rhbdl3 (rhbdl3,LOC107718708,LOC107701837,LOC107698683,LOC107591910,LOC107754871)


Basic Information

Item Value
gene id rhbdl3
gene name rhbdl3,LOC107718708,LOC107701837,LOC107698683,LOC107591910,LOC107754871
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056704.1
NCBI id CM032073.1
chromosome length 27473687
location 10167236 ~ 10202756 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

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CTGTTCACCTCCTGTCACTCCAGATCAGTGAAAGAAGGCGGGCGCCTCTCGCTTACCTCCCCGCGCTGTGAGGCGCTTCGCTCGGTCACGCTGAACTTTGGCAAAGCGCTCTGTGGATGCTGGCGGGAGTCGTTCCTCTCGGGCGCTGCTGGCACGCGCTGTGGATGCGAAACAACGGCGAGGTACAATGACGCACCACAAATGAACACTTACGCATTTCACTGCTTTATTTATAGTCTTGCGCGCTTTTACGTTGGTGCGATAAACACGACAAGCCGCTGTTGTAAATAACCTGATCATTTCGCTTTATCGCGTTTATTCCGTTTGGTGACATAGGCTACCTGGCATTCAGTTTGAGCAAAATCAGGCACGACACTGGATGGTCATGGTTTAGCCTGACGCGAAACGCAAAATAGCGTAAAGGGATTTGAGAAGGAAACGATGTTTCTCTTGCAGGTGACTGTTTGAGGATGAAGCCAGACGCTGCTGGGAAAGACAGGCGTGATTAAAAATCTAACTTATGTGTGACGTGCCGTGGATTTACAGTGACTAAAAGATCCTGGGATGAAATATGGAAGCGAGGAGGAACTCCGCATACCCCCTTAGTTTGGGATAAACTCACATGCCGTAGGATATCAGTATGACAGAGCTGGAGAAACGCCAGTTTAGCTCTGCATGAAGTTTGGAGTTGTCAAAACCGTGTATGTGGATGTATGTGGCGAAATATATCTGAACAAGACATCATGGCAGAACTTTATGAGAAGAGATAATCGTTATTCGGGTGGACTGAGAGGGGCACAGGGGCGATGGTGAACTCATCCCCAGCGGTCGCTGCTCACGCAGAGGGTGAGGAGATCGAGGTGCTAGAGAGCACTGATGTCCTTCCCGTAGCTCCAGAGGACCAATGGAAGTCTCTTTTTGACAAGatgagcAATAAGCGCTCAAACAGTTTCCGCCGAGCAATCCTGCAGGGCAGTCGGCAGCTCAGGAATTCCGCGCTGAGAGAAGAAGTGGGCTTGGGTCTGTCTCGGAGACTCGTGCGTCACGTTGCCTATGAGACTTTGCCAAGAGAGGTGGACCGCAAGTGGTACTTTGACAGTTACACCTACTGTCCACCACCATGGCTTATGCTGGCCATCACTATAACGGAGGTTGTTGTCTTTATGTATTATGGATTCCAACTCAACCGCTGGGTTCTGCAAGTCTCATCACCGTACTTCCTGAAGGGCCCATTACCATACCACCCACAGCTCAGAGCTCAGGCCTGGCGCTACCTTAGTTACATCTTCATGCACGCAGGAATTGAGCACCTGGGTCTAAACATGGCCATGCAACTTTTGGTGGGTGTGCCGTTAGAGATGGTCCACGGAGCTTTGAGAATCGGcctggtgtatgtgtgtggcgTCCTGGCAGGTTCATTGGCTGTGTCAGTGACGGACATGACAGCACCTGTGGTCGGTTCATCGGGCGGAGTCTACGCCCTCGTCTCCGCCCACCTCGCCAATGTTGTCATGAACTGGTCAGGGATGAAGTGTCAGTTCAAGCTCTTTCGCATGGCAATGGCTCTGGTGTGCATGAGTGTGGAGTTCGGTCGTGCCGTCTGGCTTCGATTCTATCCCCCAGCCTTCCCACCATGCCCTAATCCCAGCTTTGTGGCTCATCTGGGGGGTGTGGCAGTGGGCCTCACCCTCGGCGTTGTGGTTCTTCAGAACTATGAACAGCGTTTGCAGGAACAGTCCTTGTTCTGGATCTTCTTCAGTGTCTACACACTCTTTATCCTCTGTGGAATCTTCTGGAACATTTTTGCTTACGGTCTCTTGGATGTCAAGTTACCCCCACATCCATGAAGCCCAAgagtgtgtgttcgtgtgtgggCGACATAATTTAACAGTTGTAAAGGTCgtaaatgagaaacaaatgcTAAGTACCTTATTGAGTCCTCTTGCAGTTTTGCAGTTTGTGTTAGTGCCTAAACCATGCCAAGTCGTCAAAAGCAGCTAAAACAGCAGATTCCAATTTTTAAGCAACGGTGAATGTAAATTTGCAGGAGAGGGTCAAAGGTTGTTGCTTTTTACAGCTACATGCTTTGTGCCAGCCCTCGAGGGTTGTCAGCAATAGCACAagtattcatttcaaaataaaacttggGTTTAGTAGCCCCTGCTGGCTTGTCAGCTTTTCGAGGTGCCAggtaaaattattttcagttgttgaaGGAATGAATATATTTCCTGAAAGCACAGAGCCTGAGGTTGCATGAGCAAAAAGAGAAATACCAGTATTTTATGAGAACATTTTAGTAAGtgttctatatttttataaacaactAAAGATAATGAGGTAGCATGATAGCACTGTTATGGCTCATTATGTGTGAAGGAccttttaaagatatttaagaGTAGCGAGGAAACAGCTAGTTTAACTTCTATCTTGCAAACAGATAgtgttattttctgtaattaatgTTTCAATGTTAAAAGGTCAGTTTAAAGTAACTGCAATCCCTTAGCATTGTCAGTGGCGGTCTGcaacagatttcttttttaatgtatatcagtattatagttaataaagCATTctattatattgtattactgATAATTATGTTCCCATACAACAGAAGATTTCTcctttacatataaaaatattagtaattaaCCAGGTAATTAAGGTTTCTGACTGGAGTTTGGACTTTTTTAGGTATTTGTTTGTAACCTGTGGCTTTAAAAAGCCTTCACaacatactaaaataatattgaaagCTAATTAACTTTAATGGTTACCCCATTAATGCCAAAGGAAgtaaaaagaagtttttttcccctttttcaTCAGCAACattatttgaatattcattCTATCAATACTAATCAGAATTCACACCGAGACACTGGTATTTGTTTAGTCATTGAAGCTCCACTGAAAGACCAACactgtttttttgctgttgttcttGTTGTTCTTATTGCTATcaagaaatgtgttttgcagTACCACAGATTGCACACTTGATAAGATGTATTGaatcatatttgtttgtatatttgaaTCATGTGTTAGTGGAATGGACAGTACAACCAGGGAGTCATCAGAACATCAGAACTCAAGTTCAAATCATTGATCAACTGaatgataacaaaaaaagtaatttaccACTATACATGCTACAAATGAATTGATCTGTtctgttatttaatatatgatatgTATTGCAGTACTTTTTGGACGAATTGTGATTGTGTGTCATCTACTGTACCTCAAATACTGTAAGTGGTCTATGTTATGAAGTTTATTTCTATTGGTGCTGTAGTTTTGGACAGGTTGCTGAATGTCCGTGCCACTAGTAACTGGTTATCTCCTCTCAGTTCTGTGCACAGTCATTATTTACAGCAAAACTGATCCTGGTACAGCTTTGTATCTTCTGCCtgcagagagggagagagagagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgccacTGATTCTCTAACAGGAAAAGAGGAACTGAATAAAACCCTCAAGTTCTGAAAATGATTGAATCCAGTACTTCAGTCCCAGTTCATACCAGTACTCTGTGAACAACTGGATCTGCTTTAACAGTGTTTAAGCTACTTTTGAAGTGCCAgtatactttttgttttgcattgtgcTGACTTGTGTAATGTAATGCTGAGATGTAAGTAACCTGGGATTGTGTAAAGGGCTATGGCGCCAGAAATAATGAGTTAACCAAGCATATTTTaacatgcacatattttgtaGATTTGATATGTAAATAGGGAGTGCATTAAAATCTGTGATTGGAAATggca

Function

symbol description
rhbdl3 Predicted to enable serine-type endopeptidase activity. Predicted to act upstream of or within proteolysis. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Is expressed in several structures, including basal plate midbrain region; hatching gland; midbrain neural keel; nervous system; and presumptive diencephalon. Orthologous to human RHBDL3 (rhomboid like 3).

NR:

description
PREDICTED: rhomboid-related protein 3-like isoform X2

GO:

id name namespace
GO:0006508 proteolysis biological_process
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0005509 calcium ion binding molecular_function
GO:0004252 serine-type endopeptidase activity molecular_function

KEGG:

id description
K02857 RHBDL1_2_3; rhomboid-related protein 1/2/3

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_043242584.1 False 3814 mRNA 0.43 8 10167236 10202751

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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trim25 trim25,LOC107710025,LOC107553309,LOC107669536 coding downstream 118368 10039427 ~ 10048868 (-)
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sept9b sept9b,LOC107754867,LOC107566422,LOC107561033,LOC107718712,LOC107674495 coding upstream 93248 10296004 ~ 10335041 (-)
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G44095 NA non-coding downstream 82961 10083990 ~ 10084275 (-)
G44065 cbx4,LOC107710010,LOC107669529,LOC107553295 non-coding downstream 149168 10013936 ~ 10018068 (-)
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G44037 ppp1r27,LOC107710012,LOC107591937,LOC107553297 non-coding downstream 225230 9941570 ~ 9942006 (-)
G44167 NA non-coding upstream 35663 10238419 ~ 10238618 (-)
G44168 NA non-coding upstream 39454 10242210 ~ 10242509 (-)
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G44209 NA non-coding upstream 170414 10373170 ~ 10373568 (-)
G44210 NA non-coding upstream 173384 10376140 ~ 10376578 (-)
cd7al LOC107710016,LOC107553302,LOC107669545,LOC107698686,LOC107710292,LOC107591915,LOC107553301,LOC107710015 other downstream 22068 10138905 ~ 10145168 (-)
c6h17orf67 cunh17orf67,LOC107591943,LOC107669532,LOC107701203,LOC103044666 other downstream 139556 10025453 ~ 10027680 (-)
anapc11 anapc11,LOC107553313 other downstream 218248 9945667 ~ 9948988 (-)
G43900 NA other downstream 894931 9271418 ~ 9272305 (-)
G43899 NA other downstream 896314 9269188 ~ 9270922 (-)
tnrc6c2 LOC107701838,LOC107566423,LOC107754870,LOC107591908,LOC107718711,LOC107698681 other upstream 1861 10204617 ~ 10243425 (-)
LOC122347367 NA other upstream 153121 10355877 ~ 10358850 (-)
usp43a usp43a,LOC107733909,LOC107704008,LOC107555366,LOC107659855,LOC107728176,LOC107561022 other upstream 231448 10434204 ~ 10509003 (-)
ntn1a ntn1a,LOC107555375,LOC107704007,LOC107733905,LOC107569361,LOC107757426,LOC107660463,LOC105903456,LOC106587088,LOC105012279 other upstream 376233 10578989 ~ 10835525 (-)
G44358 zgc:158654,LOC107733898,LOC107555378,LOC107704002,LOC107757422,LOC107660467 other upstream 507289 10710045 ~ 10716741 (-)

Expression


Co-expression Network