G183342


Basic Information

Item Value
gene id G183342
gene name NA
gene type non-coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NW_025048114.1
NCBI id JAEQBD010000459.1
chromosome length 1423374
location 804512 ~ 898906 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>TU271905
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>TU271906
atttattctgtaaataGAACTTTCATAAACATCAGCAATTAAACATATTCACTGTGTAAGGAGAGTACAATTAGAAGAACAtatgtttacacaaaaaagATGAAACCGTAACATGGATGACTGACATCACAGCTAGATCAGGTATTTCCAGTCTAGATTGAGTCTTATTGCTAATGTCTCTGAGTAACAAGTGGCATACTGCGTTGCTATATAATCCaagaaaatacattatatagCAAAACACTTCCGCCGTTGAATTTCAACGTAAGATTTGAAATAGTATGATCAGCGGTCAGGAGTCATTTTGGGTTTGAACATTGATATGAAAAAAGTGATATACAAATAAAGACTAGAGAGAAGAAGTACCAAAATAGAGTAATCCACAATTCAAAACGTAACCATACTCCATCATAAAATATGACTCCCAACTGCCACCCGGGTCACGGCACCAGATTTCAGCCGATACCCGTGAGATCCAGGGCGTCGTGGCCTttgcagcaaaaaataaagacaaatccCAAGGCTAGACTCCTCAAATCGGGAGCATTTAGGTCCAGTTGACTTGGGCCTCTGTTGCAGGGTTATTGAGACAGATCGACCCAAGTGCAGCATGCAGTCTGATATCATAAACTTCTATATAGTTGATCTAAGCAAGTTTAAAACGGTTGTCTCAATGCTCTGGCCTTACAATAACCCACGGCCCATGAAGGATGAATTTCATTCTTTTCCTCCGACTATGCCCTCCTACatgattaaatacacacacacacatacacacgcaaaaAAATAACCGGACAGCTTTGACAAGTGGTTAGCAACACAAGCAGAAAACAAGGAACACGGCAACAATGATAAATTAACCGGTGACAATGGTTAGAGATGACAACATAGCATGTGCGagacaaaagaaaatgagaaatcatATGCAGGCACATGACTGATGGAGGTTAAAGTGATCGAGTTCAAGGATGATATGCGAGTTTTCCATCAAGAACTCCATCGCGACATTCTTGCATCATGATAGTCTGTACGAACCTCAACTCAGGCTGGGTGTACAGGTAGGCATCTTAGGGTAGGAGGCTACAGGTTCGTGAGCTAGCGCTACACGGCGCTCACATTTAATACCTTGAAAATCAGGCAATTAAAAGAGGGAATTATGGCTTCAAACAGACCCCCTCGTTTTCCTCAGGAAAGACGGTGGCCCTTCGGGTACAGTTCCGTGGGTCTACTAGCAGCAGAAACTCAAGACACACAAATCCTTTGGTTTTTTGCAGGAGCCACTGCCTGTCTCTTGTTGTTGCTGATCACATATCATGTGATACTCAGAGCTTTTATACTGTGAAAGTCTGGCTGGTGACTAGACAAGGGCATGGGACGGGGGTTAAAGGGCAGGCGTCTCCAGACTCTAGGAGCCGATCCTTTTTGAGCTGGTGCATTAACAATGAGAGACCTCCATGGGTGAGAGCGTCAGGATGCTCCGGTCGTTGGAGAAGAAGGTGTCCGAGTCGCTCCAAGATCTGGAAGGATCAAGGAAAGTGCGAAGTGAGGGGGACAGTGTGGAGAACTCAATCAAAGCTATATATAGGTGCAGAGAGGGACGTTCAAGACCAGGGCATGACTTGAATAATAGGGATGCACAATGTTTCAGTTTTTAGCGCTAGCGTTTTGATAAATACCAAACTATTTCCTTCCCTAATTCAAACTTTAAGTGTATATTGTGTAAAACAACTACATCCATGCATCAACCATTAAGAAACACGACGAATTGATCAACAGCTAATTGTGATCATTAattttccaggaaaaaaaagagaatatatgaaaaataaataacttttactacatgtattaaaatatctttaaagggataattcacctaGAAATGAAAGTACTGTGATTAATTACTCCACCCTTATGTCATTCCCATTCATGAGACTTTCGTTCACCttcgaaacacaaattaagatgtttattATAGAATTAGGTCCTTCACACCAAAAAGTTGAAGACATCACATAATAGTATCTGACCAAGAGAAACATCAAGTATATCAAATATGGTAAACCAAGGCTTAAATGTGCTTACTTCATGAGCGAGAACGATAACGAGGTGTTTTCTCGTAGATGGCACAAGTACTGTTAAGCTTCTTTTGATGAGTCACATTTTTGGTCttttaaatggaagaaaaaaaaatctatgcagTTTGAatttcttcatttgtgttttgaagatgaacaacAAAGGTGAATAACTTATAAcggctgaactatccctttaatgggTCTTAATGACACTGTCCTCCAGGAAGTGACAACTCTCCATTTTGTGGCTTTAATTGGTTTGTCACTTTAAAATGactacatttgtatttttccaAATGTATACTATTGAATaacagttaaaaattaaaaagtctaCTTCAAATGGACACCTCATTTAATCGATGTCTAATTTTAGCTCATGATTTCCATCTTGTTAAGTTCCATAATGTGAAAAGTCTTGCGACTGGTTATTAATTACTGAGCTATACTGAGTATATTCCCGAgtacatcttttcttttttacaagaGTGTTCATTTATATGTGCATCCCTTCTTATAAATCTCTCTTCAACTTTAACTCTTTGCGCGTGAAGATCAGCAAGGAACAGTCAGAGTCAAAACCAATGAAGAAACAGATGAGTTGCATGTTAGTACAAGATGGATTAATGTGGATGGTTAAAAGACAATAAACGCATATAAACACAACATCCTTCCACAGCCTTGACATTCACATAAACTACATTCTTATGAAAGTATTAACCTTTTCCTAGCCAGAATATGTTGGGTATGGTACCTATATAtgaaaaagatacatttacattatataagtaAATCTATTGTTTGTagaaaaatatgtgtatataggTTCACTATAAAAcgtatattatatttgtaaatagaGTGGAATTAAGCAGCCCTTGAGGATCGGAGCCGTTCCAAAGCTGTAGTCCTCAAATGCCAGACCTGCTACTCTTGAACACCAGAGGGCATTGTCTTCATCCAGTGTACTAATCCCTCTGAAGCACAGCTATAATATACACAGATCCATGCTATATAAGATAAAGAATACATTGGTAGCTACAGTAATGCGATTATCTTTGGATAGAAAGGACTGGTAGAGggcaaatgtaaatgtaccaTCGGCATGTTTTGTAGATGAAGACAACCGTTTTAAGACCTTGAAGAGGTAAAAAGTTGAAATCAGAAcgtgtatttgcatttatatatttaaatgtatgtatatgcagcTTATTGGCATCATACCATAGTAACAATCTCCTTTATTGTctaaagcagtggttctcaactggtttTGCTTTAGGACCCATCAAGTGTATTGACCCAGTGTCCCAAGGACCAAAATCATCctaaagtacattaaaaaaatgagaaaggTGAAAGAAAACTAATAAATTGCTTGTTTTTGAGGATGTAAAAAAGCcccaaaacaaagcaaaaaaaaaccaccTTTAAGGCAAAACTGTTCTTGAGTCTTAATTCAGTGGctcatgtatatacacacacacacacatacatatattttagttCACACCAAATTAAACCATAATGGacatattcaaattaaatatcatCATAAGCATCACTTAAGGCTACATGCAGTATTTTGGCATAGCACCACCTACTGGTCAGGAGATgtctttttatgaaaatattagtttattatcACAAAACTGGTGGGAACCAAAATATCAGAACAGCACCAACTTCTGGtcaaaatttataataaaaaaaaaacactaaaaggtTTTGATAAATTAATGAAGGAGGTCTTAATATCTTCCTTTGCTCCTCCCAGGaacattaatactttttattccaTATTCGGTCATACATACCAAAACTGACTTTAGTCCATGCCGGCAAATAGTTCTCCagtaatgcataaataattgtTAGCATGACGCCAAGCTGCTTCTGAAGCCTCAACTTTGGTATATTGACACCAAACTTTTTATGTGCCATTGTCACCATTGACAACATAAGTAGATAACAGAGCCAACAATTGGTCAAAAGTGATGAGCAACTACACTGTATAACTAGTGTCTTTAACTACTCACTGTTGTAGTCATGGTTCCTTCTTTGAACTTGGCTCCTTAACTGCTGCTTGCGGCTATATTGTAATATTCTTATTATGTTAAATGCTTGGTATTTTAATGCAACACGACTGCATAGGGAATTGGTAGGAGATTTGGCAATTGAGATGTGGATTATGAGCCGGGACACAAACGAAATCCATTGGCTCCATCAGGAAACGTGAGGATCTTTCGACCccttgttttttaatttaaacgaTCACAATTTGCGATGAATTTTTGGCCCATGATCCACCAGCTGAGAACCACTGATCTGAAGACGTATGGAAGAAGAGCAGTACAGATCATCGATAAATGCAACAACATATAAAAAGGTTTAGATGCTTCATTTGAGAGAGACGAAAACGGTAAACGAACAGCGGTGAAGGGGAG

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU271905 True 5760 lncRNA 0.40 2 804512 810324
TU271906 False 4528 lncRNA 0.38 2 804512 898906

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
mccc1 mccc1 coding upstream 3175 793163 ~ 801337 (+)
LOC122334053 lamp3,LOC107747931,LOC107566879,LOC107752186,LOC107736124,LOC107550665 coding upstream 11957 789232 ~ 792555 (+)
trnag-ucc_28 NA coding upstream 46217 758224 ~ 758295 (+)
LOC122334017 LOC107577399 coding upstream 89427 699245 ~ 715085 (+)
amigo3 LOC107719706,LOC107661914,LOC107592822,LOC107703752,LOC107726275,LOC107562412 coding upstream 276237 516883 ~ 528275 (+)
LOC122334044 NA coding downstream 220801 1119707 ~ 1124593 (+)
LOC122334039 NA coding downstream 256369 1155275 ~ 1159822 (+)
psmd1 psmd1,LOC107566382,LOC107655280,LOC107698053 coding downstream 266423 1165329 ~ 1195429 (+)
LOC122334042 NA coding downstream 445645 1344551 ~ 1346837 (+)
trnat-ugu_55 NA coding downstream 473469 1372375 ~ 1372448 (+)
G183338 NA non-coding upstream 16692 787610 ~ 787820 (+)
G183318 NA non-coding upstream 39580 694820 ~ 764932 (+)
G183329 NA non-coding upstream 51238 752592 ~ 753274 (+)
LOC122334031 NA non-coding upstream 84374 719313 ~ 720138 (+)
LOC122334030 NA non-coding upstream 188312 613852 ~ 616200 (+)
G183403 sox2,LOC107698049,LOC107550678,LOC107655276,LOC106584342 non-coding downstream 101150 1000056 ~ 1070132 (+)
G183404 NA non-coding downstream 123241 1022147 ~ 1023159 (+)
LOC122334033 NA non-coding downstream 234297 1133203 ~ 1135105 (+)
LOC122334055 NA non-coding downstream 247136 1146042 ~ 1147773 (+)
G183466 NA non-coding downstream 265518 1164424 ~ 1164872 (+)
G183316 LOC107566876,LOC107747932,LOC107655274 other upstream 17572 783284 ~ 786940 (+)
G183328 NA other upstream 52460 749860 ~ 752052 (+)
nicn1 nicn1,LOC107691891,LOC107678153,LOC107708487,LOC107564394 other upstream 743753 46644 ~ 60759 (+)
dnajc19 dnajc19,LOC107727073 other downstream 186898 1085804 ~ 1088890 (+)
LOC122334032 NA other downstream 228957 1127863 ~ 1145945 (+)
G183477 NA other downstream 355045 1253951 ~ 1258660 (+)

Expression


Co-expression Network