G41538


Basic Information

Item Value
gene id G41538
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000006
NCBI id null
chromosome length 13024002
location 3022098 ~ 3032710 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU47158
ACATACAGTATATGGCATGCTTCTGTTTGCTTTTCTTTTGACCTGTGTTTGGGCACACCAATCCAGCAGTGACTTTTCTCTGCACTTGTCACAATTCTTCAACTCTTGCCCCTCGACCTTTAATCATTCACCCGTCGCCCCTGACAACACAGCTGCAGGCTGACTGCCATGGCACTGACCCACTGATCCATCGATCCCACGGCCTGATGGATTTCCACAGTTTTATTTGAGTATCCGCCCATAGCAGGAATCTAATATCGCTTCTGTCTCCCTCTCTCCATCTTGTTTTTGTAATCGTCTCATTGAAATTCTGCATGCCCCTCCCCTCTCTAATACCCAGAGCTCCATGCGCTGATGGAGGCCTGATGTTTGACAAGCAGCAGGTTCTGTTTGTTCACTCATGCCTGCCCCTGCATGCTGATGTGGGGTTTCCCGGTCATCGCCTTATATGGCAAAGATGCGGCCTCTCTGGACGCTTCCCAGATCAAACATTAGTTTTTAAGTGAGGCTCAAGGGCGCACCTTGATCTGAGCAAGGGCATCTCCTAATGCACAGCCACTTGAGAAAGCCATGATGGATGCCGCCCCTTACCGGTGAAAAGGGGCTATCCTTTGTGGATCACTGGTGTGTACACTATAGATTGTACCCCATCAAAAGCAGTTTGCTCCACCGAGAGCCGCAATCCATTAAAGTCTCCAAGTCCAGCTCTAAACGGCTGCACGAAAAGTGTGTAGTGAGACAATAAGAAATAATTGATCAGTGACTCAAAACACTGTGATTTGGGAGTGATCCATTGTTTGCCCTGAATAGCCTTAATGTGGGCCAGTAATGAGAAAGCATTTAACTGTGACCTCTTCGTTCTCTGTGCCGCCAGTGTTATTGAAAACAAGAGTTCTTCACAATTTTCTCCTTCTCAAAGAAGCGAATAGATGTAGAGCCATCACTTTAAGTGCATGTGTCATTTCAGCGCCGCTTCTGAGAATAGACCCATGACTGCAGTCCAATCAATTTGATGGGCAAAGCAGTTAGACAATAAACTAGAGGGCTGCGGTTTGGATCGAGCAAACCTTATGCCACTGAGCTCTTGGCACCCTGTGAGTGGTCAGCTGTTGTTGCTGAGGTTGTGCTGGCCAAGAGAAATGTGAACTTTCAAGCTGGAATGAAAATATTGGCTTTGTCTAAAAGCACCGTTCTGGTCCCCACACCTTCCAGAAAGGCTCTACAATTGCGTTAAGATTAATAGCGGATTCAGTAATGCTCGGTAACTGCAGCAGCAGGGTTAAGGTTACTCCCATTCCTCTGTGCTCCAGACCTGTGGTGTGTGTTTTACTAAATGTGACATTGAGGAGAAATAGCTCGGTCTGGATCTCACCCAAGCCCTTGCTAAAGGGAGACAGCCATGCTGTGAGCTGTGAGGGGTGAAATCAGTCTCCAGTTGCCTGGATTCCTCTTCTTACACCTGCACTAAAACTAGCTCAACCGTGCCAAAAACCATCCCAGGGCTGTAGCAAAAAACACCCATTGACTTTGCTATATGGCCAGCGTTCTGTCCAGCCAACCCATCTAACCATTATACAATACAGAACAATTTTTTCAGCAATTTTCCCAGGTTTTCCATTGACTGTGGAAAAAAAAAAAATTATTCAGACATTTTTGATATTCTTGATATATTTTTACTAGTGGGTGCAGGACACTATAGTTCATTTATGTAAACTGACATATTATACCCAAAAATTCTTCATACAGTGGACTACCAGTAAAATTGATAAAAAATTTGGAACCAACAATTATTCAGACACTTTGACCTGACCATGTTTTGCTTAAGTGTTATCTGACATAATTAAGATAATTTTTTTTTCTGACACAGTTTTACTCTGAGATCTTGTCATATTTTATTACCATTTTTTTTAAACTATAGTGAATAAACTGTATTAATGAATGAAATGTTCAAGGTGTCTGAATAAATCTAAAATCTGAAATAATCTAATTGACGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGGTAGGTAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATTGATTGATTGATTGAAAAATCCTTATCCACATAAGCACAAATGAAAAGACATTCATTCATTGGTCAAAAGAAAAGAAAATCTTTTTTTATTTTATTTTATTTTATTTTTTCAGGCACAAGACGATACACTGTAAAAAATGATTGCTGTGATTTATCACAACTTAAAATTCAACATTAGAATAACAGATAATGTGTTGTTTCAACTCAAAGTATGTGTTCATGCTTGACTTTAAATTTTAACTTTAGTTAACTTTAGTTTAGAAGTTGGATATTTAAGTTATCTCAACAATTTTAAGTTGCTATAACTAATTACAGCAACATTTTTTCACAGTGTATATGTAATGTATTTTGGACATATTTGTCAGTTAAATAGTTTAAATGTTAATTATTTTAATTCTTGACTTCAGCACTACACAGATAAACTTTTTATATTCTTTGAAGAGTTTGAATAAATCTCAAACCATAATTATATGTATTTTTATGTTTCTAAAACAGAATGTTATCTATGAATCTCTTTGGTAAACTTTGTGAACTGTTTAATGCAGATCCTGGAGAAATTAAAAATGTAATAGTTTTTGGAAAGCTAATTGGCCCTGATTAGTTCTTATAGCTTTGTGTTGTGAAGGGTATTGTTCCACAAAGATGCACAAACAGAAAATTTGGCTAATCCAACTTTAACCATCTAAATCCCATATTTGTACTTAACTCTGAGCGTCACTGCATGACACAAATCAAGGGCCTCATAATTTTTAATGAAGTTCTTAGTGCAGCCATGTGTTACAACTTTGATGATGTGCCATCATTATATCCCAGATATGACAGCCTGGCTTTTCATTACACAATGAAACATTTTAAATCCCCAGAGTGTTTTCCCCCTGCAAGGAAAGTATATGAACCATTCGAAAAGTATATGAACCGTTCGAATATTATCAAATTAATGATAATAACAGGCAGGAATGGAAGAGTATAAATGTAATATCTGTAATCTGCATAACCTGTGAAGTTATACCCACACACCTAATTAAAAACTGTTCCCATCAAACCTCCCGAAATAACAGCAGTGCAGTCGTTAGCTGTTGACAGCCAATCACCTCTGTGATGTCCGTCTAAGAATAGAGTGTTATTTGTAGAGGGTGTTGAACAGCAGAAACAACAGTGGTGAGAAGTGGAGCCCCAAGTCTCCAGGTCTGAAATGCGCAAGCCCAGGATCCGCCCACTCGTTTCTCCCCTGACAGAGTCGAGAACAACCCGGTGCTCGTCCTGAGACAACACAGTCTGGCCTCGGAAAATGGAGATGCCTTCGAAATCACTGGTATTCTTTTATTCGTTTCTGCCAGAGATCTGAAATGGGGCTGTGGTGCATCCCTCCTTAAAAAAAAATGGAGACTTCAGAGGAAGACTAAAAATAAAAAAATAAAAAACAAAACACAATCATATATCTCGGTCATGTTTACAAAAGTTTTTCACATTTATTTTTAAACAACATTTGGCAAGACTGGGGATTGGGACTTTGCAAAGAACTGGATACAGCTCATTTTGCTATTTAGAGAGATAATAAAATTATTCCTGGCAATATCTCCAAGGATTACACAATTTCACAGATAGACGAGCGCACAGCGAGCACACAGTGATGATAATATTGGCGGCAGACGTGTGATTCATGCCCTCGCATAAGGGGAATTGCAGCAGCATTCTGCTCTCTCTGTGGCTTTGCCGTGAAAAAGGGGATTATTGAAACTTCAAAATTTCCTGCCGTTCTACGAGGCCAGATCTCCTCACTGCAGTGTCCCAATCAACTCCGCTGAGGGTGCATAAGAAGTTCTGCTGTGCGGCTTTGCTCGCGGGTGTCTGTAACTAAATAATACATGGCCGTTAAATTGAATGTTGAAAGCAAATTCTAAAGTCGGTCTTAATCTGAACAGATATCGGAGTTTGGCTGATATAAAAATATAAAAAGATATGTTGTTGCTGACTGCGTTTTTAAGTTTTATAAGGCGTGTCATTGTTGCACGACTAGTGGCATCATACGGAATTGCAATGTTTTTGAATTGAGCTGGGCGTAATAGACCAATTTGGAAAAGGCGTCACAGTTACGTCAGTTGCTGCTGAGCACGCATAGTGGTGGCAGAAAAATAGCGGTAACAAGTGGAGGGAAATGGACAAAATCCACAGAATAAGAGAAAAAAAAGTTTTGTTGTGCCTTTGGATGAATCAGAATCGGAGTGCAAAAAAATATTGTCTTCATTTTTATAGAATACTGTCATTGAGGATGCCCTTTGAAGCTAAATGCAGACGTTTATGTTGCAAGTCACAGACTGGACTGATGAAACCTGCAATGATTAGTCTACTATTAAAGCATGAATTTGATGTAAACCGTAAGTCTGCATAAAATCCACATATGCGGTTCATAGGGGACGTACATAAATAGCAGTTACAACATGAAATAATATTTAAACCTATAACATTTTTATCTCACAATTCCAACTTTTTTTCTTGCATTTGCATGTTTATATCTCCCAGTTCGGACTCGCAATTGTGAGTTTATATCACAATTCCGAGGGAAAAAAGTCAGAGTTGTGAAATATAAACTTGCAATTCTGAGGAAAAAAGACAGAGTAACAAGTATATCTCACAATTCTAATTTCCCTTTAAGAATTGTGAGATATAAAATAGGTCTATATAGTAAAATTACTCAACTTTTCTGATACTGGTGTTCCCATCATGCACCGGGCCTTGTATAATTAATGAGGTCATTTTTTCACTGTTTTCCAGCTGTATTTACACTGTTTTATCATTGCCTTTGTTGTTAGGTTTAGTAACTTGCCATTTTGTGACATTTTGAGTTCATTTTCTACTCAAAA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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU47158 True 10395 lncRNA 0.48 3 3022098 3032710

