G49440 (ctsla,LOC107755730,LOC107680563,LOC107557611,LOC107558029,LOC107727441)


Basic Information

Item Value
gene id G49440
gene name ctsla,LOC107755730,LOC107680563,LOC107557611,LOC107558029,LOC107727441
gene type non-coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056705.1
NCBI id CM032074.1
chromosome length 41700998
location 2494015 ~ 2497899 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>TU73247
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>TU73248
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>TU73249
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Function

symbol description
ctsla Predicted to enable cysteine-type endopeptidase activity. Predicted to be involved in immune response and proteolysis involved in cellular protein catabolic process. Predicted to act upstream of or within proteolysis. Predicted to be active in extracellular space and lysosome. Is expressed in blood; gill; liver; pleuroperitoneal region; and yolk syncytial layer. Human ortholog(s) of this gene implicated in hypertrophic cardiomyopathy. Orthologous to human CTSL (cathepsin L).

NR:

description
PREDICTED: cathepsin L1-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU73247 True 3703 lncRNA 0.40 3 2494015 2497899
TU73248 False 2382 lncRNA 0.41 2 2495426 2497899
TU73249 False 3632 lncRNA 0.40 3 2494015 2497899

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
gas1a gas1a,LOC107680573,LOC107755728,LOC107557610,LOC107727450,LOC107558025,LOC107700065 coding downstream 147233 2344884 ~ 2346782 (-)
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LOC122348911 LOC107707953,LOC107707085 coding downstream 457549 2020260 ~ 2036466 (-)
LOC122349140 NA coding downstream 476667 2010868 ~ 2017348 (-)
LOC122348468 LOC107707987,LOC107555888,LOC107707097,LOC107662203,LOC107658968,LOC107590514 coding downstream 572973 1907473 ~ 1921042 (-)
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fbp1a fbp1a,f16p1,LOC107557613,LOC107700071,LOC108426201,LOC103033769,LOC107727435 coding upstream 7670 2505569 ~ 2510033 (-)
npffr2a npffr2a,LOC107697256,LOC107755724,LOC107719191,LOC107574064,LOC107700061,LOC103039748 coding upstream 286469 2784368 ~ 2798162 (-)
slc4a4a slc4a4,LOC107755741,LOC107700079,LOC107747688,LOC107685251 coding upstream 333927 2831826 ~ 2881239 (-)
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G49447 dapk1,LOC107680553,LOC107755715,LOC107557602,LOC107700066,LOC107558027 non-coding downstream 2100 2489010 ~ 2491915 (-)
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G49450 NA non-coding upstream 13657 2511556 ~ 2522869 (-)
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G49455 LOC107755731,LOC107680527,LOC107557614,LOC107727443,LOC107700068,LOC107558030 non-coding upstream 44701 2542600 ~ 2545233 (-)
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G49456 NA non-coding upstream 52541 2550440 ~ 2554369 (-)
LOC122348471 pwp1,LOC107658969,LOC105905702 other downstream 586853 1901590 ~ 1907162 (-)
G49309 LOC107658783,LOC107708003 other downstream 595189 1898083 ~ 1898826 (-)
G49133 LOC107691997,LOC107741482,LOC107563408,LOC107668708,LOC107588219 other downstream 1273122 1169981 ~ 1220893 (-)
zgc:153151 NA other downstream 1447698 1040922 ~ 1046317 (-)
zgc:162171 zgc:162171,LOC107588217,LOC107753986,LOC107742285,LOC107691949,LOC107668889,LOC103045050 other downstream 1605057 880586 ~ 888958 (-)
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trnar-ucu_8 NA other upstream 1786510 4284409 ~ 4284499 (-)
LOC122349098 NA other upstream 1855162 4353061 ~ 4360979 (-)
G50107 NA other upstream 2035147 4533046 ~ 4574002 (-)

Expression


Co-expression Network