fubp1 (fubp1)


Basic Information

Item Value
gene id fubp1
gene name fubp1
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035912.1
NCBI id CM008315.1
chromosome length 41032606
location 3554929 ~ 3568678 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_007243174.3
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Function

symbol description
fubp1 Enables mRNA 3'-UTR binding activity. Acts upstream of or within regulation of gene expression. Predicted to be active in cytoplasm and nucleus. Orthologous to human FUBP1 (far upstream element binding protein 1).

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG:

id description
K13210 FUBP; far upstream element-binding protein

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_007243174.3 True 5600 mRNA 0.44 21 3554929 3568678
XM_007243175.3 False 5591 mRNA 0.44 21 3554929 3568678
XM_007243176.3 False 5536 mRNA 0.44 20 3554930 3568678
XM_007243177.3 False 5523 mRNA 0.44 20 3554931 3568678
XM_007243178.3 False 5515 mRNA 0.44 20 3554930 3568678
XM_007243180.3 False 5450 mRNA 0.44 19 3554932 3568678
XM_022677840.1 False 2085 mRNA 0.56 19 3554929 3564898

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
miga1 miga1,LOC107558173 coding upstream 2374 3536417 ~ 3552555 (+)
ak5 ak5,LOC107703241,LOC107599844,LOC107681791 coding upstream 77368 3417426 ~ 3477561 (+)
st6galnac5 st6galnac5,st6galnac5a,LOC107708707,LOC107681827,LOC107599846 coding upstream 193295 3311161 ~ 3361634 (+)
st6galnac3 st6galnac3,LOC107599847,LOC107681790,LOC107558185 coding upstream 265236 3210560 ~ 3289693 (+)
cope cope,LOC107690966 coding upstream 354844 3194548 ~ 3200085 (+)
LOC103030036 LOC103030036,LOC108437507,LOC107681832,LOC107709017 coding downstream 2465 3571143 ~ 3581126 (+)
LOC103030773 LOC103030773,LOC108437505,LOC108267627,LOC107558181 coding downstream 16471 3585149 ~ 3598602 (+)
LOC103031935 ephb3a,LOC108437521,LOC108267069,LOC107656865,LOC107599837,LOC107681809,LOC107708817,LOC105889460 coding downstream 332476 3901154 ~ 3942480 (+)
LOC103021527 NA coding downstream 427264 3995942 ~ 4002916 (+)
LOC103032574 tbl1xr1b,LOC103032574,LOC108437519,LOC107656866,LOC108267995,LOC107568629,LOC106530177,LOC108238308,LOC100706341 coding downstream 453758 4022436 ~ 4046639 (+)
G138609 NA non-coding upstream 28621 3524631 ~ 3526308 (+)
G138593 NA non-coding upstream 47984 3504576 ~ 3506945 (+)
G138598 NA non-coding upstream 60566 3492696 ~ 3494363 (+)
G138534 NA non-coding upstream 258547 3256901 ~ 3296382 (+)
G138524 gipc2,LOC108430720 non-coding upstream 379565 3156756 ~ 3175364 (+)
G138642 NA non-coding downstream 15340 3584018 ~ 3584290 (+)
G138647 NA non-coding downstream 33177 3601855 ~ 3602193 (+)
G138658 NA non-coding downstream 42515 3611193 ~ 3611402 (+)
G138661 NA non-coding downstream 95098 3663776 ~ 3664008 (+)
G138663 NA non-coding downstream 100684 3669362 ~ 3669576 (+)
LOC103026108 selenot,selt1a,LOC107681817,LOC107708642 other upstream 435441 3115420 ~ 3119488 (+)
LOC103024858 NA other upstream 470064 3082056 ~ 3084865 (+)
LOC103045052 cfap57,LOC106594647 other upstream 618800 2900475 ~ 2936129 (+)
G137929 NA other upstream 1530543 2022755 ~ 2024386 (+)
LOC103042893 vps4b,LOC107727524,LOC107681797,LOC107710065 other upstream 1703616 1835477 ~ 1851313 (+)
LOC103047488 pls1,LOC108437523,LOC107722705,LOC107656864,LOC107565818,LOC107599860,LOC107709028,LOC107681752 other downstream 233175 3801853 ~ 3839372 (+)
G138701 NA other downstream 264577 3833255 ~ 3834460 (+)
LOC111194271 NA other downstream 527319 4095997 ~ 4102241 (+)
LOC103023077 NA other downstream 597265 4165943 ~ 4172010 (+)
G138839 NA other downstream 668931 4237609 ~ 4245864 (+)

Expression


Co-expression Network