prodhb (prodhb,LOC107730849,LOC107704395,LOC103359847,LOC107566477)


Basic Information

Item Value
gene id prodhb
gene name prodhb,LOC107730849,LOC107704395,LOC103359847,LOC107566477
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056703.1
NCBI id CM032072.1
chromosome length 32833783
location 1053144 ~ 1075777 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>XM_043238983.1
TTGGGCCAATCCTTCAGCCCGGATTTGAATATAGGCGGGGCCCCAGAGACAGGTAGCGTTAAATAATACGCTCAAGGACACGGCGGTTTTCAAAACGCTGTAGCTGGtctgtgtttactgtttttacgGAGGTCCTGAGCTGATGTCTCTCCGCAAAACCCTCCCCGCCTTTGGGCGCGCGACTCTTGACAGGAGTTTGGGGCTCTCCGCTCGCCATCATCGGAGCGTGCAAGCGTTGCATCCAACCGAAACAAACCCCCGAGACGAGTCTGTGGACGGCCGAGAGCATGTATCTTTCGGTAACAAGATCTCCATTGACTTTGAACAGACCAAGGAAGCCTACAAGAGCAAAGACACACTTGAGTTGCTTAGAAGCTTGGTGGTTTTCAAACTGTGCTCCTATGATGTTCTGGTTGATAAGAATAAAGAGATAATGGACCTCAGTAGAAAGTTGTTGGGACAGAAGATGTTTGAGCAGTTTATGAAGATGACGTTCTACGGTCAGTTTGTGGCGGGCGAGGACCATCAGTCCATCAGGCCTGTAGTGCAGAAGAACCAAGCGTATGGAGTCGGGGCAGTGCTGGATTATAGTGTAGAAGAGGATCTCTCACAGGAAGAGGCTGAGAGGAAAGAGATGGAATCTTGCATGTCTACATCAGAGAAAGAAAGCCCTGGAGCTGAACAGCGGGAGAAAAAATTCACAGCCCATCGGAAGTTTGGCGATCGTCGTGAAGGCGTGACAAGCGCTCGTACTTATTTCTATGCCGATGAGGCCAAATGCGACCAACACATGGAGACTTTCCTGAAATGCATCAAAGCCTCGGGTGGAAGTTCTGAAGACGGTTTCTCGGCTATTAAGATGACTGCCTTGGGGCGACCACAATTCCTGCTCCAGTTCTCCGAGGTGCTGGTGAAATGGAGACGCTTTTTCAGTTTCCTTGCTGCCAAGCAGGGGAAAGACGGTGTGGAGGTGCTGGAGCAGAAACTGGATCTGGAGCAATTGCAGACTTGTCTAGCTAGACTGGGAGCTCAAGGCAACATTCAGAGCTGTTTCTCTGATGGACGACTGCACTCATCAGGCATGGTGGACATGCTGGACTGGAACCGCCTGATCGACGAGAGAACGAAGATATCTGATCTGCTGGTTGTCCCGAACCTGGAGACTGGTGAGTTGGAGCCTCTTCTGTCCAAGTTCACAAAGGAAGAGGAGAGGCAGATGAAAAGGATGCTTCAGCGACTGGACGTCTTGGCTAAGCATGCGGTGGAAAATGGCGTCAGGCTGATGGTGGACGCCGAACAGACGTATTTCCAGCCTGCCATCAGCAGACTCACTGTGGAAATGAAGAGAATCTTCAACAGAGACAAAGCTGTCGTTTTCAACACCTATCAGTGCTACCTCAGAGAGGCATTTGATAATGTGTCCATGGATGTGGAGCTATCAAGAAGGGAAGGCTGGTGTTTCGGTGCCAAGTTGGTAAGGGGGGCTTACATGTACCAGGAGAGAAGCCGAGCTGCAGAGATTGGATACGAAGACCCCATCAACCCCGACTATGAATCCACTAACAGAATGTACCACAGGTGTCTGGATTACGTGCTGGAGGAGATCGAACAGAATAAGAAAGCAAATGTCATGGTGGCATCACACAATATAGACACTGTTAAACATACACTCAAAAGGATGAATGAAATGGGTCTGGCACCCACAGATAAGGAGGTGTACTTCGGCCAGCTCCTGGGAATGTGCGACCAAATCAGCTTTCCGCTAgCTCAGGCAGGATTCCCTGTGTACAAGTATGTTCCTTATGGTCCAGTGAATGAGGTGATTCCGTATTTGTCCCGTCGAGCACAGGAGAACCGTGGCATTATGAAAGGAGTGCAGATGGAGAGAGAACTTCTATGGAAAGAGCTGATGCGCCGACTGACCAGTGGAGAGGTCTTCTACACACCTGCTGTATAAAACACACTCGGCTTCCCACCAGAGACTCCTTACTCTTGTTTTTCGCCTGTTCACCCATCCATtcgtaaatctttttttttttccttcactcTCACCCAGGCTGTTCATGGTATAAAGCACAGGGGatccatttaaatcaaataccACAGTTGGTGAAGctcataaaatgcaaataatacttaacctgaaaaatcacaaatcaaaaaaaaagtgcatttgggTCCAGAAAATGAAGTCTGTTTTTAGAGTTTATGCATTGCagcattattttcatgacaaattAACACATTCTGtctaataattgttttattttgtaaagcaTGAAAACAAAGCACCTTCAGCTTGTCAGATATATTCATCAAGTCTTAATGGGTAAATCTCATCAAATCATGTTTTACCtaaaaattaagaatatataataggaaatattgcacatttttcaaaaataacgTTTTAAGATggttaaacattgttttaaatattaataggaGAATCGCTCACGcaataaaaaagttcaaatatgcatacatcactgtattgtaaatgttattataacaatattttcgATTAGGATagtttttggatgtttttgcaGCATATTTTACAACAACACGTATTTCATAGTAGATATAGATATTGCACTTTAAAGTattcttattataataatcTTAATGGGGATCACGGCTTTATATTAATTTGGGTGAAATGTGCTTACCTGTCATGGCAAtttcacaatgcaaaaataGTATAGTTCCTAACAAGAAATGACTCGAACACCATGATGCTATtagaaaatcatctttaactGGCAAAACTACTTTTCAGAATCTTGCATCTGGTGGCTAATACCAAGTAACAGCAGTTTTTATTCCAGTAGCAATAACTGTAGTAACAATTGTATTTTTGAGCAGATTGCTGTTGCCTTGGTGCATTTTTGCAAGGGTCAGGAAAGAGAGGTTACACTCTTCTCCTTCCACCTAATCTTTCTCTAATTCACTTTCCTTCACATTTCCGCTTCTCCTTTCTCTTTATTCCACCGATGGTCTGGTATTGCTTTCTTTCTCCGCTCTCATCCATCTCTCCAGCACCTTTATGGCTCTGAAAGGGCTCCCTAAAATGTCAGACGCCTGAGTGGGCACTGCTCTTTTATACCCTACCTTATTCCTCAAGTGGAACGCCAGTTATAAACATATAAGCAtgatttaaatagtaataaacgAACGCATCGGTATCAGTTTCTGATAAAGACGACTTGAATTcaaggaaaacaacaacaggagTCGGAGAACTACATTTTATGTATGCAACATGTCACGCTCGGTGTAAGTTGGAGTGCAGGCAACATCCCTGTCGTCCAGATTTTCATAACCCCATAAACTTGCAAACAgattatatttcattatgtttCAGATGCGATGTATTCCGAGCGAGTGCTTTGTTTGTGCCCAAGCCAAATCTTGTAATTCGCACTGTGGATTTCATcgacaataatataaaaaaaacacacggaAAGAACTGAACTTTATTTTGGCGCCCTCACTGCTCTTGATATTCTCTTGTGCTCAGACAAGCTCAATGAACTTCAGAAGTTCTGATGAGATGATTTTATGTTGGGGTTTTCGGCGTAATGATTTTGGTGTTTAGCATATACGGAGCGAAAATTAAATCTACTCTTTTATTATCTGCGTGATGAAGCCTTTTATGCTTAACCAACGGTTTCTCTCGCTCTGTTAATATTTTCTTTCCCTCTGTGGAGTATTTGGGGAAGATGAATAAAAAGCTTTAATTAATTGAGCCAAAGTTAATGATTTCTAGACAATTGCTCTTAAGTAAATGGCACAATTCCTCATCCATTTATATCCCGTTTTAAATCCGTGATGAATTAACGACCCTTTGGGCCTTTTGCTTTGAGAAATAACAGGCCAGACGGTAGTGCACCCTGCATCCCAGTGTTCTGCTGAGGCTGGGGCTGAATCCCAATTTACATATTATCCATTCTACTTAGTATGCGAAATTAGTATTGGTGGAACTGGCgaaaaagaaatgttaacaATTAAAGTTGGGATGTGATTTCAGCAAACATCATTTATGTAGACTCAAAACCGATAGTTTTATTTCTGGATCCAAGTTAAGTACAGTTGCATTTAAGTTTGATGAGTGATGCTAATCACTAAACTAATAGTGGATTAGTGGATCTTTCTTAGTTTGGCAGATGTTTTCCACTCAACTCGTGTATTAGTTAGCCGAGCAAGCTTAAAGGGACTATGTAAGCATTTAAAGTCCCCTTCAGTTCTTACTATTAACAAACTTAACTATTTTTTTGCTTctataaactcctaatttgctgcttttgaATGTAGTGATGTAGTTTTTGATGTATGGGGTTTATTAAGGCATCTAAAATATGGTCACGGTCACTTTTAAACcaagaataaaacaataactgtGCTGTGAGTAGCCCCTTTAAAAGGTTAAAGGTTGTATAAACTATGCAAGTTTGTATGTATGCTATGAAGTGGCTGATTCGAAcaaattgtatgtattttactaGTTGCAAGTTTGTACAAATTGGTGCGAATGACCTAGCGTTAGAAAATCGCAATGTTAATGTTTTCAATATCTTAGTGCCTTATTATGCCTAcgattagccatttattagtagtgattaagcacatattaatgccttattctacacgaccttattctacatccctaatcataaTCAATACCTAAACGTAACCACTACCTTACTATTagaaagcagcaaattagaaatgtattgaGGAAAAACTCATTAGGCTACATCCTTTTAAGACAGCATGCCCCAATAATATAGTTTGatttaacagaattttcattgtgTGGACATTTCTGTTCTAAGGGGAAGAAGTCATACCACTAATTTATAGTGATGTTCGTGTGGGCAGATGACGACCGAATTTTCAGTTCAAATTAGTTGATGTTAACGAGAATGCGTAATTTCTGCGAACAGGCTTATAGTAACCAAATGTTTGAGAGACATCCGTTACCACAGCATTCTGGG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Function

