samd13 (samd13,LOC107592550)


Basic Information

Item Value
gene id samd13
gene name samd13,LOC107592550
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035901.1
NCBI id CM008304.1
chromosome length 40584741
location 18145199 ~ 18152349 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU58790
TTGCCGGAAGGAAAGTCGGATTGTGTCAAATTTAGCAGAGCTGGAAGAGAAAGCTGGTTTTGTATTGATCTTCGCGGgattctgtatatatttaaagAGACAGAACTTGGAGACCCTCTGACAGCAAATAGCAGGAAGAAAACAATGCCACTGATGAGGAGCACATACCATGAGGCTTGAGCTGAGGACATCCAATGAAACAGTGCATTTATCAGTGACATACAGCTGTCATGGAAACCAAGGCAAATGGTTCGATGGACACCAAAAGTTCGGTGGAGAATGGGCAGCTCCCAGACCCGGCCCACTGGGCAGTAGCGGATGTcgtaaattattttaaagctaCTGGATTTGAGGAGCAGGCCAACGCTTTCCAAGATCAGGAAATTGATGGCAAATCTCTTTTATTAATGACTCGTAATGACGTTCTGACTGGACTCTCTATAAAACTGGGCCCTGCACTGAAGATTTACGAATACCACGTGAAGCCCCTTCAGACCCAGCACTTGAAAAGCAATGCCTCATAGCACTCGGGACAGGCCAGCCCCCTCTGAAGACAATCATGCCATGGAACAGCAGGGTAGTAACTGCAGACTGAAACATGCCAACGTCCTGCCTGCGTTTTTAATGCACCTTtgcagacaggcagacagacaaacaaatttAATGTGAATTTGTCTTTCTCAGTCTGAGTTTGTTGTACAGGTACATGTTACGTTTGTCACGTTGATTTAATGAATCTGAACGGTGTTATGTTTTGCAGATTTGTTTAAGAAAGATATATTACACCCTTTGTGAACTTGTACATACGTTAAAAGATTCCTTATTTGTTTTGcgatttttaaagattttaattgtaaatgtaaaaaagattcCTAAGTGAATGTGTCTGGCACTAAGATTTTAAACACTATTGTGTAAAATGTTGCTTGGTAAGACTTGCATTACTCTTTTATAGGGTTCAGTGGGAAATGAACTCACAAACTCTCATGTCACTGGGCTGTACATATTAAGGACAGAGTTACTTTTAAGGGGATGGGCTGGTAATTTATTtgggcgtttttttttgtttgttttgttttgttttttgttagttttgttggtttttattttcaaaacttGTTTCGTTTAATTCCTTAAAGCTATTTAAGTTACAGCACAATTGATCAACTAGTTTTGCTCTGACAACTGTAACCATCCTAcagcgcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgggcaggcATGTGTGcttttatttaggttttatttaaacatactaaACATACTAAAGGATCTCTCTCACGAAGCAGTGTAACAGGTAGCTAAGGTCTGGTATCCTggctatttttttgtgtttgctttTGGTGCAACTAGCTTTATTACTACTTACCTAATTGTTCAGTGGTTTTGTGTTCATTTTCAGGTTTCTATTTTGAACAAACAATTATGTACACTGACTTAATACCATTTATTAATGCTGGGCTGAAAATGGCAGTTCTATGTCAGTGCCATCACTGGTGCTTAAAGTCAGGGGGT
>XM_007233195.3
