOC101066992,LOC108431067,LOC102234122 non-coding upstream 112764 16352270 ~ 16357623 (-)
LOC122360769 NA non-coding upstream 248612 16488118 ~ 16494739 (-)
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atxn1b atxn1b,LOC107699498,LOC107595586,LOC107723489,LOC107593649,LOC107657690,LOC107736225 other downstream 4506 16218661 ~ 16228466 (-)
G113267 LOC107699468,LOC107715083,LOC107596252 other downstream 91737 16139319 ~ 16141235 (-)
G113275 zgc:136493,LOC107699466,LOC107714862,LOC107596560 other downstream 219221 16012964 ~ 16013751 (-)
adnp2a LOC107714821,LOC107699502,LOC107723537,LOC107595567,LOC107657688 other downstream 226501 16001313 ~ 16006471 (-)
G113220 LOC107714743,LOC107699517,LOC107595378,LOC107657670,LOC107593630,LOC107723558 other downstream 371079 15857599 ~ 15861893 (-)
esrp1 esrp1,LOC107687807,LOC107706288,LOC107593677,LOC107657715,LOC107723447,LOC107706528,LOC107595837,LOC107687825,LOC107657630,LOC107723411,LOC107593711 other upstream 346578 16586084 ~ 16682178 (-)
onecutl onecutl,LOC107741751,LOC107663311,LOC107689849,LOC107732477 other upstream 1572864 17812370 ~ 17830977 (-)
lmna lmna,LOC107704890,LOC107598000,LOC107671682,LOC107587813,LOC107741735,LOC107723101 other upstream 1955965 18195471 ~ 18239269 (-)
slc45a4b slc45a4,LOC107704898,LOC107587808,LOC107741725,LOC107671711,LOC107552861,LOC107723109 other upstream 2117911 18357417 ~ 18367273 (-)
mroh1 mroh1,LOC107741723,LOC107724794,LOC107671755,LOC107704831 other upstream 2253120 18492626 ~ 18520287 (-)

Expression


Co-expression Network