LOC122323953 (sox4a,LOC107584287,LOC107694328,LOC107754846,LOC107711341,LOC107691508)


Basic Information

Item Value
gene id LOC122323953
gene name sox4a,LOC107584287,LOC107694328,LOC107754846,LOC107711341,LOC107691508
gene type misc
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056717.1
NCBI id CM032086.1
chromosome length 20532727
location 7234471 ~ 7257652 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>TU193824
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Function

symbol description
sox4a Predicted to enable DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific and RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding activity. Acts upstream of or within closure of optic fissure and negative regulation of smoothened signaling pathway. Predicted to be located in nucleus. Is expressed in several structures, including anterior neural rod; digestive system; nervous system; neural tube; and periderm. Human ortholog(s) of this gene implicated in Coffin-Siris syndrome and urinary bladder cancer. Orthologous to human SOX4 (SRY-box transcription factor 4).

NR:

description
PREDICTED: transcription factor SOX-4-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

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Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC122323892 vars2,LOC107584340 coding downstream 98444 7356096 ~ 7376316 (+)
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marcksl1b marcksl1,marcksl1b,LOC107745720,LOC107691511,LOC107584334 coding downstream 504004 7761656 ~ 7764418 (+)
hdac1 hdac1,LOC107562876,LOC107745719,LOC107584281,LOC108272688 coding downstream 510671 7768323 ~ 7773781 (+)
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LOC122323847 tmem57a,tmem57,LOC107584286,LOC107745723,LOC107687072 other downstream 193398 7451050 ~ 7454765 (+)
ldlrap1a ldlrap1a,LOC107709294,LOC107691509,LOC107562879,LOC107687073,LOC107745728 other downstream 333862 7591514 ~ 7605226 (+)
G131351 NA other downstream 351288 7608940 ~ 7615288 (+)
si:ch73-130a3.4 LOC107736638,LOC107584280,LOC107687100,LOC107584333 other downstream 527104 7784756 ~ 7786559 (+)
yars1 yars,LOC107687080,LOC107691530,LOC107724337,LOC107709269 other downstream 1113054 8370706 ~ 8375867 (+)

Expression


Co-expression Network