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000006_03016090_03016706 NA coding upstream 4784 3015137 ~ 3017314 (+)
CI01000006_02774064_02933983 NRXN2A coding upstream 88115 2774064 ~ 2933983 (+)
CI01000006_02665949_02677083 RASGRP2 coding upstream 344883 2665949 ~ 2677215 (+)
CI01000006_02616480_02616828 NA coding upstream 405259 2616480 ~ 2616839 (+)
CI01000006_02613864_02614742 NA coding upstream 407338 2613754 ~ 2614760 (+)
CI01000006_03102358_03152576 NRXN2A coding downstream 69648 3102358 ~ 3152869 (+)
CI01000006_03164803_03183473 PCNX3 coding downstream 131479 3164189 ~ 3183719 (+)
CI01000006_03232003_03242938 NA coding downstream 199293 3232003 ~ 3243362 (+)
CI01000006_03294091_03298089 SLC29A2 coding downstream 261278 3293988 ~ 3298671 (+)
CI01000006_03319103_03319306 NA coding downstream 286393 3319103 ~ 3319520 (+)
G41554 NA non-coding upstream 15783 2995770 ~ 3006315 (+)
G41570 NA non-coding upstream 277301 2737136 ~ 2744797 (+)
G41494 NA non-coding upstream 312083 2709526 ~ 2710015 (+)
G41488 NA non-coding upstream 321272 2700607 ~ 2700826 (+)
G41433 NA non-coding upstream 377713 2634103 ~ 2644385 (+)
G41605 NA non-coding downstream 165126 3197836 ~ 3198286 (+)
G41606 NA non-coding downstream 165852 3198562 ~ 3198765 (+)
G41614 NA non-coding downstream 216413 3249123 ~ 3250070 (+)
G41543 NA non-coding downstream 225339 3258049 ~ 3263442 (+)
G41555 NA non-coding downstream 235954 3268664 ~ 3336009 (+)
G41591 NA other upstream 182677 2836167 ~ 2839421 (+)
G41424 NA other upstream 361528 2645662 ~ 2660570 (+)
G41170 NA other upstream 1326277 1692065 ~ 1695821 (+)
G40768 NA other upstream 2529072 488407 ~ 493026 (+)
G40767 NA other upstream 2538763 360009 ~ 484185 (+)
CI01000006_03734862_03735227 BANF1, BANF1.S, BANF1.L other downstream 696520 3734554 ~ 3736035 (+)
G41996 NA other downstream 2084496 5117206 ~ 5124149 (+)
G43896 NA other downstream 2737379 5770089 ~ 5771775 (+)
CI01000006_06104927_06109730 NA other downstream 3075774 6104927 ~ 6109820 (+)
CI01000006_06122278_06122736 NA other downstream 3089325 6122035 ~ 6122751 (+)

Expression


Co-expression Network