CGTAGGAGGAATTTGCCGGAAGGAAAGTCGGATTGTGTCAAATTTAGCAGAGCTGGAAGAGAAAGCTGGTTTTGTATTGATCTTCGCGGgattctgtatatatttaaagAGACAGAACTTGGAGACCCTCTGACAGCAAATAGCAGGAAGAAAACAATGCCACTGATGAGGAGCACATACCATGAGGCTTGAGCTGAGGACATCCAATGAAACAGTGCATTTATCAGTGACATACAGCTGTCATGGAAACCAAGGCAAATGGTTCGATGGACACCAAAAGTTCGGTGGAGAATGGGCAGCTCCCAGACCCGGCCCACTGGGCAGTAGCGGATGTcgtaaattattttaaagctaCTGGATTTGAGGAGCAGGCCAACGCTTTCCAAGATCAGGAAATTGATGGCAAATCTCTTTTATTAATGACTCGTAATGACGTTCTGACTGGACTCTCTATAAAACTGGGCCCTGCACTGAAGATTTACGAATACCACGTGAAGCCCCTTCAGACCCAGCACTTGAAAAGCAATGCCTCATAGCACTCGGGACAGGCCAGCCCCCTCTGAAGACAATCATGCCATGGAACAGCAGGGTAGTAACTGCAGACTGAAACATGCCAACGTCCTGCCTGCGTTTTTAATGCACCTTtgcagacaggcagacagacaaacaaatttAATGTGAATTTGTCTTTCTCAGTCTGAGTTTGTTGTACAGGTACATGTTACGTTTGTCACGTTGATTTAATGAATCTGAACGGTGTTATGTTTTGCAGATTTGTTTAAGAAAGATATATTACACCCTTTGTGAACTTGTACATACGTTAAAAGATTCCTTATTTGTTTTGcgatttttaaagattttaattgtaaatgtaaaaaagattcCTAAGTGAATGTGTCTGGCACTAAGATTTTAAACACTATTGTGTAAAATGTTGCTTGGTAAGACTTGCATTACTCTTTTATAGGGTTCAGTGGGAAATGAACTCACAAACTCTCATGTCACTGGGCTGTACATATTAAGGACAGAGTTACTTTTAAGGGGATGGGCTGGTAATTTATTtgggcgtttttttttgtttgttttgttttgttttttgttagttttgttggtttttattttcaaaacttGTTTCGTTTAATTCCTTAAAGCTATTTAAGTTACAGCACAATTGATCAACTAGTTTTGCTCTGACAACTGTAACCATCCTAcagcgcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgggcaggcATGTGTGcttttatttaggttttatttaaacatactaaACATACTAAAGGATCTCTCTCACGAAGCAGTGTAACAGGTAGCTAAGGTCTGGTATCCTggctatttttttgtgtttgctttTGGTGCAACTAGCTTTATTACTACTTACCTAATTGTTCAGTGGTTTTGTGTTCATTTTCAGGTTTCTATTTTGAACAAACAATTATGTACACTGACTTAATACCATTTATTAATGCTGGGCTGAAAATGGCAGTTCTATGTCAGTGCCATCACTGGTGCTTAAAGTCAGGGGGTGGGGTACGGGGTTTGGGGTGGGGGTTGATTGATTTTGACAGAGCGTCTTTTCCACAGCATCCTTTTTTCAAAGTCTGTCTTGCAATAGAGGATTGAAATGATGTATGTCAGAGGTTTGCAATAAATTGTGCTTGAATTCAACTAAAAAAATGTGCCGATTTAACTGCAAATTCACAATCAAATCAGGATTGTGTTATTGGGTATTAAGGATCTGTTCACATTGACTGGCCTGTTTAGGTAGTGTCTGATCAGAACATAGTTTTCTATGTAATTGGAATTAAATTCATTAAATCAAAGCTCTACAGCTCTTAGTTTAGGATCAATAATGTTCCATCTATCTAATAATTCAATCATCAGGATCATATCATTGTTTTAGAATCAAATCTAAAACAGTGTTTCTCATTTACTCACTCTGGTTAAtttgattgattattttttctGCACATCCTGAGaacattaaaatgttgtttatttattcaggaTTCAGCAAAAGATTTGTGCACCTAAGTACACTACTCTAAACCGTTTATCCCAGCAATAAGTGTGTTCATGCCTGAAAAACATGACATAatatttgaacagatgcaaataaacatatacagtaaaaagta
>XM_022669751.1
