LOC103037843 (pnrc2,LOC108441235)


Basic Information

Item Value
gene id LOC103037843
gene name pnrc2,LOC108441235
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035905.1
NCBI id CM008308.1
chromosome length 42966623
location 32436217 ~ 32441318 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU114974
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>TU114975
gagagagagagacggaggagaggagagaggagtaATCCGGGCTGCTAGTTTCGGGAATTTAGAGGATTTTTACACACCGTGTGAGGAACTTCTTCCCCCAGAGCTGCAGCAGAAATAACCAGCCTGTATCAGACGCCTGGCTTTCGCCATCAGAACCCGGAGGAAGTCGATCCGCGGCTTCCCAGTGCGCCGTGTGCTGGGGTGAACTGATGTTCAGCTCGGCTTCACGACCAAACATCGCTTGCTGGCACATGAAAACCTCAGACACTGTGGGCCTAAAGCGTGCAGTGAGAAGTAGATCGACTACTTCGAGGACCTGGAGCCCGATTGGTGaggagaaattaagaaatagagACATCTACGCACTCAGCTTCAACACAAAGAGGTGACATCCAGTGTGTGCAGTATGGGAGGTGGTGAGAGATACAACATTCCAGTGTCCCACCCCGATCACTCGGTGTTGAAAAAGAACCACCAGGTTGGCAGGGCCAAACAACGAAGCCGTAACCAAAACGGAGGCGTGCTTGCTGCGTCTTCTGGAGCCCCAGCGGGCCCCCATCTCCACGGCCATCGCAGGAGTGACAAGGGTAGCGGCTACTCGTGGTCTCCCGAGGCGCGGCAGGCCGTGTCCATGGAGAAAAAGAACGGGACTGTTCGCTTCGCCACACCGTACGACCAAAACTGGGAGGGCGCAGTGTCTCATCTGAACAACCTCTTGGCAGCGCAGTGTGGCCATAGTTACGCAGGAGCCAAGTTCAGTGACCCCCCATCTCCAAGCGTTCTTCCTAAACCACCCAGTCACTGGGTGTCTCTGCCCATGGGTCCTTGCGATCGCCGTGAGATGATGGCCTTTCAGTTAAAGAGCCTTCTAAAGGTGCAAGCGTGAGGATGACCTTCACTTATGATCTCTCGATGTTTAACGATCGCTCCACTTTGGACTCCTACCTTCCTGGAacgctgcagtgttttaatacCAGTTTTTAAACCCATTTTAACAAAGATTTGTTTTAAACTTTGAGCAGGTTTCCCAGATGTGGTCAAGGAGCCTAAATCTGGACTAAAGGCTAGTTTTCTGTGGTGAATTTTCATTGATTTGAACATTTTGTTCACAATTAGGCTTAAACCAACTCTGATCTAGATTCTTTGGTCCAGATTAAGATTAACTCTGgcccaactgttttttttaatagtacaACATTAGCTATTTACATTTCTGTTTCATTGAAGACTGGCCTTAATCCAAGTAGATGGAACTGGGCTATgtatccttttttattattactatttttttaatgtcccAAGAGGTGTTTAGCTGCTGCAGCCTTGCAGGTGGGAGAGCTCTTAGTGGAGCTGTATGCCTTTGATGAACGATGAACTGTTTCCTCCtcgctgttttttgttttgttctttttttattggccGTTAGTTACGTTACACATCGCCAGTTTGACAATgcatcagttttgtttttctactTTCCAGAATCTTATTGCTAGCCCTCTGCATGACGTTTTAATCATGATGGGGTTGGGCAAAAAGTTCTCTGAGCTAAAGCACATCAGCATTTGTAGCACATTGATCTTTAGATTTGAGTAACATTCGTCTAGTTTCTAATGAGAGGGGGGATGAAGCTGCTTGAACCTGCTCTAAAGAGCAAGCTGAGTGTGGAAGAACAAGCAGTCAGTCAGTCCTAGGTTGTGGTTTAACCTTGGACTGGTGTATTTGTGATGCCCAGACCTTGTGCTTTCAACTCCTgtactttctttttaaattgcGCTGTGCGCACTGCACTATGGGTGTTGAAATGCAACAAGGTTTGTAAGTTCCATAGCATTATTTCTGTCGCGTAATCAATCGTAAGTATTTGCGTTTAATAAAGCAATAGCGTTGTCCCCTTTTGCTTATCACATGGTTAAGTGCCATATGTGCCAGAACAGGTGAAGTATTATACATATATCTAAGAATACAATcagtaatgttttgttttttatttttaagtttttaataagctttttgagCGTCCCTTCAGAACACCTACAACACAACTTCTATGCGGAGGGGGGTCCAAGCTGCCTGCAGGATGCAAGGGTGGTGATGTTTTTTCTCTACCTTTGCTCTTGCTTTATGGCCTTgtttgtgttgtggtgtgGAGTATGGATGTGTTTACATATAAGGAGGGgagcaaacaaaccaaaaggTCCTACCCGTAGCCTGCCAAAACCATACACTTCCCTTTCATGCTTTGTGTTCACTTTGCACTGCTGTTGAGTTACTGTTCTTCCTGTGGCGGGTACATTTAACAAAACGGCACCCCCTACcacccttaattgttttttttttttttcatgtgttaaatGGCGTGTGAAATTGTCGGTACCTCTTGCGCAACCGTTAACGGCCGCCTAAAAGACGATAAAACGAAGCTTGCTATGTAAGAAGAGCCATGTAAATAATGAAATGTATAAACTATTGTAGCATATTGTACATTGCGCAGGGTTGTTTTAAACCTGCTGATAAAGTATTTTTAGTAATAACACTGAATGTGTAAGTCACGCTGAAGACGTGGCTTGATTTCAAaagaatatattatttttgtttaaaaaaagaaaaaaaaagatacagtttGCCTATAGCATGTGGAAACCCCCACACTGTGCTGACTGTTGCCAGTGATCTTGCACATAATgatgcttttattttgtataatgcACAGTATTGAGGGTGAAAACAGGCTTTTgagtgcaaataaaaaaaaagagatgctGAACTGAAATTTCTAAATTGAAGAAAAActtttacactcacacacttacttattttgcttttttttgttgtgtttttttttttatcagttgttTAGGCACTTTTTCAGTAACTAGGATTGTATTCATATAGTTCTCCTTATGATTTGATTTAACTTTATACTTCtatatttcttaataaatagcAGCTATTTTGCACCCAATACATCAGCCTTTCCTCCGCATGTTGATGTTTTGGGTACATAATCGCTGCTCCagataacctttttttttattttttttttataacttttccTCTTCTCCCCTGCCCCCTCTTCCCCTCCTCTTTgggtctgtgtatgtgtgtaaaagtTTTTCTATTTAATTGGCTCTGAATTTGTCCCAACCTTTAAAGTGTCACTgtggaaaaaacacaaatgcCCCATTTGATTGTAATTGGTATgttctaaagatgtttttgaaAGCACTGCATaatttggcaaaaaaattaaaataataatttcccttcccttcccc
>XM_007230958.2
AGGCCATTTtgttgtgagagagagagacggaggagaggagagaggagtaATCCGGGCTGCTAGTTTCGGGAATTTAGAGGATTTTTACACACCGTGTGAGGAACTTCTTCCCCCAGAGCTGCAGCAGAAATAACCAGCCTGTATCAGACGCCTGGCTTTCGCCATCAGAACCCGGAGGAAGTCGATCCGCGGCTTCCCAGTGCGCCGTGTGCTGGGGTGAACTGATGTTCAGCTCGGCTTCACGACCAAACATCGCTTGCTGGCACATGAAAACCTCAGACACTGTGGGCCTAAAGCGTGCAGTGAGAAGTAGATCGACTACTTCGAGGACCTGGAGCCCGATTGGTGaggagaaattaagaaatagagACATCTACGCACTCAGCTTCAACACAAAGAGGTGACATCCAGTGTGTGCAGTATGGGAGGTGGTGAGAGATACAACATTCCAGTGTCCCACCCCGATCACTCGGTGTTGAAAAAGAACCACCAGGTTGGCAGGGCCAAACAACGAAGCCGTAACCAAAACGGAGGCGTGCTTGCTGCGTCTTCTGGAGCCCCAGCGGGCCCCCATCTCCACGGCCATCGCAGGAGTGACAAGGGTAGCGGCTACTCGTGGTCTCCCGAGGCGCGGCAGGCCGTGTCCATGGAGAAAAAGAACGGGACTGTTCGCTTCGCCACACCGTACGACCAAAACTGGGAGGGCGCAGTGTCTCATCTGAACAACCTCTTGGCAGCGCAGTGTGGCCATAGTTACGCAGGAGCCAAGTTCAGTGACCCCCCATCTCCAAGCGTTCTTCCTAAACCACCCAGTCACTGGGTGTCTCTGCCCATGGGTCCTTGCGATCGCCGTGAGATGATGGCCTTTCAGTTAAAGAGCCTTCTAAAGGTGCAAGCGTGAGGATGACCTTCACTTATGATCTCTCGATGTTTAACGATCGCTCCACTTTGGACTCCTACCTTCCTGGAacgctgcagtgttttaatacCAGTTTTTAAACCCATTTTAACAAAGATTTGTTTTAAACTTTGAGCAGGTTTCCCAGATGTGGTCAAGGAGCCTAAATCTGGACTAAAGGCTAGTTTTCTGTGGTGAATTTTCATTGATTTGAACATTTTGTTCACAATTAGGCTTAAACCAACTCTGATCTAGATTCTTTGGTCCAGATTAAGATTAACTCTGgcccaactgttttttttaatagtacaACATTAGCTATTTACATTTCTGTTTCATTGAAGACTGGCCTTAATCCAAGTAGATGGAACTGGGCTATgtatccttttttattattactatttttttaatgtcccAAGAGGTGTTTAGCTGCTGCAGCCTTGCAGGTGGGAGAGCTCTTAGTGGAGCTGTATGCCTTTGATGAACGATGAACTGTTTCCTCCtcgctgttttttgttttgttctttttttattggccGTTAGTTACGTTACACATCGCCAGTTTGACAATgcatcagttttgtttttctactTTCCAGAATCTTATTGCTAGCCCTCTGCATGACGTTTTAATCATGATGGGGTTGGGCAAAAAGTTCTCTGAGCTAAAGCACATCAGCATTTGTAGCACATTGATCTTTAGATTTGAGTAACATTCGTCTAGTTTCTAATGAGAGGGGGGATGAAGCTGCTTGAACCTGCTCTAAAGAGCAAGCTGAGTGTGGAAGAACAAGCAGTCAGTCAGTCCTAGGTTGTGGTTTAACCTTGGACTGGTGTATTTGTGATGCCCAGACCTTGTGCTTTCAACTCCTgtactttctttttaaattgcGCTGTGCGCACTGCACTATGGGTGTTGAAATGCAACAAGGTTTGTAAGTTCCATAGCATTATTTCTGTCGCGTAATCAATCGTAAGTATTTGCGTTTAATAAAGCAATAGCGTTGTCCCCTTTTGCTTATCACATGGTTAAGTGCCATATGTGCCAGAACAGGTGAAGTATTATACATATATCTAAGAATACAATcagtaatgttttgttttttatttttaagtttttaataagctttttgagCGTCCCTTCAGAACACCTACAACACAACTTCTATGCGGAGGGGGGTCCAAGCTGCCTGCAGGATGCAAGGGTGGTGATGTTTTTTCTCTACCTTTGCTCTTGCTTTATGGCCTTgtttgtgttgtggtgtgttctGAGGTGATTATTTGGAGCACTGCGCACGTTTTGAGACGCGGGACACGAGTATGGATGTGTTTACATATAAGGAGGGgagcaaacaaaccaaaaggTCCTACCCGTAGCCTGCCAAAACCATACACTTCCCTTTCATGCTTTGTGTTCACTTTGCACTGCTGTTGAGTTACTGTTCTTCCTGTGGCGGGTACATTTAACAAAACGGCACCCCCTACcacccttaattgttttttttttttttcatgtgttaaatGGCGTGTGAAATTGTCGGTACCTCTTGCGCAACCGTTAACGGCCGCCTAAAAGACGATAAAACGAAGCTTGCTATGTAAGAAGAGCCATGTAAATAATGAAATGTATAAACTATTGTAGCATATTGTACATTGCGCAGGGTTGTTTTAAACCTGCTGATAAAGTATTTTTAGTAATAACACTGAATGTGTAAGTCACGCTGAAGACGTGGCTTGATTTCAAaagaatatattatttttgtttaaaaaaagaaaaaaaaagatacagtttGCCTATAGCATGTGGAAACCCCCACACTGTGCTGACTGTTGCCAGTGATCTTGCACATAATgatgcttttattttgtataatgcACAGTATTGAGGGTGAAAACAGGCTTTTgagtgcaaataaaaaaaaagagatgctGAACTGAAATTTCTAAATTGAAGAAAAActtttacactcacacacttacttattttgcttttttttgttgtgtttttttttttatcagttgttTAGGCACTTTTTCAGTAACTAGGATTGTATTCATATAGTTCTCCTTATGATTTGATTTAACTTTATACTTCtatatttcttaataaatagcAGCTATTTTGCACCCAATACATCAGCCTTTCCTCCGCATGTTGATGTTTTGGGTACATAATCGCTGCTCCagataacctttttttttattttttttttataacttttccTCTTCTCCCCTGCCCCCTCTTCCCCTCCTCTTTgggtctgtgtatgtgtgtaaaagtTTTTCTATTTAATTGGCTCTGAATTTGTCCCAACCTTTAAAGTGTCACTgtggaaaaaacacaaatgcCCCATTTGATTGTAATTGGTATgttctaaagatgtttttgaaAGCACTGCATaatttggcaaaaaaattaaaataataatttcccttcccttccccca

