march2 (march2,LOC106613717,LOC107592682,LOC107655247)


Basic Information

Item Value
gene id march2
gene name march2,LOC106613717,LOC107592682,LOC107655247
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035901.1
NCBI id CM008304.1
chromosome length 40584741
location 12407546 ~ 12419643 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_007252650.3
AACCCTGCCTTAGCGTAAACAGCGCTAACGGCGCTAAGAGGCCACAGTCGTCTGTCAGCTGAAAAGAGCGAGTCTGGGGCCAAAACAAGAGCACAGTTTCAGCCCTTTACTCGCCCGCTGTCGCATTTTCTCGGAGTTGTCCCGTTTAGACGATCAATCAGGATGAAATTAAAACAGTAGTAGGACCCAGGTGAGCTGAGCTGTGGGAGCGGACGTTGCTCCCCCTTTCCCCCTGTGCCCCCCGTCCCCTGTGCCCCTGGACGGATCAGACATGACCACAGGGGAGTGTTGCCACCTCCCAGGCTCTCTGTGCGACTGCACTGGCAACGCTGCCCTGTCTAAGACCGTGGAGGAATCGGACAATCGCAGGGCGCAGTACGTCACGCAGGTCACGGCTAAAGACGGACGCTTGCTGTCCACCGTCATCAAAGCCCTGGGCACACAGAGTGATGGCCCGATTTGTCGGATCTGCCATGAGGGGGGCAACAGTGAAGGGCTCCTTTCGCCGTGTGACTGCACGGGGACGCTGGGCACGGTGCACAAGAGCTGCCTGGAGAAATGGCTATCCTCCTCCAACACCAGCTACTGTGAGCTATGTCACACAGAGTTCACCATCGAGCGCAGACCCCGACCCCTCACAGAGTGGCTCAGGGACCCTGGGCCCAGGAATGAGAAGCGCACCCTCTTCTGCGACATGGTGTGCTTTCTTTTCATAACGCCCTTGGCGGCTATCTCTGGGTGGTTGTGTCTGCGGGGGGCTCAGGACCACCTGCACTTCAACAGCCGCCTGGAGGCAGTGGGTCTTATTGCCCTCACCATCGCTCTCTTCACCATCTACGTCCTCTGGACTCTGGTGTCATTCCGCTACCACTGTCAGCTGTACTCAGAATGGAGACGAACCAATCAGAAAGTTCGCCTGCTCATTCCAGACGCCAAGGGTGCCCACTCGACCCAGCATTCCTTGCTCTCCACTAAGCTGCTGAAAAAGACAGCAGACGAGACCATCGTATGAGATCCATGTTTTCTTCTGGGGGCGGGTGGGGGACACGATAAAGCATTGTTATTAGCGTGCTAAAGGCTTTCGATGCACCCTGTCATCGACGAGAGCCGCAGCACTTTTTGGatgcatttttttctatttaatccTTTTTATCTAAATATGTGagcacttctgttttttttccaccagtttatttttattgtgtgtgggttttttgtttttctttgtttcgaGCTTCTGTATGTTGTTTTATTGGTtctatttatttgcttaatCAGCCATAGGAAGGCCCCAGACCGTACAGTATGCTTTATGTTAATGGGAGATCTGAACGGTAAGAGTATGGGAGAGTGGGTACAgcattgagagagagaggtgaaaagagaaagagagagaaatacaggaaACCAGGGAAAGCTGCTGAAGCTTAGAACCAAACTTTCCTTCGTTTTctttcaaattttaaaaatatttttattttcggACGAAACATTGGTCGAGGCCCGTTTTGGAGCATTTCAGCCCCTGTGGTTCTGAGTGATGTAACTGATGTATATTACAAAAGTtgaaagctgttttttgtgCGTACAcccatttgcttttttttattattatttgaatttgGAAGTGTTACAGGACGACGGGCTGCTGCAGCTCGGGGGATTGGGCTGTAAAAGAGAGAGGTGAAAGCACTGGACCTCTTGAACATACTCCTACAGAGGAATGAGCCTGTAAAAAGAGTGGGCAATAAGAGACTGTCCTCTCACTTTCAGTATGAGGTGCTGTACGGCCTCTGACATGCACAGTATTGCATGCTGCGTGCATATTCTCtctaatttttccttttttttttttttcttttttttttttaaacctcatGAAGTTAGTGACTGTTAAAGTTGCTATCTCGGATGTCATCTATTGATCAGCATtggctagatttttttttaaaaaggcgTCTCTCCAAAACACgcaaaggaagaaaaaaaaaaacggcatgCAGTGGTCCTACAGTGGTAGCACttaacaattaataaacaaaaacttaaaGTAGCCTAGCTGTGAGCTGATCAAATGTAGACATGTGTATGCATTCGGGATTCATTGGGAAATGTACAAAACGCATTGTTTTAACTTTGTAAAGAGAAGCAGTGCGTACGCAGTGAGTATGCGTGAAGGCTCAGCACTTCAGTTCATTATTGTGACGTTAGAGTTGCGTTGACTCGTGACGACTCTTATTGACTCTTAATTTTGGCTCTGTTCCAGCTACCAGTGGCTGATAAGACTGTGGCTGTGTGAAAGGGAAGGATGCGTGCGTAGGTGTGTATGCgtatacacatttttttgtattaaggTCTGTACTTTTGTGCTGTTTAATAGTTTCTGGTGAGTATAAATGGCAGAGATGTGGGGTGGCATAGTTTTTATGGTTTTTGTAGcagttttacattgttttaatatgcagtTTTTGGGGGGACATTTGTCTGCAAACTGGGGAACAATTGGACTTTCATGCATTCACTGTGTCGTTTGTCATTTATGTCATTTAGACTTCTGCATGATGTGCAAAACAGTACCACCAACCATCAGAGCTAACTTTTAAAGGGAAACCTCATGTTGGATTGATTCGGATGCATATTGTATCTTCATGATTGATTCTaggcctcctcctcctcctaaaGGCTTTATGGACCTCTTGACCAAAGCAAGCAAGGCCTATATGCAGTTCATGAGGGACCATGTCTAATGGAAGAACACTTTTCGGTCCCTGCTCTAAAAGCTTGGTAGCTTGGTATCTTGTTACGTTGAAGATGTCTGTCACTGATATTTACCCTGATCTGCTCTCCTTTGACCAGAGATGGACTGTGTAGAATTGTGGAGGTCCAGAGAAAATGAAACGTCCAGGAATTAACACTAACATTTCGGACGTGATTTGTAAATGTGTATAGTCTGTGGAAGCCACTCAAGATGCATACAGTCCAGGTGTGAATGATGTGtgtagtatgtatgtatgtatgttttatgtatgtttgtatgtctgTATCTCTCCTCTCACAAGTAGAGGTTCTACCAAGGGTCCTTTGATTGATGCCTTAGATTTATGGCATTATTAGTTTCATAAAGGAGATGAGAGATAgggaaaacattttaaatgtttaaagggTTATTTACCTATTTAAAATGTTCGTCATACTCAATTTCAGCCTCTTTTATGAATATGGTTATTTATGAAACGAAGGATGATTTTTCTCTAGTGACTGTTAGGAAACATGGATGCTGGGCACAGAAATGCTGAACTTAAGATTCCTGAGAACCACAAGTTTAAATAACGCACcggcatctgttggctgatgtagtGAAGCTGAGTATTCAGTGCTTTCCTCAGAGCAAATTGGGTGCCAAGTAATTTCTAATGAGTCATGCAGTTATCCTCATTTTTCTATAATGTTCTAACTATTGCCGGCAATGGGGAAGTCTTGTGTCTGGTGAAGTTTTTGGGTAAAATGGtttaaatagaacaaaaaaacagtggGTTATGCTATAGGTCCAATAAAAATTGTAGTGTAgaaattaaagcaaaatattCAGACTTGTGTACTTTTTTCTTTAGTAAGTTTACACAgaagtttaaatgtataaatatcacTTAAATTCGCAGAAAGAGCATGTTGCAGATGACTGGTGTCAATTCCTGAATTCCAAAGTGTAACCCtgcctttttaaaaattatttctgtATAAAAAATGTGCCAGTGttggcacagaaaaaaaaaaacaaagctgtggtggcttcacttttgagatgcATTGTGCtgtccatgttttctacagtcattgggTTTTTCTACGGCATCTCTCAAAGAACCTCTCTTTCTAGCAcctaaattattacatttttgaggGTGTGAGAgtctgtttgagtgtgtgttggtgtgtgtgtatgttggatGTAAATCTTCTAATCGACTGCTGTGCTGGTTGGATTAATACGTACTACAGATGGCTGGCCTGACCTCAGACCAGTCTGAGCAGCAGTTGACTTGTGCTGTGCCACATATGAATGAGTTGAAAccaagacataaaaaaaaggtGCTCGCTTCCGTagatgaggtaaaaaaaaaaaaaaataagataatgtaaaaaaaccTATAATGTAAATCAAGACCCTTCACCTTTTCATAGTCCTGTTAGCACTGGTCACCTCCTCCACACCAGCGCAGTAAAAGTCACCTGCAGTTTATTGTTTACTTTTCAGCTGTGAAGTGTCACTCAACACTCTAAATCAATCCTCTCCTCTGACATTGGTGTATTTCGGAATAACGGCGTGCAATAGATATACTACAAGCTTTTGAcatttaattgtaattttactttttattttatttttcggAATGATACATGTTGGCAAAAActcctgtgtgtttttataatcaTACCTTTTGCAGACGAAATTGCACTTCTAATGCCGAACACAGCAGAACTGCTCTCAGATCAGCAGCTAAGTGCATTTTCACCTGCTCTGAGtaacactgtattttattgGTGTGCCTCCATCTAACATATTTGccttttccttttccttctgggacatgtcctgtttttttttttttttttttttgcaatgtggggtgataaaaaaaatgaattaaaaaaagctaGAGTGCAATTTcaataatattacaatgcaATTCTTACCTATAACCTTAACAGTACACATAAGATTATTATtcctatatagatgtatatgaAGGATTATAGGACTACATTCACACAAGAAAAGGAAAACagtgttggattttttttttaattataaatactCCCATGTTTAATAGTTCCCTCCACTATGCAATCCTGCAAGTATAGTTAAGAGTTAAGCAGCTGAGAGGGTACTGCTTTAACATGAATACAGCTGACCCAATCTGTCTTCTTTTCACCTAAGAAACATGCAtgcatttattgtattattactattatttttatgtttttttgtttagccATAT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>XM_015606707.2
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Function

