patz1 (patz1,LOC107568192,LOC107712103,LOC107584420,LOC107721193)


Basic Information

Item Value
gene id patz1
gene name patz1,LOC107568192,LOC107712103,LOC107584420,LOC107721193
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056704.1
NCBI id CM032073.1
chromosome length 27473687
location 20039194 ~ 20050026 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

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Function

symbol description
patz1 Predicted to enable DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific and RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding activity. Predicted to be involved in regulation of transcription by RNA polymerase II. Predicted to be active in nucleoplasm. Orthologous to human PATZ1 (POZ/BTB and AT hook containing zinc finger 1).

NR:

description
TC1-like transposase

GO: NA

KEGG:

id description
K24383 PATZ1; POZ-AT hook zinc finger protein 1

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
eif4enif1 eif4enif1,LOC107673519,LOC107584417,LOC107667360,LOC107568191,LOC107712102 coding upstream 697 20026927 ~ 20038497 (+)
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slc6a11a slc6a11a,LOC108440580,LOC107673588 other upstream 165659 19866559 ~ 19873535 (+)
LOC122347202 uqcc2,cf125,LOC107580205,LOC108440614,LOC107667355,LOC106565356 other upstream 192646 19843047 ~ 19846548 (+)
ghrl LOC107585199,LOC107711011,LOC107673481 other upstream 252897 19784177 ~ 19786297 (+)
itpr1a itpr1a,LOC107748403,LOC107711046,LOC107673508,LOC107585177 other upstream 445186 19566011 ~ 19594008 (+)
si:dkey-195m11.8 si:dkey-195m11.8,LOC107585129,LOC107673511,LOC107711061,LOC107667357,LOC107733585,LOC107582701,LOC107711063,LOC107673480,LOC107733603,LOC107582828,LOC107667335,LOC107579851 other upstream 691565 19262584 ~ 19347629 (+)
G46742 NA other downstream 37065 20087091 ~ 20095641 (+)
LOC122346811 rad18,LOC107673612,LOC107657944,LOC107567093,LOC107584494 other downstream 581944 20631970 ~ 20661207 (+)
LOC122347404 rad18,LOC107673612,LOC107657944,LOC107567093,LOC107584494,LOC107712119 other downstream 670391 20720417 ~ 20749398 (+)
oxtra oxtr,LOC107584509,LOC107673460,LOC107658098 other downstream 724972 20774998 ~ 20786533 (+)
G47187 cpt1b,LOC107559523,LOC107710383,LOC107686536,LOC107671150,LOC107599889 other downstream 1725382 21775408 ~ 21777713 (+)

Expression


Co-expression Network