G85021


Basic Information

Item Value
gene id G85021
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035905.1
NCBI id CM008308.1
chromosome length 42966623
location 31247348 ~ 31253592 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU114512
TTTTTGCCAGTAGATGTCGCAATAGAGCACAGACATCtcagaacactaaaaaaaataattatttggattttgccaTGCCTGTCTATTCCTGGTTAcaagttacccaacccactcattactcaggactctccctatcactagtgatgccccaacaccaggagggggaagaccagcacacgccttatccgacacatgtgaattcagccactgcctctttttagCTTTTTGAACTGATGCtaatgatgcagcattgctgtgtagcatcacagtgaactcagaggaaaacgcagcgactcggttccgatacatcagctcacagacatcagccttgtgctgatccacatcaccctttggagtgatgtggggagagtgagcgccatctacccacccagagagagagaaaggccaattgtgctctctcagggctccggcagctgctTGTCAGGGTTGGAGCTGATTAGCTTTGATGCTAACAGATACAACAGTGGGGCTTAACAGGGTTGGAATAGTTTAGCTGCAATCACATGCTAAAGCTAACGAACGCCAAACGAGTCGAGCCAAACAACAAGTACATACTTCTAGGTTTAGACTCAACACATGTTAGCAATACATGATTCTTCCCATGTGTTTTatgtggaaaataaataaacagaaccaTGAAGAAATGTGTGGCCGTGTTGAAGGTCATCTGCAGAAGCAAAGCGAGTAAATGAATAagtaagtgagcgagagagtgaaTTACTCACTGGTGTAGATAAGGATTCACATCACTGAGGAACAGGAAGTAGAAGAGTTTTTACACAAACTCTTATATAAAAGTTTAAACACTACAGATGTAACAATGAAGCAATCTGAGAGTGACTGTTCAGTTTAACATCAATTACAACAATATTCAAAACAAATCTTTGGTATTTTCaggtttgttgtgttttttatctcattttataTGAGATATGATTTGACGAGTGTATACTTATGAAACAGCACTCAATATGTTTCattgtttaataatttttacaacatttgcagttgtatatgtatgtaaaaaaaaacatgctgctTTACCATTTTGAAGATTTTGGTCAGGGTGCCCTGGCCGTCTGCTGGCCGTCCTTTCTGGCCCTTAGCGGAAGCCTGTTTCTGATCTCCCTGTAAAGGACAGGGCAGCATTAGCAGAGCATTGAATTGTGGGTAAAAATCGGCATCTTATTGCAgacccaagaaaaaaaaaacattataaggAATTTAGTAATATATTTACTGCTATTAGCTATTGTATATGTTAACCCTGACACTGTGACCCCCTGTTATTGTTAACCATGCTCCTGCCAACCTAGTAAATTTCAATCCTGCTGCTGTCAACTCcagtatttttctatttttataatgttaatCCTGTACCCATTAACCCTGACACTGTGACCCCTGTTATTGTTAACCCTGCTCCTGTCAACCCACTAAATTTCAATCGTGCTACTGtcaactttattattttttaattcggGCACTGTCAATCCTGTATTGTTAACCCTGCTCCTGTCAGTACACTTATATTCAATCctgcatttattttgtttttgtattgtcAATCCTGTAATTGTTAATCCTGACACTGTGGCCACTGTTATTGTTAACCCTGCTCCTGTCAACCTAGTAAATTTCAATCCTGCTATcattaactttattattttgaaattcTGGTACTGTCAATCCTGTATCAGGTAACCCTGACACTGTGTTAACTTTGCTTCTGTCAACACACCAATTTCAATCCTGCTACTGtcaactttattattttaaattcagtTACTGTCAATCCAGTATCTGTTTGCCTCTGGCTCTGTGTCCACtgttaccctgcgttcacactggaatgcgacgagtcgcttgtgtcgcccagcgtttgtcgcttgtgggcgtgtcaagctcaacgcgtgcgtttatcatggtccagcctcccataaaaaaaggcacaaaaaagggatcgcttggccactttattctacagctataactcccaaacttgctggactcttgggcgtttctgtgatttaactgctcTGGTTCCCGCAGATCGACGTGGGTCCACCCCATTCAACAGAATGAACagggaaagaaactagaaattcagagagcaggagcttgaggacgtcggaccgccttgtttgtgattggtccaatGTAAAGCTAGAAGCCAATCAGGTTAAaatgtcgcttcaccgcgtcataattcatttacataaagttgagaaaaattcaggtccgtgtcgcttgtcgctctgtcgctttgtcgcttgtcGCAGCGccaaatcgcgccctgccataggaaatgaatggtcgcctgttgctttgtcgctttccaatgtgaacgcagggttattGTTAACCCTGCTCCTGTCAACCCACTAAATTTCAATCCTGCTACTGTTAACTTGATTACTTTTAAATTCTGACACTGTCAATCCTGTAACTGTTAACTCTGGCACTGTGTCCCCTGTTATTGTTAACCCTTTTATAATCAATCCTTATATTTTCAACACTGTTGCTGGTGGTGTCAACATTCTTATTTTCAATCCTTACACTGTCAACCTAATCTTTAACCCTTTTAatgttaacctttttttttactagcgaCCGTTTTACTGTAAACCCTATGGCTGACAACGCTGCTACCGTCAACCCTAATATTGTTTACCCTACTTTTTACAGACCTATCAATCCTTCCACTGTCAATCCTGCTACATGTTTTTGAATCTTCAATTAAAAGTTTGTAAAGGCTGATTAAAAAGGGCTAGTCAGTAATGGGGGTTTGTACATGACAGTGTCTGCTTATTAACGCTGTTTAAACCGTAGCAGAAAAACAACTAATTTACGTTCGCAAAAAGCTGTAATTTATGAGGCTGTGTGGAAGCAGCTGTCTTCTCTGCTCTCTTGCGgtttaattaagtttaattaaGGGCTTGATACCACTACTGCTACAATCACTAATAAGCTCCAAAAAGCATTCATCACTTTTCAGCGTAACagtctgcaaaaaaaacataattgctGATGTAATGCTGGCGTAAATGCATGAATGCATGCATGAAGATGAATTCAGTAACACTGACAGTGGAATGGAAATGCATGCATATGTTTGCAGGTTAGCACTTATTGTGTCGGCTCATCCCTTGCTCCTCACTTACGTACactgtttatatgttttatttatgaataaaacTCTCAGGCTCAGtgaggagtgaaggagtgagaTTAGATTAAACAGcagaacacaaataaacaaacagaaaatatacactgaaaaaatatacactgaaaaaacactgaaaaaatatacactaaaaaatatatatacagaaaaacacaagCGAATGGACCTGCAGCTGGTCTGGGATCTcagaagctccacccacagAGCTACATTGtttgtaaataatattaaaggtAACTAAGCACATTAATAATACTTGTGCATAGTTAGTGTGAACACCCATGCAAAATCATAAACTGCTACCTTCCCCTCagtgttgtagtcaagaccGCTAGAgccaagtctgagtcaagactaaGATTTTTTTAGTAGTCAATAACTAAAAGTCAAAaccgagacttttagtagttgagtcagaGTCTAAACCAAGACTTTTCAGtagttgagtcagagtcaagaccaagactttttagtagttgagtctgagtcaagaccaatacttttcagtagttgagtccgagtcaaaacaaagactttttagtagtcgagtcagagtcaagaccaagacttttagtagtcgagtcacagtcaagaccaagacttttagtagtcgagtcacagtcaagaccaagacttttcaGTAgtcaagtccgagtcaagaTCAAGAATTtgtagtagtcgagtctgagtcaaaaccaggactttttagtagtcgagtctgtttaataaaataacaatttgtccactgctacgcactgtaattacactctGGGCGTGTAAACACAAAAGCgcgtggaaatggaggagctactgaagcAGCCTAAAAAACTCTGGTCctgctgttttttcaattgcagtccagatgcatgAGTGTTATCACTGATTAAAAGTGGAGAAGTAGAGAAATATTTTACACCGACGtcctcctgagaaactaatccagtcCAGATAGGGCTAATGGTTATGATTATGACGGACTTTTGCCCACCCTCCTCTCTTTTCCCTTTCTCACGCCTTCCTTACTTGGTCAGTTTGTGTATTGCATGCGTCTATGCAATGAGGTTTGTGTGTATGGATGGGTTGATGGCTAATTCCGCTGGTACTTGTGACCATGTGACAATAAAGGCAATTCTGATATGAGGGCCATAAGAGGGCGTAAGTAAGAAGTGCATCCCCCACTTCTCTAGAAAGAGGCTCTCAGAGGCTACagtacttttgggtagtgcacctcttggtgagagattgttgacatGCTTCTACATGCTTCACTTGAAGACATTTGGCCCAGTTGACAGACTCAAAAACGAGTACATCATTGGACTGACAGAAGTAGGATGGTCATTTTAATGAATTCCCTTCAAAAAAAGGAGTATGAGGATCACTGGTAAGATAACCACAAATCTAAgaattttccttgttaaaagtgaggattagcactatattaccattgTTTAATATGTAGTTTCAATGGCTAGTAGTTTGTCCTAGTAGGTAGCTAagtaactttcctgttccaccttaaatggtgcaacagacggcaggggctgcagcatttaaggcaaaagggaaaaataaaataagctaaagctaatcaaagctaatttcagctgcCCCTCACAGAGAAATTTAGAAATGTATGTCCTTCCAAAGACATACAATTCCCTGAAGTTatctagttaaccagcagcagctaggttactgaactttagagctcctgatgacgtatcgggagcttgaagggttgtcccaattcttagatgGAGGAttttgtaactctgttccaaaggga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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU114512 True 6214 lncRNA 0.40 2 31247348 31253592

