cacna1c (cacna1c,LOC107590584,LOC107732972)


Basic Information

Item Value
gene id cacna1c
gene name cacna1c,LOC107590584,LOC107732972
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056702.1
NCBI id CM032071.1
chromosome length 29200999
location 10528045 ~ 10642451 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

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Function

symbol description
cacna1c Enables voltage-gated calcium channel activity. Acts upstream of or within animal organ development; calcium ion import; and regulation of heart contraction. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be part of voltage-gated calcium channel complex. Is expressed in central nervous system; digestive system; lateral plate mesoderm; pericardial region; and splanchnocranium. Human ortholog(s) of this gene implicated in Brugada syndrome 3 and Timothy syndrome. Orthologous to human CACNA1C (calcium voltage-gated channel subunit alpha1 C).

NR:

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PREDICTED: voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C

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GO:0005245 voltage-gated calcium channel activity molecular_function

KEGG:

id description
K04850 CACNA1C, CAV1.2; voltage-dependent calcium channel L type alpha-1C

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC122342683 NA coding downstream 75302 10717753 ~ 10720201 (+)
LOC122342682 NA coding downstream 79874 10722325 ~ 10726265 (+)
nav3 nav3,LOC107755908,LOC107680031 coding downstream 214634 10857085 ~ 10982814 (+)
syt1a syt1a,LOC107560302,LOC107694178,LOC107734425,LOC107755909,LOC107590640,LOC107680026 coding downstream 356478 10998929 ~ 11156744 (+)
G27651 NA non-coding upstream 162474 10287478 ~ 10365571 (+)
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LOC122342620 NA non-coding upstream 971327 9554960 ~ 9556718 (+)
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lrtm2a lrtm2a,LOC107738823,LOC107694175,LOC107590570,LOC107732983,LOC107589042,LOC107699047 other upstream 20491 10479441 ~ 10507554 (+)
lamtor4 si:dkey-159a18.7,lamtor4,LOC107590499,LOC107557308,LOC107694163,LOC107699063 other upstream 160120 10365712 ~ 10367925 (+)
G27629 NA other upstream 270492 10158159 ~ 10257553 (+)
G27490 NA other upstream 937727 9587319 ~ 9590318 (+)
G27508 LOC107695901,LOC107725636,LOC107553882 other upstream 949471 9577315 ~ 9578574 (+)
rassf8b rassf8,rassf8b,LOC107590609,LOC107589039,LOC107738830 other downstream 19780 10662231 ~ 10675110 (+)
zmp:0000000650 LOC107694155,LOC107589077,LOC107732968,LOC107680013,LOC107574990 other downstream 43646 10686097 ~ 10702203 (+)
LOC122342850 LOC107740709 other downstream 64681 10707132 ~ 10708947 (+)
myf5 LOC107560306,LOC107680018,LOC107749081 other downstream 689094 11331545 ~ 11334456 (+)
acss3 acss3,LOC107694183,LOC107755903,LOC107680029,LOC107749070,LOC107560301,LOC107590709 other downstream 743679 11386130 ~ 11416227 (+)

Expression


Co-expression Network