LOC103028345 (LOC103028345)



Basic Information


Item Value
gene id LOC103028345
gene name LOC103028345
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_035912.1
NCBI id CM008315.1
chromosome length 41032606
location 39029998 ~ 39250697 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence


>TU199785
GACACGAAAGGAACACAGGTCAGGTGCAGAGTAAGGTAAGTGAACAAACAGGAGGGCAGACAGATCAAACacggagacagaacaggacagaCACGGAACAGGGCCAGGGTGTGACACAgcTGTTTTGGCTTCTGGTGCCCATACTGTTTGATGTGTAACACAACCAAGAAGTATGGCGAGTGCATGTGCCTCCCCCTGGTGGAGTTGTGCTTTGGAGGTCTGATCCCTCCTGTCACCTACAGCATGAGGAGCTCTATGAGAGAGAGATACCACATTCAGGGCTCCATGTGTGATGACTGCTGTGTGTCGACCTGCTGTGGAATCTGTGCGTGGTGTCAGATAGCCAGAGAACTGAAGTATCGCCGCCAGCAGCCCCAAGTGATTGTGAACTCCTCTGTTAACGTGGCTTTTCAGTCTCCAATGGCCGCCATACCCCACCCTCAAGTCATAACCCACTGACCATATACATATGACTGATGCGGGATACTAATCAGATAATAATTACTGTATACCTAATTCAAGGtttacttatattatatatagttatttaaaGAGTATATAATGTCTAGTTTTAAGAATTTACTGTCATCACAAGCTGAGCCAATTTAACAGGCTGTTTTATAGAATTACGTAGcacttatgttttattttttgaggaAACTGCACTTTTATATGCATAGGTCAAGCAATTTAAATTTCTGTTTACCACCACAGGCAATGTTAAAtctaatattgttatttataatGTCAGTGCCACACAAAAACCTGTATCTTTTTATGCTTTTCCCTGTTCCCtgtaattatgtatttaaattaatttaaattgtttCAGAAACTGATACCTTAAACCTTTACTTAAACAGTGTATGCCTTAACAACACCCTGAACCGAGTACAAACAATGCACGTATTAGGTCtaattaagtaaattaattgTATGTAGTTTGGACCACAGGGTTAAAAAACTCTGCACatcagtacagtagagtaggggaatgactacacactgggGGGAAGAGGACATAACATTACATTCCCGTtttttcgcattataaggcgcattggaTTACAAGGCACACAatcaattaacatttattttctggtctattttcgtACATAAGGcataccggattataaggtccATTAAggtacactagtaaggaacaggggtgttgccatgttttccttctaaattgcTTATTCCTTCTAATTCcgctgggtggcgagacctgtaaagctaagataagctaagtaaacaaaactgtaattctttaaaaatatatattttaaagtcgctggatattaatctacacaaattctgtcatgaaaactgattatttgggtaagtaaaatgcttccgtttatttacagtaagcttagatttccagatttccaataagtcattagcagctaaccgctagcactagccgcagttagcactagtaaatacCGCAAGTAATTGCctcactgaggaaccctgagcaTTTCAGTAAACTAGGGCGATATAAGCAAGCGTTTCCTCCcaatagtttgttttaacacacagactacagtccgaaaTACACACCTCTGATCAGCGAAGGAGCTaatgcttagtgtggttagcggcgaatgctaatactgcttcagcagtgctagctggggttagcaggcCGATAACTCTCACCTCTAAAtgtcaaaagagctagtgctaatgctaatactgctggagagctaaactaaaactaaactgaaatgctggacttcagtggagtggctttactgctccttacaatctgTACAacttgtaaaattattttaatatataaggcgcaccagattataagacacacttttgatttttgggaaaattaaaagattttaagtgtgccttgtAGTGCAAGAAATACGGtacaaaacattacataaatgAGTTAGTCAGGCTTATTTGTGTGATCCTAAGTTTCTTTATAAGAAGCCCAGTTATACTTTTaagtgtgataaatggaacAATTAAAAGGCTCCAAAATGATTTGAACCAAATACTCCAAAAATCGACTCCATTGGAAGTTAAGACGTTTTTCctcttttgtaaaattgctattttaaaaatacaggatTTTTGCATAACAGTGAAAGGACTGTATGTTGCACTTTCAGAGACCAGATATATTTTTGTgacatatttgtttaattattattttagcctGTGCAAATTAAACAGTTTAACACAAAGAGATATTAAAGTAAATATGTGTGGAACA
>TU199786
ATCAAGTGCAGTTCATTTTGGATGTTTTGTTCCCAGAGTGCATCACCCAAGCCATGTCTACACTACAGGGAATAACTATACAAGAGGCTGAAGAGTTGTTTCTTTCAGGTCCTAACTACAGCAGAAGGTAAAAACAGTTACCTGTGTTTGAAATATCTGtatgaatgtttatttattgtgacTACCATTTTAATTGGGTGGGTGGTTGCGTGTTTGTGTCGGGGTACTTTGAGTTGGGGAGGGTGGGTTTTTGTGTTGTGGTGGGTGTTTGTGTCGGGGGGGGTTGGGTGTgttggggtgaggtgg
>XM_015606045.2
TGACGCCCTCACCTCACTGAGGGGAGCTCCACCTGCAGCCTGCTGGATGCACAGCTGCCCAGCTACTGCCTGTGTTCACTGCAAACACAAACAGGTGTACGTGACATCCCTCCGGTAACAGgtcagTGTGTGTCCCTCGGGGCTGTGCTGTTATTATGGCCAATCCTACAGTTATTGTGCAGCCAGTAGCTTTCCAGCCTCCAGACAACCAGAGAATTGTCCAGTGGAGCAGCGGGATATGTGACTGCTGTGAAGACATGGGCATCTgcTGTTTTGGCTTCTGGTGCCCATACTGTTTGATGTGTAACACAACCAAGAAGTATGGCGAGTGCATGTGCCTCCCCCTGGTGGAGTTGTGCTTTGGAGGTCTGATCCCTCCTGTCACCTACAGCATGAGGAGCTCTATGAGAGAGAGATACCACATTCAGGGCTCCATGTGTGATGACTGCTGTGTGTCGACCTGCTGTGGAATCTGTGCGTGGTGTCAGATAGCCAGAGAACTGAAGTATCGCCGCCAGCAGCCCCAAGTGATTGTGAACTCCTCTGTTAACGTGGCTTTTCAGTCTCCAATGGCCGCCATACCCCACCCTCAAGTCATAACCCACTGACCATATACATATGACTGATGCGGGATACTAATCAGATAATAATTACTGTATACCTAATTCAAGGtttacttatattatatatagttatttaaaGAGTATATAATGTCTAGTTTTAAGAATTTACTGTCATCACAAGCTGAGCCAATTTAACAGGCTGTTTTATAGAATTACGTAGcacttatgttttattttttgaggaAACTGCACTTTTATATGCATAGGTCAAGCAATTTAAATTTCTGTTTACCACCACAGGCAATGTTAAAtctaatattgttatttataatGTCAGTGCCACACAAAAACCTGTATCTTTTTATGCTTTTCCCTGTTCCCtgtaattatgtatttaaattaatttaaattgtttCAGAAACTGATACCTTAAACCTTTACTTAAACAGTGTATGCCTTAACAACACCCTGAACCGAGTACAAACAATGCACGTATTAGGTCtaattaagtaaattaattgTATGTAGTTTGGACCACAGGGTTAAAAAACTCTGCACatcagtacagtagagtaggggaatgactacacactgggGGGAAGAGGACATAACATTACATTCCCGTtttttcgcattataaggcgcattggaTTACAAGGCACACAatcaattaacatttattttctggtctattttcgtACATAAGGcataccggattataaggtccATTAAggtacactagtaaggaacaggggtgttgccatgttttccttctaaattgcTTATTCCTTCTAATTCcgctgggtggcgagacctgtaaagctaagataagctaagtaaacaaaactgtaattctttaaaaatatatattttaaagtcgctggatattaatctacacaa

