G60281 (vdac3,LOC107671013,LOC107559564)


Basic Information

Item Value
gene id G60281
gene name vdac3,LOC107671013,LOC107559564
gene type non-coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056706.1
NCBI id CM032075.1
chromosome length 24299999
location 1967120 ~ 1999468 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>TU89187
tatttttttttttttttTTTCATTCAGTCAACATTCTTCTTTATTGAGTTCCACAACATCAGTTTCTTCTTCTGTTCCTCCGCTGaacataaatcactttttttatgggaataaaaacaaaaaaagaccttCCTCTAAAAATTTCAGCccacaaacacagacaacaaACCCGTGATAAAATATTACGCATTTGGCAATGAACGTGAGGGACTCGACATCCAGAGATACGTTTCTGATTCAACATTAAACGCGTGAACTAAAAGCACAACGTACACGTCAGGTCCTGTGTGACCGCTCACAAACCAGAAACTACATTATctagtttaaaaatgaaaaaaaaaaaggaaatgatatGGTGCCACGTGTGTCACATTAAAAGCGCTGTACGTTGACCAATAGGAAGCTGTGGTCGAATAGTGAGCTGGTGATGGAGGATCGGTGTGGACAGGAATCATGTGACTGCTGATCCTGTTTCTTATTGGTTCTACGGGGGGTTTAAGGCCAGATTAGTTTAGGAGGAATCATGGGGGTCAAGGGCGACGTGTTTCCGCAGGGGCCGAAGTCAGCCGTCAGCTCCCCGTGTTTCTTTACTTCCTGTCAGTGCGTCTCTGCTCTGCGTGTCGTTACACCTCCAGCTCGAAGCCCATGCCCACCTTGTGTCCTCCGGCGTTGAAGTTCTTAGCATCGATCAGAGCGGACAGAGTGAGCTTCACACCTGAGGAAGACACGGCATTTATTAGACCCTGCCGGAGTCACCGGACACGGCTTTCAGACTGCTGGGCTTTCATATGCGGGTTGCCAGATTTCCGCTCGGATCCCTGTCGTTCGCCAGCTGCCATGCCTTTAATAAAACACGCTGCGTTTATCGGCGACTGGCAACCCGGGGGTTCCGAAACACGATTTGTTGAACCGGCAGTGGGCGGGTTtcgaaaaaacaaaacagaggcCGACATTCTGGGCCGGAATGCGttttttcaaagcagaataatcgactgttttttaaaataaaaaactatgtTAAATCAGcgtgtttcttaaatatcaGCAAACGCATTATgccttttttatgctttagtagagtcaaaatcctacatacagcaacTTTATTGTTTTTAGCGTGCTTAAACGTACTAGCAATATGCTAGCAGCGtgataaaaaaaaggttcacGTGTTAAAACGCTAGCAATATGTTAACAAGATGTTAAACAACATGCTAAAACGGTTAAACATGTTAAATCACGCTAGCAAAATGTTAAGATgatgttataaaaaaatgctaatacaGGTTAACAGTATGTTAAAAGCTGCTAGCAACCTGTTAAATATCGCTAACAATATGCTAACAGCATGCTAAAGCAggtaaacatgttaaaacactAGCAAGATGTTACAACAGGctgataatattaaaatgtgctaGCAACCTGTTAAATATTGCTAACAACATactaaaatatgatataataggcatgctaaaacatgttaaatcagcttagcaacatgctagaaAACATGTTAACAatgttaaaacatgttaaatcagcttagcaacatgctaaaaaacATGTTAACAGCATGTTAGCAATGATAAAACATGTTAACAACGTGGTCAATCATGCTAGCAAGATGCTACAACAGGTTAGCAACTTGCTAAAAGGTTAAATCAGCTTAGCAGCGTGctaaaatgttgaaaaacatgtttaatgatATTAGAAATGTTAGATCATGCTACCACATATTAACAGCATGTTAGCAATGTTAAAACAAGCAACATGGTCAATCATGCTAGCAAGATGCTAAAACAGGGTAACAgcgttaatacattttattttagcgttACTAAAATGCTCAATGTGTGCCAAATAATGCTACCGACATACTAAAACATGTCAACAATGTTAaatcatgctagcaacatgctaaaaaacCCCGATAACACGTTAATACATGCTAACAAAGTGCAAAATCATGCCAGCAACATGTTAAATCTTGCTAAGAGCTTGCTTGAACATTTTAGCAACGTGCTAGGACATAATACAACTTCATTGGCTTTGAATAAAATCTTCAAACCTCAAGCTTAACCCATGACTGATTATTAATGACACGAAGGAGTTCGTTCACCTGGCCGGAGGCTCTGCGTGTATCCTACTCCAACCAGACTAGCGTTGTTGACTTTGGCCTGAGGAGAGAGACGGCCATACATCAAGCTTAGTTATCCAGCTTTCGGGCGATGCACACGTTTACAAAGCTCGACCCTTACGACTGGTTTGGCGCTCCCGGGTCACATGCGGTTTGTACTCACGGAGATGGAAGAGTCTTTATCGAGCTGGTATTTGGCAGCGATGCCGAAGCGCGTGTTGTTGCTCCCTGCGGTCCAGGCCAGATTGACCGCCGTCTCCAACTGATCGTTCACCTTCTGATAGATGGAGCCGCCGAACTCCGTGCCATCATTACTGCAACAAACAACACCATTAAGCTCCAGAAGACGGTGCATTGTTTGGAAATCGCGTCTCATTAACGCTACGAACCAAATTATCGTTAACTAAAGCcgtggaaaaaaaatgtctgtttgtgAATCACTCTGGAGCGTTTCCTCACACATTGGTGTGTAGCTGGAAGTCTCCTGCCTTGTAGCCCAAAGCGAAGTTGTTCTGGGCCAGTTTAGACTTGGCCGTGTCGAAGGCCATCTGATACCCGGCCAGCCAGCCCTCGTAACCCAGGACGGCTGCGGCGTGGATCGTGGGTCCGGCCAGATCGAAGTCTATATCACAGCCCACGTTCATGTATTCACGCTTATAGCCCGTCTTCAGCTTACCGCTCTTCTTCCTGAAGATAGCAGAGGGAGGATGACggcacagaaagaaaaaaaaaaacagtatcaaaatgatttttctcGTGATTTtcatacaatacacacacatacatttttttaaagacttt
>TU89188
ttttttttttttttttttttATTCAGTCAACATTCTTCTTTATTGAGTTCCACAACATCAGTTTCTTCTTCTGTTCCTCCGCTGaacataaatcactttttttatgggaataaaaacaaaaaaagaccttCCTCTAAAAATTTCAGCccacaaacacagacaacaaACCCGTGATAAAATATTACGCATTTGGCAATGAACGTGAGGGACTCGACATCCAGAGATACGTTTCTGATTCAACATTAAACGCGTGAACTAAAAGCACAACGTACACGTCAGGTCCTGTGTGACCGCTCACAAACCAGAAACTACATTATctagtttaaaaatgaaaaaaaaaaaggaaatgatatGGTGCCACGTGTGTCACATTAAAAGCGCTGTACGTTGACCAATAGGAAGCTGTGGTCGAATAGTGAGCTGGTGATGGAGGATCGGTGTGGACAGGAATCATGTGACTGCTGATCCTGTTTCTTATTGGTTCTACGGGGGGTTTAAGGCCAGATTAGTTTAGGAGGAATCATGGGGGTCAAGGGCGACGTGTTTCCGCAGGGGCCGAAGTCAGCCGTCAGCTCCCCGTGTTTCTTTACTTCCTGTCAGTGCGTCTCTGCTCTGCGTGTCGTTACACCTCCAGCTCGAAGCCCATGCCCACCTTGTGTCCTCCGGCGTTGAAGTTCTTAGCATCGATCAGAGCGGACAGAGTGAGCTTCACACCTGAGGAAGACACGGCATTTATTAGACCCTGCCGGAGTCACCGGACACGGCTTTCAGACTGCTGGGCTTTCATATGCGGGTTGCCAGATTTCCGCTCGGATCCCTGTCGTTCGCCAGCTGCCATGCCTTTAATAAAACACGCTGCGTTTATCGGCGACTGGCAACCCGGGGGTTCCGAAACACGATTTGTTGAACCGGCAGTGGGCGGGTTtcgaaaaaacaaaacagaggcCGACATTCTGGGCCGGAATGCGttttttcaaagcagaataatcgactgttttttaaaataaaaaactatgtTAAATCAGcgtgtttcttaaatatcaGCAAACGCATTATgccttttttatgctttagtagagtcaaaatcctacatacagcaacTTTATTGTTTTTAGCGTGCTTAAACGTACTAGCAATATGCTAGCAGCGtgataaaaaaaaggttcacGTGTTAAAACGCTAGCAATATGTTAACAAGATGTTAAACAACATGCTAAAACGGTTAAACATGTTAAATCACGCTAGCAAAATGTTAAGATgatgttataaaaaaatgctaatacaGGTTAACAGTATGTTAAAAGCTGCTAGCAACCTGTTAAATATCGCTAACAATATGCTAACAGCATGCTAAAGCAggtaaacatgttaaaacactAGCAAGATGTTACAACAGGctgataatattaaaatgtgctaGCAACCTGTTAAATATTGCTAACAACATactaaaatatgatataataggcatgctaaaacatgttaaatcagcttagcaacatgctaaaaaacATGTTAACAGCATGTTAGCAATGATAAAACATGTTAACAACGTGGTCAATCATGCTAGCAAGATGCTACAACAGGTTAGCAACTTGCTAAAAGGTTAAATCAGCTTAGCAGCGTGctaaaatgttgaaaaacatgtttaatgatATTAGAAATGTTAGATCATGCTACCACATATTAACAGCATGTTAGCAATGTTAAAACAAGCAACATGGTCAATCATGCTAGCAAGATGCTAAAACAGGGTAACAgcgttaatacattttattttagcgttACTAAAATGCTCAATGTGTGCCAAATAATGCTACCGACATACTAAAACATGTCAACAATGTTAaatcatgctagcaacatgctaaaaaacCCCGATAACACGTTAATACATGCTAACAAAGTGCAAAATCATGCCAGCAACATGTTAAATCTTGCTAAGAGCTTGCTTGAACATTTTAGCAACGTGCTAGGACATAATACAACTTCATTGGCTTTGAATAAAATCTTCAAACCTCAAGCTTAACCCATGACTGATTATTAATGACACGAAGGAGTTCGTTCACCTGGCCGGAGGCTCTGCGTGTATCCTACTCCAACCAGACTAGCGTTGTTGACTTTGGCCTGAGGAGAGAGACGGCCATACATCAAGCTTAGTTATCCAGCTTTCGGGCGATGCACACGTTTACAAAGCTCGACCCTTACGACTGGTTTGGCGCTCCCGGGTCACATGCGGTTTGTACTCACGGAGATGGAAGAGTCTTTATCGAGCTGGTATTTGGCAGCGATGCCGAAGCGCGTGTTGTTGCTCCCTGCGGTCCAGGCCAGATTGACCGCCGTCTCCAACTGATCGTTCACCTTCTGATAGATGGAGCCGCCGAACTCCGTGCCATCATTACTGCAACAAACAACACCATTAAGCTCCAGAAGACGGTGCATTGTTTGGAAATCGCGTCTCATTAACGCTACGAACCAAATTATCGTTAACTAAAGCcgtggaaaaaaaatgtctgtttgtgAATCACTCTGGAGCGTTTCCTCACACATTGGTGTGTAGCTGGAAGTCTCCTGCCTTGTAGCCCAAAGCGAAGTTGTTCTGGGCCAGTTTAGACTTGGCCGTGTCGAAGGCCATCTGATACCCGGCCAGCCAGCCCTCGTAACCCAGGACGGCTGCGGCGTGGATCGTGGGTCCGGCCAGATCGAAGTCTATATCACAGCCCACGTTCATGTATTCACGCTTATAGCCCGTCTTCAGCTTACCGCTCTTCTTCCTGAAGATAGCAGAGGGAGGATGACggcacagaaagaaaaaaaaaaacagtatcaaaatgatttttctcGTGATTTtcatacaatacacacacatacatttttttaaagacttt
>TU89189
TCTGCATACAAATATTTAGGctgtattttttggttttctagtatattttaatgttgaacGTTTAgatttaagcataaaaaaagcGAACGTACCACCGTTTCATTCAGTCAACATTCTTCTTTATTGAGTTCCACAACATCAGTTTCTTCTTCTGTTCCTCCGCTGaacataaatcactttttttatgggaataaaaacaaaaaaagaccttCCTCTAAAAATTTCAGCccacaaacacagacaacaaACCCGTGATAAAATATTACGCATTTGGCAATGAACGTGAGGGACTCGACATCCAGAGATACGTTTCTGATTCAACATTAAACGCGTGAACTAAAAGCACAACGTACACGTCAGGTCCTGTGTGACCGCTCACAAACCAGAAACTACATTATctagtttaaaaatgaaaaaaaaaaaggaaatgatatGGTGCCACGTGTGTCACATTAAAAGCGCTGTACGTTGACCAATAGGAAGCTGTGGTCGAATAGTGAGCTGGTGATGGAGGATCGGTGTGGACAGGAATCATGTGACTGCTGATCCTGTTTCTTATTGGTTCTACGGGGGGTTTAAGGCCAGATTAGTTTAGGAGGAATCATGGGGGTCAAGGGCGACGTGTTTCCGCAGGGGCCGAAGTCAGCCGTCAGCTCCCCGTGTTTCTTTACTTCCTGTCAGTGCGTCTCTGCTCTGCGTGTCGTTACACCTCCAGCTCGAAGCCCATGCCCACCTTGTGTCCTCCGGCGTTGAAGTTCTTAGCATCGATCAGAGCGGACAGAGTGAGCTTCACACCTGAGGAAGACACGGCATTTATTAGACCCTGCCGGAGTCACCGGACACGGCTTTCAGACTGCTGGGCTTTCATATGCGGGTTGCCAGATTTCCGCTCGGATCCCTGTCGTTCGCCAGCTGCCATGCCTTTAATAAAACACGCTGCGTTTATCGGCGACTGGCAACCCGGGGGTTCCGAAACACGATTTGTTGAACCGGCAGTGGGCGGGTTtcgaaaaaacaaaacagaggcCGACATTCTGGGCCGGAATGCGttttttcaaagcagaataatcgactgttttttaaaataaaaaactatgtTAAATCAGcgtgtttcttaaatatcaGCAAACGCATTATgccttttttatgctttagtagagtcaaaatcctacatacagcaacTTTATTGTTTTTAGCGTGCTTAAACGTACTAGCAATATGCTAGCAGCGtgataaaaaaaaggttcacGTGTTAAAACGCTAGCAATATGTTAACAAGATGTTAAACAACATGCTAAAACGGTTAAACATGTTAAATCACGCTAGCAAAATGTTAAGATgatgttataaaaaaatgctaatacaGGTTAACAGTATGTTAAAAGCTGCTAGCAACCTGTTAAATATCGCTAACAATATGCTAACAGCATGCTAAAGCAggtaaacatgttaaaacactAGCAAGATGTTACAACAGGctgataatattaaaatgtgctaGCAACCTGTTAAATATTGCTAACAACATactaaaatatgatataataggcatgctaaaacatgttaaatcagcttagcaacatgctagaaAACATGTTAACAatgttaaaacatgttaaatcagcttagcaacatgctaaaaaacATGTTAACAGCATGTTAGCAATGATAAAACATGTTAACAACGTGGTCAATCATGCTAGCAAGATGCTACAACAGGTTAGCAACTTGCTAAAAGGTTAAATCAGCTTAGCAGCGTGctaaaatgttgaaaaacatgtttaatgatATTAGAAATGTTAGATCATGCTACCACATATTAACAGCATGTTAGCAATGTTAAAACAAGCAACATGGTCAATCATGCTAGCAAGATGCTAAAACAGGGTAACAgcgttaatacattttattttagcgttACTAAAATGCTCAATGTGTGCCAAATAATGCTACCGACATACTAAAACATGTCAACAATGTTAaatcatgctagcaacatgctaaaaaacCCCGATAACACGTTAATACATGCTAACAAAGTGCAAAATCATGCCAGCAACATGTTAAATCTTGCTAAGAGCTTGCTTGAACATTTTAGCAACGTGCTAGGACATAATACAACTTCATTGGCTTTGAATAAAATCTTCAAACCTCAAGCTTAACCCATGACTGATTATTAATGACACGAAGGAGTTCGTTCACCTGGCCGGAGGCTCTGCGTGTATCCTACTCCAACCAGACTAGCGTTGTTGACTTTGGCCTGAGGAGAGAGACGGCCATACATCAAGCTTAGTTATCCAGCTTTCGGGCGATGCACACGTTTACAAAGCTCGACCCTTACGACTGGTTTGGCGCTCCCGGGTCACATGCGGTTTGTACTCACGGAGATGGAAGAGTCTTTATCGAGCTGGTATTTGGCAGCGATGCCGAAGCGCGTGTTGTTGCTCCCTGCGGTCCAGGCCAGATTGACCGCCGTCTCCAACTGATCGTTCACCTTCTGATAGATGGAGCCGCCGAACTCCGTGCCATCAACATTGGTGTGTAGCTGGAAGTCTCCTGCCTTGTAGCCCAAAGCGAAGTTGTTCTGGGCCAGTTTAGACTTGGCCGTGTCGAAGGCCATCTGATACCCGGCCAGCCAGCCCTCGTAACCCAGGACGGCTGCGGCGTGGATCGTGGGTCCGGCCAGATCGAAGTCTATATCACAGCCCACGTTCATGTATTCACGCTTATAGCCCGTCTTCAGCTTACCGCTCTTCTTCCTGAAGATAGCAGAGGGAGGATGACggcacagaaagaaaaaaaaaaacagtatcaaaatgatttttctcGTGATTTtcatacaatacacacacatacatttttttaaagacttt

