LOC122361655 (odc1,LOC107687839,LOC107687948,LOC107753348,LOC107758719,LOC107558486,LOC107687945,LOC107753347,LOC107758716,LOC107687860)


Basic Information

Item Value
gene id LOC122361655
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gene type non-coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056715.1
NCBI id CM032084.1
chromosome length 22256391
location 18650479 ~ 18667122 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

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Function

symbol description
odc1 Predicted to enable ornithine decarboxylase activity. Acts upstream of or within eye photoreceptor cell development. Predicted to be active in cytoplasm. Is expressed in neuromast and ovary. Orthologous to several human genes including ODC1 (ornithine decarboxylase 1).

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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TU180567 False 1880 lncRNA 0.46 4 18650479 18653372
TU180577 False 3959 lncRNA 0.42 1 18663164 18667122
XR_006252999.1 False 5255 lncRNA 0.38 5 18653049 18664310
XR_006253000.1 True 5352 lncRNA 0.38 4 18653049 18664310
XR_006253001.1 False 4228 lncRNA 0.40 4 18653049 18664306
XR_006253002.1 False 5141 lncRNA 0.39 4 18653049 18664495
XR_006253003.1 False 5253 lncRNA 0.38 5 18653049 18664311
XR_006253004.1 False 5247 lncRNA 0.38 5 18653049 18664311

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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trappc12 trappc12,LOC107684236,LOC107687835,LOC107753354,LOC107723257,LOC107589762 coding downstream 260825 18373990 ~ 18389654 (-)
psen1 psen1,LOC107684238,LOC107753355,LOC107687832,LOC107723284 coding downstream 295372 18347425 ~ 18355107 (-)
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G122240 LOC107753347,LOC107687945,LOC107558486,LOC107687860,LOC107758716 non-coding upstream 2806 18669928 ~ 18673941 (-)
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LOC122361748 NA non-coding upstream 348475 19015597 ~ 19020095 (-)
LOC122361943 NA other downstream 5487 18631257 ~ 18644992 (-)
LOC122361613 NA other downstream 368907 18279458 ~ 18281572 (-)
LOC122361562 otofb,LOC107752720,LOC107701524,LOC107723281,LOC108423539 other downstream 646265 17982051 ~ 18004214 (-)
acyp1 acyp1 other downstream 686498 17962289 ~ 17963981 (-)
LOC122362005 crim1,LOC107582940,LOC107679775,LOC107662656 other downstream 2699041 15829484 ~ 15951438 (-)
G122247 NA other upstream 119760 18786882 ~ 18790880 (-)
LOC122362226 vps39,LOC107707670,LOC107572021,LOC107687842,LOC107558491,LOC107687939,LOC107758712 other upstream 152541 18819663 ~ 18836620 (-)
ralgapa2 ralgapa2,LOC107687934 other upstream 480209 19147331 ~ 19282456 (-)
LOC122362030 cldn20,tfb1m,LOC101886267,LOC107571061,LOC107675320,LOC107573130,LOC107728965,LOC108443299,LOC108269830,LOC107680107,LOC107728964,LOC107675319 other upstream 1157337 19824459 ~ 20053139 (-)
LOC122362234 kif26a,kif26ab,LOC107739214,LOC107662598,LOC107732702,LOC107559913,LOC107586892 other upstream 1889601 20556723 ~ 20636159 (-)

Expression


Co-expression Network