znf648 (LOC107678353,LOC107555382,LOC107733900,LOC107719322,LOC107660466,LOC107564440)


Basic Information

Item Value
gene id znf648
gene name LOC107678353,LOC107555382,LOC107733900,LOC107719322,LOC107660466,LOC107564440
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056704.1
NCBI id CM032073.1
chromosome length 27473687
location 10922668 ~ 10930433 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>XM_043241053.1
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ATTTGCATTACCTAAACCTTTGCACTGAAGTAACTGGAAGATAGCAAGTAAGCCTgggctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatcagaaTTCAGCCTTAACGACGTAGATATAGTTAGACACATTTAGCAACATAGTTATTGCTCAACATTTGACTTGTACTTATTTTTACTAGTGTTAACTGCAGGGAATTGTGGGGACCACCGATGAAGGACTTTGATTTCATATAAATCACTGTGTATATTCCTAGTAAAAGAACACACCGTAAACACACCGGTGACCCATTTGTAGAGTTTTAATGGCAGCTGATGGCATCTGGCCAAACAAGGCAGATTTTGTGTGTGAGAGCAACAGAGAAAGTGATAAAGATTATTGTGAATTCTCTTAGAGGTGTCGGATGAACAGTGCTATTTAAAGTTACAAGATATGATGATAAAGCTACAtgctattactattactatgtGGCAGTGCTATATTTTGGTAATAAACGTATGCAGGAAAATCGTATTTTGAGGTTGAAGGGATGGGACTTGCCGGTAATGTGGTACATGTTacgatggaaaaaaaaatgatgaactgtttcctttttcttttggaCTTACATTAAAGTGcacctattatggatttttgaacaTTACCTTTCATgcggtgtgtaacacagctctaactGAATGAAAACATACAGCAATTTCTACAATCTGAAAGTTCAATGTGTATTGTctgaattatgaaatattagcatCTTGCTTGCtcagttgttggtttttttgtgttggtctgaatgaaaatccaaattcattctttgcctctataggtgccgcttttggagctgtaaaataatttttacacaaAGCATCAATTATTATACAAGTCAAATAACCAGTTGTGTACGAAAAGTTGTACTTTTAGGATCAATGATATCTTGCACATTTCTATTTGATTAATGTTTCAAACATCCTAGAAATAAAGTTAGAGACATAcccaaaataattataattatacacatTAAAAGATAAGTTAAAAGATTCTTTAACATCACAAAAATCAGTTTTCCGTATCGTTTgatctgtttaaataaaacattaaattctgtgtaatattttaaaggatacctcttttattttactacttaTGAAAAACTTGTTTGTTACTGACCATACTTTCTTCCActgaatgttttcatatttagatGACCAAAAGACTGTTGAGCACAGCACATAATTCTTCTTTAACACATTTCTAATATAGCTATCACTGCATTTAtctttaacaatattattatcacCAATAAATATCATATCACAAGTCAATGGTTGTTGGTCAGCATTCATGAAATGTGCAGAATtatgtaataatgaaacaacTTTACATGTAATTGCATCAAAAGGAACCACATTTTGGTTTCATGGGAATTTTGAATATGACAAAATTAAACCATGTTCATTAAGCAACTGACTAAGGGTAAATATTCCAATGTCATACCATGTGCTTATAGACTAACTGGCAAGCCAGCAGTGTCTGCTTAATTGGGATACTATCAAAAATTGAATTTTGACACATGCCAcactgtttctttatttttaatgtattcggttatctattttattttaaataccacACTGAGATCTGTGAAGCTGAACACTTTGAGGCCGCCAAATtctttactattatttaaaatatcttttcgTAAGTAGTgaggttttgtttacaaaagAAATCATAGAGAATCTTATTCAAATCCTTAACAACATTCTGACGTTGATACATAAACAGTTTGAAATCCCTTTTGGATAAGAACAAATGTCTCATCAGCCATGCTTTATATCTGTTTTTAATCTTCTCGAGGATAGGCTTAAAATTTGATGCATGTTTTGCTTCAGATCTTTACATGTTACTATATGTGACAGTGTCTTTAATTGGTATCCCATTAATTCCTTTCAAAGGAAGCGTTTGTGAGTCATTGAGCAAGTAAGGTAGaagtaaatgcatattataagacaatgatttttttttttttttttttgaccttgcatgcatctCAAACTGTTGTTGGGGTCTCCCAagaccaaaatatgaacctttcttTAACCATagtaggggcactttaaattgtatatgtatgtgaatATGTGATTAccatcataaacattttttgttcaattaaaactccaaaaagactaaataaaagtgtttttcagcattcatgtgtgaaatgtagtgttgTAAACATGAGAGGGTGTAAGAACAGTGACTCAATCATCTTGTATAGGACACTAGACCTAATTCCCAGAGTTCCACACTTGTGCCAACATTTGTCCCTCCGCTGCCAGAT

