xkr6 (xkr6,xkr6a,LOC108269486,LOC107693112)


Basic Information

Item Value
gene id xkr6
gene name xkr6,xkr6a,LOC108269486,LOC107693112
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035905.1
NCBI id CM008308.1
chromosome length 42966623
location 25045713 ~ 25071105 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_007252038.3
gaagggGTGGGGGGGGACGAAGCGCCTGAGAGCCCAAGATGGCAGCGAAATCCGATGGCGTGGGGGTCGTCGCCGGTTTCGCCCAGCTGCGCGAGCAGGACGACGCGGCGGGGTCCGGCGGGGAGGACGAGGAGCCCGCGGACAGCGCGGCCATACACATGTGCCACTGCTGCAACTCCTCGTCGTGCTACTGGGGCTGCCGGAGCGCGTGCCTCTCGGCGCGCGGCAGGCGGAGGAGAGGCGCGCGCCCGCGGCCCGGGGAGGAGCGCCTGTGGCTGGACTGCCTGTGGATCGTGCTGGCCCTGCTGGTCTTTTTTGGCGACGTGGGCACGGACGTGTGGCTGGCCGTCGACTACTACTCGCGCCGGGACTACCTGTGGTGCGGGCTCACGCTGTTCTTCGTGCTCGTGCCCTCGGTGCTCGTGCAAATCCTCAGCTTCAGGTGGTTCGTGCAGGACTACACGGGTGAAGGGCTCGGGGCGGTGGAGGGGCTCAGCCGGCGGGCGGGCGTGCACGGCCGGGACCGCTGGTGCCACGTCGCCGTGTGGGTCTGGCAGGCTGCGGTGCACCTTCTGCAGCTGGGGCAAGTGTGGAGGTACATCCGAACTATGTACCTGGGCATCCAGAGCCGGCGTCAGACAGAACACAGGCGGCGTTTCTATTGGGCCATGATGTACGAGTATGCTGACGTCAACATGCTTCGGCTGCTGGAGACCTTCTTGGAGAGCGCCCCTCAACTGGTGCTACAACTCTGCATAATGATCCAGAAGAACCGGGCCGAGACGTTGCAGTgCATGTCCTTATTAGCATCACTGCTGTCCTTGTCCTGGGTGTTAGCCTCCTACCATAAGCTCCTGAGAGACTCCAGAGATGACAAGAAGAGCATGAGCTATCGAGGTGCTCTTATCCACATCTTTTGGAGGCTCTTCACTATTTCTTCACGGGTGCTCTCCTTTGCTCTCTTCGCTTCCATCTTCCACATCTACTTCGGCATTTTCGTGGTGATGCACTGGTGTGCCATGGCCTTCTGGATTGTGCACGGAGGTACAGATTTCTGCATGTCCAAATGGGAAGAGGTGCTGTTTAACATGGTGGTTGGCATTGTCTACATCTTCTGCTGGTTTAATGTGAAGGAAGGCAGGACTCGCTACCGCATGATGATCTATTACTTTGTGGTGCTGGCTGAGAATACGGTGCTCACCTGCCTGTGGTACGCATACAGAGACCCGGCCACAACAGACTCGTATGCGGTACCGGTGCTCTGTGGAGTCTACCTAAGTTTTGCCTCAGGGGTGGTCTTCATGGGCATCTACTATGGAGTCCTTCACCCCATGGGTCCTAGGTTAAGGGTACTGGCCAGCTCCTGCTGTGCCGAGCTCCTATGGGGCCTCCCCTTACCCCCAGAGGCCGAGCCCATGGCCCCTACTCCTGGTCCCCGAGCGTCACAGCCAACACCCACCAGGATCTCCACAGGGTTTTACGACGAGCAGGATGACTCTGCGGGAGAAACCTGCCTTCCCGTGTTTCAGGTGCGCTCTCCCGAGCCCACCACGCCATCGGGCCGCTACCGGTCAGAAGGGCCTCTCATCAAGATCGACATGCCCAGAAAACGCTACCCAGCCTGGGACGCCCACTTTGTGGACAGGCGCCTGAGAAGGACTATAAACATCCTGCAGTTCATCACCCCCGCGGCTGTAGGAATCAGGTACAGGGACGGTCCGCTGCTCTACGAGCTCCTGCAGTACGAGTCCTCCCTGTGACGACACGTTCTCTCTTCCATCTCCTCATTTCTCTGTCCTTCTCTTTATCCACACACAATCCATTCTtcctttgtttttcttaaacttttgttttttttttggcaaaaaataCTTTGCCACATTTTggcaaaaaagttgttttttatatGTGTAATTAATGTCAATGAATACTTTTCAAAATGTGAAGAACAAAACTTGATCAAAAttgttatatgtatatgttttgttttgtttacaaactatatgtatttatttgtacatAAACCTTTTTTTGATAGTCcgttaaagaaaaatatatatagacttCCCCTCATAGTGTTTACAGCTAACTAAAAAGAAACCATTACACTGGAAAAATGGAGGTAGAACAACCATGTCAGCACTGCCTTttgattattatcattattattattattattattttcaatcTTTTTTGCAATGTACCTCGGATCACCTTTAGTCGTCTTCCTCCATACCTGTTCTAGTTATGAAATGGCTTGTCTATGTTCTGAAGGACCAATAGACctaaagttttgagtttagcaTAGACTTACACTGACCTCTACAGGCCAAACAAAAGCTGACAACCATTCAGTCTGATTACGGCATTCATTGGCTGATTGCCTTAAAGCTACcttaaatagaaatgtttaagAAACGACACACGAAAAGATTTCTCGTGTTTTCTCGTGAAAGAGAATAGAGAATACCTCATTGACTCACTATAGCACAGCTTATATTTAAAGCTAATGAAGCCCATTTTGCACAGTAtgtctgtattataatatcttataCTTATGCCATATAatatctatatacatatatctacATTGTGATTACATTGTATAGTGAGTGTTGAACAGTAAGGCTTTGAATGATGCTCTGAGGTGCAGCATTGCAGGTACTTTTATTGTGGCCGGTTCAAATAGGATAGGATACTTCAAAGCATTGTAATCTGTAATTTCTCCTGTTGGGCTGTTTGTCCATATTTTTGCGATGTTTTGATAATATAAAAGCACACGAAAGCCCTTCTAAAGGCAGTGTTGTGAGAATGGTCACGTAGTTCTCCTCCATTGTTCCTAGATTTGTATAAACATCTCCCTATGGATgcatttacattgtttttatcGCCATCTTTTCTCTTCCCTATTTGGACATTTAAACCAGAATTCCAAGTAATAAACGTATAAACTCATGAGGTGCAAAAGTTAGTCGCTGATTCCATATGGCAATATGGAATCATggtgcatatacagtatatatatatattttttcactgtaggatttttttttcaaccttTGCTTTTATCCAAGGTATAACAAAAAGCTGATGGAGTTAGACGTAATCTTTGCCTGAATATACCTGATTGGTTTTCCGCAGAGTGAAAGACCACGGCAGTGCTTCACCGCAGGACTTTCCTGACTGGCTCTGAGAAGAGGACGCCTTCCCACGGCACACAGGGCTTGCTGCCATCAGCAGAACTATACAAAGCCAAATCACATCCTCtactgtaatctactgtaattCTCTCTGCCACTGGTGCACCCAGccacctgtttaaaaaaaagaaaagacttctAATCACAGATAGGTGCTTGCAGTGCTAGTCTTTTTAATTGGCTAGGCAGTTAATTGGATAATTGGTgctacatttttaaagtaactcTACCTTTAGGTAAACTATACAAGTACACAGGGCTTGGTAAGATTATGAATTGTCTTTCACTTGCTCTCATACCATCCTTATATTCATTTTAGAAAAGAAGGACATAATGATAGTTCAGATCATACACTCGCTGACCTATCAACTGAAACACTCTTCAGGGCTGGCTTGGTGCACCATATTTAGGAGATCACTGCTGTCTTTGACTCCATTGTGCCTGCTAAGATCCTAACAACCAGAGGCCATGCAGGTGCGTCCAATGAGGTGAAGGGTTCTTGCCAGGGTTGGAAAGGAGCTTGATGAACAGCTTATGAGGGTTTTACATTACCAGTGAGGGTGCTGAGTTACTGGATGGACAGTTACACTCTTGGAAATAAATGATGCTTCAAATGATTTGTTGAACAATGCCATAGAACAATGGTTTTCAACTAGTGGGCAGCGACTCCCCAGTGTGCCACAGGGGTATGGCTTGAAACCATTGgccaaaaatgtaatttttccttagtgttttagattttagatagaTTAGCAATCAAGTTACATTAATTTTAGCATAAGTTTAAGTCTGAATCAAACAGTTTTGTCTTATTATATTAACTTTACCCATCACGGATAAATGGTTAGAAACTTGGTCTTCCAGACTGAAAGATGCAAATTGGAGGCAATTCAAGCATTTACAAATTCACAGTTTCGCACTTgtgtttcattaatttttatGGGTTACATTAATTGTTGTGCTGTACTTATGTAAGATTTAAAAATTTGCAAAAGGTTTGGGAACCCCTACTATTGAAGcaccatccatacatccatcaaCATTCGTACCTGCTTTTTCTGGAGCCTACTCTGAACCATCAGTAAACCTTTTTTTATCAGATGAAGGTTCTTTATACTCACAGATCTCAATTATAAGCAACATTCCTCATGGAACTGAAAGCAGTTATTCTGTGGCATCGCTCAAGAAACCATATGatgcatctttatttttaatagtttaataggTGGATGGATTTGAACCGGGTGTGATATGGTAATGGGAACTCGTACAAGCTGAACCTCCAGGCTCCTTCCCTGGTTGCTGCTAGCCCTTCCCTTATATTAATGTATGGCTCAGGTGTATTCTGGTGCAGATACTCTTGTTGTAGATTTTCCTTCACTGCAAAATCTTCTTGGGTTCTTTTCAAATGTGACATAAGTTACAAGTGCATGCATTTACAATCAAGTACCTCGGAATTTGTATTAAATGCCGAAGCTCAGCTTAATATTATACTGAAATGAGGTCTTACCATTTCACTTAATGTATTCTGCATCCACTGTATTCTGGTTCACTGTTGTTTGCTGGAGAACATCCCATGTTATcctaaaatgtagtttttttttttaagacagcGTCTTGTTTTGCCAAAAATCTGTTAGCTGCTAGATTTGTCCTTTGGAGCATCTACCCTCCACTAGGTGCTACAATACACTGTGATCAGTTTTCCCTTCATCACCAAAACCTCCTCACTTGAAAAGTTCTTACCATTTTATAGCGCACAATGCCAGTTTGATTGATTTAATTGGTTTAATTGTTGGt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Function

