G29846


Basic Information

Item Value
gene id G29846
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000004
NCBI id null
chromosome length 17451736
location 8482656 ~ 8523479 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU33781
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>TU33783
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>TU33776
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>TU33777
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>TU33779
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>TU33778
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>TU33780
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>TU33782
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Function

GO:

id name namespace
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GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
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GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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TU33783 False 1541 lncRNA 0.53 3 8482656 8523479
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TU33782 True 2028 lncRNA 0.37 2 8521421 8523479

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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CI01000004_08592797_08594424 CLDN11A coding upstream 68835 8592314 ~ 8594619 (-)
CI01000004_08714010_08716995 NA coding upstream 190403 8713882 ~ 8717059 (-)
CI01000004_08847888_08849951 NA coding upstream 323279 8846758 ~ 8850028 (-)
CI01000004_08857253_08860111 RABGGTB coding upstream 333774 8857253 ~ 8860111 (-)
G29865 NA non-coding downstream 49750 8423062 ~ 8432906 (-)
G29844 NA non-coding downstream 71437 8410726 ~ 8411219 (-)
G29833 NA non-coding downstream 111414 8369150 ~ 8371242 (-)
G29829 NA non-coding downstream 123554 8358903 ~ 8359102 (-)
G29750 NA non-coding downstream 143110 8337169 ~ 8339546 (-)
G29899 NA non-coding upstream 826 8524305 ~ 8525995 (-)
G29900 NA non-coding upstream 3959 8527438 ~ 8527680 (-)
G29903 NA non-coding upstream 15385 8538864 ~ 8539102 (-)
G29906 NA non-coding upstream 30694 8554173 ~ 8554562 (-)
G29918 NA non-coding upstream 55080 8578559 ~ 8581578 (-)
G29746 NA other downstream 124529 8354498 ~ 8358127 (-)
G29656 NA other downstream 517156 7964364 ~ 7965500 (-)
G29388 NA other downstream 1850749 6631293 ~ 6631907 (-)
CI01000004_06539836_06541252 NA other downstream 1937084 6538904 ~ 6541252 (-)
CI01000004_05617072_05627369 NA other downstream 2855142 5616644 ~ 5628289 (-)
G30316 NA other upstream 854458 9377937 ~ 9406921 (-)
G31203 NA other upstream 2222958 10746437 ~ 10750641 (-)
CI01000004_11407198_11412220 ADCYAP1B, ADCYAP1 other upstream 2883986 11406957 ~ 11412907 (-)
G32150 NA other upstream 3253040 11776519 ~ 11780951 (-)
G32207 NA other upstream 3852689 12376168 ~ 12384780 (-)

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