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_043241053.1 True 7377 mRNA 0.39 2 10922668 10930433

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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stx8 stx8,LOC107704006,LOC107555374,LOC107733906,LOC107569362,LOC107660464,LOC107757428 coding upstream 343863 10523980 ~ 10578805 (+)
mchr1a mchr1a,LOC107704000,LOC107728182,LOC107733891,LOC107561025,LOC107659856 coding upstream 492130 10427591 ~ 10430538 (+)
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LOC122346915 kyat3,ccbl2,si:ch73-97h19.2,LOC107698888,LOC100332215 coding downstream 511678 11442111 ~ 11447927 (+)
LOC122346901 NA non-coding upstream 258979 10662120 ~ 10663689 (+)
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G44246 LOC107733892,LOC107555367,LOC107703995 non-coding upstream 399446 10516890 ~ 10523222 (+)
G44297 NA non-coding downstream 60937 10991370 ~ 10991602 (+)
G44298 NA non-coding downstream 65975 10996408 ~ 10997516 (+)
G44301 LOC107577034,LOC107675434,LOC107564434,LOC107730699,LOC107678357,LOC107733908 non-coding downstream 70258 11000691 ~ 11001355 (+)
G44440 NA non-coding downstream 285614 11216047 ~ 11216274 (+)
G44443 NA non-coding downstream 291196 11221629 ~ 11222047 (+)
pik3r6a zgc:158654,LOC107733898,LOC107555378,LOC107704002,LOC107757422,LOC105903457 other upstream 30208 10882960 ~ 10892460 (+)
LOC122347096 LOC107704003,LOC107733914,LOC107555377,LOC107569363,LOC107660471,LOC107757423 other upstream 39769 10870378 ~ 10882899 (+)
atad5b LOC107578257,LOC107710017,LOC107669538 other upstream 799143 10116617 ~ 10123525 (+)
dgke dgke,LOC107669536,LOC107710025,LOC107710026,LOC107669537,LOC107553311,LOC107591925,LOC107701198 other upstream 882304 9979865 ~ 10040364 (+)
LOC122346828 mcrip1,LOC107710264,LOC107553315,LOC107710031,LOC107591941,LOC108424716 other upstream 974739 9944518 ~ 9947929 (+)
G44478 LOC107749977,LOC107730703,LOC107675437,LOC107564626,LOC107698886,LOC107555394 other downstream 484840 11415273 ~ 11420330 (+)
LOC122346564 LOC107733248,LOC107694106,LOC107576895 other downstream 1071714 12002147 ~ 12010539 (+)
G44588 NA other downstream 1156966 12087399 ~ 12092455 (+)
scly scly,LOC107552249,LOC107552250,LOC107752645 other downstream 1223835 12154268 ~ 12159899 (+)
LOC122347491 LOC107593172,LOC107593170,LOC107694117,LOC107753639,LOC107552274 other downstream 1591340 12521773 ~ 12526957 (+)

Expression


Co-expression Network