nkain2 (nkain2,LOC107598078,LOC107675106,LOC107727617,LOC107602191)


Basic Information

Item Value
gene id nkain2
gene name nkain2,LOC107598078,LOC107675106,LOC107727617,LOC107602191
gene type misc
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056718.1
NCBI id CM032087.1
chromosome length 27616869
location 20410629 ~ 20542249 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>TU207301
GAATATTAATATCTTACATATCTTAAGCCTGGAATACACTACCCGATTATGGCCCTGATCTTACAGTCTGAACAAGTTAAAGCTAGTTGAGGAAAGTCAGAGCCAGTCAACTCCGGTTTTTTAGCTTCAGACATTGATTCCATCCAGTCGGAGGTTATTAAACGTTTAATATTTTCCGCCGATTTttgaaacacatttgttttcatttgtcatgcGTCTCCTGGCAACAAGGCGCGTGTTTCTGCGTGAGTGTCTGGTAGTGTATGATCCCCGGTCATGTAGCGTATAATGCACAGCGTATTTTCATTTGTCACTATTTACAGAGTCTGTAACTGTATGATgcctagtgttttaaaaaatctgttcagaagtcgtgtagtgtattccagcctttaatcttaaatatatcataatggATCACCTTAAGTATATGGTCCTAATATcgtatcattgtttttttaataattaatttaatttacttaactTTTGGGGGTGAAATGTGACTTGGACATGTTTTCCAGAGATTTGCCTCTGTAATTGCTCTTGCTTGAAGGTTTTTGATTGCCTCAACTTCTCAAAGATAAGCAGATTACGTCAGCCTGACTGCTGTGCAAGTGAGTTTCAAGACATTTGTAAATACATCCTGAATCAACATGGTGCTTGATTAGACTTTatcatattaaacaataaaaaaaaaaaacatgttcttgCTCTCAATATATTTGCAAGGCGCAGTCTAAGCTTACGTGAGATTTACCCTGCATTAATACATGTAAAACAACACTTGACGGTATTAATGTCAAATCTGACTATCATACGGTAATTATGAGCTGAAAGAAACCTGAATGAAAACGAATACCTTCAAGTTCAGGAAATCTTGCATGATGCTTCTACCCAGGAGTGTATGTGATGTCACCATGGTAATGCTCTaaccaaaactgtaaataaaaaatatggatTTAGAAATTAGTTGTGGAGTGTTCGACATGGTCCGGGGCGAAATCAGAAACGTAGCTTTCATTTGACGATGCATTGTAAGAGTAGCTGAAACATTCTCGTTAATTAAATGGTAAATTACGATATCCTAAAACAAGTGACACTCACGGTAGATGCTTTGAGCAGCTTCCCGGGTTGTTTTCATTGGGTTCAGTGCTGAGTTTTGAATAGATAGGCCTTTTCTATTTCTGTTACTTTTAAAGAATGACTGTAAATAAAACCAGACTGTGTCAATGA
>XM_043220489.1
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TGAATAGATAGGCCTTTTCTATTTCTGTTACTTTTAAAGAATGACTGTAAATAAAACCAGACTGTGTCAATGA
>XM_043220490.1
TCGTTGCCTCGGCGCTATCTTGTGGAGTTACAGCGACCCACGTGGAAACACGGACTCGAAGGAGGACAAGATGGGCTGTTGCAGTGGTAGATGCACGCTGGCATTTATATGTGGCATGCAATTGATCAGCATTCTGGAGAGACAGATATTTGATTTCCTCGGATACCAGTGGGCTCCGATTCTCACAAACTTCATCCATATCATCACAGTGATCCTAGGCCTCTTTGGGACAGTACAGTTCAGACCGCGATATGTGACCGGGTATGCAGTCTGGTTGGTGCTGTGGGTCGCCTGGAACGTCTTTATCATCTGTTTCTATTTGGAAGTGGGTGACCTTTCAAAGGACACAGATCTGATTATGACCTTCAACATCTCCATGCATCGCTCCTGGTGGATGGAGAACGGCCCGGGGTGCAGGGTGACCCCCGTGACCCCTCCTCCCTCCTGGGCCCCGGAGGACCACCGCTACATCAGCATCGCCGGATGTCTGCTAGAGTACCAGTATGTGGAGGTTGCCCACAGTTCCTTGCAGATTATCCTGGCTCTGGCTGGGTTCATCTATGCCTGTTATGTTGTGAAGCTCATTTCAGAAGAGGAGGACAGCTTTGACTTTATAGGAGGGTTTGATTCGTACGGTTACCAAGGGCCACAGAAGACGTCACATTTGCAACTACAACCAATGTACATCTCTCTACAATTGCTCATGAGTGAAAATCTTGGCAAGGCCATTTATGTTTTCTTAGTAAGCTGAATCTAAcatgtttataaattattaaataattttaataactttatttatttatcagataAATGTatggacttttatttattaattaaatgact

