G156497 (trim101,LOC107671958,LOC107560876,LOC107719918,LOC107656995,LOC107747989)


Basic Information

Item Value
gene id G156497
gene name trim101,LOC107671958,LOC107560876,LOC107719918,LOC107656995,LOC107747989
gene type misc
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056721.1
NCBI id CM032090.1
chromosome length 19062720
location 10913904 ~ 10923988 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>TU231770
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>TU231773
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Function

symbol description
trim101 Predicted to enable ubiquitin protein ligase activity. Predicted to be involved in protein ubiquitination. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in cytoplasm. Is expressed in cephalic musculature; myotome; and skeletal muscle.

NR:

description
PREDICTED: tripartite motif-containing protein 54-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU231770 True 7749 TUCP 0.38 3 10913904 10923988
TU231773 False 2294 lncRNA 0.38 2 10913904 10920405

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
trnae-cuc_40 NA coding upstream 11764 10902069 ~ 10902140 (+)
ptk6b LOC107719912,LOC107672013,LOC107747980,LOC107657056 coding upstream 21359 10884466 ~ 10892545 (+)
srms zgc:194282,srms,LOC107672012,LOC107560891,LOC107657057,LOC107747981,LOC108435233,LOC108276248,LOC107563676 coding upstream 29601 10874824 ~ 10884303 (+)
nol4lb nol4lb,nol4l,LOC107672011,LOC107563666,LOC107657055 coding upstream 43153 10786884 ~ 10870751 (+)
commd7 commd7,LOC107671961,LOC107603136,LOC107747977,LOC107719919,LOC107563668 coding upstream 141705 10765862 ~ 10772199 (+)
gid8b gid8b,gid8,LOC107560896,LOC108266002,LOC101169608,LOC108276161,LOC108231957,LOC106566597 coding downstream 10975 10934963 ~ 10938573 (+)
slc17a9b slc17a9b,slc17a9,LOC107563661,LOC107560897,LOC106600547 coding downstream 15407 10939395 ~ 10948900 (+)
rnd1a rnd1a,LOC107657046,LOC107737660,LOC107563659,LOC107560900,LOC107672025,LOC103027302,LOC108435239 coding downstream 117092 11041080 ~ 11049656 (+)
prim1 prim1,LOC107741309,LOC107671973 coding downstream 134171 11058159 ~ 11062247 (+)
naca naca,LOC107737655,LOC107671995,LOC107657042,LOC107563656 coding downstream 144498 11068486 ~ 11075931 (+)
G156496 NA non-coding upstream 12081 10829167 ~ 10901823 (+)
G156432 NA non-coding upstream 185674 10727933 ~ 10728230 (+)
G156431 NA non-coding upstream 186740 10726918 ~ 10727164 (+)
G156417 NA non-coding upstream 210811 10702729 ~ 10703093 (+)
G156413 NA non-coding upstream 217346 10696302 ~ 10696558 (+)
G156551 NA non-coding downstream 109803 11033791 ~ 11035495 (+)
G156572 NA non-coding downstream 200104 11124092 ~ 11126634 (+)
G156568 NA non-coding downstream 224875 11148863 ~ 11152047 (+)
G156590 NA non-coding downstream 287053 11211041 ~ 11243036 (+)
G156592 NA non-coding downstream 295047 11219035 ~ 11313603 (+)
G156414 LOC107707743,LOC107747988,LOC107671949,LOC107559475 other upstream 213009 10698798 ~ 10700895 (+)
G156399 LOC107707753,LOC107672006,LOC107603149 other upstream 341658 10563344 ~ 10572246 (+)
LOC122329061 fkbp1ab,fkbp1a,LOC107707744,LOC107657066,LOC107747971,LOC108435222,LOC107559476,LOC100705189,LOC105013763,LOC101476936 other upstream 359184 10551097 ~ 10554720 (+)
LOC122328447 LOC107603155,LOC107707751,LOC107672009 other upstream 395153 10514979 ~ 10518751 (+)
LOC122328383 tbx15,tbx18,LOC107712261,LOC107708785,LOC107656541 other upstream 486742 10415663 ~ 10427162 (+)
LOC122328437 LOC107737657,LOC107560901,LOC107671993,LOC108435244,LOC108275530 other downstream 153166 11077154 ~ 11085604 (+)
G156586 NA other downstream 250433 11174421 ~ 11177033 (+)
kctd6b kctd6b,rpl10,rl10,LOC107671957,LOC107570288,LOC107737715,LOC107560935,LOC108436290,LOC103399204,LOC107672042 other downstream 773426 11697414 ~ 11746570 (+)
LOC122328549 smim4,LOC107560937,LOC107671967,LOC107737614,LOC107712735,LOC107699582,LOC107570283 other downstream 806992 11730980 ~ 11732361 (+)
LOC122328708 LOC107737579,LOC107672049,LOC107565833,LOC107712694,LOC107687392,LOC566587,LOC107593419 other downstream 1322205 12246193 ~ 12251982 (+)

Expression


Co-expression Network