G221993


Basic Information

Item Value
gene id G221993
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035921.1
NCBI id CM008324.1
chromosome length 46505145
location 36875240 ~ 36923898 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU301236
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgtgtgtgtgtgaatgcctACAGCTTTGGCTCTGGCtgcttgttttatttcatgactCTTGCAGAAATGTGGATTGtaaaggacttttattttggctaGTAATGTAGATATGAGTCAGTGGATGCAAATGTGCAGATCATGAATGTTGTGCAAATTAGCAAATAGTTGAAACCTCAGTTACTGCTGCCCTCTCCTCCTGCCAGTTCACCACCCTCTCTCCTCTtactttcactctctcatttTTACGCAAGTGTTTTTTAGGAACTATTTTTGTATAGTTTTGATCAGGCTTTTGACTAAGAACAAACAGCAGTGCGAGGCAGAGAGCTTGTTTGGTGTTTGGAGTGTGTCTTGTTTCTCGGCTCTGGGAAGTTTTTGTGTCTTACAAAAATTAGGGAACACGTCAGAACACTGTTTGCTGCTAGAGTgtgtgattgattgattgattaatcgATTGATTAAGAAACTGATTGATTGGTCGAGTTATTGTGTGACCTTTGGTATGGTTTTGGGTAAGGTTTTGCTGACAGTTGATGTTCTTATTTGACCCCTTCTCCCAGCCTGCCCATTTAGGCTCTGCCcacaaatgtgtttttcataACTACAGTTAAAGAGGATTTAAAGaatgctgagaaaaaaaaaacattcaaatctAGCTCCACCTCAGTGTTTATCACAGTACCTACATTTAGGGTGtgttatttgtttagttttttggaTGTGAGTAAAGGTTTGCACGAttgagctgggcaatatgattatgattattgtGATACATTTCCTTATTGTTTTGAGGATATGCTTTAATAAGCATATTGAGGGTACTATTGTTTAAAGAACAGTGACTTAACTGTGCATTTTATTACAGTACAAAATCTtggatgatgtgcagcaaaaaaattatttctctGTGTGTCAAAATTAGGGGACAAATACTGTTTTGTGAAAATgtctaaatattgtaatataatatttttaccatatcgcTCAGCTATGTCAGCACATGTATGTGCAGGGTTATGTGGCTGTTATACCAAtgtttattttgacattttgaaaaaattatATCCTATTGACTGAATTGACTGTCCAACTACAGTTTGCACTATTATGTTTGCGTAATGGCTAGAAATGGTACACTGAAATGAAAAGTCATGGGCCAgtaactagtattgtgtcccatgacctAAAGAACACTctactgacctgtgggatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtggtgtcTCTTATGTGGAATGTGGATTTGATGATTTCTGCCGGAGTTGCTTGTCTGCTCATaaggacagttctagccagatgctgccagtcacgatcattaccacccactgcattatccactgtgggtggtaatgccttttattCCCAGTGACACATGACACTGTAGATCAAGGAATATTAAATACTCACACAACAAACCGAATGTCCCATCAATCTGCACCCCCACTCACTCCAGTAATTTATGTTGCCTTTATATAAACACTCTGGCAAGTGATCAGCCTCACTCACACCTGACAGTCTATACAGGTATAGAGTCGTCCCCTAAGATAAAACTCCATGAGCAATTTATATACTGATATCCTATGACTGACTGACTTTTGGAATCTATATTGTATTAGTAAAAGTCAGTATAAGATTAATTTTAGCAGAAGAATGCCGGATTCAcgatcaggaaaaaaaatcagaatgtaGCCTGAATTAGCATACACTGGCACTGTGTGTTGAAATGTCTTGTAAGGATGTACCAGGAGACACTGAGGAAGTGGAgatacagtctctcattagggtaaatatatattaataacactctaaatgtaggtattgtgattatttacactgaggaggtggagctacagtctctcattagggttGCTCTACCTGGCAAAAGTAGTTGCTTGTGTTCTTGTGGGCAGAGCTTGAAGAGGTCAGTTTTTTCTTATGCTGTACGACCCCTGTAGATTTGAAAAGGTATATTCTTTTCTGCAGAGAGAAAGCGAGACAGATGGTTACTGtaattatatagatattttcagtttattgtttttttttttttttttatcccatattTGCCTGGAATTTTTTGTGGCTAAATGGTTTCCGTAATTTTACAGAAGTATAAGTGTCCATGCCACTAAGAAATGGTTGGTCGGGGGTTAGATTTCAATCTGGCTAGTTTGTTTTGGACCTAGTAAAACCGGTCTAGTGTGTTATGAATACTTGTGTGGGAAGAGTTTACCAGTCTTGGACTTGTTAAACTGGAGATTAGGCATTGAGTTGTGTTTCTTAAACCTCACAGGGTAATTTATTAAACTTTCCCAATTTGAATTGTAACAAAACTGACAATCTAACAACATATAGCTAATCTGAACACAAAGTGCCCGTCCCCCTTTCCCTGGACTGTAGACTTGTGGCATTTTGGTGTCCGTATGTAACCGAGTTTGGCCAAATAGAGAGCAGACAGCCCATTCGAGGGCTTGGATAGTGGACTATTTttgtaataacaaaaatacataaatgttCATCCTCTAAACTAATCAGGAATCACAGTAGTAGTCTGAGAAAACAGGAAATGTACTGTTTATGTCTTTTATTGCGCATTGAAACTGTGTAAAATCTGCTTTACCAATGTGGACCTGTCATATGATGACATATGATGATATGAAACTGTTCATGCTTTTCACTTGGTCtgaataaagcatttataacaCAGCACCTACTATTCATCTTATTAAGACTGATTACACTGAATTGACCTCAAGACTCCTCAATAAGTGGTCATAGGATATTTCAGTTATTAAACAGGTTAAAGGGGAACTTTACCAATGTTTCAAAATTCTCTGCATTTTTCTGAACCTATTCAGAAaggggtttggtgtgaaattgcAGAGGTACTTACTGTACTGATATCTCAGAATTATATAAAGTTGTGGTGGAACCAGGCACCGAATGCCATGATTATGGCATTAATATTGCCAgtttacagtatctcacaaaactGAGCACAGCCcttacagtttttattatatatcttttcatgggacaacactgaagatatgacactttgatacaatgtaaagaagTCACTGAACAGctaatataacagtgtaaattggctgtgccctcaaaataacagTCATTGATGTCTAAACCGTTTGACCCAAAATTGGATTAAAACTATGGTAATACAGTGTCTCGTGTTAAACTGTGTATTCATACAGTACATATTTGATGTAAAAGGGAGAAGctttctggttctggttctcgTTCACCCCCCAAGTTTAGGTTATTTCTTTAGAACAGAGAgtttcacaccaaacccacTTTGACTTGTTCACATTTTAACTTTAGTCTAACTATGCAGAAATTTTAGACAAATCTGTGGAATTATCTATGAATTATTGCTCACATGTGTTCTGAATGCTTTGAGCCAAAATGCCGAAGTGCAGATTCCATaacagtgtgtttctgtgcactatatgtccaaaagtttgtggagGCCAACGTTTCTTCTGGAATCAAGGGGAATTTGATGTCTCTGCTCTTCTGGGAATGATTTACACTGGATgttgaaacattgctgtgaggaggatTTGATTGTGTTCGACCCTGTAAGATTAAGAGCATCAGTGAGGCCAGGTACAGATGTTGGATGATTGGTTCTGCCACTTCAACTCATCTTAAAGGTTTTTGATGGAACTCCAACATTTCAGAGAAACCCACAGCCCAATGTTATTGGGTATGGTGATCTTTGGCTCATGTGCTCACATCAGCACCAGAGCATCCTGTACACTTGGTCAATAGAGGTTTAACAAACTGAACAAACATATAGACAGTTTCAGTATGGATGCACTTGATGTTATGAACCACAAGGGTTAAATTTCACGAGGGTATTTTACCACACACAACCCTTGGTTTGTGTGATGTCAGTGGTAAAAGTCCTGTATGGTTGACACTGCTCTAAGGGCAGCTCACAAGAAAAAACCTTCTGAATGTGTTAGTTTGAGATTTAGGAATTAATTGGACATgccttttttatgtaaataccATGTAGTTACTTTAGCCTTAAGCCCATCAATTCCCCTTCCAATCCATTCAtattaaaaagaacaaaatataaCATGATTGATCTCTTGACCCCAGAATCGGCtgatcagccaagacatgttttGTATCTgatttgtgcttattttgtttACAACTGCAAGAAATACTAGGTTAATTTTGCTAACAGGCACTTAGGGGTGGAAATTGTAGGGCATCTCGCGATATGTTATAATCACAATACGTTGCCCACGATATTGATGATATcataatactgtgattctgctaTCCTCAATATATCCAAACAATTCTCCATTAAACTtaacagcatctgtgttactgaagaggataaaatactcctaaatatgTAAATACCAGGAGTTTCAACCAATTTGACAGCAGCAATTTACTAAGACAAACTTGGGTGACAAGTCTTAAAGAGTTTTGAGTGCCTATGTTTCATtgaaaatatccatatttgatgcCACACATGTATCGATGATGTATCGCAAACAAAAAAacgataaaatatatattgcaatatcaatgttttgtcccacccctacaGGCTAATTATTTGACTGTCACTCGTCATTCTtctctgtaaaaacaaaattgtAGTGGTTTAGAACACTGCGTGACTTactttagtctataaacacagaaaaacttaaataaatagagctgaatGTTGAAATAACTGGAACCACTTTTACCTCAGCACAGTGTTTATCACTCCACACACTGCGCTTCTGTTTGGAAGTGGAACAGCACTACAAATCATGTAGGAGGACATGATGATAATATAGTTCCAgtttgtgtgtaaaagagagaaaaatgagatttatgagatttaatctgtatttaagataaataaaaagtaatatctGAACTAATAAAATGTCAGCAGGCTTTGTAAAAAAGAGCTTGGCCAAAATTGTttacactttaattttgtgtattaatgtgttaatgttgATAGCACTGGTTGAGAGATGAGATTGTTAACATTCAGTGCCATTTTTGTTAGAAGTGTTAGCTGAGCATCTCCACCTCAGATACCAAGAAACATGTCTTCGCTAATTGACCTCACCTGgggtcatttaatttatttcttctaTTTCTATGTTCTTTTAAAGCGATAGTTCAGctgaaaaaaattatcacaCTCAGTTTGAATCCCTGTAGTCAATAAACCAAGACTGAAGCTATGTGGCTAATGCAGCTAAGCAGTAAAGGATTAGCCTGTTAGcatgcttttgttttctgttaGTTTTTTGACCTGCATTAATCTGTGTTTATAGATAGAAACCACAGCAAGTCTGCTGGGTTTGACTTTCtcagtgctaattggtgagATATATGCTTCCACTgactgttagctacattagcctcatggCCAAGGAAGCAGCAAACTTCAGAGGCTAAATATGTCCTGGAAGACTGAGTACTTTATTTTGACTGTGGATTATTGTGAAAATTCTGTTTTGGCCAACCTATCTCTATAAAAAATGTGTACATGAAATGTTCTAGTGTAGGCTTACCCCCAGTGCTGAACCTCCTGCTTTGACATAAAGGGCAACCAATttctcacacactgacacacacagtgacacacacactcccactccCACGTGAACCCATCCCCTTATGTCCCAATTTTCTGCACGTCAGTTTGGTTTTGACTGGTTTTAGCCAACAGTTGCCCTAAGCtaagctatttttattattaaattattaatatgtatatttgtattcatttataaatatgtacacaAAATGAAGTGAGTCAAGGAAAATCGCTCCCTCTCCTAACACATTGTGATTCCCTAGCCCTCCAGGCATCCTTTAACCGTCTGTTTTTggctttatattattattattattattattttttagttattgtTGTCATTTTAATCTTTTCAGACTGGAAATAAAACCT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU301236 True 6032 lncRNA 0.37 2 36875240 36923898