symbol description
xkr6a Predicted to be involved in apoptotic process involved in development; engulfment of apoptotic cell; and phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in plasma membrane. Orthologous to human XKR6 (XK related 6).
xkr6 Predicted to be involved in apoptotic process involved in development; engulfment of apoptotic cell; and phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in plasma membrane.

NR:

description
PREDICTED: XK-related protein 6

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_007252038.3 True 11492 mRNA 0.38 3 25045713 25071105

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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gckr gckr coding upstream 47839 24981376 ~ 24997874 (+)
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LOC103046279 NA coding upstream 219613 24814910 ~ 24826100 (+)
enpp4 enpp4 coding downstream 16498 25087603 ~ 25095143 (+)
clic5 clic5,LOC105909474,LOC103355727 coding downstream 26934 25098039 ~ 25109750 (+)
mcm8 mcm8,LOC107594086,LOC107678783 coding downstream 596594 25667699 ~ 25683838 (+)
crls1 crls1,LOC107663140,LOC107738554,LOC107678734,LOC103476593 coding downstream 613700 25684805 ~ 25690894 (+)
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G83167 NA non-coding upstream 272920 24771882 ~ 24772793 (+)
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G83354 NA non-coding downstream 56855 25127960 ~ 25187909 (+)
G83438 cdc5l,LOC107594083,LOC107552094 non-coding downstream 290622 25361727 ~ 25367281 (+)
G83440 cdc5l,LOC106599718 non-coding downstream 299146 25370251 ~ 25387590 (+)
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G83446 NA non-coding downstream 392795 25463900 ~ 25464253 (+)
c9h8orf74 NA other upstream 11592 25029997 ~ 25034121 (+)
LOC111193228 NA other upstream 109527 24934164 ~ 24936186 (+)
ephx2 ephx2,LOC107733988,LOC107692411,LOC107653762 other upstream 120898 24895894 ~ 24924815 (+)
G82853 tulp4,LOC108428686,LOC107589648,LOC107734174,LOC107692724,LOC107742753,LOC107653590 other upstream 903481 24139389 ~ 24142232 (+)
G82811 psma3,LOC107729246,LOC107725600 other upstream 1071738 23909682 ~ 23973975 (+)
supt3h supt3h other downstream 89813 25160918 ~ 25329482 (+)
LOC103033015 LOC108423550,LOC108270308 other downstream 848452 25919557 ~ 25975283 (+)
G83602 NA other downstream 1164393 26235498 ~ 26253602 (+)
c9h14orf132 csgr16h14orf132,LOC108423442,LOC108269530,LOC108413331,LOC107582175 other downstream 1203896 26275001 ~ 26305383 (+)
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Expression


Co-expression Network