Function

symbol description
vdac3 Predicted to enable voltage-gated anion channel activity. Acts upstream of or within fin regeneration. Predicted to be located in membrane and mitochondrion. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be part of pore complex. Predicted to be active in mitochondrial outer membrane. Is expressed in adaxial cell; musculature system; nervous system; somite; and trigeminal placode. Orthologous to human VDAC3 (voltage dependent anion channel 3).

NR:

description
PREDICTED: voltage-dependent anion-selective channel protein 2-like isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU89187 True 2941 lncRNA 0.42 2 1979786 1999468
TU89188 False 2888 lncRNA 0.42 3 1967120 1999468
TU89189 False 2873 lncRNA 0.42 2 1996448 1999468

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC122350512 NA coding upstream 20171 1936761 ~ 1946949 (+)
snap29 snap29,LOC107722859,LOC107560055,LOC107726963 coding upstream 139709 1822636 ~ 1827411 (+)
serpind1 serpind1,LOC107671000,LOC107738496,LOC107559590,LOC107722856,LOC107698014,LOC107560052 coding upstream 159718 1802695 ~ 1807402 (+)
LOC122350660 NA coding upstream 317502 1648478 ~ 1649618 (+)
LOC122351062 NA coding upstream 406753 1559120 ~ 1560367 (+)
enkd1 si:ch211-220d9.3,enkd1,LOC107754420,LOC107699630,LOC107657207,LOC107670972 coding downstream 6616 2006084 ~ 2014684 (+)
mrpl40 LOC107753002,LOC107559600,LOC107699643,LOC107560058,LOC107754402,LOC107671004 coding downstream 55863 2055331 ~ 2058725 (+)
gle1 gle1,LOC107671035,LOC107699671,LOC107754403 coding downstream 62073 2061541 ~ 2069288 (+)
si:ch211-51h9.7 NA coding downstream 70350 2069818 ~ 2071669 (+)
naif1 naif1,LOC107559603,LOC107753004 coding downstream 96691 2096159 ~ 2103906 (+)
G60269 NA non-coding upstream 13994 1952793 ~ 1953126 (+)
G60265 NA non-coding upstream 16824 1947148 ~ 1950296 (+)
G60258 NA non-coding upstream 55953 1908528 ~ 1911167 (+)
G60248 NA non-coding upstream 80681 1885248 ~ 1886439 (+)
G59974 NA non-coding upstream 141284 1755120 ~ 1825836 (+)
G60288 NA non-coding downstream 1293 2000761 ~ 2003003 (+)
LOC122350140 NA non-coding downstream 25094 2024562 ~ 2027328 (+)
G60279 rpl6 non-coding downstream 42034 2041502 ~ 2113333 (+)
G60296 NA non-coding downstream 154003 2153471 ~ 2156394 (+)
G60297 LOC107568007,LOC107754426,LOC107670998,LOC107699638,LOC107560048 non-coding downstream 159846 2159314 ~ 2162044 (+)
G60259 LOC107560031,LOC107559593,LOC108412499,LOC107754396 other upstream 48749 1915460 ~ 1918371 (+)
pggt1b pggt1b other upstream 748316 1210815 ~ 1218804 (+)
znf608 znf608,LOC107574328,LOC107697597,LOC107712568,LOC107704598,LOC107573349,LOC107726216 other upstream 1115116 842077 ~ 852004 (+)
G59807 NA other upstream 1162281 803653 ~ 804839 (+)
cdc14b cdc14b,LOC107661524,LOC107704583,LOC107568104,LOC107726879,LOC107570987 other upstream 1416433 537775 ~ 550687 (+)
polb polb,LOC107670984,LOC107722860 other downstream 15391 2014859 ~ 2020034 (+)
LOC122350053 NA other downstream 31356 2030824 ~ 2035980 (+)
LOC122350758 dynll1,dynll2a,LOC103397138,LOC100698873,LOC107559583 other downstream 38231 2037699 ~ 2039836 (+)
G60788 lhfpl4b,LOC107584928,LOC107674308,LOC107743140,LOC107727430,LOC107701811,LOC103032126,LOC105898894 other downstream 1849146 3848614 ~ 3850557 (+)
LOC122350109 LOC107743114,LOC107552217,LOC107674346 other downstream 1925393 3924861 ~ 3931488 (+)

Expression


Co-expression Network