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103026999 NA coding upstream 19077 36827033 ~ 36856163 (+)
tdrd9 tdrd9 coding upstream 108007 36735850 ~ 36767233 (+)
kif15 kif15 coding upstream 143809 36704679 ~ 36731431 (+)
LOC103027910 NA coding upstream 174839 36691081 ~ 36700401 (+)
LOC103028640 LOC108440913 coding upstream 201134 36669635 ~ 36674106 (+)
LOC103023682 LOC108414060 coding downstream 12163 36936061 ~ 36942741 (+)
prkch prkcha,prkch,LOC107675581,LOC107757130,LOC107707065,LOC107087558,LOC106909499 coding downstream 99439 37023337 ~ 37081624 (+)
hif1a NA coding downstream 175500 37099398 ~ 37143669 (+)
osr1 LOC108440809,LOC107588719,LOC107668777,LOC107757107,LOC107548611 coding downstream 722814 37646712 ~ 37655501 (+)
LOC111195988 NA coding downstream 942897 37866795 ~ 37869273 (+)
G221973 NA non-coding upstream 147151 36726518 ~ 36728089 (+)
G221891 NA non-coding upstream 251445 36620288 ~ 36623795 (+)
G221879 NA non-coding upstream 429868 36443306 ~ 36445372 (+)
G221872 bag2 non-coding upstream 485046 36387252 ~ 36390194 (+)
G221871 NA non-coding upstream 489701 36365601 ~ 36385539 (+)
G222103 NA non-coding downstream 127322 37051220 ~ 37052681 (+)
G222105 NA non-coding downstream 142619 37066517 ~ 37151937 (+)
G222134 NA non-coding downstream 230334 37154232 ~ 37154626 (+)
G222136 NA non-coding downstream 231046 37154944 ~ 37155350 (+)
G222138 NA non-coding downstream 238771 37162669 ~ 37163290 (+)
G221878 NA other upstream 466199 36403148 ~ 36409041 (+)
G221737 NA other upstream 818550 36052516 ~ 36056690 (+)
G221728 fbxo9 other upstream 902886 35969989 ~ 35972354 (+)
gclc gclc,LOC107597697,LOC107664701,LOC107712340,LOC107688787 other upstream 986425 35870018 ~ 35888815 (+)
LOC103031497 NA other upstream 1656862 35208431 ~ 35218378 (+)
mnat1 mnat1 other downstream 52508 36976406 ~ 36991484 (+)
slc38a6 NA other downstream 77187 37001085 ~ 37019302 (+)
LOC103040744 LOC103040744,LOC108439706,LOC108263332 other downstream 1812041 38735939 ~ 38744184 (+)
oip5 NA other downstream 1970975 38894873 ~ 38898833 (+)
LOC103047486 LOC108443507 other downstream 2273809 39197707 ~ 39271138 (+)

Expression


Co-expression Network