si:ch211-202f3.4 (si:ch211-202f3.4,LOC107732402,LOC107662605,LOC107559907,LOC107586858,LOC107739220)


Basic Information

Item Value
gene id si:ch211-202f3.4
gene name si:ch211-202f3.4,LOC107732402,LOC107662605,LOC107559907,LOC107586858,LOC107739220
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056715.1
NCBI id CM032084.1
chromosome length 22256391
location 20803157 ~ 20813946 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>XM_043263072.1
TGTTTTTCAGCTGCTACCGCAGCAACTGTAATTGTGTCAATTGCTTATCAGACTTGCTCTATTTTAAGAAACAACTCAAGTAACTCAATCTGCAAACAGGCCAAGTGGATTTGCAGTTGCACTCTGTTTTTTGAACTCGGTGGAGACGGGAGCAGGTCAAAAAGCGGCAAAACGATTCTGGGTGAAAAATGCCTCCCCCCGATGGATACCACCACAACTCAAATGAAGATGATGTGAATTCTCCTAACAGTCCTTTGAACTTCCTGGATCAGAACTACCAGGAGCTGCACCAGAACTGCCTCACTGAAAACACACTTTACAATGATGAGTTGTTCCCTCCAGACAACAGCTCTATTGGCTTGTTTGATGACCTGCCACCTCAGGTTGACATGTCTCAAGTTGTGTGGAAGCGGCCAGCTGAGTTGGTGTCAGACCCTAATTTAATCGTAGATGGCGTGTCCAGGTTTGACTATGCACAGGGAAGTGTATTAGgaAACTGTTGGTTTTTGGCTGCTATTGGGGCACTAACTTTTGAGAAGGATATCATAAAACAAGTCATGCCAGCTGAACAGTCATTCACCAAGGATTATGCTgggatttttcattttaggTTTTGGCGATTTGGTAAATGGGTTGATGTTGTTATTGATGACCACCTTCCAACTATTGATGATGAACTACTTTTTGTGTGTTCGAAAACATCTAATGAGTTTTGGCCTGCCTTACTGGAGAAGGCTTATGCAAAGGTGTGTGGATCCTACGCTGACTTGCATGCTGGTTTCATATCTGAGGCCCTGATGGACTTCACTGGCGGGACTCATATGTATTATACGCTGAATACGGCTCCTGCTGATTTGTGGAAAATCATGGAATGTGCATTCAAGTCAAAAACACTTATTGGCTGTGGCTCTAATTCAGCGACAACACCTGAAGAAAACGAGTTACTTCATGGCATAGTTGCGGAGCATGCTTACACGGTGACAGGGGTTTTTGAGGTGATGAGTGAGGAAAATGCAGTCCAGCTGGTAAGATTGTTAAATCCATGGGGCGAAGAAGAGTGGCGAGGAGACTGGAGTGATGGATCACCCGCATGGGACACTGTTTGCGAGGAAGTCCGCAAAATTTGCCATGAAGTTTTAAATAACGGGGAGTTCTGGATGTCAATGGAAGACTTTAccaacatttttgaaaacatcgACATCTGTTGTCTCTGTCCTGATTTTCTGGACGACTCTGCTGAATGTCACTGGACCTCAAAACGGCATTTTGGCAGATGGAATGCTATGATTACAGCGGGTGGTGACATAAATGAGACAGAGACCTTCTGGATAAACCCTCAGTTTCGGGTGAAAATTGATGAGCTTAATGAGGAATGCGCTAGTGGCCAGCGTCCTGAAAATATACTGGTGTCCCTCATTCAGAACCACGAGAAGAGAAACAGAAATAGCCaagaaaattttaatattggcTTCTATGTTTTTGAGATACCATTCGAGatgagAAGTCAAAGCGGCAGGTTTTCGTCCGAGTTCTTCATTGATAGAGAACCTGTGGCACAGACTGATGAATTAATATGGTTTAGAGAGGTGATGAAATTCTTCAGGCTGGAGCCGGGAGAGTATTTGATCGTACCTTGCACAGAGAATCCGGGTGAAATGGCTTCCTTCATCCTGTCTGTTTATTCAAAGAATGAGACACACTTGGAAGATATTCAAGAAAATCCAGAGTAGAATGGAGACCTTCTTGATGAGGGTGAGGTGAACATTTTAGAGTCTGTAGATCTTTATTGCTAGGAATCACTAGGAATCAGTATgttctgctttaattttttcTCAGTCAATAAtatagggaaaaaaagagaaatgtactGTTTTATTCAAGAGGTTTACCTTTAtttgccaaatatttttttttggtttgtaaaGCAAACCTTTTGGGAGAGTAGTACAGTAGCCCAGTTGCTactgtagttttaattatttaaatagtttatatactactgtaaaaaaaaaaaaagaatgaaagtgtGTCATTATATCAGAAAGTGCATGTAATTCTTTTGTCAATTCCAAATAATTTATACTGCTGCAGGCATATATGCATGAAAAGCTTTGATGcatcaaagcaaaaataaaaaaggtagaATGTATTATAAGTATTGGTCACCTGTTTAGAGAAGCCATATGTCATGAGTTCAGAGGATCATATGTCTGTTTAGAAATCTGTCAGTGAAGCTTCTTAAGCTCAAAGCACATGGTGCTTATGAAGGTACAAATTAGACCTAGATTGCAGTATAAGTAATTTTGGATTAAAgtgtctttaaaatgaataaatgtaaatacaaactaTGTAATTTATCAGTCGAGTGTCGGTTTTGTTGTGGTGTTTGTCCCAAGCCACTATTTGATGCCAACAAGCATCTATTGTATATTTGTCTTTCAGTGGAATGACACCTGTTAtttctaatttctaattttagtgCCAGAACTGATTGcagatgattaaaaataaaaattgcatttaagtGTAACTAAAAGCTTGCTAAAGCAAGGCTAACTTATAGATATTTGGCAATAAGCCTAAATGAATGTTGGCTGACTTAAACAGCTATTTGACACACTCCCTTTCAATATCTGGGGAATATATGCATCTATTTTTAACAGCTAACAACTAACTCTTACTTACTCTCAATATTTTGCTGACAGATCTTTTGACAGCATGTGTGGAACaacattatttctttctttttcttttttttataacttctCTTGTTCAATTTACTACAGTTTCTTCAAATAAACActagttcaaataaataaataaccttttattgcttttcagaCCAAAATTTGTTATCCCTTGGAAACTTGTTATGATTTTTAAGgtaatacattttgacatttgcattACGTATAGCTCCATACATTTGCTTGCATAGTTTCTTGCTTGGTATATCATGCAGCACAGCACTTCACTTGAGTACAAGttcaataaagcattaaacctttagtgtaatttaatttctgaaacGCTATGAATAAACAAGCTGAAGTATTAAACGGGCACAGAGTAGTTCACGCAAGCATGAAACACCTTCATGGTAAAACACTTGTCACTTAAATGcaataagcatttattaaaaataatatatatataactgatgaaaaaagaagaaacatagtTCTAGGGACATTTGTTTATggtttttcaattattatatgttgatttgttatttaaaaaatatataataatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtgtgtgtgtatatatatatattgacacaTTTTGACACATATATATCCATGTGTCACGtcttttgttttgattgtcccatgtgctctgtttGCCCTACTTTTCGTTTCAGTTgattgtcttattgtgttcagctgtgtctcattaATGTAGTAAtttgctttgtgtatttaagtccagtttgttacatttcagttttttttttgtccgatcgtcgtctttaatatgtgtggtttttgttctgcctgcttgcagctatattgtttatttcatgtgtAGAAAATTAAgactatttatgttatattgtcATCTAGCGCTCCTTCTCTCTTAAACCACACCATggcatttttacaatattttagttCACAGTGTACTATATGTTTCCTGCAACGCTGTGCTtgtgttctctctcttcttctcaaATAAActagtattactattatttaaatctga
>XM_043263073.1
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>XM_043263074.1
TGTTTTTCAGCTGCTACCGCAGCAACTGTAATTGTGTCAATTGCTTATCAGACTTGCTCTATTTTAAGAAACAACTCAAGTAACTCAATCTGCAAACAGGCCAAGTGGATTTGCAGTTGCACTCTGTTTTTTGAACTCGGTGGAGACGGGAGCAGGTCAAAAAGCGGCAAAACGATTCTGGGTGAAAAATGCCTCCCCCCGATGGATACCACCACAACTCAAATGAAGATGATGTGAATTCTCCTAACAGTCCTTTGAACTTCCTGGATCAGAACTACCAGGAGCTGCACCAGAACTGCCTCACTGAAAACACACTTTACAATGATGAGTTGTTCCCTCCAGACAACAGCTCTATTGGCTTGTTTGATGACCTGCCACCTCAGGTTGACATGTCTCAAGTTGTGTGGAAGCGGCCAGCTGAGTTGGTGTCAGACCCTAATTTAATCGTAGATGGCGTGTCCAGGTTTGACTATGCACAGGGAAGTGTATTAGgaAACTGTTGGTTTTTGGCTGCTATTGGGGCACTAACTTTTGAGAAGGATATCATAAAACAAGTCATGCCAGCTGAACAGTCATTCACCAAGGATTATGCTgggatttttcattttaggTTTTGGCGATTTGGTAAATGGGTTGATGTTGTTATTGATGACCACCTTCCAACTATTGATGATGAACTACTTTTTGTGTGTTCGAAAACATCTAATGAGTTTTGGCCTGCCTTACTGGAGAAGGCTTATGCAAAGGTGTGTGGATCCTACGCTGACTTGCATGCTGGTTTCATATCTGAGGCCCTGATGGACTTCACTGGCGGGACTCATATGTATTATACGCTGAATACGGCTCCTGCTGATTTGTGGAAAATCATGGAATGTGCATTCAAGTCAAAAACACTTATTGGCTGTGGCTCTAATTCAGCGACAACACCTGAAGAAAACGAGTTACTTCATGGCATAGTTGCGGAGCATGCTTACACGGTGACAGGGGTTTTTGAGGTGATGAGTGAGGAAAATGCAGTCCAGCTGGTAAGATTGTTAAATCCATGGGGCGAAGAAGAGTGGCGAGGAGACTGGAGTGATGGATCACCCGCATGGGACACTGTTTGCGAGGAAGTCCGCAAAATTTGCCATGAAGTTTTAAATAACGGGGAGTTCTGGATGTCAATGGAAGACTTTAccaacatttttgaaaacatcgACATCTGTTGTCTCTGTCCTGATTTTCTGGACGACTCTGCTGAATGTCACTGGACCTCAAAACGGCATTTTGGCAGATGGAATGCTATGATTACAGCGGGTGGTGACATAAATGAGACAGAGACCTTCTGGATAAACCCTCAGTTTCGGGTGAAAATTGATGAGCTTAATGAGGAATGCGCTAGTGGCCAGCGTCCTGAAAATATACTGGTGTCCCTCATTCAGAACCACGAGAAGAGAAACAGAAATAGCCaagaaaattttaatattggcTTCTATGTTTTTGAGATACCATTCGAGGCGAGTGGAAACAAACCTAAATatgagAAGTCAAAGCGGCAGGTTTTCGTCCGAGTTCTTCATTGATAGAGAACCTGTGGCACAGACTGATGAATTAATATGGTTTAGAGAGGTGATGAAATTCTTCAGGCTGGAGCCGGGAGAGTATTTGATCGTACCTTGCACAGAGAATCCGGGTGAAATGGCTTCCTTCATCCTGTCTGTTTATTCAAAGAAT

