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Basic Information


Item Value
gene id LOC103043566
gene name LOC108423527,LOC108270165,LOC100330554,LOC107677688,LOC103153288,LOC103458816,LOC106945627,LOC103355980,LOC102293757
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_035905.1
NCBI id CM008308.1
chromosome length 42966623
location 27830628 ~ 27848444 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence


>TU113207
TTTGCTATCTAAATGTACCACAGGACTTCACCATGACTCTGTATCTGAGACATTACTGGAAAGATGAGCGTCTTTCTTTCCCAAGCACCAACAACCAGAGCATGACCTTCGACAGCAGACTGGTGAAGAAGATCTGGGTGCCAGACATGTTCTTTGTTCACTCAAAAAGATCTTTCATCCATGACACTACGACAGACAACGTGATGCTGCGTGTTTATCCTGACGGAAACGTGCTCTACAGTTTGAGAGTAACAGTCACCGCCATGTGTAATATGGACCTGAGCCGTTTTCCTCTGGACACACAGACCTGTTCACTGGAGATAGAGAGCTACGCATATACTGATGATGACCTCATGCTGTATTGGAAGAAAGGTAACGAGTCTCTGAACACGGATGACAGGATCTCACTCTCTCAGTTTCTCATTCAGAAGTTTCACACAACTACTAAGCTGGCTTTCTACAGCAGCACAGGTTGGTACAACAGGTTGTACATCCATTTCACCCTTCGGCGTCACATCTTCTTCTTCCTGCTGCAGACGTACTTCCCTGCCACGCTGATGGTCATGCTGTCTTGGGTGTCCTTCTGGATTGATCGCAGGGCTGTGCCTGCTAGAGTACCTTTAGGTAGGGTGGGGTGCTGGCGATATC
>XM_007257381.3
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>XM_022673085.1
GCTTACTTCAACATCATCACTTAttccacaaatacacacaaattctGGAAAATTTACCTAAAAGATTGTAATATGCATACTCCATCCTAAATCGTGCAGTCACCATAACTAGAAACATCCaccattttttgttattgtcattgctactttagttaatgctttaaaaatattggaCTCGTAGTCTACAACTAAGGGAGAGagatgttaaaaaatgtaatataaggcTTTTGATGTTCTTGGCTTCTTTTCATACTTTCTATTTCTAGTTCAAGAGCACCTTGCACATCTTACAGATCTGCCTTTGGATATTTTGAGGCCTAATTTAGCACAGCACTGCCTGGACTGTAGGTGTTCTCAGGGCAAAGAGTGCTGCAACTATGTGCTCAGCAGTTTACTTAATGCCTACAaatgtttatatgattttttaggtgttattttgtttctttgatGTTGAATTTGATTATTCTGTCTCCAGAACACAACTAGTATACAACAAGGCTGGAATGCTTGATAGATACGTCCAGCAGATGGTGCTATACACAAGAAATTCATGGTTGTAATTCAGTCTACAGAAACAGCTGCTGTATTCACGCTGCacataaagaataataaaactgGCAGATAACTTTAAACCTATAGCATAAACACAGACTGAACATAAACTACAGCTTAGCTTACTTCAGGATTTTAGCAATTACTGTAGAAAGGTATGGACAGCACagcatctctcaaaagtgaagcaaCCGCAGGTCATGCGATATGTAGCTTTGGCTATTCCAATAACAATGCAACAGCCCATTTTACAGTCTGGACTCCAGCCTGGGTGTAAATTTGACTTGTTTGGCTTAATTTCTATAGAATGAAAGGGAATGAACCACAGTGTTATGTTCTTTTGTGGTTACTGTGTTAATATCCAATATTTAAACTGCTATTTCAATTCTAtataaggaaaatataaaaatttagtGTCTGTGTGACTCCCCTCTCCTGTCATCAGTGTGTCATTACCTACAGCCTATTTAAAGCAAATAGTCTAAAATGCAAAGTTTAGTATCTTAAGGACATTAGGCTTAACAGGTACAGGAAACCTCAATGTTATGTGACATGGGTTATGGGCCTACAATATACTAGTAAATGCAAGTGTTATTGAggatatcagaaaaaaatagaatctTTCCTAGTATAAATTACAGTATAGAAAATGTAGGAGCTTTAATTAGAAAAAGTTAGTTGCTGATGTAGCTTGTGGCATTTTAGGCTAAATCTACTTGctataaatgtttttgtaattatGAGTTTAAGTGGATGAAAGCTGGACATCCAGACAAAAGCATTCTTAACAATGCCAGCATGGgtaagcttggtcatactgggtATCTAGCTTGCTTTGGTTGATCATACTTGTTGACcaaataaactattaaacttAAACATACCCTCTACCTTAGTCAAAATATAGGGTGGTAAACCAGCTTTACACTCGTGAGCTGGCCATGTTGTTTTTCAGCAGGAATGGGTACCGAAATTGTGCCATTTTGCACACTGGTTTAGGCTTATGCTTTGTGAACTTTACTGCCTGAAAAGACAGTATAAACTAAATGTTATCAATAATGTATAACCATAAGAACCACtgcttctcattttctattcaGAATTTCATTACTGCATTCCCACTTACTAGAATTAGGTCACTAAGATCACAAATCCCAGCATcaaacacacacgctcacacgttTTTAACTCCAATTTTTAAAGTGACTCTTCATAGAACTAACCCAAATCTACGATGATGGCCACAGCtggtttttactgttttttatctctGTAGGTGTGTGCACTATAAGTTACTAAGCCACTGTTTTGCAAGTGCTAGATTTGTGTTAGATTTGTAAACGCTTGTATTACAGACTGCTGTAATGTACAGTCATGTGCAGAATGCAAATGTCACAGAGGACTTAAGTCCATCCAAGCGCGATTGTAAAGCCCAGTATTTTTAGAGAAATTCTTCCCAAATGCAGCCAGATTGGATAATCTGAGCGCACTGAAAGGGGGGCCAGCGTCTCGCAGTTAgtgctgctgtctgtctgtgcaGCATCCTCCATCCTCGTGACTGACCTCACAGTGAAATGCAGAGCAGTGGATCATTAGGAGAATTGGTTCGGGGCGGTGCAGAGCAGAGCACGGCACATTCACCACTGGAGGGATCAAATCTGTGCCATCTGACGCTCAAGGATTTATGGGTTTAGTCAAAATTGCTTTTCCCAGTGGGGAGATTAAGCACTGAGGGATGTTTACAGTGAAGGCAGAGCTGTGTGTTCTTCTTGAGCTCCAGTGCTAAAAAAGAATGTCCTCCTCGGCTGTGTGTTCAGGAGCTGCTCCTGCCCGTGAGGTGTGCGGAATCTGACCGGAGGTGCTGTGTAAGGGTATGTGCACCATGCAGGCAGATGCTGTAGTCCTGCTCCTCTGTACCTACCTTATGGGTGTGGCCGGGATGTCACCTTACCAGAGGGGTCACAAGCTGGAGACCTATAAGCAAAGCAGaactcggagagaaacagaaatggTGCAAGGAGGAGTTCAGAAGTCTGGCAGTCCCATCTTCAGAAGAAGTCCAGATATGACAAAATCACCCATGACAAAATCTGAGCAACTATTAAGGATAGATGACCATGACTTTACAATGAGGCCAGCGTTTGGAgGACCTCCTATACCTGTGGGAGTAGATGTTCAGGTAGAGAGCCTTGACACTATCTCTGAAGTTGATATGGACTTCACCATGACTCTGTATCTGAGACATTACTGGAAAGATGAGCGTCTTTCTTTCCCAAGCACCAACAACCAGAGCATGACCTTCGACAGCAGACTGGTGAAGAAGATCTGGGTGCCAGACATGTTCTTTGTTCACTCAAAAAGATCTTTCATCCATGACACTACGACAGACAACGTGATGCTGCGTGTTTATCCTGACGGAAACGTGCTCTACAGTTTGAGAGTAACAGTCACCGCCATGTGTAATATGGACCTGAGCCGTTTTCCTCTGGACACACAGACCTGTTCACTGGAGATAGAGAGCTACGCATATACTGATGATGACCTCATGCTGTATTGGAAGAAAGGTAACGAGTCTCTGAACACGGATGACAGGATCTCACTCTCTCAGTTTCTCATTCAGAAGTTTCACACAACTACTAAGCTGGCTTTCTACAGCAGCACAGGTTGGTACAACAGGTTGTACATCCATTTCACCCTTCGGCGTCACATCTTCTTCTTCCTGCTGCAGACGTACTTCCCTGCCACGCTGATGGTCATGCTGTCTTGGGTGTCCTTCTGGATTGATCGCAGGGCTGTGCCTGCTAGAGTACCTTTAGGTATCACTACAGTTCTTACAATGTCCACTATCATCACTGGGGTCAACGCCTCTATGCCACGTGTTTCCTACATCAAAGCAGTGGATATTTACCTGTGGGTCAGTTTTGTGTTCGTCTTCCTCTCAGTAATAGAATATGCTGCAGTCAACTATCTGACCACTGTGCAGGAACGCAGAGAGAGGAAGCTACGAGAGAGATTGCCCTGTACGTGTGGTATAGCGAACCCAGACGAGGACATGATGATGACCACTGGCTACAGTGACATGGAGCAAAACACCACAGGGAACTATGGAATGCCAGAGAACGGAGGGAGGCAGGAGAGGATGTTGGCCCAGTTTACAATAGCAGAAAGTCAATCCACCAGACCAGTGAAAAGCTCAAGAGGCTACGTCAACATCTGGATAGACACCCATGCCATAGACAAGTACTCAAGGGTGATCTTTCCAGGAGCGTACACCCTTTTCAACATCATCTACTGGTCCATCTACTCCTAACACAACAAAAAGACAGAGGAAGGCACCTGCCTCAACCAGAACACTTAAAGACAGACAGTCCTATTGTTCTATTCATTGAGGATACAATGAATATTCACTATGGACTGAGACATTGACAAACGGAATTAAAAAGGTACCGTCCGCCTTCTTTATGCTTTGTCTTGAACagtttgtactttttaaaaatgtgttttgtttcttgtattttattaacAGTCTTGGAGCCTTTCACTGAAATATTTAACTATTATGGTGTGACTACAAAGGTTAAGATTCAAGCTGTTCAGTACATGTGGTTGCTGTGACAGAATGAATTACCAGTTATAAGTTTCCTAGAATGGAAAACTCTTTAACTTTTCATAGTTAAATAATGACCAAAAA

Function


NR:

description
PREDICTED: gamma-aminobutyric acid receptor subunit rho-1-like

GO: NA

KEGG:

id description
K05190 GABRR; gamma-aminobutyric acid receptor subunit rho

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU113207 False 648 TUCP 0.48 4 27834782 27838795
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XM_022673085.1 False 4243 mRNA 0.41 11 27830628 27848444

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
LOC111193234 NA coding downstream 195221 27632645 ~ 27635407 (-)
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LOC103040243 tdh,LOC103040243,LOC108441731,LOC107561940,LOC107723287,LOC107589050,LOC107701506,LOC107746115,LOC105018021,LOC104922441 other downstream 2789574 25034004 ~ 25041054 (-)
LOC103026430 LOC108428707,LOC108269919,LOC107102228,LOC103379330,LOC101162185 other downstream 3194747 24630879 ~ 24635881 (-)
cunh6orf183 zbtb24 other downstream 3214012 24588941 ~ 24616616 (-)
G84215 NA other upstream 496145 28344589 ~ 28356545 (-)
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hpcal1 hpcal1,hpca,LOC107565203,LOC107702105,LOC107556378,LOC106607246 other upstream 2010533 29858977 ~ 29930575 (-)

Expression



Co-expression Network