ACAACTGCTGATGAAACATGTTGCTAAGCAACAAGCTGTCAGTTTGTAAAACTGTGGAAATGTGTTTAATCAAGGCGAGATTTTGAGTAGACGACCAAGGCCAGAGTCGTATCTGCTGCTGATAAGGTTCCTTCCTGCTAGATgttttggcagttttttttttctCTGTCATGGAAACCAAGGCAAATGGTTCGATGGACACCAAAAGTTCGGTGGAGAATGGGCAGCTCCCAGACCCGGCCCACTGGGCAGTAGCGGATGTcgtaaattattttaaagctaCTGGATTTGAGGAGCAGGCCAACGCTTTCCAAGATCAGGAAATTGATGGCAAATCTCTTTTATTAATGACTCGTAATGACGTTCTGACTGGACTCTCTATAAAACTGGGCCCTGCACTGAAGATTTACGAATACCACGTGAAGCCCCTTCAGACCCAGCACTTGAAAAGCAATGCCTCATAGCACTCGGGACAGGCCAGCCCCCTCTGAAGACAATCATGCCATGGAACAGCAGGGTAGTAACTGCAGACTGAAACATGCCAACGTCCTGCCTGCGTTTTTAATGCACCTTtgcagacaggcagacagacaaacaaatttAATGTGAATTTGTCTTTCTCAGTCTGAGTTTGTTGTACAGGTACATGTTACGTTTGTCACGTTGATTTAATGAATCTGAACGGTGTTATGTTTTGCAGATTTGTTTAAGAAAGATATATTACACCCTTTGTGAACTTGTACATACGTTAAAAGATTCCTTATTTGTTTTGcgatttttaaagattttaattgtaaatgtaaaaaagattcCTAAGTGAATGTGTCTGGCACTAAGATTTTAAACACTATTGTGTAAAATGTTGCTTGGTAAGACTTGCATTACTCTTTTATAGGGTTCAGTGGGAAATGAACTCACAAACTCTCATGTCACTGGGCTGTACATATTAAGGACAGAGTTACTTTTAAGGGGATGGGCTGGTAATTTATTtgggcgtttttttttgtttgttttgttttgttttttgttagttttgttggtttttattttcaaaacttGTTTCGTTTAATTCCTTAAAGCTATTTAAGTTACAGCACAATTGATCAACTAGTTTTGCTCTGACAACTGTAACCATCCTAcagcgcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgggcaggcATGTGTGcttttatttaggttttatttaaacatactaaACATACTAAAGGATCTCTCTCACGAAGCAGTGTAACAGGTAGCTAAGGTCTGGTATCCTggctatttttttgtgtttgctttTGGTGCAACTAGCTTTATTACTACTTACCTAATTGTTCAGTGGTTTTGTGTTCATTTTCAGGTTTCTATTTTGAACAAACAATTATGTACACTGACTTAATACCATTTATTAATGCTGGGCTGAAAATGGCAGTTCTATGTCAGTGCCATCACTGGTGCTTAAAGTCAGGGGGTGGGGTACGGGGTTTGGGGTGGGGGTTGATTGATTTTGACAGAGCGTCTTTTCCACAGCATCCTTTTTTCAAAGTCTGTCTTGCAATAGAGGATTGAAATGATGTATGTCAGAGGTTTGCAATAAATTGTGCTTGAATTCAACTAAAAAAATGTGCCGATTTAACTGCAAATTCACAATCAAATCAGGATTGTGTTATTGGGTATTAAGGATCTGTTCACATTGACTGGCCTGTTTAGGTAGTGTCTGATCAGAACATAGTTTTCTATGTAATTGGAATTAAATTCATTAAATCAAAGCTCTACAGCTCTTAGTTTAGGATCAATAATGTTCCATCTATCTAATAATTCAATCATCAGGATCATATCATTGTTTTAGAATCAAATCTAAAACAGTGTTTCTCATTTACTCACTCTGGTTAAtttgattgattattttttctGCACATCCTGAGaacattaaaatgttgtttatttattcaggaTTCAGCAAAAGATTTGTGCACCTAAGTACACTACTCTAAACCGTTTATCCCAGCAATAAGTGTGTTCATGCCTGAAAAACATGACATAatatttgaacagatgcaaataaacatatacagtaaaaagta