Function

symbol description
si:ch211-202f3.4 Predicted to enable calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity. Predicted to be involved in proteolysis. Predicted to be active in cytoplasm. Human ortholog(s) of this gene implicated in eosinophilic esophagitis. Orthologous to several human genes including CAPN14 (calpain 14).

NR:

description
PREDICTED: calpain-2 catalytic subunit-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_043263072.1 True 3759 mRNA 0.36 14 20803157 20813946
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XM_043263074.1 False 1713 mRNA 0.44 13 20806368 20813946

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC122361898 LOC107679809,LOC107739222,LOC107559908 coding downstream 5773 20795021 ~ 20797384 (-)
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LOC122362234 kif26a,kif26ab,LOC107739214,LOC107662598,LOC107732702,LOC107559913,LOC107586892 other downstream 166998 20556723 ~ 20636159 (-)
LOC122362030 cldn20,tfb1m,LOC101886267,LOC107571061,LOC107675320,LOC107573130,LOC107728965,LOC108443299,LOC108269830,LOC107680107,LOC107728964,LOC107675319 other downstream 750018 19824459 ~ 20053139 (-)
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LOC122362226 vps39,LOC107707670,LOC107572021,LOC107687842,LOC107558491,LOC107687939,LOC107758712 other downstream 1966537 18819663 ~ 18836620 (-)
nenf nenf,LOC107739254,LOC107664444,LOC107732830,LOC107662615,LOC107586886 other upstream 101255 20915201 ~ 20916639 (-)
tmem63c tmem63c,LOC107732232 other upstream 264115 21078061 ~ 21116556 (-)
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G123216 NA other upstream 1056773 21870719 ~ 21871201 (-)

Expression


Co-expression Network