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Basic Information

Item Value
gene id clcn1b
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gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056714.1
NCBI id CM032083.1
chromosome length 28146790
location 8731697 ~ 8758899 (-)
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Sequence

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agagaaggaaagaggtAGAACAAAGGACCGGTTACAGCATCATGCCAACAGACAGTTTTGTAGTGAAAGATGGCAGTAGAATCGTACAAAAAAATCAGTCCGTCTGTAAACACAAATGATAAACAACTACATCCAAGGAAATACATTTg

Function

symbol description
clcn1b Predicted to enable voltage-gated chloride channel activity. Predicted to be involved in chloride transport. Predicted to act upstream of or within ion transport and transmembrane transport. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be integral component of plasma membrane. Is expressed in muscle. Human ortholog(s) of this gene implicated in myotonia congenita. Orthologous to human CLCN1 (chloride voltage-gated channel 1).
clcn1 Enables protein homodimerization activity and voltage-gated chloride channel activity. Involved in chloride transmembrane transport and muscle contraction. Is integral component of plasma membrane. Implicated in myotonia congenita.

NR:

description
chloride channel protein 1

GO:

id name namespace
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GO:1902476 chloride transmembrane transport biological_process
GO:0044070 regulation of anion transport biological_process
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0030554 adenyl nucleotide binding molecular_function
GO:0005247 voltage-gated chloride channel activity molecular_function

KEGG:

id description
K05010 CLCN1; chloride channel 1, skeletal muscle

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_043260963.1 False 5607 mRNA 0.43 24 8731697 8757465
XM_043260964.1 False 5493 mRNA 0.43 23 8731697 8758899
XM_043260966.1 False 5508 mRNA 0.43 24 8731697 8757226
XM_043260967.1 False 5543 mRNA 0.43 23 8731697 8757465
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XM_043260969.1 False 5149 mRNA 0.41 18 8731697 8744720

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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G110554 cbx3,LOC107596654,LOC107743152,LOC107744695,LOC107550827 other downstream 429452 8298789 ~ 8302245 (-)
G110544 NA other downstream 515102 8216029 ~ 8216595 (-)
mkxb mkxb,LOC107681765,LOC107566716,LOC107691300,LOC107550429,LOC107747522,LOC107708850 other downstream 639242 8082900 ~ 8092455 (-)
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LOC122360812 cobl,LOC107746964,LOC107684220,LOC107551210 other upstream 2098621 10857520 ~ 10883424 (-)

Expression


Co-expression Network