Function

symbol description
samd13 Predicted to enable chromatin binding activity and histone binding activity. Predicted to be involved in negative regulation of transcription, DNA-templated. Predicted to be active in nucleus. Orthologous to human SAMD13 (sterile alpha motif domain containing 13).

NR:

description
PREDICTED: sterile alpha motif domain-containing protein 13-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU58790 False 1528 lncRNA 0.40 5 18145211 18151738
XM_007233195.3 True 2151 mRNA 0.38 5 18145199 18152349
XM_022669751.1 False 2079 mRNA 0.37 4 18148027 18152349

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
lsm4 lsm4,LOC107680485 coding upstream 834942 17307608 ~ 17310257 (+)
ddx49 ddx49,LOC107757937,LOC107747066 coding upstream 838186 17302079 ~ 17307013 (+)
comp comp,LOC107733073,LOC107665851,LOC107680551,LOC107747026 coding upstream 875673 17259365 ~ 17269526 (+)
tmem38a tmem38a,LOC107730482,LOC107658508,LOC107751025 coding upstream 891412 17247081 ~ 17253787 (+)
gamt gamt,LOC107747770,LOC107685360,LOC107757934,LOC107597217 coding upstream 1088092 17053411 ~ 17057107 (+)
dnase2b NA coding downstream 7208 18159557 ~ 18166817 (+)
rpf1 rpf1 coding downstream 17344 18169693 ~ 18175127 (+)
ctbs ctbs coding downstream 24598 18176947 ~ 18181454 (+)
LOC111192515 NA coding downstream 46990 18199339 ~ 18203357 (+)
LOC103045882 NA coding downstream 86905 18239254 ~ 18246244 (+)
G43483 NA non-coding upstream 389042 17755308 ~ 17756157 (+)
G43414 NA non-coding upstream 658388 17483676 ~ 17486811 (+)
LOC111192514 NA non-coding upstream 667155 17451040 ~ 17478044 (+)
G43382 NA non-coding upstream 869834 17272299 ~ 17275365 (+)
G43363 pex11g non-coding upstream 942359 17200297 ~ 17202840 (+)
G43561 uric,LOC103030682,LOC108430123,LOC100136464,LOC105895190,LOC103392251,LOC102300275,LOC102208991 non-coding downstream 511 18152860 ~ 18157853 (+)
G43564 NA non-coding downstream 14534 18166883 ~ 18167890 (+)
G43567 NA non-coding downstream 30841 18183190 ~ 18183786 (+)
G43574 ssx2ip non-coding downstream 97105 18249454 ~ 18251731 (+)
G43638 clcc1 non-coding downstream 160424 18312773 ~ 18313342 (+)
prkacb prkacb,LOC108411205,LOC108267323,LOC103034112,LOC107745335,LOC107669012 other upstream 1660 18123746 ~ 18143539 (+)
G43537 NA other upstream 130700 18012173 ~ 18014499 (+)
adgrl2 adgrl2 other upstream 376245 17633096 ~ 17768954 (+)
G43360 apba3,si:ch73-40i7.5,LOC108271288,LOC105910839,LOC107750992 other upstream 949083 17193538 ~ 17196116 (+)
dda1 dda1,LOC105913185,LOC107685208,LOC105012003 other upstream 1127343 17012467 ~ 17017856 (+)
G43568 LOC108270632,LOC108261872 other downstream 34690 18187039 ~ 18240232 (+)
p3h2 p3h2,LOC107560692,LOC107564922,LOC107664742 other downstream 1570253 19722602 ~ 19790148 (+)
G43923 NA other downstream 1656393 19808742 ~ 19864143 (+)
LOC103046190 LOC103046190,LOC108438766 other downstream 1720949 19873298 ~ 19904344 (+)
G44070 dot1l,LOC107729667 other downstream 1978758 20131107 ~ 20137056 (+)

Expression


Co-expression Network