tpcn1 (tpcn1,LOC107732611,LOC107733226,LOC107672457,LOC107680394)


Basic Information

Item Value
gene id tpcn1
gene name tpcn1,LOC107732611,LOC107733226,LOC107672457,LOC107680394
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056703.1
NCBI id CM032072.1
chromosome length 32833783
location 11348628 ~ 11361935 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

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Function

symbol description
tpcn1 Predicted to enable NAADP-sensitive calcium-release channel activity. Predicted to act upstream of or within ion transport and transmembrane transport. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in endosome membrane and lysosomal membrane. Orthologous to human TPCN1 (two pore segment channel 1).

NR:

description
two pore calcium channel protein 1

GO:

id name namespace
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GO:0006811 ion transport biological_process
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0005216 ion channel activity molecular_function

KEGG:

id description
K16896 TPCN1; two pore calcium channel protein 1

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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slc25a15b slc25a15b,LOC107744499,LOC107687678,LOC107599942,LOC107726376,LOC107672737 other downstream 379510 10960311 ~ 10969118 (-)
G35384 NA other downstream 422465 10923927 ~ 10926163 (-)
G35371 znf703,LOC107599934,LOC107672788,LOC107744445,LOC107687685,LOC107726392,LOC107592299 other downstream 474564 10868364 ~ 10874064 (-)
G35122 NA other downstream 886919 10461208 ~ 10461709 (-)
si:dkey-96l17.6 si:dkey-96l17.6,LOC107672751,LOC107738297,LOC107592400,LOC107744487,LOC108434467,LOC105902719 other downstream 1013285 10324959 ~ 10335343 (-)
hmgn7 hmgn7,LOC107672554,LOC107756557,LOC107680402,LOC107565427,LOC107748629,LOC107597243,LOC108260037,LOC108442050 other upstream 58020 11419955 ~ 11467122 (-)
G35554 LOC100304549,LOC100219516,LOC106514001,LOC103353280 other upstream 221845 11583780 ~ 11652627 (-)
msna msna,msn,moes,LOC107746233,LOC107597256,LOC107672695,LOC107663223,LOC107741191 other upstream 433721 11795656 ~ 11815944 (-)
sh2d1aa sh2d1aa,LOC107713049,LOC107741293,LOC107663232,LOC107557102 other upstream 803468 12165403 ~ 12169410 (-)
G35825 tenm1,LOC107557119,LOC107713050,LOC107597323,LOC107741271 other upstream 955868 12317803 ~ 12319685 (-)

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