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
znf236 znf236 coding upstream 8666 31153609 ~ 31238682 (+)
tshz1 NA coding upstream 198142 31030011 ~ 31049206 (+)
znf407 LOC104944474,LOC104948785 coding upstream 255807 30942676 ~ 30991541 (+)
LOC103044961 NA coding upstream 308920 30922969 ~ 30938428 (+)
rpp40 NA coding upstream 354664 30883308 ~ 30892684 (+)
LOC103047815 galr1,LOC102797365 coding downstream 135859 31389451 ~ 31410793 (+)
coq3 NA coding downstream 218546 31472138 ~ 31478897 (+)
faxc faxc coding downstream 227040 31480632 ~ 31502591 (+)
fbxl4 fbxl4,LOC107587770,LOC107716847 coding downstream 271359 31524951 ~ 31540915 (+)
mms22l mms22l coding downstream 459192 31712784 ~ 31759540 (+)
G84998 NA non-coding upstream 196322 31050827 ~ 31051026 (+)
G84997 NA non-coding upstream 196696 31050410 ~ 31050652 (+)
G84881 LOC103044643,LOC108428349,LOC107585172,LOC107688461,LOC107722553,LOC107680226,LOC107589802,LOC107718075 non-coding upstream 325058 30912883 ~ 30922290 (+)
G84906 NA non-coding upstream 348169 30897919 ~ 30899179 (+)
G84877 NA non-coding upstream 441606 30805201 ~ 30805742 (+)
G85026 NA non-coding downstream 7957 31261549 ~ 31264054 (+)
G85025 NA non-coding downstream 16348 31269940 ~ 31356017 (+)
G85036 NA non-coding downstream 118939 31372531 ~ 31378051 (+)
G85052 NA non-coding downstream 253489 31507081 ~ 31508055 (+)
G85054 NA non-coding downstream 289877 31543469 ~ 31544202 (+)
alg3 alg3,LOC107660011,LOC107730451,LOC107749127,LOC107557882,LOC107692886,LOC107600115 other upstream 632286 30606757 ~ 30615062 (+)
LOC103025336 rhob,LOC103025336,LOC105888539,LOC105907285,LOC106607565 other upstream 1232168 29967550 ~ 30015180 (+)
LOC107197844 NA other upstream 2168450 29071891 ~ 29078898 (+)
LOC111193135 NA other upstream 2203609 29043217 ~ 29043739 (+)
LOC111193240 NA other upstream 2205741 29040979 ~ 29041607 (+)
pnisr pnisr,LOC102782257 other downstream 201392 31454984 ~ 31469556 (+)
LOC103034273 LOC103034273,LOC108415529 other downstream 496111 31749703 ~ 31805403 (+)
G85189 NA other downstream 569994 31823586 ~ 31824388 (+)
LOC103035447 vegfa,vegf,LOC106584182 other downstream 945591 32199183 ~ 32218762 (+)
LOC103037843 pnrc2,LOC108441235 other downstream 1182625 32436217 ~ 32441318 (+)

Expression


Co-expression Network