Function

symbol description
nkain2 Predicted to be involved in regulation of sodium ion transport. Predicted to be located in plasma membrane. Predicted to be integral component of membrane. Orthologous to human NKAIN2 (sodium/potassium transporting ATPase interacting 2).

NR:

description
sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1-interacting protein 4-like isoform X2

GO: NA

KEGG:

id description
K22735 NKAIN; sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1-interacting protein

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU207301 False 1233 lncRNA 0.36 1 20410629 20411861
XM_043220489.1 True 5073 mRNA 0.41 7 20410629 20542249
XM_043220490.1 False 843 mRNA 0.46 7 20419402 20541424

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
tpd52l1 rnf217,tpd52l1,LOC107727670,LOC107676269,LOC107602193,LOC107675045,LOC107716996,LOC107602194,LOC107676250,LOC107675093,LOC107727644 coding downstream 3567 20373185 ~ 20407062 (-)
hey2 hey2,LOC107717129,LOC107727582,LOC107598074 coding downstream 75716 20330690 ~ 20334913 (-)
pex7 pex7,LOC107727680,LOC107676274 coding downstream 81931 20311424 ~ 20328698 (-)
LOC122324455 slc35d3,LOC107727602,LOC107676236,LOC107675071,LOC107717122 coding downstream 99344 20306639 ~ 20311285 (-)
pbk pbk,LOC107598104,LOC107717112,LOC107727585,LOC107676230,LOC107602197 coding downstream 105755 20301406 ~ 20304874 (-)
clvs2 clvs2,LOC107675233,LOC107675107 coding upstream 54014 20596263 ~ 20616215 (-)
smpdl3a smpdl3a,LOC107727613 coding upstream 84724 20626973 ~ 20632507 (-)
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riox1 zgc:162967,LOC107704066,LOC107669424,LOC107719421,LOC107559126,LOC107548410 coding upstream 132748 20674997 ~ 20680821 (-)
G140328 NA non-coding downstream 123634 20286480 ~ 20286995 (-)
G140315 NA non-coding downstream 142363 20266668 ~ 20268266 (-)
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G140265 ehd3,LOC107716590,LOC107675095,LOC107727655,LOC103043599,LOC106520014 non-coding downstream 500982 19905631 ~ 19909647 (-)
G140248 NA non-coding downstream 608961 19800522 ~ 19801668 (-)
G140413 NA non-coding upstream 84406 20626655 ~ 20626863 (-)
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G140522 cfap61,LOC107745908,LOC107704077 non-coding upstream 454117 20996366 ~ 20996681 (-)
LOC122325251 NA non-coding upstream 503576 21045825 ~ 21049976 (-)
G140277 cad,LOC107602171 other downstream 347652 20061602 ~ 20062977 (-)
G140227 cad other downstream 351026 20057624 ~ 20059603 (-)
trim54 trim54,LOC107602207,LOC107675051,LOC107598093 other downstream 795427 19601532 ~ 19615202 (-)
angel2 LOC107676245,LOC107553457,LOC107727638,LOC107675074,LOC107558950 other downstream 1106661 19298234 ~ 19303968 (-)
LOC122324949 LOC107676261,LOC107727654,LOC107553459 other downstream 1147677 19261466 ~ 19262952 (-)
pkib pkib,LOC107675049,LOC107598105,LOC107602189 other upstream 92047 20634296 ~ 20658380 (-)
crnkl1 crnkl1,LOC107548429,LOC107704074,LOC107669451,LOC107559132,LOC106607683,LOC107745910 other upstream 425939 20968188 ~ 20975755 (-)
nkx2.2b LOC107704037,LOC107719379,LOC107559088 other upstream 547155 21089404 ~ 21091008 (-)
G140616 NA other upstream 656461 21198710 ~ 21278741 (-)
lin28b lin28b,LOC107721434,LOC107719403,LOC107697090,LOC107550364 other upstream 941343 21483592 ~ 21505655 (-)

Expression


Co-expression Network