symbol description
prodhb Predicted to enable proline dehydrogenase activity. Predicted to act upstream of or within proline catabolic process. Human ortholog(s) of this gene implicated in amino acid metabolic disorder; hyperprolinemia type 1; and schizophrenia 4. Orthologous to human PRODH (proline dehydrogenase 1).

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG:

id description
K00318 PRODH, fadM, putB; proline dehydrogenase

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_043238983.1 True 9970 mRNA 0.40 14 1053144 1075777

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC122346115 LOC107751416,LOC107579531,LOC107653145,LOC107550279,LOC107667655,LOC107723311 coding downstream 430630 616780 ~ 622514 (-)
tor4ab LOC107653139,LOC107751425,LOC107723309,LOC107550278,LOC107567459,LOC107667676 coding downstream 439317 606370 ~ 613827 (-)
ier3 LOC107723299,LOC107667686,LOC107653130,LOC107567455,LOC107751423,LOC107550277 coding downstream 458495 593503 ~ 594649 (-)
LOC122344672 LOC107599169,LOC100329495,LOC107704423,LOC107750761,LOC107667614,LOC108443917,LOC102231850,LOC103134964,LOC102295583 coding upstream 69752 1145529 ~ 1175274 (-)
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nipsnap1 nipsnap1,LOC107599167,LOC107653245,LOC107726724,LOC107599621,LOC107667606,LOC107755818 coding upstream 261386 1337163 ~ 1342053 (-)
G32292 NA non-coding downstream 965 1051867 ~ 1052179 (-)
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LOC122344906 LOC107676118 non-coding downstream 230315 820190 ~ 822829 (-)
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G32440 NA non-coding upstream 437268 1513045 ~ 1513312 (-)
G32463 LOC107599159 non-coding upstream 461621 1537398 ~ 1539368 (-)
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G32486 pes,LOC107704970,LOC107741508 non-coding upstream 530648 1606425 ~ 1607747 (-)
wdr31 wdr31,si:ch73-266o15.4,LOC107653158,LOC107667323,LOC107751417 other downstream 422018 622514 ~ 631126 (-)
ddr2l ddr2l,LOC107704361,LOC107725118,LOC107550294,LOC107723312,LOC107667359,LOC108444179 other downstream 470049 556654 ~ 583095 (-)
kcnv2b atp5ib,atp5i,atp5ia,kcnv2b,LOC107703581,LOC107725101,LOC107704252,LOC107594594,LOC107723293 other downstream 665266 382052 ~ 387878 (-)
rictora rictora,LOC107704198,LOC107658248,LOC107567655,LOC107750288,LOC107594576,LOC107725140 other downstream 791473 239951 ~ 261671 (-)
G32104 LOC107725162,LOC107594575 other downstream 1016796 35777 ~ 36348 (-)
castor1 gatsl3,LOC107755828,LOC107726730,LOC107704487 other upstream 236827 1312604 ~ 1336187 (-)
lrrc74b lrrc74b,LOC107755819,LOC107667596,LOC107599620 other upstream 266829 1342606 ~ 1354414 (-)
ypel1 ypel1,YPEL1,ypelc,ypel2b,LOC103374080,LOC106586007 other upstream 597247 1673024 ~ 1694286 (-)
G32676 NA other upstream 890860 1966637 ~ 1967748 (-)
LOC122344636 pex11a,LOC107556261,LOC107714788,LOC107690406,LOC107691149,LOC107715221,LOC107551461 other upstream 944319 2020096 ~ 2022922 (-)

Expression


Co-expression Network