Function


NR:

description
cornifelin homolog

GO: NA

KEGG: NA

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU199785 True 2242 TUCP 0.38 3 39029998 39034183
TU199786 False 306 lncRNA 0.45 2 39249815 39250697
XM_015606045.2 False 1463 mRNA 0.41 4 39030926 39038574

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
LOC103040853 LOC108434861 coding downstream 23769 39000095 ~ 39006229 (-)
sf1 sf1,LOC107753954,LOC107659718,LOC107562691,LOC107588130,LOC107691964 coding downstream 32257 38986012 ~ 38997741 (-)
LOC103042589 pygmb,LOC108434859,LOC108267457,LOC107753953,LOC107742296,LOC107562665,LOC107701539 coding downstream 46781 38963738 ~ 38983217 (-)
LOC103041964 clcn5,LOC108434858,LOC108267828,LOC106563682,LOC108279192 coding downstream 68495 38927526 ~ 38961503 (-)
LOC103043213 LOC108410408,LOC108267136 coding downstream 184000 38828677 ~ 38845998 (-)
LOC103028039 tmem102,LOC108434872,LOC108267795,LOC107750772,LOC107659729,LOC107564774,LOC107560290 coding upstream 216666 39467363 ~ 39484662 (-)
pop7 pop7,LOC107750778,LOC107753970,LOC107595279,LOC107560286 coding upstream 595193 39845890 ~ 39848520 (-)
trnan-guu_3 NA coding upstream 1360842 40611539 ~ 40611612 (-)
trnan-guu_4 NA coding upstream 1361261 40611958 ~ 40612031 (-)
trnan-guu_5 NA coding upstream 1361680 40612377 ~ 40612450 (-)
G147637 NA non-coding downstream 4281 39023013 ~ 39025717 (-)
G147629 NA non-coding downstream 103199 38926385 ~ 38926799 (-)
LOC111194220 NA non-coding downstream 278641 38747818 ~ 38751357 (-)
G147514 NA non-coding downstream 348320 38639308 ~ 38681678 (-)
G147506 NA non-coding downstream 400888 38628400 ~ 38629110 (-)
G147691 NA non-coding upstream 9200 39259897 ~ 39260652 (-)
G147693 NA non-coding upstream 12128 39262825 ~ 39265172 (-)
G147698 NA non-coding upstream 71894 39322591 ~ 39323343 (-)
G147700 NA non-coding upstream 132016 39382713 ~ 39388107 (-)
G147714 NA non-coding upstream 238673 39489370 ~ 39490191 (-)
LOC103039602 rbm4.3,LOC106577685,LOC101471146 other downstream 12366 39014002 ~ 39017632 (-)
LOC103040134 NA other downstream 17581 39006986 ~ 39012417 (-)
LOC103047699 NA other downstream 1119125 37904892 ~ 37910873 (-)
LOC111194363 LOC108267931 other downstream 1171427 37840882 ~ 37858571 (-)
mrpl52 mrpl52 other downstream 1303189 37723384 ~ 37726809 (-)
fgf11 fgf11,fgf11a,LOC107664286,LOC107753963,LOC107750771,LOC107659728 other upstream 14652 39265349 ~ 39398012 (-)
tmem256 tmem256,LOC107564775,LOC107659713,LOC107560291 other upstream 239864 39490561 ~ 39498234 (-)
ufsp1 NA other upstream 565210 39815907 ~ 39817763 (-)
G147828 NA other upstream 570054 39820751 ~ 39821575 (-)

Expression



Co-expression Network