G221730


Basic Information

Item Value
gene id G221730
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035921.1
NCBI id CM008324.1
chromosome length 46505145
location 35975249 ~ 35977008 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU300862
AAGCGCAGCTTTTTAAAGCTCGCTTCGTGGAACAGCCCCCAGGATTCCATGTTTGCaaattcacattttcaactcAGCTAGAGACTTGCGCGCCAGCGACCTGCCAGGTTAGATAACATAAGATAAGCCTAACCTCCTTTACAGCTCCACAATTATATTACCCCCACACTTAGCTCCACAATAACAACAGCTCCACAATATAACAGGTCCACAGTATAACAGCAGCTCCACAATAACAGCAGCGCCACAATAACAACAGCTTCACAATAACAGCTCCACAATAACAACAGCTCCACAATAACAACAGTCCCACAATAACAACAGTCCCACAATAACAACAGCACCACAATAACAACAGCTCCACAATAACAACAGCTCCACAATAACAACAGTCCCACAATAACAACAGCTCCACAATAACAACAGCCCCACAATAACAACAGCCCCACAATAACAACAGTATCACAATAACAACAGtatcacaataacaacagcTTCACAGTATAACAGTTCCACAATAACAACAGCTCCACAATAACAACAGTCCCACAATAACAACAGCTCCACAGTATAACAGTTCCACAATAACAACAGCTTCACAGTATAACAGTTCCACAATAACAACAGCTCCAAAATAACAACAGCTTCACAATAACAACAGCTTCACAATAACAACAGCTCCAAAATAACAACAGCTCCAAAATAACAACAGCTTCACAATAACAACAGCTCCAAAATAACAACAGCTTCACAATAACAACAGCTCCAAAATAACAACAGTTCCACAATAACAACAGCTCCACAATAACAACAGCTCCACAATAACAACAGCTCCACAATAACAACAGCTCCACAATAACAACAGCTCACAATAACAACAGCTCCACAATAACAACAGCTCCACAATAACAACAGCTCCACAATAACAACAGCTCCACAATAACAACAGTCCCACAATAACAACAGCACCACAATAACAACAGCACCACAATAACAACAGCTCCACAATAACAACAGTCCCACAATAACTGCGCTGGGCCTGAGCGACAGCGGGCTAAGGACCTTGCTAGACACGTCACGCTAATTAGCACTCATGCTAAGCGGCCAATGGCTACATGTACTTGAGACACCGTTACCATGGCGGATGATCTGCGGGCAGTGGCAAAGGCGCCCGAAacgtttattttgtttgtttacagatCACGGTCGGAGAAGCGGACTACACAGCGGGAGAATTTACGAGCTCGCCACACGGCAGCCATCCCGGAGAGAGCGGGGCAGCGCGAAAGGCCAGCGGAGAAGCGGAACGAAACCACACAGCTACAGCCGGAtacacttcaaaa
>TU300863
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>TU300866
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>TU300867
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>TU300869
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU300862 False 1343 lncRNA 0.44 3 35975249 35977008
TU300863 False 1039 lncRNA 0.47 3 35975249 35977008
TU300866 True 1397 lncRNA 0.44 3 35975249 35977008
TU300867 False 904 lncRNA 0.48 3 35975249 35977008
TU300869 False 1040 lncRNA 0.46 4 35975249 35977008

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
elovl5 elovl5,LOC107664697,LOC105911564 coding upstream 37564 35900906 ~ 35937685 (+)
klhl31 klhl31,LOC107664702 coding upstream 107102 35863866 ~ 35868147 (+)
LOC103029802 LOC108440917 coding upstream 419113 35519412 ~ 35556136 (+)
LOC103046445 lgmn coding upstream 490163 35462358 ~ 35485086 (+)
pcnx1 pcnx1,pcnx coding upstream 518756 35385703 ~ 35456493 (+)
arfgef3 arfgef3,LOC107751324,LOC107712337,LOC107688785 coding downstream 1253 35978261 ~ 36063654 (+)
cnrip1 cnrip1,cnrip1b,LOC107699127,LOC107736745,LOC107580235 coding downstream 93249 36070257 ~ 36075234 (+)
LOC103037384 ppp3r1,PPP3R1,LOC108441257,LOC107727894,LOC107699153,LOC106024317 coding downstream 99490 36076498 ~ 36099653 (+)
wdr92 wdr92 coding downstream 126071 36103079 ~ 36108229 (+)
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G221715 NA non-coding upstream 28364 35941848 ~ 35946885 (+)
G221716 NA non-coding upstream 29556 35942875 ~ 35945693 (+)
G221714 NA non-coding upstream 44913 35917689 ~ 35930336 (+)
G221682 NA non-coding upstream 214257 35755831 ~ 35760992 (+)
G221671 NA non-coding upstream 245782 35728900 ~ 35729467 (+)
G221736 LOC107721174,LOC107699161,LOC107597712,LOC107701973,LOC107561981 non-coding downstream 72029 36049037 ~ 36142824 (+)
G221744 NA non-coding downstream 101233 36078241 ~ 36078636 (+)
G221745 NA non-coding downstream 113970 36090978 ~ 36092132 (+)
G221749 NA non-coding downstream 141959 36118967 ~ 36119305 (+)
G221843 NA non-coding downstream 201449 36178457 ~ 36178912 (+)
G221728 fbxo9 other upstream 2895 35969989 ~ 35972354 (+)
gclc gclc,LOC107597697,LOC107664701,LOC107712340,LOC107688787 other upstream 86434 35870018 ~ 35888815 (+)
LOC103031497 NA other upstream 756871 35208431 ~ 35218378 (+)
srsf5 srsf5,srsf5a,LOC107553206,LOC107736490,LOC108411053,LOC107602962 other upstream 949651 35018442 ~ 35025598 (+)
synj2bp synj2bp,LOC108411060 other upstream 978205 34986999 ~ 34997044 (+)
G221737 NA other downstream 75508 36052516 ~ 36056690 (+)
G221878 NA other downstream 426140 36403148 ~ 36409041 (+)
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slc38a6 NA other downstream 1024077 37001085 ~ 37019302 (+)
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Expression


Co-expression Network