XLOC_006833 (si:dkey-188i13.6)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_006833
gene name si:dkey-188i13.6
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 37609458 ~ 37615029 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00013143
CAAACTctaacagcagcagcagcagtcagTTCAAGAGCTTCCCAGTTGACTTAAGATCATGGATCCATGTACAATGATTGCAGCTGGTGCAGGAGCTGCCGTAGCAGTTGCTGGAGCTCCTGCTATTCTTGGACTGGCCGGTTTCACTGCCGGTGGAATTGCTGCAAGTTCGCTTGCCTCCAGCATGATGTCAGCAGCCGCTGTGGCAAACGGAGGCGGAATCGCTGCTGGATCAGTGGTAGCGGCCCTTCAAGCAGCAGgtgCTGCTGGGATCCCTGTTGCAGCTCAGGCTGTTATAGGTGCCATCGGGGGCACTCTGGGTGGTGCTTTGGGGGGATCATTTGTTTGTAGTGCAGGAGCTGCAgGGGCTGCAGCAGGTGAAGGCATCATTGGCAGTGTGGGAGCTGCCGTGAGCACAGCTGCCAGTTTAATTGTGTGACAGGTTCATATATCTATGCctgtttatttaaacatattatttaacTAATCCACAACCATAAATGTTGACATTACTAACTGctttaagaataatttaaatctttaattactttaaacttgtaatacaaattttatttgctCTTATGATGAAttgcaaaacaatattttaactgAAGATGTGAGTTTATTTTCTTGTCTTAAGAAatgaaacttaaaaatatatatcaataaatTGCATTATAAATCC
>TCONS_00013145
TTGGGTCCTCCTTGCCAACCCTGACATAGAATATAAAAAATGGTTTCATGCTATTTACTAGTTTCTGTTGATGCAGAAGGACCTACACATGCCCTACATCAGGGGTTTCGAAACTCAGTCCTTctgggtcggtgtcctgcatattttagttccaaccccaattaaacacacctgaaccagctgatcaagctctttatatgtatacagtaacttccagacaggtgtgttgacggaagttggagctaaactatgcaggacaccagccctccaggacctagtttggacacccctgccctacatACACCACAGTGAGAACAACGATATATAATGAAGATTTAACCAATAAAATAGCTCTTCATTATAATTTAAAGAGAGCACAAGTTAAGTTTTAACAGCATTTCTATTATAAGAATTCTGGATAACAAAGACAtcataatttctttaaaaaatactgaaaattaagctttttattaaaaaaaattgcacgCAGGTGGAATTGCTGCAAGTTCGCTTGCCTCCAGCATGATGTCAGCAGCCGCTGTGGCAAACGGAGGCGGAATCGCTGCTGGATCAGTGGTAGCGGCCCTTCAAGCAGCAGgtgCTGCTGGGATCCCTGTTGCAGCTCAGGCTGTTATAGGTGCCATCGGGGGCACTCTGGGTGGTGCTTTGGGGGGATCATTTGTTTGTAGTGCAGGAGCTGCAggtgaaattatttattaattctgtgtattgaatttttttttctttataatataCGCTGCTTTTTCCAACACTTTTGAACTGTTTAACTACTGTATTGTGcacaaattatattaaatttaaatatttactacATTATCTGTTTCATCACATTATGGAACTTTTTTAATGAGTCTcacaatgtgttaaaaaatcaattgttttgaaaa
>TCONS_00013144
TTAAGATCATGGATCCATGTACAATGATTGCAGCTGGTGCAGGAGCTGCCGTAGCAGTTGCTGGAGCTCCTGCTATTCTTGGACTGGCCGGTTTCACTGCCGGTGGAATTGCTGCAAGTTCGCTTGCCTCCAGCATGATGTCAGCAGCCGCTGTGGCAAACGGAGGCGGAATCGCTGCTGGATCAGTGGTAGCGGCCCTTCAAGCAGCAGgtgCTGCTGGGATCCCTGTTGCAGCTCAGGCTGTTATAGGTGCCATCGGGGGCACTCTGGGTGGTGCTTTGGGGGGATCATTTGTTTGTAGTGCAGGAGCTGCAggtgaaattatttattaattctgtgtattgaatttttttttctttataatataCGCTGCTTTTTCCAACACTTTTGAACTGTTTAACTACTGTATTGTGcacaaattatattaaatttaaatatttactacATTATCTGTTTCATCACATTATGGAACTTTTTTAATGAGTCTcacaatgtgttaaaaaatcaattgttttgaaaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000074217

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00013143 False 685 mRNA 0.44 6 37609458 37615029
TCONS_00013145 False 908 lncRNA 0.39 2 37609804 37613031
TCONS_00013144 True 520 lncRNA 0.43 5 37609804 37614979

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_006832 ifi45 coding downstream 1017 37605896 ~ 37608441 (-)
XLOC_006831 snapc1b coding downstream 8858 37586491 ~ 37600600 (-)
XLOC_006830 syt16 coding downstream 63971 37543498 ~ 37545487 (-)
XLOC_006829 NA coding downstream 73673 37528161 ~ 37535785 (-)
XLOC_006828 sgpp1 coding downstream 89641 37491804 ~ 37519817 (-)
XLOC_006834 zgc:152791 coding upstream 2489 37617518 ~ 37620290 (-)
XLOC_006835 ifi46 coding upstream 8247 37623276 ~ 37631092 (-)
XLOC_006836 NA coding upstream 17597 37632626 ~ 37636598 (-)
XLOC_006837 si:dkey-188i13.9 coding upstream 23729 37638758 ~ 37642901 (-)
XLOC_006838 si:dkey-188i13.10 coding upstream 30543 37645572 ~ 37649595 (-)
XLOC_006471 BX537274.2 misc downstream 27344553 10264741 ~ 10264905 (-)
XLOC_006338 rn7sk misc downstream 36783233 825904 ~ 826225 (-)
XLOC_006819 AL845493.1 non-coding downstream 430742 37178602 ~ 37178716 (-)
XLOC_006817 NA non-coding downstream 498922 37110212 ~ 37110536 (-)
XLOC_006815 NA non-coding downstream 597222 37009812 ~ 37012236 (-)
XLOC_006814 NA non-coding downstream 611698 36995633 ~ 36997760 (-)
XLOC_006842 NA non-coding upstream 575492 38190521 ~ 38195214 (-)
XLOC_006843 NA non-coding upstream 998196 38613225 ~ 38619719 (-)
XLOC_006846 BX323574.1 non-coding upstream 1238108 38853137 ~ 38853252 (-)
XLOC_006848 BX324188.2 non-coding upstream 1627526 39242555 ~ 39242672 (-)

Expression


Co-expression Network