symbol description
march2 Predicted to enable ubiquitin protein ligase activity. Acts upstream of or within hemopoiesis. Predicted to be located in cytoplasmic vesicle and endoplasmic reticulum. Orthologous to human MARCHF2 (membrane associated ring-CH-type finger 2).

NR:

description
E3 ubiquitin-protein ligase MARCH2 isoform X1

GO:

id name namespace
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GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity molecular_function
GO:0008270 zinc ion binding molecular_function

KEGG:

id description
K10657 MARCH2; E3 ubiquitin-protein ligase MARCH2

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_015606707.2 True 5470 mRNA 0.41 5 12407546 12419643

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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G41841 NA non-coding upstream 686551 11720121 ~ 11720995 (+)
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LOC103047294 gpx4,gpx4a,LOC108429535 other upstream 66633 12334344 ~ 12340913 (+)
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G42068 NA other downstream 213173 12632816 ~ 12633429 (+)
G42096 LOC108429524,LOC108271269,LOC103369106,LOC106613566,LOC106574586 other downstream 285916 12705559 ~ 12715028 (+)
G42208 ier5 other downstream 1028949 13448592 ~ 13450477 (+)
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LOC103034435 NA other downstream 1197440 13617083 ~ 13622042 (+)

Expression


Co-expression Network