Function

symbol description
pnrc2 Acts upstream of or within nuclear-transcribed mRNA catabolic process. Predicted to be located in cytoplasm. Predicted to be active in P-body and nucleus. Is expressed in nervous system; otic vesicle; and trunk. Orthologous to human PNRC2 (proline rich nuclear receptor coactivator 2).

NR:

description
proline-rich nuclear receptor coactivator 2

GO:

id name namespace
GO:0006355 regulation of transcription, DNA-templated biological_process
GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay biological_process
GO:0000932 P-body cellular_component
GO:0005634 nucleus cellular_component

KEGG:

id description
K18751 PNRC2; proline-rich nuclear receptor coactivator 2

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU114974 False 3328 TUCP 0.43 3 32436232 32441316
TU114975 False 3278 TUCP 0.42 4 32436232 32441316
XM_007230958.2 True 3345 mRNA 0.43 3 32436217 32441318

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103038371 NA coding upstream 5952 32427026 ~ 32430265 (+)
LOC103038892 NA coding upstream 10905 32420132 ~ 32425312 (+)
kpna5 kpna5,LOC107552832,LOC107711738,LOC107716841 coding upstream 586753 31835348 ~ 31849464 (+)
rwdd1 rwdd1,LOC107700695,LOC107587776,LOC107552826,LOC107704860 coding upstream 616365 31812267 ~ 31819852 (+)
mms22l mms22l coding upstream 676677 31712784 ~ 31759540 (+)
LOC103035585 LOC108423467 coding downstream 287801 32729119 ~ 32923000 (+)
LOC103035281 NA coding downstream 601527 33042845 ~ 33057697 (+)
c9h2orf71 NA coding downstream 619865 33061183 ~ 33071966 (+)
slc4a1ap NA coding downstream 1389952 33831270 ~ 33849509 (+)
babam2 bre,LOC107553730,LOC107656747 coding downstream 1571439 34012757 ~ 34183355 (+)
G85360 akirin1,LOC107700743,LOC107730931,LOC107704951 non-coding upstream 44805 32375381 ~ 32391412 (+)
G85341 NA non-coding upstream 143308 32292520 ~ 32292909 (+)
G85339 NA non-coding upstream 143788 32292022 ~ 32292429 (+)
G85338 NA non-coding upstream 145595 32290380 ~ 32290622 (+)
G85337 NA non-coding upstream 151739 32284140 ~ 32284478 (+)
G85371 NA non-coding downstream 3613 32444931 ~ 32469093 (+)
G85377 NA non-coding downstream 11372 32452690 ~ 32489913 (+)
G85418 NA non-coding downstream 50842 32492160 ~ 32492439 (+)
G85438 NA non-coding downstream 103794 32545112 ~ 32545385 (+)
G85455 NA non-coding downstream 369195 32810513 ~ 32810909 (+)
LOC103035447 vegfa,vegf,LOC106584182 other upstream 217455 32199183 ~ 32218762 (+)
G85189 NA other upstream 611829 31823586 ~ 31824388 (+)
LOC103034273 LOC103034273,LOC108415529 other upstream 630814 31749703 ~ 31805403 (+)
pnisr pnisr,LOC102782257 other upstream 966661 31454984 ~ 31469556 (+)
alg3 alg3,LOC107660011,LOC107730451,LOC107749127,LOC107557882,LOC107692886,LOC107600115 other upstream 1821155 30606757 ~ 30615062 (+)
G85740 zdhhc14 other downstream 2305496 34746814 ~ 34800377 (+)
tfb1m tfb1m,cldn20,LOC101886267,LOC107571061,LOC107675320,LOC107573130,LOC107728965,LOC108443299 other downstream 2846897 35288215 ~ 35339832 (+)
LOC111193254 NA other downstream 3195492 35636810 ~ 35658087 (+)
LOC111193255 NA other downstream 5042703 37484021 ~ 37503882 (+)
bcl11b bcl11b,bcl11ba,LOC108270293,LOC107588284 other downstream 5388437 37829755 ~ 37933289 (+)

Expression


Co-expression Network