G16218 (ddx39ab,LOC107563749,LOC107755611,LOC107672936,LOC107708265,LOC107691101,LOC107563747)


Basic Information

Item Value
gene id G16218
gene name ddx39ab,LOC107563749,LOC107755611,LOC107672936,LOC107708265,LOC107691101,LOC107563747
gene type non-coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056701.1
NCBI id CM032070.1
chromosome length 30200998
location 2143869 ~ 2150485 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>TU24111
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>TU24112
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>TU24113
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Function

symbol description
ddx39ab Enables RNA binding activity. Involved in mRNA splicing, via spliceosome. Is expressed in several structures, including eye; heart tube; immature eye; liver; and trunk musculature. Orthologous to human DDX39A (DExD-box helicase 39A).

NR:

description
PREDICTED: volume-regulated anion channel subunit LRRC8D-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU24111 True 5699 lncRNA 0.48 3 2143869 2150485
TU24112 False 5361 lncRNA 0.56 4 2143869 2150485
TU24113 False 5281 lncRNA 0.44 5 2143869 2150485

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
si:ch211-106h11.3 LOC107691099,LOC107708266,LOC107755605,LOC107563746,LOC107672933,LOC107574113 coding upstream 3048 2131218 ~ 2140821 (+)
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G16241 NA non-coding upstream 63 2142227 ~ 2143806 (+)
G16238 myh9b,myh9,LOC106957010,LOC107751969 non-coding upstream 65019 2075160 ~ 2078850 (+)
G16219 myh9,LOC107745511,LOC107672897,LOC107691111 non-coding upstream 74154 2063565 ~ 2069715 (+)
G16226 NA non-coding upstream 87869 2050185 ~ 2056000 (+)
G16243 LOC107755616,LOC107672923 non-coding upstream 97485 2043651 ~ 2046384 (+)
G16246 NA non-coding downstream 41601 2192086 ~ 2243135 (+)
G16240 NA non-coding downstream 91801 2242286 ~ 2302128 (+)
G16239 NA non-coding downstream 92872 2243357 ~ 2244932 (+)
LOC122341670 NA non-coding downstream 103344 2253829 ~ 2254655 (+)
G16310 NA non-coding downstream 146382 2296867 ~ 2356071 (+)
G16223 txn2,LOC107745512 other upstream 29530 2112037 ~ 2114339 (+)
trnar-ccu_2 NA other upstream 278084 1865713 ~ 1865785 (+)
G16002 pick1,LOC107734822,LOC107734770 other upstream 278640 1619312 ~ 1865229 (+)
LOC122333054 LOC107708263,LOC107691115,LOC107755610,LOC107563748,LOC107672908 other downstream 9861 2160346 ~ 2165693 (+)
G16347 NA other downstream 417599 2568084 ~ 2568999 (+)
sumo2b sumo2,sumo2b,LOC108411789,LOC103045390,LOC108441874 other downstream 490661 2641146 ~ 2646756 (+)
G16530 LOC107601546 other downstream 1132505 3282990 ~ 3283656 (+)
G16541 LOC107553655,LOC107673212,LOC107601591,LOC107716265 other downstream 1170335 3320820 ~ 3323054 (+)

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