G46526


Basic Information

Item Value
gene id G46526
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000006
NCBI id null
chromosome length 13024002
location 9819361 ~ 9829574 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU52903
CCAAATAGTGGCATTTATTAGTTAAGATGTGGAAATATCTGAAATAAATCAATCAATCAACTAGACCGATTTTTGGTCTATCTCAGCTGGAAAAGCAGTTCAGTCTTCTCTTATGAACCTTGTCTTGTGAGAGTTTTCTAAGAGTAGTGCCAGTGTTAAGTTTATTCCACATTGAAAGAGCCATTCACTGCCCTTCTGTTGGTTTTTCCAGCTCTGCGCTGCCAAAAGTGGCACTATAAAAACGCTTCACTGACTGAATGCCTTTACTCACCTTTAAAACTTTCCCTTAAGTCCAAAGTCACACTCGGCTTATACCTGTGTATCTTTAACTTAAAACTACAGCGTTCCTTAATGCAGCGACCCTCAATATTGAAATAACACATGACGGTTGTTGTATTGAACTTAAGTGAAATGCATGTATTATGTAATAACATTGTAATATAAAGTAGCATTTTGGGCATTCAGTTAATTAGATAATTAAATCATCAAAGCCAAGGGAGTGATGACCATCTTAAGTAGTAGCTAATCTTACAGTGATTCTTGCCTTAACAACCTCTCTTTCCCATAAGCCCCAGGTGAACTCACCCTACTTTGAAGCCCGTATTTGTTTATTGAAATGACAGGGCAGAGATTGTTTGCAACATGGCTGTTTATGCATGCTGTAAACTTTGCTAAGTTATGAGTCTTCTCTGGTTGGCTGCTTACTAGATGAAGATAGCTCATCCTTGCCAGTCTGCATAGCTCACACATTCCTGGGCCAGTGAGAGCGGATAGGGAGGGGGTGAACGGAGGCGTACGGCTCCTACTGTAAACTTCCTGTCAACACAGATGGCAGTGACAGGAATCAGATCTTTGTATACCCTTTCCACCCACAGTCACAAACATTTTGCATACAGTCGGAGCAGGGGGCCGTTCTCCCTGTGTCTTTCCATACTCTTCCTTTTGTTCTTGAGATTTCTTGGGATTCTTTTTCACATTGTGCACAGATCTCTCTCTCCCTCTTGACTCTTTTTACCCTCTCAAACTCCTTCGATGTTATCGGAGTGTGCTCTCCAGGGTGTGGGCATGGACAGGAAGTGTGCACGGTATCTCTCCGAGTGGCTCTGAAATCCAAACAGGACATGTGCTGCATACCCCGGGATCCACAAGAAAGACTCCAGAGCAGAGTCGACATCCCGCTGCTCGTTAGGAGCCTTTTAAAGCCACTTTCCACCGTCAGATGTTTATAGAATCCACATTTACGAGGAGACAGGAAGAGGGAAGATTGCGCGATGCAATTAAATGCAGCGCTCATTATCAGAGTAATCAGAATGATGTGGATGTGTGGGAGTGTGAGTGTGTGTGTGTTAGAAATCATGCCATATCTGTTTCTTAGTCTATGCTGTAGACTACCCACAATAAACAAGGCCCAGAAGTGTTTATACTGAGATGAGAAGCACATTTATCCTGTTCTCAAGCTTTGAGGCTATTATTTAAGGATGTTGTTGTGTTGATAGGAGAGGTTGACATGAAATGCTTTAGGGAAGGCTCCCTTCAAACTATTTATTTAAACATCGCTATTTTTAATCACTATGCGTGGAGCTTTTAAAATTATTCTTTAAATATTTGTTGCATATTTGTATTATTATATTAATTGTGAGACATATACAATTTTCCACAGTCTCACAATTAATATGTATGGGTCAATGACGTGATGGGTCCTTTTTTTGTCCAGAGGCCATAATAATAATCAAACACAAAGATATGACATCCAAAGTATGTAAGTATTAAAATTATGTGTAGAAGTCGTTGCTTTGTTATGAGAAAGAATGTCCGGAAAAATGAATTTCATTGATGTCATTCGGAGTAACCAATATAAAGGGACCATTTTGGATCAAGTCTTGCGGTCAGTATCATGTGACAGGATGTGACATCATTCAGACACCTGCAAAGGACCACATGGTCGTGAAGCAAAGTAATTAACTCTCTTTTAACTATTTGAAAAATTCATGTTTTCACTTGCTCAAACGCATGTCCTGAAACATCAGGTCATTTGGTACAACCGCTATAAAACATGGAAAATGTTATAATATTTTAAAAACATGTACTAAATATAAAATGTTTGATTGTTCAAAGCTAGCTAGATATAAGCCTGTTAGCATTTTTTTTTTTTTTTTTATCATTCGGTATAACCAAAAGTGTCATTCGGTAAAACCGAAATTTTGATGTGACAAATTTTGGTGACAAATTTTGTCCATCTTGTAAAAAATGACAAAAGCAGTGTTAATTGATTATAAAAACCACATAATCTCATTGTTAACACTTATTAAAATTTCAAAATTAATTATATCTCAAAATATCAAGGCAAAAAGTTGTTTAAAAATAGTCAAAAACTTATATATATTACATTATATACTAAGTTATATACATTCATATACATGTTAACCTAAAAACTTAATGTTAATAAAATCCATTCACATAGGGAATTCATATGATTTTCGTGAGTCATAAGATCATGAGTGCAACATTTTCAGCTTATTCCTCTTTGTGACATATATTGAAGTCGTGTGGCTTTAAAAAGTTCAAGTAGTGGGAGACGAAATGAAAGATTATCTGCAGTTGAAATGAAAGCATCTTGATAGCATGTGGGTTTGTGGTCAGGCTTTTTTTTTTCTTTTGCCATTTAGCTCTTCCCAGGAAAGGGGAGGCATCTGTCAGTGATTCATTTATGTCTAAGGTAGCCACACCTTACAGGTCACTGCACCCAGATTCAGTGACTGAACGAGAGATGTGTTACATATATTACAATGTGCCTGCTATTCAGCTTCGCTTCTATTCAACCCCCATTGACTCCAGTTAAAACGCTAATAGTGTGCATTTCTGTGTGTGTTTGTTCCTGTGTGTGTATGTGTGTGTTCACATGTACCCCCTATCCAGTGTCTTCAAACAATAATTACCCATCGGTTTGACTTAAAATTGAACAGTCATTGGTGATCCTCCTCCTTGAAAACAACACCCTCTCGCTCTTTTATTCTTATGTCTTCTCCTCGCATGAATCCACAGGTGAATCTCAGATTGGATAACCTGCCACTGTGTCAAACACGCTTAAATTAGGGTGTGTGCTTGAATGTAGGAAATTAGAGGAGGGTGTTATGTCTCATTTAAGTCGATGGATAATAGTGTCAGTTTGTAGCTTGGTCACACCTTGCAGATGTTTTCCATGTGCATTTGCGGTGTGTATGAGTATTCCTGTAAAACTTTATCTTGGTTTTGATGTCATGGGGCAAAGTGCATCTCTTTTAGGTTCTATAAATAGAAAAACACTAAATGATGAAGACTTTTTAAAGGGTTAATTCACCCAAAAATTAAATTTCTGAATTATTCACCCTCATGTCGTTCCACACCTATAAGACCTTCGTTCATCTTCGGAACACAAATTAAGATATTTTTCATGAAATCCGAGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTATCCTCCATAGAAAGCGATGTAATTACCACATTCAAGATTCAGAAAAGTAGTAAAAACTTCATTAAAATAGTCAACGTGACTACAGTGGTTCAACCTTAATGTTATGAAGCATTAATGTTATGTTACTTGTTGTTCACAAAAACAAAACAAAAATAACAAATTTATTCAACAATTTCTTCTCTCCCCGTCATTCTCCTACGCTATTTACTTTGCAGCGCTTCCAGGTTCTACGTCAGAACGCCGACTATATTCATAACATTAAGGTTGAACCACTGTAGTCACGTGACTATTTACCGATGTCTTTACTACCTTTCTGGACCTTGAATGTGATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTCGGATTTCTAAAAAAATATCTTTATTTGTGTTCCGAAGATCAAAGGTCTTACAGGTGTGGAACGACATGAGGGTGAGTATTTAATGACAGAAATTTCAATTTTGGCTGAACTAACCCTTTAAATGTAAGTAGAGCTTGCAAGGTAGCACTATATTTCTCAAATATTGTGGTTAGAGGCTTGTGTTAAAACTCTAGCCCTGGATTTTTTCCCAATGATTTTTCATAGGCTTCATTCAAACTAAATTTTAGGCAGTTTCAGATTCAGATTATTTTTTTTTAATTTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTTACTTTTAATTATGTTACTTTTACTTTTTTACTTTTTGTTTTATTTTAAATATCTTTATTTTTTATATTTTATTTTACCTTATTCTAAATCAAAAGCGGTTTATTCCAATCATGTGTAATTGAACACCTTTACAGCTCTAGAATTACTTTAGTCTGACATTTGTAGATGCCTGAATTAATGTTCATCTCGAATAGGTCAAAGAATGCATTCAGCGTAAAAAAGCAGCGGCCGGCACTGAACCTCCTGCTTGTGTGAGTGATGGGAAAGGCATTCGGCACAAAGCCTCCATCTGATGTGAGCTCACTGAGCTGAGGCTGTCTAATGAGTGGGGCAACTCAGCGTGGCACTGGCCTAATGTCATGGGAATATGTTTTTCAGGCTTAAAATGCCATCTTGCACAATTCATATACCACTTGGCTCTGCTAATCTTGTTTCCTATGAGCTCAAACAGGTTGTTTGTGCAGTGTTGTTTGTATTAATGCTGACATTAATGACGCATCTTTTCCTTTGATAACAATACAGTAGTTTGAAGATTAACTTGTTGAGAAGAGCAAAGGTGGTTGTAACCTCTAATAAAGCTTTTCTGAAACTCGTTCAACCTGTTTTTGATAATCAATGGGGCTGTCATACAAAGAGAAGAGACACTGAGTCATCCAAGCTTTAAAGCTTTTCATTGGATGAGACTTTGATCTGTGACGCATAGTCATGCTATTTACCTCCTGATGTTTCCATGGAAAGGGCTGTGAAGAAATGGAAATATTTAATGGTAATTAAATTTGGCAAGGGGGCCTAGAAGTTATTTTACTCCGGCTGTTGTTAAGATACAACTTTTCTGACTCAATCTGTGGCATTTTATC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Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU52903 True 10172 lncRNA 0.42 2 9819361 9829574

