sash1a (sash1,sash1a,LOC107732642,LOC107693212,LOC107696119,LOC107601490)


Basic Information

Item Value
gene id sash1a
gene name sash1,sash1a,LOC107732642,LOC107693212,LOC107696119,LOC107601490
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056718.1
NCBI id CM032087.1
chromosome length 27616869
location 16520443 ~ 16690139 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

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Function

symbol description
sash1a Is expressed in forebrain; hindbrain; and midbrain. Human ortholog(s) of this gene implicated in dyschromatosis universalis hereditaria. Orthologous to human SASH1 (SAM and SH3 domain containing 1).
sash1 Enables several functions, including G-protein alpha-subunit binding activity; mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding activity; and protein C-terminus binding activity. Involved in regulation of epithelial cell migration. Acts upstream of or within several processes, including positive regulation of endothelial cell migration; positive regulation of signal transduction; and regulation of protein ubiquitination. Located in cytoplasm. Part of protein-containing complex. Implicated in dyschromatosis universalis hereditaria.

NR:

description
PREDICTED: SAM and SH3 domain-containing protein 1 isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_043219905.1 True 7755 mRNA 0.47 21 16520443 16690138
XM_043219906.1 False 7682 mRNA 0.47 20 16520443 16690137
XM_043219907.1 False 7653 mRNA 0.47 20 16520443 16690138
XM_043219908.1 False 7618 mRNA 0.47 20 16520443 16690139
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XM_043219911.1 False 7212 mRNA 0.46 21 16520443 16690135
XM_043219912.1 False 6459 mRNA 0.46 20 16520443 16560955
XM_043219913.1 False 7139 mRNA 0.46 20 16520443 16690134
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XM_043219915.1 False 6395 mRNA 0.45 20 16520443 16561695

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
usta ust,LOC107732646,LOC107696116,LOC107726493,LOC107693205,LOC107601503 coding downstream 673 16475351 ~ 16519770 (-)
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LOC122324754 wtap,LOC107732643,LOC107549122,LOC107693220,LOC107696108,LOC107726473,LOC107601562 coding downstream 199024 16315018 ~ 16321419 (-)
acat2 acat2,LOC107696107,LOC107732634,LOC107549121,LOC107693222,LOC107726488,LOC107601581 coding downstream 205720 16310886 ~ 16314723 (-)
kif25 kif25,LOC107726448,LOC107549120,LOC107696106,LOC107732626 coding downstream 209876 16302191 ~ 16310567 (-)
stxbp5a stxbp5a,LOC107679494,LOC107696120,LOC107710208,LOC107726399,LOC108436475 coding upstream 1168 16691307 ~ 16760481 (-)
adgb adgb,LOC107726608,LOC107601183 coding upstream 75576 16765715 ~ 16798477 (-)
rab32a rab32,rab32a,LOC107679502,LOC107601480,LOC107696121,LOC107726484 coding upstream 109621 16799760 ~ 16814144 (-)
grm1a grm1,grm1a,LOC107679500,LOC107696122,LOC107726479 coding upstream 124566 16814705 ~ 16840062 (-)
cep57l1 LOC107679495,LOC107726623,LOC107601208,LOC107696099,LOC107726414 coding upstream 165156 16855295 ~ 16858610 (-)
G139032 NA non-coding downstream 65040 16454884 ~ 16455403 (-)
G139029 apobb.1,LOC107693214 non-coding downstream 68550 16450526 ~ 16451893 (-)
G138983 NA non-coding downstream 194690 16323406 ~ 16325753 (-)
G138960 NA non-coding downstream 303727 16214344 ~ 16216716 (-)
G138956 NA non-coding downstream 312442 16207070 ~ 16208001 (-)
G139139 NA non-coding upstream 153079 16843218 ~ 16845168 (-)
G139145 NA non-coding upstream 160415 16850554 ~ 16946540 (-)
G139147 sesn1,LOC107601204,LOC107679493,LOC107601436,LOC107696127,LOC107726620 non-coding upstream 169204 16859343 ~ 16860256 (-)
G139149 NA non-coding upstream 170187 16860326 ~ 16896383 (-)
G139148 sesn1,LOC107726430,LOC107601436 non-coding upstream 199800 16889939 ~ 16891460 (-)
G139030 LOC107732636,LOC107693214,LOC107549128,LOC107726455,LOC107601514,LOC107696115 other downstream 58227 16455468 ~ 16462216 (-)
fndc1 fndc1,LOC107693219,LOC107732645,LOC107549078,LOC107726397,LOC107696111 other downstream 153644 16347201 ~ 16366799 (-)
LOC122324507 sash1,sash1a,LOC107732642,LOC107601490,LOC107693212,LOC107696119 other downstream 415716 16017318 ~ 16104727 (-)
LOC122325494 LOC107693148,LOC107734075,LOC107594136,LOC107710410,LOC107653994,LOC107552018 other downstream 526798 15990149 ~ 15993645 (-)
LOC122325613 NA other downstream 675869 15844354 ~ 15844574 (-)
erh erh,ERH,LOC107580641,LOC105904210,LOC100699790,LOC106607637,LOC101174968 other upstream 656667 17346806 ~ 17428123 (-)
swt1 swt1,LOC107698376,LOC107732364,LOC107696141,LOC107726449 other upstream 1111263 17801402 ~ 17824201 (-)
adgrf3b LOC107732426,LOC107698325,LOC107553480,LOC107696096,LOC107601465,LOC107719098 other upstream 1653324 18343463 ~ 18350122 (-)
G139706 LOC107683600,LOC107601464 other upstream 1715888 18406027 ~ 18446949 (-)
batf3 batf3,LOC107558935,LOC107676231,LOC107553434,LOC107727593,LOC107675089 other upstream 2564595 19254734 ~ 19256272 (-)

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