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000006_09712289_09783579 UNC5DA coding upstream 35782 9712289 ~ 9783579 (+)
CI01000006_09569228_09574340 NA coding upstream 244300 9568280 ~ 9575061 (+)
CI01000006_09497508_09511925 NA coding upstream 306641 9496806 ~ 9512720 (+)
CI01000006_09334843_09337295 FAM216A coding upstream 481958 9334801 ~ 9337403 (+)
CI01000006_09320331_09321778 UB2G1, UBE2G1A, UBE2G1, UBE2G1B coding upstream 497583 9320331 ~ 9321778 (+)
CI01000006_09836923_09844045 NA coding downstream 7349 9836923 ~ 9846207 (+)
CI01000006_09884959_09889794 NA coding downstream 54865 9884439 ~ 9890289 (+)
CI01000006_09891107_09897750 NA coding downstream 61533 9891107 ~ 9897763 (+)
CI01000006_09910027_09913958 NA coding downstream 79796 9909370 ~ 9914104 (+)
CI01000006_09918611_09921465 MZT2B coding downstream 89037 9918611 ~ 9921793 (+)
G46541 NA non-coding upstream 164177 9654306 ~ 9655184 (+)
G46524 NA non-coding upstream 216841 9595654 ~ 9602520 (+)
G46525 NA non-coding upstream 231562 9575315 ~ 9587799 (+)
G46530 NA non-coding upstream 273288 9545862 ~ 9546073 (+)
G46519 NA non-coding upstream 281876 9536933 ~ 9537485 (+)
G46565 NA non-coding downstream 21561 9851135 ~ 9851458 (+)
G46566 NA non-coding downstream 22055 9851629 ~ 9851834 (+)
G46569 NA non-coding downstream 27173 9856747 ~ 9857095 (+)
G46662 NA non-coding downstream 157340 9986914 ~ 9987133 (+)
G46665 NA non-coding downstream 159407 9988981 ~ 9989253 (+)
G45416 NA other upstream 984664 8818814 ~ 8834697 (+)
G45355 NA other upstream 1606973 8209555 ~ 8212388 (+)
CI01000006_08198328_08199463 NA other upstream 1619216 8197881 ~ 8200145 (+)
G45336 NA other upstream 1797410 8019342 ~ 8021951 (+)
G45265 NA other upstream 1899006 7883867 ~ 7920355 (+)
G46652 NA other downstream 327005 10156579 ~ 10159251 (+)
G47145 NA other downstream 655784 10485358 ~ 10511806 (+)
G47159 NA other downstream 1586655 11416229 ~ 11521703 (+)
G47318 NA other downstream 1794693 11624267 ~ 11638252 (+)
G48094 NA other downstream 2448046 12277620 ~ 12279541 (+)

Expression


Co-expression Network